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World File Search System基因簇
Sarah Ameen Almofty
＃调查员名称研究标题会议和出版日期1。Amani A. Alhejji，Norah F Alhur，Nourah H al Qahtani，Fahd M Alshehri，Zahra Alsafwani，Esra Ahdal，Sarah Almofty，Noor B. Almandil，Sayed Abdulazeez，J.Francis Borgio。2024。使用活细胞成像和扫描电子显微镜对脐带血成核红细胞的比较形态分析。沙特医学与医学科学杂志。2024; 12（1）：90。doi：10.4103/sjmms.sjmms_40_24 [链接] 2。Mohammad H. Albakhit，Sarah Almofty，Rahaf Alquwaie，Norah F Alhur，Reem Aljindan，Noor B. Almandil，J。FrancisBorgio，Sayed Abdulazeez。2024。在细菌染色IRMC272中生物合成基因簇的鉴定和表征，以发现针对念珠菌的抗真菌化合物。沙特医学与医学科学杂志。2024; 12（1）：89。doi：10.4103/sjmms.sjmms_40_24 [link]
特刊——天然产物的微生物合成及……
由细菌和真菌组成的微生物群落是生产最有前景的生物活性天然产物的巨大宝库。这些天然产物是制药厂和现代医学的药物线索。此外，耐多药病原体的日益流行对全球公共卫生构成了严重威胁。这凸显了发现源自微生物的新型生物活性天然产物的迫切需要。值得注意的是，基因组测序和生物信息学分析表明，微生物的生物合成潜力只有很小一部分被实现。尚未表征的隐秘生物合成基因簇 (BGC) 数量巨大。本期《微生物》特刊致力于收集有关微生物合成天然产物及其潜在应用的新见解，涵盖新型微生物天然产物的发现、微生物化合物的生物合成逻辑的阐明及其有希望的生物活性。我们欢迎提交评论、原创研究文章和通讯。
新型植物相关的brevibacillus和Lysinibacillus Genomospecies具有丰富的抗菌化合物的生物合成潜力
摘要：我们以前已经报道了从越南作物植物中分离出的59种内孢子粒阳性细菌菌株的基因组序列草案，因为它们能够抑制植物病原体。基于其基因组序列草案，其中11项被分配给Brevibacillus，一个分配给了莱西比氏菌属。进一步的分析（包括完整的基因组测序）表明，其中几种菌株代表了新型基因组菌。体外和体内测定表明了它们促进植物生长的能力，以及针对植物病原细菌，真菌和线虫的Brevibacilli的强生生物防治潜力。基因组开采鉴定的157天然产物生物合成基因簇（BGC），包括Mibig数据库中不存在的36种新型BGC。我们的发现表明与植物相关的Brevibacilli是推定抗菌化合物的丰富来源，并且可能是开发新型生物防治剂的宝贵起点。
分子网络分析和乙基的抗菌潜力
药物发现中的挑战包括生物合成基因簇，这些基因簇在标准实验室培养条件下保持沉默。另一方面，重新发现已知化合物是不可避免的。因此，一种菌株模拟化合物（OSMAC）方法和分子网络分析目前适用于发现新的生物活性化合物。sinomcrobium sp。pap.21从在西巴布亚州康达瓦西湾收集的海洋沉积物中分离出来。然后，将细菌培养在五种不同的液体培养基（RL1，A1BFE+C，NB，LB和海水）中，并孵育4、5和7天。在每种培养基中分别使用乙酸乙酯（ETOAC）提取细菌培养物，然后进行孵育期，然后进行LC-HRMS测量。分析了总共45种乙酸乙酯提取物，以针对小叶片和大肠杆菌的体外抗菌活性进行体外抗菌活性。通过GNP的分子网络分析表明，三种假定的化合物具有抗菌特性。 来自A1BFE+C培养基中的 EtOAC提取物表现出针对Luteus的抗菌活性。 但是，它们都没有对大肠杆菌进行活跃。 共同，Sinomicrobium sp。 Pap.21产生的生物活性化合物表现出抗菌潜力，特别是针对革兰氏阳性细菌的生物活性化合物。 关键字：抗菌； lc-hrms;分子网络；奥斯马克； Sinomrobium sp。 Pap.21简介通过GNP的分子网络分析表明，三种假定的化合物具有抗菌特性。来自A1BFE+C培养基中的 EtOAC提取物表现出针对Luteus的抗菌活性。 但是，它们都没有对大肠杆菌进行活跃。 共同，Sinomicrobium sp。 Pap.21产生的生物活性化合物表现出抗菌潜力，特别是针对革兰氏阳性细菌的生物活性化合物。 关键字：抗菌； lc-hrms;分子网络；奥斯马克； Sinomrobium sp。 Pap.21简介EtOAC提取物表现出针对Luteus的抗菌活性。但是，它们都没有对大肠杆菌进行活跃。共同，Sinomicrobium sp。Pap.21产生的生物活性化合物表现出抗菌潜力，特别是针对革兰氏阳性细菌的生物活性化合物。关键字：抗菌； lc-hrms;分子网络；奥斯马克； Sinomrobium sp。Pap.21简介Pap.21简介
sungeidines来自非规范的Enediyne Biosynthetic ...
摘要：我们报告了Sungeidines的基因组引导的发现，Sungeidines是一类具有独特结构特征的微生物二级代谢产物。尽管与天代型的进化关系，但士ggidines是由生物合成基因簇（BGC）产生的，这些基因簇（BGC）与已知的Enediyne BGC表现出明显的差异。我们的研究表明，从两个术链组装出的sungeidines是与分流型型式链型链条不同的。生物合成还会引入促进脱水反应的独特激活硫代转移酶。基因的丧失，包括推定的环氧酶基因，可能是降亚途径与其他规范的eNe-diyne途径的分歧的主要原因。这些发现揭示了Enediyne途径的令人惊讶的演变能力，并为在Sungeidine Biosynthe-sis中引人入胜的酶促步骤奠定了基础。天然存在的endiynes是一个微生物二级代谢产物家族，其中包含一个高度不同的1，5-diyne-3-ene核心，这些核心嵌入了十或九元的骨骨架中。1-6在过去的三十年中，Enediyne天然产品因其未经原理的分子体系结构和有效的DNA损害生物活性而受到了极大的关注。在存在化学触发的情况下，1，5-diyne-3-Ene核心通过Bergman或Myers-Saito环化机制重新排列为反应性的Diradical。7-9，活性的Diradical可以从DNA的Deox- yribose主链中抽象氢原子，从而导致铬som-somal DNA的裂解。10-13基因组开采显示了多种神秘的Enediyne BGC，14-16表明，Enediyne天然产物的结构性含量仍然是充分的。在这里，我们报告了Sungeidines的发现，Sungeidines是由生物合成途径进化产生的一系列代谢产物，与产生二代型的途径相关。大太蛋白的特征是融合到蒽醌moi-ety的十个元素核心。5,15,17-19 Sungeidines和Dynemicins之间的显着结构差异信号的分歧5,15,17-19 Sungeidines和Dynemicins之间的显着结构差异信号
预印本 DOI：发布于 2022 年 6 月 30 日 https://...
基于全基因组测序的链霉菌属的表征。 6（4）：关注天然产品1 2 MarcelaProençaBorba1（0000-0003-4909-969X），JoãoPaulowitusk 1，DéboraMarchesan Cunha 1，Daiana deiana de Lima- 3 Mora-3 Morales 2,3 591-6514）4 5 1-农业和环境微生物学的研究生课程，基本健康科学研究所，6联邦大学里奥格兰德大学，巴西Porto Alegre，巴西Porto Alegre 7 2-生物信息知识从Porto Alegre开始阿雷格里、南里奥格兰德州、阿雷格里港、巴西 10 11 通讯作者：Marcela Proença Borba（ceh.proenca@gmail.com） 12 13 关键词 14 次生代谢产物、基因组挖掘、放线菌、生物合成基因簇、植物病原真菌。 15 16 数据摘要 17 该全基因组霰弹枪项目已存入 DDBJ/ENA/GenBank，登录号为 18 VIFW00000000。由于核苷酸序列数量巨大，在整个手稿和在线资源的补充数据中发现了数据库登录号。 20 21 摘要 22 我们对链霉菌属的整个基因组进行了测序。 6（4）是从番茄根部分离得到的，对植物病原真菌具有抗真菌活性，主要针对番茄根结线虫（Bipolaris sorokiniana）。该基因组有近 7 Mb 和 24 3,368 种假设蛋白质，这些蛋白质在 Uniprot 中进行了分析和表征，重点是 25 种生物化合物。为了表征和鉴定该分离株，进行了 MLST 分析，最终得到一种新的 ST，26 归类为 ST64。构建了表型和系统发育树来研究链霉菌属。 6(4)进化27和序列相似性，该分离株是与Streptomyces prasinus和Streptomyces viridosporus更接近的菌株。已知链霉菌属具有强大的代谢能力，并且存在隐秘基因。这 29 个基因通常以簇的形式存在，负责生产多种天然产物，其中主要是抗生素。此外，6（4）显示通过反SMASH扩增出11个生物合成基因簇，其中包括3个簇31PKS和NRPS类型。 32 33 34 简介 35
高度通用和耐溶剂的假单胞菌 B6-2 (ATCC BAA-2545) 的基因图谱，作为多环芳烃和二恶英类化合物矿化的“超级明星”
多环芳烃 (PAH) 和二恶英类化合物（包括硫、氮和氧杂环）是广泛存在的有毒环境污染物。能够与芳香族多环化合物一起生长的多种微生物对于污染场地的生物修复和地球的碳循环至关重要。在这里，在联苯 (BP) 存在下生长的假单胞菌 B6-2 (ATCC BAA- 2545) 细胞能够同时降解 PAH 及其衍生物，即使它们以混合物的形式存在，并且能够耐受高浓度的剧毒溶剂。对菌株 B6-2 的 6.37 Mb 基因组的遗传分析揭示了负责芳香族化合物中央分解代谢系统和溶剂耐受性的基因簇共存。我们利用功能转录组学和蛋白质组学来识别与 BP 以及 BP、二苯并呋喃、二苯并噻吩和咔唑混合物的分解代谢相关的候选基因。此外，我们观察到 BP 在转录水平上的动态变化，包括芳香化合物的代谢途径、趋化性、流出泵和转运蛋白，这些可能与适应 PAH 有关。这项关于菌株 B6-2 高度多功能活性的研究表明，它
paras：非核糖体肽合成酶的底物特异性的高准确机器学习
非核糖体肽是化学和功能多样的天然产物，具有重要的医学和农业应用。细菌和真菌基因组包含数千种非知名功能的非核糖体肽生物合成基因簇（BGC），为肽发现提供了有希望的资源。可以通过预测非透射体肽合成酶（NRPSS）中腺苷酸（a）结构域的底物（a）结构域来推断这种肽的核心结构特征。但是，现有的域预测方法依赖于有限的数据集，并且经常与选择大型基材或较少研究的域中的域斗争。在这里，我们系统地策划和计算分析了3,254个域，并介绍了两个新的高准确性特异性预测指标，Paras和Parasect。通过应用PARAS鉴定出具有异常高的L- tryptophan特异性的一种新型域，并且在相应的NRP上进行完整的蛋白质质谱法表明它可以指导链霉菌物种中与色氨酸肽相关的代谢产物的产生。在一起，这些技术将加速新型NRPS及其代谢产物的表征。Paras和Parasect可在https://paras.bioinformatics.nl上找到。
机器学习揭示了生产宿主链霉菌Albidoflavus
链霉菌Albidoflavus是一种流行且遗传上的平台菌株，用于通过异源生物合成基因簇（BGC）的表达进行自然产物发现和生产。然而，其转录调节网络（TRN）及其对继发代谢的影响尚不清楚。在这里，我们通过将独立的组件分析应用于来自内部和公共资源的218个高质量RNA-SEQ转录组的纲要，通过将独立的组件分析应用于88个独特的增长条件，来表征其TRN。我们获得了78个独立调制的基因集（imodulons），这些基因（imodulons）在定量地描述了跨不同条件的TRN及其活性状态。Through analyses of condition-dependent TRN activity states, we (i) describe how the TRN adapts to different growth conditions, (ii) conduct a cross-species iModulon comparison, uncovering shared features and unique characteristics of the TRN across lineages, (iii) detail the transcriptional activation of several endogenous BGCs, including surugamide, minimycin and paulomycin, and (iv) infer potential functions of 40% albidoflavus基因组中未表征的基因。我们的发现提供了对Albidoflavus的TRN的全面和定量的理解，为进一步的探索和实验验证提供了知识库。
三级干扰素受体基因座的三次置于小鼠模型中唐氏综合症的标志
唐氏综合症（DS）是由三体疾病引起的遗传条件，其特征是认知障碍，免疫失调，畸形生成症和多种共发生条件的患病率增加。三体造成这些作用的机制在很大程度上未知。我们证明了21染色体上的干扰素受体（IFNR）基因簇的一式字母对于DS小鼠模型中的多种表型是必需的。全血转录组分析表明，IFNR的过表达与DS患者的慢性干扰素多动和炎症相关。为了定义该基因座对DS表型的贡献，我们使用基因组编辑在DS的小鼠模型中校正了其拷贝数，该模型将抗病毒反应归一化，预防心脏畸形，改善的发育延迟，改善了认知和减弱颅面性颅面的症状。IFNR基因座的三次三次调节是小鼠中DS的标志，这表明三体性21引发了可能适合治疗干预的干扰素。IFNR基因座的三次三次调节是小鼠中DS的标志，这表明三体性21引发了可能适合治疗干预的干扰素。