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元素定量性状基因座分析和候选基因挖掘玉米中与干旱耐受性相关性状的候选基因挖掘（Zea Mays L.）
摘要：干旱是对全球玉米产量的严重负面影响的主要非生物压力之一。了解玉米中干旱耐受性的遗传结构是朝着繁殖耐旱的品种和针对性的遗传资源剥削的关键步骤。在这项研究中，与谷物产量成分，开花时间和植物形态有关的511定量性状基因座（QTL）在干旱条件下以及干旱耐受性指数是从27项发表的研究中收集的，然后预测在IBM2 2008年的IBM2 2008年邻居参考图中的荟萃分析。总共确定了与玉米干旱耐受性相关的83个元QTL（MQTL），其中20个确定为核心MQTL。与先前发布的QTL相比，MQTL的平均置信区间大大降低。通过来自基因组关联研究的共定位标记 - 特性关联证实了几乎一半的MQTL。基于与干旱耐受性有关的水稻蛋白的比对，在玉米MQTL附近发现了63个直系同源基因。此外，在20个核心MQTL区域和玉米与同源基因中发现了583个候选基因。基于候选基因的KEGG分析，发现植物激素信号通路显着富集。信号通路可以对干旱耐受性产生直接或间接影响，并与其他途径相互作用。总而言之，这项研究提供了对玉米干旱耐受性的遗传和分子机制的新见解，以对繁殖中这种重要特征的更具针对性的改善。
QTLDESIGN：QTL的设计（定量性状基因座）实验
效果我们要检测到的QTL效应。对于PowerCalc和样品，这是一个Nu-erseric（向量）。为可检测到它指定了间交叉的附加成分和优势成分的相对大小。效应的规范取决于十字架。对于反向交叉而言，这是杂合gote和纯合子的均值。对于RI线来说，这是纯合子均值的一半，对于间卷，它是C（a，d）的两个组成矢量，其中A是添加效应（纯合子之间的差异），而D是主导效应（杂合子和纯合量的平均值之间的差异）。基因型均值为-A-D/2，D/2和A-D/2。对于可检测到的，可选的对于间折，可以使用字符串指定QTL效应类型。字符串“ add”或“ dom”用于分别表示表型的加性模型或主导模型。可能是表格C（a，d）的数量向量，表明添加剂和优势成分的相对幅度（如上所述）。默认值为“ add”。
鉴定糖酵解相关的预后基因... 研究批处理系统和Xed床中的吸附动力学... 甜菜中控制螺栓固定耐受性的关键定量特质基因座 来自机构实验室设置的见解
SDC3可以促进肾细胞癌的生长（23）。 在Luminal A和HER2 + BC中，发现高度表达的NUP43与存活不良有关（24）。 Nanba等。 （25）报道CacNA1H突变是产生醛固酮腺瘤的遗传原因之一。 升高的IL13RA1表达与侵入性BC患者的预后不良有关，并且可以作为潜在的预后标记（26）。 此外，SDC1的过表达可以促进BC转移到大脑（27）。 我们的研究目的是研究与糖酵解相关基因和BC预后的表达之间的关系。 我们通过研究数据库下载了相关的基因表达数据，并通过一系列分析将临床数据与样本中的基因表达联系起来，从而SDC3可以促进肾细胞癌的生长（23）。在Luminal A和HER2 + BC中，发现高度表达的NUP43与存活不良有关（24）。Nanba等。（25）报道CacNA1H突变是产生醛固酮腺瘤的遗传原因之一。升高的IL13RA1表达与侵入性BC患者的预后不良有关，并且可以作为潜在的预后标记（26）。此外，SDC1的过表达可以促进BC转移到大脑（27）。我们的研究目的是研究与糖酵解相关基因和BC预后的表达之间的关系。我们通过研究数据库下载了相关的基因表达数据，并通过一系列分析将临床数据与样本中的基因表达联系起来，从而
基因座 - 北甲肾上腺素系统
基因座层是脑干中的一个小双侧核。它是整个中枢神经系统中去甲肾上腺素（去甲肾上腺素）的主要来源（中枢神经系统中所有去甲肾上腺素的70％），如许多研究所示，它参与了调节大量功能。仅在1960年代单胺的组织荧光方法发展后，仅在开发了组织荧光方法之后才有可能对基因座（LC）的功能及其在人类生活中的重要性进行详细研究。广泛的基因座 - 氯肾上腺素（LC-NE）投影系统调节整个中枢神经系统，并调节感觉处理，运动行为，唤醒和认知过程。对LC的损害以及去甲肾上腺素水平的相关降低涉及广泛的临床条件和病理过程。尽管目前已知有关LC的解剖结构和生理学的许多内容，但它在行为调节，控制睡眠周期的控制，压力反应以及病理状况的发展（例如阿尔茨海默氏病，痴呆，抑郁，自杀行为，自杀行为，慢性创伤性的性脑病和帕金森氏病）中的最终作用并不完全了解。LC的非侵入性可视化可用于鉴别诊断，确定疾病的阶段并预测其病程。研究与各种神经系统疾病的发病机理有关的LC-氯肾上腺素系统的功能障碍，最终可能是基于去甲肾上腺素水平的药理升高开发新治疗方法的基础。在这篇综述中，我们将尝试突出有关核座基因座结构和功能的关键点，并概述其研究的主要方向和前景。
小鼠基因组重写和三个重要疾病基因座的定制
基因工程小鼠模型 (GEMM) 有助于我们了解人类病理并开发新疗法，但在小鼠身上忠实地重现人类疾病却具有挑战性。基因组学的进展凸显了非编码调控基因组序列的重要性，这些序列控制着许多人类疾病的时空基因表达模式和剪接 1,2 。包括需要大规模基因组工程的调控大范围基因组区域应该可以提高疾病建模的质量。现有方法限制了 DNA 传递的大小和效率，阻碍了我们称之为基因组重写和定制 GEMM（GREAT-GEMM）的高度信息模型的常规创建。在这里，我们描述了 8 哺乳动物逐步切换抗生素抗性标记以进行整合 9 (mSwAP-In)，这是一种在小鼠胚胎干细胞中进行高效基因组重写的方法。我们展示了使用 mSwAP-In 对定制的 Trp53 基因座进行多达 115)kb 的迭代基因组重写，以及使用 116)kb 和 180)kb 人类 ACE2 基因座对小鼠进行人源化。ACE2 模型重现了人类 ACE2 的表达模式和剪接，值得注意的是，与现有的 K18-hACE2 模型相比，在受到 SARS-CoV-2 攻击时表现出的症状较轻，因此代表了一种更像人类的感染模型。最后，我们通过在 ACE2 GREAT-GEMM 中对小鼠 Tmprss2 进行双等位基因人源化，展示了连续基因组写入，突出了 mSwAP-In 在基因组写入方面的多功能性。
全基因组测序分析揭示了与进行性核上麻痹相关的新敏感性基因座和结构变异
Hui Wang 1,2 * *，Shangy Rajput 8，4 Peter Paul Deyn 9.10，仅为6Yébenes16，Alberto Rabano-Gutierrez 17，Tina Meller 18，Wolfgang H Oertel 18，响应19，7 Maria Stamelou 20,21，Thomas Arzberger ，Franziska Hopfner 41，8 Pau Pastor 25:26， 31,32，欧文·罗斯32，道格拉斯10加拉斯科Silva 37，John F Gran 4，Alison M Goate 38，12 32＃，GünterHui Wang 1,2 * *，Shangy Rajput 8，4 Peter Paul Deyn 9.10，仅为6Yébenes16，Alberto Rabano-Gutierrez 17，Tina Meller 18，Wolfgang H Oertel 18，响应19，7 Maria Stamelou 20,21，Thomas Arzberger ，Franziska Hopfner 41，8 Pau Pastor 25:26， 31,32，欧文·罗斯32，道格拉斯10加拉斯科Silva 37，John F Gran 4，Alison M Goate 38，12 32＃，Günter
使用 TrueDesign 基因组编辑器中的长插入工作流程将 GFP 序列插入 TRAC 基因座
8. TrueDesign 基因组编辑器将显示优先设计为最接近预期编辑位置（最多 40 bp 距离）的 gRNA 和供体 DNA。gRNA 距离编辑位置越远，敲入效率越低。所有设计的供体 DNA 序列（现在包括同源臂）都将接受 GeneArt 基因合成制造可行性检查。如果供体 DNA 未通过检查，您将无法选择该 gRNA，并且该行将变灰。在这种情况下，请选择不同的 gRNA 或 TALEN 对（如果可用），或更改插入位置或同源臂长度。对于每个 CRISPR-Cas9 gRNA 和 TALEN 对，可以通过单击供体 DNA 列中的眼睛图标来查看供体 DNA 序列。要在您选择的克隆软件中查看和注释供体 DNA 序列，请单击供体 DNA 列中的下载图标下载 FASTA 文件。确保供体 DNA 位于框架内以实现 GFP 的最佳表达。
频率特异性遗传刺激的基因座二核诱导运动皮层中与任务相关的可塑性
ceruleus（LC）是新皮质去甲肾上腺素的主要来源，已知它参与了包括感觉知觉，注意力和学习在内的各种大脑功能。先前的研究表明，LC刺激与感觉经验配对可以诱导感觉新皮层和海马中的任务依赖性可塑性。然而，LC激活是否同样影响负责运动计划和生产的机动运动皮质区域中的神经表示。在这项研究中，我们测试了对LC与运动性能配对的光遗传学刺激是否足以诱导与体型皮质运动图中的任务相关的可塑性。男性和女性Th-cre +大鼠接受了一项熟练的杠杆压榨任务的训练，该任务强调了使用近端前肢肌肉的使用，并使用病毒方法在去甲肾上腺素能LC神经元中选择性地表达CHR2。一旦动物达到了标准的行为表现，他们就接受了五次训练课程，其中正确的任务性能与在3、10或30 Hz时交付的LC的光遗传学刺激配对。上次刺激会议后，使用皮质内微刺激进行运动皮质图。我们的结果表明，在10 Hz时与LC刺激搭配的杠杆螺栓在3或30 Hz时且不伸出运动图的扩展，代表了与任务相关的近端FL肌肉的代替。这些发现表明，LC的阶段性训练对激活具有足够的能力，可诱导Agranular运动皮层中的经验依赖性可塑性，并且该LC驱动的可塑性高度依赖于LC激活的时间动力学。
皮质基因座上的长链非编码 RNA 控制蝴蝶的适应性着色
蝴蝶和蛾类翅膀色素沉着的进化变异提供了通过隐蔽和拟态进行适应的惊人例子。皮质基因座已被独立定位为控制 14 种鳞翅目昆虫颜色多态性的基因座，表明它是翅膀图案多样化的基因组热点，但通过蛋白质编码敲除进行功能验证已被证明很难获得。我们的研究揭示了一种新的长链非编码 RNA (lncRNA) 的作用，我们将其命名为象牙，它从皮质基因座转录而来，在调节蝴蝶的颜色图案方面发挥着作用。令人惊讶的是，象牙表达预示了蛹发育过程中大多数黑色素图案，表明象牙在确定鳞片身份方面具有早期发育作用。为了测试这一点，我们在五种蛱蝶科蝴蝶中生成了 CRISPR 马赛克敲除，并表明象牙诱变会导致深色色素鳞片转变为白色或浅色鳞片。对 Vanessa cardui 生殖系突变体的基因分型将这些表型与象牙保守的第一个外显子上的小靶标缺失联系起来。相反，具有已确认无效等位基因的皮质生殖系突变蝴蝶缺乏任何翅膀表型，并且排除了该相邻基因的颜色图案作用。总体而言，这些结果表明 lncRNA 充当颜色图案规范的总开关，并在蝴蝶颜色图案的适应性多样化中发挥关键作用。
基因座的特征与耐药性癫痫中迷走神经刺激反应有关
基因座 - 呼吸肾上腺素系统被认为与迷走神经刺激的临床作用有关。已知该系统可防止癫痫发育并引起长期塑性变化，尤其是随着海马中去甲肾上腺素的释放。然而，成为治疗者和作用机理的必要条件仍在研究中。使用MRI，我们评估了层层基因座的结构和功能特征以及在耐药药物或对治疗不反应的耐药性癫痫患者中白质层层层的微观结构特性。在这项试验研究中招募了23例抗药性癫痫患者宫颈神经刺激患者，其中包括13名响应者或部分响应者和10名无反应者。专用的结构MRI获取允许在体内定位层层层和其对比度的计算（LC完整性的公认标记）。基因座二氧化合物活动。最后，使用多壳扩散MRI来估计基因座 - 海马域的结构特性。比较了响应者/部分响应者和非反应者之间的这些特征，还探讨了它们与治疗持续时间的关联。在对治疗反应更好的患者中，分别在肠层基因座的左侧和右尾部分中发现了较低活性和较高对比度的趋势。最后，发现了较高的基因座 - 海马连接在其内侧部分双侧的二氧对比度增加，与治疗持续时间相关。