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World File Search System基因型
在植物和拉通作物中反复洪水下甘蔗基因型的洪水耐受性
摘要：这项研究的目的是评估甘蔗基因型在植物和拉通甘蔗的反复洪水下的洪水耐受性。对照和重复的洪水条件。由于洪水泛滥，甘蔗身高增加并分配了折痕。洪水减少了甘蔗产量和商业甘蔗糖（CC）的产量，以及甘蔗汁中极化（POL），纯度和CC的百分比。甘蔗洪水的耐受性因基因型而异，KPS01-4-29和SP94-2-483具有最高的洪水耐受性指数，KK07-037，K95-84，KK07-599在洪水条件下的产量最高。此外，在洪水泛滥的条件下，在甘蔗中观察到屈服特征，拐杖身高和甘蔗数之间的关系（r = 0.45*至0.92 **）。由于我们的研究，可以选择耐洪水的甘蔗基因型。用于洪水耐受性的甘蔗基因型选择可能包括甘蔗高度和甘蔗数字作为间接特征。
整合静态和动态数据，以改善使用增强基因型 - 表型表示的认知下降的预测
阿尔茨海默氏病（AD）是一种慢性神经退行性疾病，在患者的思维，记忆和行为中引起严重问题。早期诊断对于预言AD进展至关重要；为此，最近有人提出了许多算法来预测认知能力下降。然而，这些预测模型通常无法吸收异质遗传和神经影像标志物，并难以处理丢失的数据。在这项工作中，我们提出了一个新颖的目标函数和相关的优化算法，以鉴定与AD相关的认知下降。我们的AP-PRACH旨在通过参与者特定的增强结合通过回归任务对齐的多模式数据集成来结合动态神经影像学数据。我们的方法为了结合额外的侧面信息，利用了在最近的广告文献中普及的结构化正则化技术。武装着从多模式动态和静态模态中汲取的固定长度矢量反应，常规机器学习方法可用于预测与AD相关的临床结果。我们的实验结果表明，提出的增强模型改善了流行机器学习算法的认知评估评分的预测性能。我们的方法的结果被解释为验证现有的遗传和神经成像生物标志物，这些生物标志物已被证明可以预测认知能力下降。
评估基因型NTM-DR分析性能，用于鉴定和分子检测脓肿的分枝杆菌复合物
1 Laboratory of Bacte´riology, Center Hospitalier Universitaire de Montpellier, Montpellier, France, 2 Mivegec, IRD, CNRS, Universite´ de Montpellier, Montpellier, France, 3 Bordeaux Population Health Center U1219, Universite´ de Bordeaux, Bordeaux, France, 4 CYSTIC FIBROSIS Center, University Hospital of Montpellier,细菌学院卫生部，南特斯大学，南特斯大学，法国南特大学，6 Unirouen，Gram EA2656，Rouen University Hospital，Normandy Universite´，Rouen，Rouen，France，7 USC EA 3671 Mycoplasmes和Chlamydiae的人类感染。 Bordeaux，Borteaux，Bortaux，法国，8 Chu de Toulouse，Bacte´riology-hygiè，Institut fe´dératif de Biologie，图卢兹，图卢兹，法国9个细菌疗法 - 医院卫生系，布雷斯特大学，布雷斯特大学，布雷斯特大学，布雷斯特，布雷斯特，10个实验室，苏尔，sn ofero sn sn oilo sn sn ofer sn Dioulasso，布基纳法索（Brkina Faso），东南亚的11 LMI耐药性“ Drisa”，IRD Montpellier，Montpellier，法国，1 Laboratory of Bacte´riology, Center Hospitalier Universitaire de Montpellier, Montpellier, France, 2 Mivegec, IRD, CNRS, Universite´ de Montpellier, Montpellier, France, 3 Bordeaux Population Health Center U1219, Universite´ de Bordeaux, Bordeaux, France, 4 CYSTIC FIBROSIS Center, University Hospital of Montpellier,细菌学院卫生部，南特斯大学，南特斯大学，法国南特大学，6 Unirouen，Gram EA2656，Rouen University Hospital，Normandy Universite´，Rouen，Rouen，France，7 USC EA 3671 Mycoplasmes和Chlamydiae的人类感染。Bordeaux，Borteaux，Bortaux，法国，8 Chu de Toulouse，Bacte´riology-hygiè，Institut fe´dératif de Biologie，图卢兹，图卢兹，法国9个细菌疗法 - 医院卫生系，布雷斯特大学，布雷斯特大学，布雷斯特大学，布雷斯特，布雷斯特，10个实验室，苏尔，sn ofero sn sn oilo sn sn ofer sn Dioulasso，布基纳法索（Brkina Faso），东南亚的11 LMI耐药性“ Drisa”，IRD Montpellier，Montpellier，法国，Bordeaux，Borteaux，Bortaux，法国，8 Chu de Toulouse，Bacte´riology-hygiè，Institut fe´dératif de Biologie，图卢兹，图卢兹，法国9个细菌疗法 - 医院卫生系，布雷斯特大学，布雷斯特大学，布雷斯特大学，布雷斯特，布雷斯特，10个实验室，苏尔，sn ofero sn sn oilo sn sn ofer sn Dioulasso，布基纳法索（Brkina Faso），东南亚的11 LMI耐药性“ Drisa”，IRD Montpellier，Montpellier，法国，
在灌溉条件下的棉花（Hirsutum L.）基因型的某些定量性状的相关性和路径系数分析
对植物研究人员的众多农艺属性与产量的作物性质，绩效水平和关联的全面了解对于应对棉花限制限制是必要的。但是，缺乏有关棉花产量，相关和纤维质量性状的相关性和路径系数分析的足够信息。了解不同特征与将相关系数进一步分配到直接和间接效应之间的相关性知识是对可持续遗传增强的任何利用不足的作物改善的先决条件。实验是在十二个基因型上进行的，并进行了三场检查，以评估不同特征对皮棉产量的关联，直接和间接影响。该实验在灌溉状态下在Werer农业研究中心和NASA/Birale Farm种植，在随机的完整块设计中，在2016年至2018年的种植季节中进行了三次复制。数据。相关研究表明，皮棉产率与每植物的骨数量，种子棉产量，杜松子酒发育和微生物的数量显着且正相关，而在表型和基因型水平上，它与纤维长度显着且负相关。在表型和基因型水平上的路径系数分析表明，种子棉对棉绒产量的直接影响最大，其次是杜松子酒的囊肿和每植物的毛孔数量。相关性和路径分析都表明种子棉的产量，杜松子酒的发作和每植物的骨数量是皮棉产量的主要贡献者。因此，本研究表明，更多的种子棉产量，杜松子酒的发作和每植物的骨数量是选择高棉绒产量基因型的主要产量因素。
通过无细胞 DNA 分析确定同种免疫妊娠个体的胎儿红细胞抗原基因型
Shannon Rego，理科硕士，Olaide Ashimi Balogun，医学博士，Kirsten Emanuel，理科硕士，家庭执业护士，Rachael Overcash，医学博士，Juan M. Gonzalez，医学博士，哲学博士，Gregory A. Denomme，哲学博士，Jennifer Hoskovec，理科硕士，Haley King，理科硕士，Ashley Wilson，理科硕士，Julia Wynn，理科硕士，理科硕士，以及 Kenneth J. Moise Jr，医学博士
通过联合多任务稀疏规范相关分析和分类来识别诊断特异性基因型 - 表型关联
摘要：基因疗法在与年龄相关的黄斑变性（AMD），糖尿病性视网膜病（DR）和糖尿病性黄斑水肿（DME）的治疗领域中有望成为一种变革性方法，旨在应对频繁的频繁发生的抗血管内血管内膜生长因子（VEGF）的挑战。本手稿评论了这些疾病的持续基因治疗临床试验，包括ABBV-RGX-314，ixoberogene Soroparvovec（IXO-VEC）和4D-150。ABBV-RGX-314利用腺相关病毒（AAV）载体来提供编码ranibizumab样抗VEGF抗体抗体片段的转基因，在1/2A和正在进行的阶段2B/3试验中表现出令人鼓舞的结果。IXO-VEC使用AAV2.7M8 CAPSID用于玻璃体内递送的转基因表达Aflibercept，在第1阶段和正在进行的2阶段试验中表现出令人鼓舞的结果。4d-150利用进化的载体表达Aflibercept和VEGF-C抑制性RNAi，在1/2阶段的研究中表现出阳性的临时结果。审查的其他疗法包括EXG102-031，FT-003，KH631，OLX10212，JNJ-1887，4D-175和OCU410。这些疗法提供了降低的治疗频率和增强安全概况的潜在优势，这代表了管理范式向耐用和有效的基于细胞的生物效果的范式。基因疗法中的这些进步有望改善AMD的结果并应对DME和DR的复杂挑战，从而为治疗糖尿病眼病提供了新的途径。
种系PTEN基因型依赖性表型差异在前脑机体的早期神经发育过程中
使用10倍基因组学铬单细胞3'试剂盒（版本3.1），每个样品捕获了6,000至10,000个细胞以进行库和测序生成。在器官解离，单细胞悬浮液，凝胶珠和乳液油被添加到10x基因组单细胞芯片G中。在液滴产生后，将样品转移到PCR 8管条（USA Scientific）中，使用SimpleiaMp热循环液（Appliam appliiamp appliamp cyscler（USA Scientific）进行反转录反应（USA Scientific）。cDNA。根据10倍基因组用户指南，使用Silane Dynabead清理cDNA。将纯化的cDNA放大了11个循环，然后使用spriselect珠
水稻现象选择的表现：种群大小和基因型 - 环境相互作用对预测能力的影响
现象预测（PP）是一种利用近红外光谱（NIRS）数据的新方法，为育种应用提供了基因组预测（GP）的替代方法。在PP中，高光谱关系矩阵取代了基因组关系矩阵，可能会导致添加剂和非加性遗传效应。与GP相比，PP具有成本和吞吐量的优势，但影响其准确性的因素尚不清楚，需要定义。本研究研究了各种因素的影响，即训练人群的规模，多种环境信息整合以及基因型X环境（GXE）效应对PP的影响与GP相比。我们评估了在四种不同环境中种植的水稻多样性面板中的几种农艺上重要特征（开花，植物高度，收获指数，千粒体重和谷物氮含量）的预测准确性。培训人群规模和GXE效应包容对PP准确性的影响最小。影响PP准确性的关键因素是包括的环境数量。使用来自单个环境的数据，GP通常超出执行的PP。但是，使用来自多个环境的数据，使用基因型随机效应和每个环境的关系矩阵，PP获得了与GP的可比精度。与使用单个信息源相比，将PP和GP信息组合在一起（例如，GP，PP的平均预测能力以及GP和合并的GP和PP的平均预测能力分别为0.44、0.42和0.44）。我们的发现表明，当所有基因型至少具有一个NIRS测量值时，PP可以与GP一样准确，这可能为水稻育种计划提供重要优势，降低育种周期并降低计划成本。
通过模拟基因型固定，揭示了在进化保守位点对基于 CRISPR 的基因驱动的抵抗力
基于 CRISPR 的归巢基因驱动可以设计为破坏必需基因，同时偏向其自身的遗传，从而在实验室中抑制蚊子种群。这类基因驱动依赖于 CRISPR-Cas9 对目标序列的切割和从同源染色体中复制（“归巢”）基因驱动元件。然而，预计对切割有抗性但仍保持必需基因功能的靶位突变将被强烈选择。针对不易容忍突变的功能受限区域应该会降低抗性的概率。序列水平的进化保守性通常是功能约束的可靠指标，尽管一个保守序列与另一个保守序列之间实际的潜在约束水平可能有很大差异。在这里，我们在疟疾媒介冈比亚按蚊中生成了一种新型成虫致死基因驱动 (ALGD)，其靶向蚊子发育过程中所需的单倍体必需基因 (AGAP029113) 中超保守的靶位，该基因满足种群抑制基因驱动靶位的许多标准。然后，我们设计了一种选择方案，以实验性地评估在其靶位产生和随后选择基因驱动抗性突变的可能性。我们在笼养种群中模拟了基因驱动接近固定的情景，其中对抗性的选择预计最强。对目标基因座的连续采样显示选择了单个、恢复性的、符合框架的核苷酸替换。我们的研究结果表明，仅靠超保守并不能预测对靶位抗性具有抗性的位点。我们的体内抗性评估策略有助于验证候选基因驱动目标的抗性恢复力，并有助于改善对野外种群中基因驱动入侵动态的预测。
咖啡基因型中多种抗病基因的标记辅助聚合（阿拉比卡咖啡）
摘要：使用抗性品种是控制由真菌 Hemileia vastatrix 引起的咖啡叶锈病的最有效策略。为了协助开发此类品种，与咖啡抗性小种 I 和 II 以及 H. vastatrix 的致病型 001 的两个基因座相关的扩增片段长度多态性 (AFLP) 标记被转换为序列特征扩增区 (SCAR) 和切割扩增多态性位点 (CAPS) 标记。总共在抗性和易感亲本以及来自 F 2 群体的 247 个个体中验证了 2 个 SCAR 标记和 1 个 CAPS 标记。在使用开发的标记进行基因分型并使用 H. vastatrix 小种 II 进行表型分析的 F 2:3 和回交 (BCrs 2 ) 群体中评估了这些标记对标记辅助选择 (MAS) 的效率。这些标记在 MAS 中显示出 90% 的效率。因此，开发的标记与与其他抗锈病基因相关的分子标记一起用于 F 3:4 和 BCrs 3 咖啡选择。使用与咖啡浆果病 (CBD) 抗性相关的两个标记分析选定的植物，旨在进行预防性育种。具有所有抗性位点的 F 3:4 和 BCrs 3 个体的 MAS 是可行的。我们的表型和基因型方法可用于开发具有多种基因的咖啡基因型，这些基因赋予咖啡叶锈病和 CBD 抗性。