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World File Search System基因簇
HOX基因簇的（异常）启发式值
自1984年首次报道以来，抗型同源物（HOX）基因一直参与了一系列有趣的观察结果，尤其是由于它们在脊椎动物和节肢动物之间保守的聚类组织，这可能是一个合理地想知道这种持续性价值的起源。在本文中，我首先考虑了不同的例子，其中Hox基因簇在提供概念进步方面发挥了重要作用，从各种研究领域中取出，并且主要涉及脊椎动物胚胎。这些例子涉及我们对基因组进化的理解，重新审视了19世纪对开发与进化之间关系的观点，以及建立一个新框架，以了解发展过程中的长期和多效基因调节。i然后讨论HOX基因家族的高价值（当被认为是一种认知对象）与其聚类结构有关（及其在某些动物物种中的缺失）以及在这种特殊的遗传奇怪之处是什么，这使它们在为科学社区提供有趣的信息时如此富有。
丝状真菌中生物合成基因簇的转录激活
丝状真菌是高产的细胞工厂，其中许多是酶、有机酸和次级代谢物的工业生产者。越来越多的真菌基因组测序揭示了转录沉默的次级代谢物生物合成基因簇 (BGC) 形式的巨大且未开发的生物合成潜力。人们已经采取了各种策略来探索和挖掘这种尚未开发的生物活性分子来源，随着合成生物学的出现，已经为丝状真菌开发了新的应用和工具。在这里，我们总结了旨在表达内源或外源天然产物 BGC 的方法，包括合成转录因子、人工转录单元的组装、基因簇重构、真菌穿梭载体和平台菌株。
mibig 4.0：通过全球协作推进生物合成基因簇策划
M. M. Zedouc 1，†，Caire Blin 2， *，†，Nico L.L.louwen 1，豪尔赫（Jorge）的名字，1，卢雷罗（Loureiro）1，Chantal D. Bader 3，Constance B。女人3、6，何塞D.D。节日7，猜测14，我不知道Hanif 15，Eric J.N.由55、70、75，Rile和S59、60，拉奎尔hag AS 67，力量Charri 25，77，77，Hyukjae Choi Chroy 83，Melinda S31，夏洛特和OW，32岁， Robin T以弗39， Al-Sumukh A. Alharthi 52，Mariela Rojo 53，Amr A. Arishi Avalon 56，J。Abr和Av Elar-Rivas 57，Kyle K. AXT 34，Hellen B克里斯汀·比梅尔曼斯（Christine Beemelmanns）3，24， Ricardo M. Borges 67，Rainer Bordes 68，69，Milena Breit 16，17， Cano-Prieto 2，Joy 74，Victor J.31，夏洛特和OW，32岁， Robin T以弗39， Al-Sumukh A. Alharthi 52，Mariela Rojo 53，Amr A. Arishi Avalon 56，J。Abr和Av Elar-Rivas 57，Kyle K. AXT 34，Hellen B克里斯汀·比梅尔曼斯（Christine Beemelmanns）3，24， Ricardo M. Borges 67，Rainer Bordes 68，69，Milena Breit 16，17， Cano-Prieto 2，Joy 74，Victor J.JéromeCollemare 82，JAC。路易斯·卡莱布·达马斯·拉莫斯（Luis Caleb Damas-Ramos 2），达米亚尼（Damiani）87的泰特斯（Titus of Damiani 87在1 95，Erin A. Garza 96，Athina Gavriilidou 23，Andrea Gentiles 97，98，Jennif，hans Gerstmans 100，101，102， Greco 52，Juan E. Green 46，Sebastian War 7，9，Shaday Flores 104， 107，Kristina Haslinger 108，Beibel He 109 109 109 87，Jethro L. Hemmann 110，Hindr和Hindr和1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 113 h 2，当耶和华AB 1，114，115，Thanh-Hau Huynh 116和手2，Eunah Jeong 81，Jiayi Jing 1，Jung Jng 116，Yong Kang 116， 121，金122，罗伯特·A。
Synteruptor：非经典专用代谢物基因簇的采矿基因组岛
*应向谁解决。电话：+33 1 69 82 62 48;电子邮件：sylvie.lautru@i2bc.paris-saclay.fr也可以发送给Olivier Lespinet。电话：+33 1 69 82 62 21;电子邮件：olivier.lespinet@i2bc.paris-saclay.fr†前两位作者应被视为联合第一作者。当前的地址：Drago Haas，Biose Industrie，Aurillac 15000，法国。Matthieu Barba，欧洲生物信息学研究所，欣克斯顿CB10 1SD，英国。CláudiaM。Vicente，Genphyse，Toulouse Univer，Inrae，Envt，Castanet-Tolosan，法国。 AmélieGarénaux，Applied Medical，Rancho Santa Margarita，CA 92688，美国。 Jean-NoëlLorenzi，CNRS，法国巴黎F-75013研究所。 Luisa Laureti，DNA损伤和基因组不稳定性，Marseille癌症研究中心（CRCM）； CNR，AIX Marseille大学，Inserm，Paoli-Calmettes，法国马赛。CláudiaM。Vicente，Genphyse，Toulouse Univer，Inrae，Envt，Castanet-Tolosan，法国。AmélieGarénaux，Applied Medical，Rancho Santa Margarita，CA 92688，美国。 Jean-NoëlLorenzi，CNRS，法国巴黎F-75013研究所。 Luisa Laureti，DNA损伤和基因组不稳定性，Marseille癌症研究中心（CRCM）； CNR，AIX Marseille大学，Inserm，Paoli-Calmettes，法国马赛。AmélieGarénaux，Applied Medical，Rancho Santa Margarita，CA 92688，美国。Jean-NoëlLorenzi，CNRS，法国巴黎F-75013研究所。Luisa Laureti，DNA损伤和基因组不稳定性，Marseille癌症研究中心（CRCM）； CNR，AIX Marseille大学，Inserm，Paoli-Calmettes，法国马赛。
CRISPR 介导的生物合成基因簇激活，用于生物活性
。CC-BY 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者，此版本于 2020 年 5 月 20 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.01.12.903286 doi：bioRxiv 预印本
生物合成基因簇在植物防御和植物相互作用中的新兴作用
植物王国产生各种化学物质，估计使10 5至10 6不同的代谢产物[1，2]。这些化合物是已知的或可能具有重要的生态功能的，例如，在保护食草动物，害虫和病原体时；在推导性（与邻近植物的竞争）中；并塑造植物微生物组。在某些情况下，它们还被证明是植物生长和防御的调节剂以及原代代谢物Sensu Lato [3]。植物天然产物是由一系列构成生物合成途径的酶介导的化学反应形成的。众所周知，某些特征良好的植物Natu-lol产品途径的基因分散在整个基因组中，但过去20年中，揭示了越来越多的示例，在这些实例中，特定生物合成途径的基因在植物基因组中共同植物基因组中的基因组基因簇（BGC）（BGC）（BGC）。先前已经发表了一些涵盖植物BGC的性质和一般特征的全面评论[4-8]。但是，尚未对这些集群在植物防御和植物相互作用的背景下的作用进行重点回顾。在这里，我们回顾了此主题，重点介绍该领域的最新进展，并讨论了作物改善的潜在影响。
利用比较基因组学鉴定黑曲霉中的新型生物合成基因簇
摘要：之前，DNA 微阵列分析表明，在与枯草芽孢杆菌共培养中，锚定在黑曲霉非核糖体肽合成酶上的生物合成基因簇被下调。基于系统发育和同源性分析，我们发现这个基因簇 NRRL3_00036-NRRL3_00042 包含预测编码非核糖体肽合成酶、含 FAD 结合结构域的蛋白质、未知蛋白质、转运蛋白、细胞色素 P450 蛋白、含 NAD(P) 结合结构域的蛋白质和转录因子的基因。我们过表达了簇内转录因子基因 NRRL3_00042 。过表达菌株 NRRL3_00042 OE 表现出生长速度降低和黄色色素产生减少，质谱分析显示黄色色素对应于两种化合物，质量分别为 409.1384 和 425.1331。我们删除了 NRRL3_00042 OE 菌株中编码 NRRL3_00036 非核糖体肽合成酶的基因。所得菌株恢复为野生型表型。这些结果表明，由 NRRL3_00036 非核糖体肽合成酶基因锚定的生物合成基因簇受簇内转录调控基因 NRRL3_00042 调控，并且它参与了两种以前未表征的化合物的生产。
对尼古丁成瘾的遗传敏感性：我们对CHRNA5/A3/B4基因簇的理解的进步和缺点
Romain Icick，Benoît忘记，IsabelleCloëz-Tayarani，StéphaniePons，Uwe Maskos等。遗传对尼古丁成瘾的易感性：我们对ChrNA5/A3/B4基因群集的理解的进步和缺点。Neuropharmacology，2020，177，pp.108234。10.1016/j.neuropharm.2020.108234。Pasteur-02936148
枯草芽孢杆菌作为生物合成基因簇的自然产品发现和工程的宿主
枯草芽孢杆菌是一种革兰氏阳性细菌，属于多功能枯草芽孢杆菌基团，以及pumilus芽孢杆菌，扁豆芽孢杆菌和阿甘洛氏芽孢杆菌。1,2它表现出一种出色的遗传多样性，使其能够适应各种生态壁ni，范围从深海热液通风口到土壤和人类胃肠道。3,4其形成对恶劣条件有抵触的孢子的能力进一步有助于枯草芽孢杆菌在这些具有挑战性的环境中的生存。5为了在其特定栖息地中获得选择性优势，枯草芽孢杆菌还产生了广泛的生物活性代谢物库，包括聚酮化合物（PKS），非尖型体肽（NRPS），核糖体合成和后变性型eDi peptides（ripps）和terpials ant portials and terpent ant potport potport potpotirimicrip portimirimicrip。6,7该物种还用作农业中的生物防治药物，用于打击植物病原体并促进植物生长。6,8
并行基因簇编辑照明环氧基酮蛋白酶体抑制剂生物合成的机制
DNA测序技术和生物毒素格式的进步揭示了微生物在医学和农业中产生具有不同用途的结构复杂的特殊代谢物的巨大潜力。然而，这些分子通常会重新检查结构修饰以优化它们以供应用，这可能是使用合成化学很难的。生物工程提供了一种互补的结构修饰方法，但通常会因遗传性棘手性而受到影响，并且需要对生物合成基因功能的理解。异源宿主中专门的代谢产物生物合成基因簇（BGC）可以解决这些问题。然而，当前的BGC克隆和操作方法是不具体的，缺乏实现的，并且可能非常昂贵。在这里，我们报告了一个基于酵母的平台，该平台利用了与转换相关的重组（TAR）进行高效率捕获和对BGC的并行操作。作为概念证明，我们克隆，杂酚表达和遗传分析了与结构相关的非核糖体肽epone-epone-epone- mycin和tmc-86a的BGC，阐明了这些重要蛋白质的生物合成中的模棱两可。我们的结果表明，epone- mycin BGC还指导TMC-86A的产生，并揭示了启动这两种代谢产物组装的对比机制。此外，我们的