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World File Search System基因座
一种新型的定量特质基因座暗示了MSH3在小鼠全基因组短串联重复膨胀
A novel quantitative trait locus implicates Msh3 in the propensity for genome-wide short tandem repeat expansions in mice Mikhail O. Maksimov 1,2* , Cynthia Wu 3* , David G. Ashbrook 4 , Flavia Villani 4 , Vincenza Colonna 4,5 , Nima Mousavi 6 , Nichole Ma 1 , Lu Lu 4 , Jonathan K. Pritchard 7,8，Alon Goren 1,9，Robert W. Williams 4，Abraham A. Palmer 9,10，Melissa Pymrek 1,2,9,11†1加利福尼亚大学加利福尼亚大学圣地亚哥大学医学系，加利福尼亚州圣地亚哥分校，加利福尼亚州2 2遗传学，基因组学和信息学，田纳西大学健康科学中心，孟菲斯，田纳西州5 5遗传学和生物物理学研究所，国家研究委员会，那不勒斯国家研究委员会，80111，意大利6号电气和计算机工程系，加利福尼亚州圣地亚哥大学，圣地亚哥分校，拉荷拉大学，拉荷拉大学，加利福尼亚州，加利福尼亚州，遗传学。加利福尼亚州加利福尼亚大学圣地亚哥分校，加利福尼亚州圣地亚哥分校，加利福尼亚大学圣地亚哥分校，加利福尼亚州圣地亚哥分校，加利福尼亚州11月11日生物医学信息学系，加利福尼亚州加州圣地亚哥分校，加利福尼亚州圣地亚哥分校 *这些作者为这项工作做出了同样的贡献。†信函应发给mgymrek@ucsd.edu。
定量性状基因座，G×E和G×G的血糖特质
竞争利益这项研究的赞助商在指导委员会中代表，并在研究设计，研究方式和出版中发挥了作用。尽管指导委员会的所有成员都对报告的内容投入了，但资助机构并未在写作小组中代表。写作组中的所有作者都可以访问所有数据。表达的意见是调查人员的意见，不一定反映了资金机构的观点。资助者在研究设计，数据收集，分析，发布或准备手稿中没有作用。在出版时，KJM是Eli Lilly and Company的雇员。数据收集是在此工作之前发生的，数据分析和手稿准备工作独立于Eli Lilly and Company进行。其他作者声明没有利益冲突。
与病原体感染期间与苹果内生菌相关的定量性状基因座
植物植物层由微生物群落定植，这些群落可能会影响其宿主的舒适性和生长，包括宿主对植物病原体的韧性。在塑造细菌和真菌内生菌的组合中，有多个因素，包括宿主遗传学和环境，包括宿主遗传学和环境。在这项工作中，宿主遗传学在植物 - 微生物组装组装中的作用是在感染了真菌病原体Neonectria ditissima的苹果（Malus X Forefla）树中的全同胞家族中研究的。定量性状基因座（QTL）分析表明，有多个基因座影响了单个内生类群的丰富性，而大多数QTL对内生细长的丰度具有中度到大作用（20-40％）。QTL区域在LG 1、3、4、5、10、12、13、14和15上被证明会影响多个分类单元。只有一小部分总体分类组合物的变化受宿主基因型的影响，主要成分的QTL命中显着，分别解释了细菌和真菌组成的总方差<8％和<7.4％。识别的QTL中有四个与对新生儿ditissima的耐受性相关的先前识别区域共定位。这些结果表明，构成苹果内生菌组成的遗传基础，并且可以通过育种来定制苹果中的微生物 - 宿主相关性。
辐射杂种的汇总分析确定了哺乳动物细胞生长和药物作用的基因座
TN5转座子标记双链DNA和RNA/DNA杂交产生的核酸，这些核酸准备被放大以进行高通量测序。必须探索TN5转座子的核酸底物以增加TN5的应用。在这里，我们发现TN5转座子可以将寡核酸转置超过140个核苷酸的单链DNA的5'端。基于TN5的此属性，我们开发了一种基于标记和启用连接的单链DNA测序方法，称为Table-Seq。通过一系列反应温度，时间和酶浓度测试，我们将表格seq应用于链特异性的RNA测序，从总RNA的30 pg开始。此外，与传统的基于DUTP特异性的RNA测序相比，该方法检测到更多的基因，具有较高的链特异性，并且在基因之间显示出更均匀分布的读数。一起，我们的结果提供了有关TN5转座子特性的见解，并扩展了TN5在尖端测序技术中的应用。
识别和验证稳定的定量性状基因座，用于小麦中的产量成分特征
谷物的重量和晶粒数是小麦中重要的产量成分特征，而基础遗传基因座的识别有助于提高产量。在这里，我们确定了八个稳定的定量性状基因座（QTL）的产量成分性状，包括千粒重量（TGW）的五个基因座（TGW）和3个晶粒数（GNS）中的晶粒数（GNS），在四个环境中衍生出来自交叉Yangxiaomai/Zhongyou 9507的重组近交系数。由于晶粒尺寸是晶粒重量的主要决定因素，因此我们还将QTL绘制为晶粒长度（GL）和晶粒宽度（GW）。QTGW.CAAS-2D，QTGW.CAAS-3B，QTGW.CAAS-5A和QTGW.CAAS-7A.2用于与晶粒尺寸的tgw合作。QTGW.CAAS-2D在QGNS.CAAS-2D中也具有一致的遗传位置，这表明多效基因座是TGW和GNS之间权衡效应的调节剂。测序和链接映射表明TAGL3-5A和WAPO-A1分别是QTGW.CAAS-5A和QTGW.CAAS-7A.2的候选基因。我们开发了与稳定的QTL相关的特异性PCR（KASP）标记，用于产量成分性状，并在黄河河谷地区的多种小麦品种中验证了它们的遗传作用。基于KASP的基因分型分析进一步表明，所有稳定的QTL的上等位基因tgw而不是GNS都需要进行阳性选择，这表明该区域的产量在很大程度上取决于TGW的增加。对先前研究的比较分析表明，大多数QTL可以在不同的遗传背景中检测到，而QTGW.CAAS-7A.1可能是新的QTL。2022年中国作物科学学会和CAAS作物科学研究所。2022年中国作物科学学会和CAAS作物科学研究所。这些发现不仅提供了有价值的遗传信息，以提高产量，而且还提供了用于标记辅助选择的有用工具。代表Keai Communications Co.，Ltd.这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章。
检测山地毛的棉叶病毒抗性定量性状基因座和iCottonqtl一个新的R/Shiny应用，以简化遗传映射
1 1，北卡罗来纳州立大学，北卡罗莱纳州立大学，北卡罗来纳州27695，美国2作物和土壤科学系，北卡罗来纳州立大学，北卡罗来纳州罗利，北卡罗来纳州27695，美国3 USDA农业研究服务，基因和生物学家研究单位，Raleigh for for Raleigh for for Raleigh for for Raleigh，NC 276695，Instict，Instict，Instict，Instict，密西西比州立大学，斯塔克维尔，MS 39762，美国5植物基因组学和分子繁殖实验室，国家生物技术与遗传工程学院，巴基斯坦工程与应用科学研究所，（NIBGE-C，PIEAS，PIEAS） 2006年，澳大利亚7基因组科学与社会研究所，德克萨斯农工大学，大学站，德克萨斯州77843，美国8 USDA农业研究服务，基因组学和生物信息信息研究单元，斯通维尔，MS 38776，美国9 USDA农业研究服务，Crop Lricultural Research Service，Crop Genetics Research Nut，Crops Genetics Research Nut，Stoneville，Stoneville，Stoneville，Stoneville，MS 3877776，美国 * docentersence，美国 * docenteresces， amanda.hulse-kemp@usda.gov（A.M.H.-K。）; jodi.schef fler@usda.gov（J.A.S.）1，北卡罗来纳州立大学，北卡罗莱纳州立大学，北卡罗来纳州27695，美国2作物和土壤科学系，北卡罗来纳州立大学，北卡罗来纳州罗利，北卡罗来纳州27695，美国3 USDA农业研究服务，基因和生物学家研究单位，Raleigh for for Raleigh for for Raleigh for for Raleigh，NC 276695，Instict，Instict，Instict，Instict，密西西比州立大学，斯塔克维尔，MS 39762，美国5植物基因组学和分子繁殖实验室，国家生物技术与遗传工程学院，巴基斯坦工程与应用科学研究所，（NIBGE-C，PIEAS，PIEAS） 2006年，澳大利亚7基因组科学与社会研究所，德克萨斯农工大学，大学站，德克萨斯州77843，美国8 USDA农业研究服务，基因组学和生物信息信息研究单元，斯通维尔，MS 38776，美国9 USDA农业研究服务，Crop Lricultural Research Service，Crop Genetics Research Nut，Crops Genetics Research Nut，Stoneville，Stoneville，Stoneville，Stoneville，MS 3877776，美国 * docentersence，美国 * docenteresces， amanda.hulse-kemp@usda.gov（A.M.H.-K。）; jodi.schef fler@usda.gov（J.A.S.）
氨基酰基-TRNA合成酶的基因组重复导致 通过电解质选择作者揭示了分子量对糖化聚噻吩混合传导的影响：joshua tropp，A，†dila 柔软的空中机器人，用于碰撞弹性和接触反应式栖息 以排为中心的控制在信号交叉点上建立在混合MPC系统，在线学习和分布式优化第II部分：理论分析 机器学习真正的判别基因座 chatel处理的CVD石墨烯的表面表征 多糖化期间的预言竞争-NSF -PAR II型WS2-RESE2异构结构及其电荷转移... 工程师人类多能干细胞衍生的天然杀伤细胞，带有Pd-l1 1 磁性碎片和双层量子旋转液体中的分数化金矿模式 成本效益分析，对个性化的，端的... 教学工业机器人技术的自适应沉浸式学习环境 1人口重建的遗传下降和恢复... 激光添加剂制造工艺开发用于矫尿酸盐热电材料 去甲肾上腺素能和胆碱能系统的神经调节作用及其在认知功能中的相互作用：重点综述 用于合成生物学应用的工程聚合酶 电子提交给ACS期刊的模板-NSF -PAR 深度学习的关系从建筑安全法规中提取 使用...
组氨酸生物合成的步骤（Sissler等，1999）。 与AS-A相反，HISZ仅在细菌156 中发现组氨酸生物合成的步骤（Sissler等，1999）。与AS-A相反，HISZ仅在细菌156
野生大豆（Glycine Soja）种子蛋白和油含量的定量性状基因座（QTL）分析
摘要：大豆种子由大约40％的蛋白质和20％的油组成，使其成为世界上最重要的栽培豆类之一。但是，这些化合物的水平彼此负相关，并由由多个基因控制的定量性状基因座（QTL）调节。在这项研究中，总共使用Daepung（Glycine Max）与GWS-1887（G. Soja，高蛋白质的来源）衍生的190 F 2和90 Bc 1 F 2植物，用于蛋白质和油含量的QTL分析。在F 2：3中，平均蛋白质和油含量分别为45.52％和11.59％。在Chr上的GM20_29512680上检测到与蛋白质水平相关的QTL。20的可能性（LOD）为9.57，R 2为17.2％。在Chr上的GM15_3621773上也检测到与石油水平相关的QTL。15（LOD：5.80; R 2：12.2％）。 在BC 1 F 2：3种群中，平均蛋白质和油含量分别为44.25％和12.14％。 在Chr上的GM20_27578013上检测到与蛋白质和油含量相关的QTL。 20（LOD：3.77和3.06; R 215（LOD：5.80; R 2：12.2％）。在BC 1 F 2：3种群中，平均蛋白质和油含量分别为44.25％和12.14％。在Chr上的GM20_27578013上检测到与蛋白质和油含量相关的QTL。20（LOD：3.77和3.06; R 2
全基因组对定量性状基因座的检测和候选基因对早期大豆中种子糖组成的预测
摘要：种子糖成分，主要包括果糖，葡萄糖，蔗糖，raf鼻和stachyose，是大豆[甘氨酸Max（L.）Merr。]种子质量。但是，对大豆糖成分的研究是有限的。为了更好地了解大豆种子中糖成分的遗传结构，我们使用了323个大豆种质添加剂的种群进行了全基因组关联研究（GWAS），这些研究在三种不同的环境下进行了生长和评估。在GWAS中选择并使用了总计31,245个单核苷酸多态性（SNP）≥5％（MAFS）≥5％，缺少数据≤10％。与单个糖相关的分析72定量性状基因座（QTL），与总糖相关的14个。在六个染色体的铅SNP的100 kb旋转区域内的十个候选基因与糖含量显着相关。根据GO和KEGG分类，大豆中的糖代谢涉及八个基因，并在拟南芥中显示出相似的功能。另外两个位于与糖相关的已知QTL区域中，可能在大豆的糖代谢中发挥作用。这项研究促进了我们对大豆糖组成的遗传基础的理解，并促进了控制这种特征的基因的鉴定。认同的候选基因将有助于改善大豆中的种子糖成分。
朱红色基因座的基因组编辑为 Oncopeltus fasciatus 生成了可见的眼睛颜色标记
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2022 年 12 月 20 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.12.20.521233 doi：bioRxiv preprint