摘要:了解酶机制对于揭示复杂的生命分子机制至关重要。在这篇综述中,我们概述了计算酶学领域,重点介绍了控制酶机制的关键原理,并讨论了当前面临的挑战和有希望的进展。多年来,计算机模拟已成为酶机制研究中不可或缺的一部分,实验和计算探索的结合现已成为深入了解酶催化的整体方法。许多研究已经证明了计算机模拟在表征各种酶的反应途径、过渡态、底物选择性、产物分布和动态构象变化方面的强大功能。然而,在研究复杂的多步反应、大规模构象变化和变构调节的机制方面仍然存在重大挑战。除了机制研究之外,计算酶建模已成为计算机辅助酶设计和合理发现用于靶向治疗的共价药物的重要工具。总体而言,酶设计/工程和共价药物开发可以从我们对酶详细机制的理解中受益匪浅,例如计算研究揭示的蛋白质动力学、熵贡献和变构效应。预计这种不同研究方法的融合将继续下去,在酶研究中产生协同效应。本综述通过概述不断扩展的酶研究领域,旨在为未来的研究方向提供指导,并促进这一重要且不断发展的领域的新发展。■ 简介
paenibacillus polymyxa(P。polymyxa)是Paenibacillus属的成员,该属是一种棒状的,形成孢子的革兰氏阳性细菌。P. polymyxa是许多代谢活性物质的来源,包括多肽,挥发性有机化合物,植物激素,水解酶,外多糖(EPS)等。由于其产生的各种化合物,多型多霉菌症已被广泛研究为植物生长促进细菌,通过改善大气中N固定和增强磷溶解的N固定和磷酸化的溶解以及对土壤和phy to to hormone的生产的摄取,从而为植物提供了直接的好处。在多疟原虫的代谢产物中,EPS表现出许多活性,例如抗氧化,免疫调节,抗肿瘤等。EPS在食品,农业,环境保护中有各种应用。尤其是在可持续农业领域,多型多霉菌EPs可以用作生物膜来定居微生物,也可以充当根茎中植物根部的营养下沉。因此,本文将对来自P. Polymyxa的EPS的各个方面的进步进行全面综述,包括生产,提取,结构,生物合成,生物活性和应用等。它将为P. polymyxa EPS的未来研究提供一个方向。
键长AG1-C1 2.054(10)C1-K1和3,468(11)AG1-O1 2.070(11)K1-N1 IV 2.823(9)K1-N1 2.824(9)K1-N1(9)K1-N1和2.906和2.906(9)K2-N1 2.868(8)2.868(8)O1-H1 0.84(10)和1 N.84(10)和1.2.054(10) 2,906(9)AG1-O1-OII 2.070(11)K1-N1 V 2.823(9)键角N1-C1-AG1 175.6(10)N1 VII-K1-K1-K2 42.05(16)N1-C1-C1-K1-K2 51.K2 51.8(6)N1 I -K1 I -K1-K1-K1-K2 89。-k1-ag1-k1-K1-K1-K1-K1-K1-K2 125.0-K2 125.0-K2 125.0( 94.4(2)N1-C1-K1和51.7(7)C1 VII -K1-K2 51.32(17)AG1-C1-K1和126.0和126.0(4)C1 VI -K1-K1-K2 119.9(2) 83.8(2)C1 II -AG1-O1 110.5(3)N1 XII -K2-N1 96.2(2)O1-AG1-O1 III 116.2(11)C1-K2-K1 K1 XI。 139.0(9)N1 IV -K1-N1 V 98.4(2)C1-N1-K2 110.1(8)N1 IV -K1-N1 VI 83.9(3)K1-N1-K1 I 96.3(2)N1-K1-K1-K1-C1和98.8(3)K2-N1-K1和98.8(3)K2-N1-K1和95.2(3)n5.2(3)vi.1 v-1 v-k1(3)
1图理论预序1 1.1树分解和树宽。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。1 1.1.1定义。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。1 1.1.2子图和未成年人。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。4 1.1.3连接性和分离属性。。。。。。。。。。。。。。。。5 1.2最多k的树宽图。。。。。。。。。。。。。。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>7 1.1.2k cloque和。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>8 1.2.2.2 chrortal图。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>9 1.6.2.3部分K -Trees。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 12 1.2,4淘汰订单。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div> 。 div>9 1.6.2.3部分K -Trees。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>12 1.2,4淘汰订单。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>13 1.2.5荆棘。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>15 1.3图形理论。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>15 div>
4 5 6 1 D e partme n t o f C he mic a l and Bi o lo g ic a l E ng i nee ri ng , N o rt h w e st e r n U n iv e rsity, 21 4 5 7 Sh e ri da n Road , T e c hno l og ic a l I n stit u t e E 136 , Ev an st on , I L , 60208 , USA 8 9 2 Interdiscipli na ry Bi o l og ic a l Sci ence s Gr adua t e Pr og r a m, N o rt h w e st e r n U n iv e rsity, 2205 10 Tech Drive, 2 - 100 H ogan H a ll, Eva n st on , I L , 60208 , USA 11 12 3 C e nter for Sy n t he tic Bi o l og y, N o rt h w e st e r n U n iv e rsity, 2145 S he ri dan R oad , 13 Technologic a l I n stit u t e B 486 , Ev an st on , I L , 60208 , USA 14 15 4 These aut ho rs c on tri bu t ed equa ll y t o t he w o rk 16 17 Autho r Em a il Add resses : 18 19 C h arl o tt e H A b r aha ms on : c ab r aha ms on@u .no rt h w e st e r n。edu 20 21 brett j pal me r o:b r e tt pa lm e r o2025 @ u。no rt h w e st e r n。edu 22 23 n o l an w k enned y:no l an k enned y2 019@u。no rt h w e st e r n。edu 24
谁是两次外的学生?Hye Jin Park和Lisa Galloway。 https://rdsjournal.org/index.php/journal/article/article/view/1357已在创意共享4.0国际许可下获得许可。 根据https://rdsjournal.org的工作。Hye Jin Park和Lisa Galloway。https://rdsjournal.org/index.php/journal/article/article/view/1357已在创意共享4.0国际许可下获得许可。 根据https://rdsjournal.org的工作。https://rdsjournal.org/index.php/journal/article/article/view/1357已在创意共享4.0国际许可下获得许可。根据https://rdsjournal.org的工作。
在某些非生理条件下,在生物技术过程中使用酶的一般局限性是两个关键量,酶活性和稳定性之间的复杂相互作用,其中一种的增加通常与另一个关键的减少有关。确切的稳定性交易是为了使酶具有完全功能,但是其不同的蛋白质区域的重量及其对环境条件的依赖性尚未阐明。为了促进此问题,我们使用了我们最近开发的形式主义来有效地识别蛋白质结构中的稳定性和弱点区域,并将其应用于具有已知的实验结构和催化位点的大型球状酶。我们的分析表明,以催化区为中心的自由能补偿的惊人振荡模式。的确,相对于稳定性,催化残基通常不是最佳的,但是催化位点周围第一个壳的残基平均是稳定性强度,因此对于这种缺乏稳定性而言。第二壳中的残留物再次较弱,依此类推。在所有酶家族中,这种趋势都是一致的。它伴随着类似但不太明显的残留物保守模式,跨进化。此外,我们分别分析了冷和热适应的酶,并强调了稳定强度和劣势的不同模式,这些模式可洞悉催化速率在冷环境中的长期概率。通过深诱变扫描获得的我们的稳定性和保护结果与实验性数据的成功比较,使我们提出了改善催化活性的标准,同时保持酶稳定性,这是酶设计的关键目标。
