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World File Search System基因组学
MCB4324计算基因组学和表观基因组学
Meixia Zhao博士1006，微生物学和细胞科学电话：352-273-3715电子邮件：meixiazhao@ufl.edu办公室时间：星期一和星期三5:00 pm-6：00 pm或通过通过canvas下的Zoom Conferences进行预约。课程描述基因组学和表观基因组学利用高通量测序技术来理解生物学问题。本课程的主要目标是在（EPI）基因组学中介绍历史，理论，最新进步和计算方法，以进行大规模的基因组分析。课程主题包括序列比对，基因组组装和注释，变体鉴定，转录组学，小RNA，DNA甲基化，组蛋白修饰，开放染色质区域和3D染色质相互作用。课程成功完成本课程后，学生应该能够：•使用UNIX中的基本命令技能。•掌握了基因组学和表观基因组学的基本概念和方法。•识别并区分不同计算方法和方法的优点和缺点。•在分析不同类型的高通量基因组数据中采用并比较计算方法和方法。•解释由不同的计算方法和方法生成的数据。课程网站登录通过CANVAS https://elearning.ufl.edu/课程pre-Requousides：BSC 2891或STA 2023或MCB 3020或MCB 3023或PCB 3023或PCB 3063或BSC 4434C或MCB 4325C或MCB 4325C或允许的教师的许可。我们将使用的许多计算工具都安装在嘻哈超级计算机上。每个学生都将在史型活动unix服务器上提供用户帐户。需要访问课程UNIX服务器以完成实验室练习和作业。重要日期•期中考试：22-26，2025。•期末考试：4月26日至2025年。不需要教科书信息教科书。在每个班级之前，PDF和其他相关文档将在线策划和可访问。此外，还将提供补充讲义供您审查。
农业基因组学手册
1. Lowell, JT 等人 (2021) 四染色体规模基因组和全基因组注释可加速山核桃树育种。Nat Commun 12, 4125。DOI：10.1038/s41467-021-24328-w 2. Hufford, MB 等人 (2021) 26 种不同玉米基因组的从头组装、注释和比较分析。Science 373, 6555。DOI：10.1126/science.abg5289 3. Sun, X. 等人 (2020) 分阶段二倍体基因组组装和全基因组为苹果驯化的遗传历史提供了见解。Nat Genet 52, 1423–1432。 DOI：10.1038/s41588-020-00723-9 4. Liu, Y. 等人 (2020) 野生和栽培大豆细胞的全基因组。Cell 182, 1 162-176。DOI：10.1016/Cell 2020.05.023 5. Kingan, SB 等人 (2019) 使用 PacBio Sequel II 系统对单个野外采集的斑点灯笼蝇 (lycorma delicatula) 进行高质量基因组组装，GigaScience 8, 10, giz122。DOI：10.1093/gigascience/giz122 6. Samils, B. 等人(2021) 开发一种 PacBio 长读测序检测方法，用于高通量检测小麦根结线虫前部的杀菌剂抗性。Microbiol 12, 1610。DOI:10.3389/fmicb.2021.692845 7. Hou, Z., et al. (2021) 对中国新发现的松木线虫昆虫媒介进行比较转录组分析，揭示与宿主植物适应相关的假定基因。BMC Genomics 22, 189。DOI: 10.1186/s12864-021-07498-1 8. Bickhart, DM, et al. (2019) 通过结合长读组装和邻位连接将病毒和抗菌素耐药性基因分配给复杂微生物群落中的微生物宿主。 Genome Biol 20, 153。DOI：10.1186/s13059-019-1760-x 9. 联合国 (2019) 世界人口增长速度放缓，预计到 2050 年将达到 97 亿，并可能在 2100 年左右达到峰值，达到近 110 亿 10. Owen, JR 等人 (2021) 利用 CRISPR-Cas9 系统在牛受精卵中一步生成靶向敲入小牛。BMC Genomics 22, 118。DOI：10.1186/s12864-021-07418-3 11. Kosicki, M. 等人 (2018) 修复 CRISPR-Cas9 诱导的双链断裂会导致大量缺失和复杂的重排。自然生物技术，36，765-771。
基因组学和药物发现的国家超级计算任务（NSM）平台：
（1）计算机科学，计算生物学，生物信息学或相关学科的博士学位，并应用上述技能（2）展示了软件工具和数据分析管道的开发经验。（3）证明了计算机编程的知识。（4）强大的UNIX技能
病原体种群基因组学的博士后科学家
基尔基督教 - 阿尔布雷希特（Albrechts-Universität）的植物病理学研究所，植物病理学和作物保护部（负责人Remco Stam博士）将在病原体人群基因组学领域的博士后科学家职位上有一个VA-CANCY，该职位将在2025年2月2025年2月2025年2月从限制到4年。该项目得到了德国教育与研究部（BMBF）的支持。候选人将成为一个合作项目的一部分，该项目调查了大麦品种针对主要大麦疾病的定量疾病耐药性差异。这项工作的目的是更好地了解病原体的遗传多样性和种群结构Ramularia collo-cygni和fusarium graminearum，这是从德国 - 广阔的田间实验中收集的，目的是将其与高度多样的Barley系列的耐药性定量差异联系起来，以建立GXGXE效果。职位描述：该项目将包括各种任务，其中包括但不限于：
利用景观基因组学评估果树对当前和未来气候条件的局部适应性
摘要 局部适应已被证明在植物中很常见，并得到了广泛的研究，从提高植物产量到预测物种对未来气候变化的反应。然而，与主要作物和林木相比，对果树在当前和未来气候景观中的局部适应性研究仍然缺乏。随着大规模基因组数据的爆炸式增长，景观基因组学已成为一种新方法，用于识别与环境变化相关的候选基因座（即基因型-环境关联或 GEA），同时允许进行下游分析，例如计算适应指数和遗传偏移，可用于预测种群响应未来环境变化的时空变化。在这里，通过总结研究物种局部适应性以及基于当前基因型-环境关联评估遗传偏移的前沿方法，我们呼吁更加努力地阐明果树局部适应的基因组和分子基础并预测快速气候变化下可能出现的适应不良。总之，研究果树的局部适应性对于确保长期可持续性和生产力具有重要意义。景观基因组学的出现具有巨大的潜力，可以促进我们对局部适应性背后的基因组和分子机制的理解，并预测对环境变化的反应。
Swachhta Pakhwada的每日报告28.12.2024 科学部的特别规定 印度药品2025年1月特刊。pdf 入围的预先提交完整项目建议的预先列表*战略领域“植物中的生物技术，基因组学，代谢组学和等位基因采矿 C Kannan .pdf 博士 icar_ib cuet（icar-ug）2024 年度报告-2021-22 科学设备政策 广告pre-proposals-2024.pdf 2024年9月20日子 '3！:: - 。r -.- 1 2024年9月23日在上 k^＆* - 入围完整建议 Krishi Bhawai {：New Delhi-II0 001 L。 （Ravi Ranjan）'
作为正在进行的Swachhta Pakhwada庆祝活动的一部分，农业研究与教育部（DARE）/印度农业研究委员会（ICAR）今天侧重于废物管理和可持续农业实践的关键方面。当天的主题围绕废物管理系统的库存进行，特别强调了有机废物的利用以及从废物中产生的财富。此外，评估了各种位置的无聚苯乙烯状态，并促进了厨房和家庭废料的堆肥，强调了减轻垃圾填埋场负担的重要性。符合促进环境可持续性的目标，为鼓励清洁和绿色技术做出了努力，特别关注有机农业实践。在住宅殖民地举行了活动，以促进厨房园艺和堆肥，以及附近的一个村庄，当场提供了有机农业和废物管理的技术解决方案。
神经退行性疾病进入功能基因组学时代
低成本 DNA 测序的普及使另一种将人类遗传学与神经系统疾病的特定基因驱动因素联系起来的方法——全基因组关联研究 (GWAS) 复活。通过比较患病个体与未患病（“对照”）人群的基因组成，可以确定增加患病可能性的风险因素。GWAS 导致发现特定基因的变异，包括 TREM2（髓系细胞 2 上表达的触发受体）和 GBA1（葡萄糖脑苷脂酶 1），分别是非孟德尔 AD 和 PD 的风险因素。在某些情况下，GWAS 结果突出了以前被低估的导致发病的机制。例如，与 AD 风险相关的遗传变异在髓系细胞（可能是小胶质细胞）中起作用的基因和增强子（基因组中控制基因表达的区域）中富集。这表明先天免疫细胞在 AD 中发挥着重要作用。因此，特定生物途径中风险变异的丰富可以加深我们对神经退行性疾病的机制理解，甚至可能指出新的治疗目标。
作物基因组学及全基因组关联研究进展综述
1）云贵作物科学研究所 本作品采用知识共享署名4.0国际许可协议（CC BY 4.0）授权。https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode
