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World File Search System基因组学
基因组学
☐ 质粒纯化配件 菌落筛选柱再生 无内毒素质粒分离 快速质粒分离 标准高纯度质粒分离 酵母质粒分离 ☐ 基因组 DNA 纯化柱再生 来自生物膜的 DNA 来自血液的 DNA 来自 FFPE 的 DNA 来自真菌的 DNA 来自昆虫和无脊椎动物的 DNA 来自植物的 DNA 来自唾液和法医样本的 DNA 来自土壤、粪便和水的 DNA 来自组织和细胞的 DNA 来自酵母和细菌的 DNA ☐ RNA 纯化 真菌、酵母和细菌 miRNA/mRNA 分离 来自生物膜的 RNA 来自血液的 RNA 来自 FFPE 的 RNA 来自昆虫、无脊椎动物和植物的 RNA 来自土壤的 RNA 来自组织和细胞的 RNA RNA 稳定化 RNA 合成试剂 总 RNA 试剂 ☐ 高通量 DNA/RNA 纯化提取系统 滤板高通量试剂盒 ☐ DNA 和 RNA 存储
基因组学
甚至在基因组测序之前，遗传资源都支持物种管理和育种计划。当前的技术，例如长阅读测序，可以解决复杂的基因组区域，例如富含重复或含量高的GC含量的技术区域。改善的基因组连续性提高了识别结构变异（SV）和转座元素（TES）的精度。我们为澳大利亚亚洲鲷鱼（Chrysophrys auratus）提供了改进的基因组组件和SV目录。新组装更连续，可以鉴定14个centromeres，并从黄鳍seabream中转移26,115个基因注释。与先前的组件相比，注释了35,000个其他SV，包括更大，更复杂的重排。svs和tes表现出偏向染色体末端的分布模式，可能受重组的影响。一些SV与生长相关的基因重叠，强调其意义。这个升级的基因组是研究自然和人工选择的基础，为相关物种提供了参考，并阐明了根据进化形成的基因组动力学。
基因组学
对大西洋鲑鱼中传染性胰坏死病毒（IPNV）的遗传抗性是一个罕见的特质例子，其中一个基因座（QTL）几乎解释了几乎所有遗传变异。基于此QTL的遗传标记测试在鲑鱼染色体上的26染色体已广泛应用于选择性育种，以显着降低疾病的发生率。在当前的研究中，全基因组测序和功能注释方法被应用于表征QTL区域中的基因和变体。这是通过对IPNV挑战的纯合抗性和纯合易感基因型的鲑鱼炸之间差异表达的分析来补充的。这些分析指向NEDD-8激活酶1（NAE1）基因是QTL效应的推定功能候选者。通过NAE 1基因的CRISPR-CAS9敲除NAE 1在IPN耐药性中的作用，并在大西洋鲑鱼细胞系中NAE1蛋白活性的化学抑制作用，这两者都导致生产性IPNV复制的降低显着降低。相比之下，先前声称为病毒的细胞受体的候选基因的CRISPR-CAS9敲除（CDH 1）对生产性IPNV复制没有重大影响。这些结果表明，NAE 1是影响鲑鱼中对IPNV抗性的主要QTL的原因，提供了进一步的证据，证明了Neddylation在宿主病原体相互作用中的关键作用，并突出了将高通量基因组学方法与TAR GETED基因组编辑结合的遗传基础的疾病抗病基础的高通用基因组学方法的价值。
MCB4324计算基因组学和表观基因组学
Meixia Zhao博士1006，微生物学和细胞科学电话：352-273-3715电子邮件：meixiazhao@ufl.edu办公室时间：星期一和星期三5:00 pm-6：00 pm或通过通过canvas下的Zoom Conferences进行预约。课程描述基因组学和表观基因组学利用高通量测序技术来理解生物学问题。本课程的主要目标是在（EPI）基因组学中介绍历史，理论，最新进步和计算方法，以进行大规模的基因组分析。课程主题包括序列比对，基因组组装和注释，变体鉴定，转录组学，小RNA，DNA甲基化，组蛋白修饰，开放染色质区域和3D染色质相互作用。课程成功完成本课程后，学生应该能够：•使用UNIX中的基本命令技能。•掌握了基因组学和表观基因组学的基本概念和方法。•识别并区分不同计算方法和方法的优点和缺点。•在分析不同类型的高通量基因组数据中采用并比较计算方法和方法。•解释由不同的计算方法和方法生成的数据。课程网站登录通过CANVAS https://elearning.ufl.edu/课程pre-Requousides：BSC 2891或STA 2023或MCB 3020或MCB 3023或PCB 3023或PCB 3063或BSC 4434C或MCB 4325C或MCB 4325C或允许的教师的许可。我们将使用的许多计算工具都安装在嘻哈超级计算机上。每个学生都将在史型活动unix服务器上提供用户帐户。需要访问课程UNIX服务器以完成实验室练习和作业。重要日期•期中考试：22-26，2025。•期末考试：4月26日至2025年。不需要教科书信息教科书。在每个班级之前，PDF和其他相关文档将在线策划和可访问。此外，还将提供补充讲义供您审查。
微生物基因组学和宏基因组学研讨会乐器
研讨会针对生物学，生物医学研究，健康科学和相关领域的学生和专业人员，他们有兴趣学习和共享基因组学，宏基因组学和人类微生物组的概念，工具和研究结果。研讨会将通过理论讲座和研讨会以及生物信息学和生物统计学中的实践动手会议来培训该领域最先进的分析方法的参与者。几次会议将用于培训用于使用集成微生物基因组系统（IMG）的培训，这是美国DOE联合基因组研究所（加利福尼亚州伯克利）开发的数据库和分析平台，以综合研究基因组和Metagenomes。IMG系统将由JGI的Microbial Genomics＆Metagenomics Scientific Program（负责IMG开发的小组）的Natalia Ivanova博士和Rheka Seshadri博士提出。
基因组学的最新进展。
基因组学对医疗保健最重要的贡献之一是精准医疗的出现。随着高通量测序技术的出现，研究人员现在可以分析个体的整个基因组，从而根据患者独特的基因组成制定个性化治疗计划。这种方法彻底改变了癌症治疗，因为肿瘤学家可以针对肿瘤中的特定基因突变量身定制治疗方法。此外，精准医疗有可能增强对各种遗传疾病的管理，改善患者的治疗效果并减少不良反应。CRISPR-Cas9 基因编辑技术的发展改变了基因组学。这种革命性的工具使科学家能够精确地修改生物体内的基因，为基础研究和治疗应用提供了前所未有的机会。研究人员正在探索 CRISPR 在治疗遗传疾病、预防遗传性疾病甚至改良农作物以应对全球粮食安全挑战方面的潜力。基因编辑的伦理影响仍然是争论的话题，但它改变各个领域的潜力是不可否认的。[2]
博物馆基因组学
自然历史藏品是宝贵的生物信息宝库，为地球生物多样性提供了无与伦比的记录。博物馆基因组学——利用传统博物馆和低温藏品以及支持这些研究的基础设施进行的基因组学研究——特别促进了生态学和进化生物学、灭绝生物研究以及人类活动对生物多样性的影响的研究。然而，在生物藏品中利用基因组学也暴露出一些挑战，例如数字化、整合和共享藏品数据；更新实践以确保从现有和新藏品中提取最佳数据；以及现代化藏品实践、基础设施和政策，以确保日益多样化的利益相关者公平、可持续地、基因组多样化地使用博物馆藏品。博物馆基因组学收藏已准备好应对这些挑战，并且随着基因组学方法的日益敏感，将通过整合博物馆和基因组科学，催化未来可重复性、创新性和洞察力的时代。
