培养液

阳性血液培养液的宏基因组测序，以进行精确细菌和真菌鉴定：一项初步研究

摘要：随着血流感染（BSI）代表了全球死亡率和发病率的主要原因，血液培养物在诊断中起着至关重要的作用，但是它们的临床应用会因长时间的转弯时间而抑制，并且仅检测到可培养的病原体。在这项研究中，我们直接从阳性血液培养液体中直接开发了shot弹枪元基因组学测序（MNG）测试，从而可以更快地鉴定出挑剔或缓慢生长的微生物。该测试是基于先前验证的下一代测序测试而构建的，该测试依赖于细菌和真菌识别的几个关键标记基因。新测试利用开源宏基因组学CZ-ID平台进行初始分析来生成最可能的候选物种，然后将其用作下游，确定分析的参考基因组。这种方法具有创新性，因为它利用了开源软件的不可知分类呼叫能力，同时仍依靠更具成熟和先前验证的基于标记基因的识别方案，从而增加了最终结果中的态度。对细菌和真菌微生物的测试表现出很高的精度（100％，30/30）。我们进一步证明了其临床实用性，尤其是针对厌氧和分枝杆菌的临床实用性，它们要么是挑剔，生长缓慢或不寻常的。尽管仅适用于有限的设置，但血液培养的阳性MNGS测试在解决诊断有挑战性BSI的临床需求方面提供了逐步改善。