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World File Search System基因簇
摘要。 Wijayanti C，Suryadarma P，Mubarik NR。 2024年。从Simadu菠萝RO
摘要。Wijayanti C，Suryadarma P，Mubarik NR。2024。从Simadu菠萝根分离的辅助细菌的整个基因组测序。生物多样性25：4860-4869。铁载体是由细菌合成的有机化合物，可充当铁螯合配体，促进铁进入细胞的溶解和转运。生产细菌在各个研究和应用领域都具有重大好处。最近的一项研究调查了来自印度尼西亚西爪哇省Subang区的Simadu菠萝根的产生铁载细菌M7分离物。这项研究旨在分析M7分离株通过基因组挖掘的完整基因组序列的铁载体生物合成基因簇（BGC）。对菌株型锰氧基lldra6的比较基因组分析表明，M7分离株具有相似的鸟嘌呤 - 酪氨酸（GC）含量，其序列长度较长，总序列总计为4,447,159 bp。使用平均核苷酸同一性（ANI）计算的基因组比较表明，M7分离株的基因组相似性为98.82％，与菌株P. manganoxydans lldra6相似。此外，M7分离株的基因组包含铁采集和代谢的系统，涉及调节铁的机制。M7分离株中的特定区域通过非核糖体肽合成酶合成酶的铁载体（NIS）途径编码负责二级载体生物合成蛋白的IUCA/IUCC家族。这种遗传特征可能会引起并发的蛋白质表达，并有可能增强体力指数的积累。关于铁载体BGC，该分离物显示出与stuartii的最高相似性，遗传冗余含量差异。此外，与Stuartii的P. Stuartii不同，M7分离株的病原体预测结果表明它对人类不是致病性的，该预测是致病性的。新的铁载体产生细菌M7分离物具有核心生物合成基因的复制，代表了支持铁载体生物合成的遗传冗余。
使用斑马鱼研究多外观跳过作为啮齿动物的心肌病和心力衰竭的啮齿动物模型，用于翻译研究和治疗发现微生物
摘要：shot弹枪宏基因组测序用于研究切达干酪的微生物群落的多样性，在32个月内成熟。比较了从基于组装的，基于非组装和Motus2测序管道的分类单元丰度的变化，以描绘每个年龄段的社区预计。从58个样品中获得了11种通过质量阈值的元基因组组装基因组（MAG）。尽管cremoris lactocococcus cremoris和paracasei在shot弹枪样品中占主导地位，但使用MG-Rast鉴定了其他物种。NMDS对微生物群落的β多样性的分析揭示了年龄段（7个月至32个月）中奶酪的相似性。正如预期的那样，克雷莫氏乳糖菌的丰度因成熟而始终减少，而可渗透细胞的比例增加。在成熟时期，生存的乳酸酶杆菌的相对丰度逐渐增加，但在试验之间的速度可变。读取归因于siphoviridae和ascomycota的相对丰度低于1％。PMA处理的奶酪的功能性纤维与未经PMA处理的奶酪的功能不同。起动器旋转在乳球菌的单个核苷酸变体pro纤维中反射（使用motus2的SNV），而输入的牛奶是区分乳酸乳酸菌 / casei casei snv pro的领先因素。从Kraken2，非组装基于非组装的（MG-RAST）和标记基因簇（MOTUS2）的相对丰度估计值在两个主要分类单元的年龄组之间是一致的。宏基因组学启用了序列变体分析，低于细菌种类水平和功能性培养，可能会影响成熟过程中奶酪亚群之间的代谢相互作用，这可以帮助解释奶酪的整体膨胀。未来的工作将使微生物变体与挥发性释放物相结合，以将与奶酪粉的化合物的开发相关联，在每个成熟阶段。
细胞和发育生物学研讨会 - Mann 实验室
作为生物学家，我们一直对生物体的多样性和复杂性着迷。要了解动物界多样性的起源，我们必须了解动物的发育，而自发现以来，最能引起发育生物学家关注的一组基因可能就是 Hox 基因。这些基因编码高度保守的同源框转录因子，存在于从果蝇到人类的多种生物中。它们最早是在果蝇（Drosophila melanogaster）中发现的，最初被认为在决定生物体身体结构方面发挥着至关重要的作用 [1] 。然而，对 Hox 基因的研究已经远远超出了动物发育的范围，为至少另外两个生物学领域提供了信息。首先，它们是动物进化的关键驱动因素：它们部署方式和时间的变化，以及它们在下游基因网络中的变化，促进了动物身体结构的变化 [2,3] 。 Hox 基因研究还揭示了具有非常相似的 DNA 结合特异性的相关转录因子家族如何在体内发挥不同的功能 [4] 。可以说，没有其他任何一组基因对如此不同且重要的生物学领域产生过如此重要的影响。在本期特刊中，我们介绍了一系列文章，反映了 Hox 研究产生深远影响的所有三个领域：动物发育、动物进化和转录因子机制。在进化洞察方面，我们有三篇引人入胜的文章。第一篇由 Mulhair 和 Holland 撰写 [5，本期] ，基于一个有趣的观察结果，即大多数 Hox 基因在动物基因组中聚集在一起，并且它们沿主体轴线的表达与它们在这些簇中的位置相关。Mulhair 和 Holland 的贡献是一项杰作，他们使用不少于 243 种昆虫（代表 13 个目）的公开基因组序列来分析这些基因在簇级别组织的趋势。 Hox 基因簇大小和组织的巨大目特异性差异，以及新的同源框基因的重复、丢失和出现（例如鳞翅目中 zen 直系同源物的爆炸式增长）表明 Hox 基因具有许多物种特异性功能和调控模式，尚待发现。Wanninger 的文章 [6，本期] 探讨了 Hox 基因的进化起源以及 Hox 基因数量与动物复杂性的关系。Wanninger 首先通过描述几种可以解释当前可用序列数据的不同情景，分析了 Hox 基因在进化过程中出现和丢失的时间。一个结论是，与其仅仅依靠基因表达来确定形态性状的进化，不如包括比较形态学和基因-基因相互作用的数据集。第三，Turetzek 等人 [7，本期] 深入研究了蜘蛛中 Hox 基因的组织和表达。蜘蛛的身体结构与水果等研究较多的节肢动物不同，
吉米·奥卢萨金
学术背景和研究兴趣 Olusakin, Jimmy 我的科学研究重点是了解产前接触药物如何影响大脑发育轨迹和行为。在攻读博士学位期间，我与巴黎索邦大学的研究单位 Institut du Fer à Moulin 的 Patricia Gaspar 博士一起学习了药理学和神经解剖学病毒操作，以探究接触早期生活压力和药物使用的青春期小鼠的大脑压力应对和奖励相关回路。为了进一步了解接触发育期药物使用导致的大脑奖励相关区域的分子机制和神经适应，在博士后培训期间，我加入了巴尔的摩马里兰大学的 Mary Kay Lobo 博士的实验室。当时，她的实验室最近表明，围产期接触合成阿片类药物芬太尼会增加青春期小鼠出现焦虑样和缺乏动机行为的风险。我领导了对这些小鼠大脑转录景观的检查，通过研究青春期围产期芬太尼暴露导致奖赏相关大脑区域基因底物。我以性别为单位进行了多变量转录组分析，以表明奖赏区域（如伏隔核和腹侧被盖区）具有相反的差异表达基因。此外，我还观察到与细胞外基质重塑、突触信号传导和线粒体呼吸有关的基因簇的性别表达。此外，我正在与儿科的 Courtney Townsel 博士合作，帮助生成和解释新生儿阿片类药物戒断综合征婴儿母亲胎盘中出现的基因本体论特征。我很高兴能领导与 Townsel 博士的未来合作，将我们的围产期芬太尼小鼠模型胎盘中的转录组特征与临床样本进行比较。同时，我正在领导一个项目，研究母体压力和大麻的复合效应如何影响大脑发育。这是基于越来越多的孕妇摄入大麻以减少不同形式的慢性压力的报告。随着美国部分州和马里兰州最近将大麻用于娱乐目的合法化，育龄妇女使用大麻的情况预计将进一步增加，这进一步引发了人们对接触大麻的后代可能出现持久行为缺陷的担忧。在实验室中，我们已经开始探究接触产前 THC 和慢性母体压力的小鼠的行为缺陷。我的初步结果显示，产前 THC 和压力对焦虑样行为（尤其是青春期男性）存在一些性别特异性的相互作用。我目前正在使用基因多路复用方法探索导致观察到的行为缺陷的奖励脑区内的基因底物。该实验将生成可使用基因编辑方法操纵的转录靶标，希望恢复正常的大脑功能。总体而言，这些组合方法的目标是确定可以药理学靶向的细胞和分子机制，随后将其转化为临床试验，以可能减少或预防暴露于产前大麻、母体压力或两者结合的后代的持久行为缺陷。我的长期目标是探究与发育性物质使用暴露后奖励相关脑区内遗传和表观遗传修饰的神经适应有关的问题。我希望成为一名独立研究员，并在顶级研究机构建立一个具有竞争力的多学科实验室，在那里我还将继续指导年轻同事并参与旨在对抗物质使用障碍的外展计划。我相信旨在增强急救人员和戒毒康复能力的科学外展计划、受影响严重社区的干预疗法和减少伤害的做法在减轻成瘾负担方面发挥了重要作用。此外，我希望通过识别基因生物标记和药剂，在缓解成瘾循环方面取得基础研究进展。我相信马修·奥斯本奖学金将为我在成瘾领域所需的基础和临床合作架起桥梁。这项奖学金还将使我有机会与马里兰大学医学院内领先的成瘾研究小组分享我的科学研究成果，并将我的知识拓展到临床和社区，成为一名全面的成瘾科学家。干预疗法和减害实践在受影响严重的社区中已经大大减轻了成瘾负担。此外，我希望通过识别基因生物标记和药剂来减轻成瘾循环的基础研究能够取得进展。我相信马修·奥斯本奖学金将为我在成瘾领域所需的基础和临床合作搭建桥梁。这项奖学金还将使我有机会与马里兰大学医学院内领先的成瘾研究小组分享我的科学研究成果，并将我的知识拓展到临床和社区之外，成为一名全面的成瘾科学家。干预疗法和减害实践在受影响严重的社区中已经大大减轻了成瘾负担。此外，我希望通过识别基因生物标记和药剂来减轻成瘾循环的基础研究能够取得进展。我相信马修·奥斯本奖学金将为我在成瘾领域所需的基础和临床合作搭建桥梁。这项奖学金还将使我有机会与马里兰大学医学院内领先的成瘾研究小组分享我的科学研究成果，并将我的知识拓展到临床和社区之外，成为一名全面的成瘾科学家。