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使用可调参数的纳米孔测序信号数据
是一种在基因组学领域中广泛使用的技术。但是，目前缺乏从纳米孔测序设备创建模拟数据的有效工具，这些工具以时间序列的当前信号数据的形式测量DNA或RNA分子。在这里，我们介绍了Squigulator，这是一个快速而简单的工具，用于模拟逼真的纳米孔信号数据。s弹器采用参考基因组，转录组或读取序列，并生成相应的原始纳米孔信号数据。这与牛津纳米孔技术（ONT）和其他第三方工具的基本软件兼容，从而为纳米孔分析工作流的每个阶段提供了有用的基板，用于开发，测试，调试，验证和优化。用户可以使用模拟特定ONT协议或无噪声“理想”数据的预设参数生成数据，或者他们可以确定性地修改一系列实验变量和/或噪声参数以满足其需求。我们提供了一个简短的用途示例，创建了模拟数据，以模拟不同参数影响ONT基本和下游变体检测准确性的程度。此分析揭示了对ONT数据和基本算法的性质的新见解。我们为纳米孔社区提供了旋转器作为开源工具。
纳米孔DNA测序中的算法和模型
在不到四十年的时间里，纳米孔测序技术从笔记本页面上的一个令人难以置信的思想到了人类基因组完整顺序的决定性贡献者之一。它的快速发展，尤其是近年来，不仅是由于其对纳米孔的固有创新而驱动的，而且还取决于综合领域的协同进步，例如GPU加速和深层神经网络，以及深层的跨学科影响，例如诸如语音识别之类的领域。然而，在这种快速的进步中，纳米孔测序中的某些方法仍然相对尚未探索。这种疏忽有可能在技术进一步的发展中创造瓶颈。在本文工作中，我们深入研究了这些未知的领域，试图填补关键的空白并将技术分为新的边界。我们的目标是释放其潜力，从而在基因组研究及其他方面取得进一步的突破。通过我们的研究，我们开发了两种新型算法和两个量身定制的新颖模型，以解决纳米孔测序的这些不足的方面。属于MBS组的两种算法，GMB和LFB都为HHMMS固有的具有挑战性的解码问题提供了创新的解决方案。它们是针对不同场景量身定制的两个不同变体。虽然GMBS专门用于解码冗长的序列（例如在长阅读的基本词中遇到的序列），但LFBS已优化用于并行编程，并在处理短长度的sepciences方面表现出色。在这项研究中开发的两个创新模型，每种利用HHMM的变化并采用端到端方法，展示了分辨的结构。第一个模型是EDHMM和DNN的混合体，显示了整合知识驱动和数据驱动技术的有效性。相比之下，第二个模型是一种定制设计的解旋酶HMM，它从测序设备中发现的运动蛋白的开创性研究中汲取了灵感。凭借其精心制作的层次结构架构具有超过500万个排放状态，该模型提供了与其前身相当的全面功能空间。
自旋相关现象3/2电荷载体孔系统
电荷载体孔为Spintronics和量子信息技术提供了一个非凡的系统。在本文论文中，我讨论了三维和低维孔系统中的自旋相关现象。特别注意在量子井的边界和电线的边界上的重孔相互转化，该电线控制参数值定义量子井，电线和点中的孔光谱值，例如效能质量，g-factors，g-factors，rashba and rashba and rashba and drainselhaus spin-orbit常数。最近，凝结物质系统中的拓扑现象，例如Majorana零模式的出现和分数量子大厅效应中的非亚伯阶段，引起了研究人员的巨大兴趣。电荷载体孔被证明是可能观察这些现象并推进拓扑量子计算的非凡环境。i讨论磁场中二维孔的光谱和波形。虽然可以用等距的兰道水平，地面孔和孔中的较重和灯孔描述，但在几个低洼的激发状态下，较重的孔和灯孔的表现与电子不同。特别有趣的是磁场中的孔光谱中的穿越。孔 - 孔相互作用可以与电子电子相互作用显着差异。除了在交换分裂中的差异外，这表明在磁场中的地面孔水平上可能出现甚至分母分数量子霍尔。GE孔量子点系统中的最新发展是基于孔的系统的新观点。i还布里斯（Brie）讨论了旋转的斑点，例如孔和电流的角动量（自旋）的相互转化，以及孔传输中自旋相关的干扰效果。
使用牛津纳米孔长阅读测序
。cc-by 4.0国际许可（未经Peer Review尚未获得认证）是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2024年9月4日。 https://doi.org/10.1101/2024.09.09.03.610948 doi：Biorxiv Preprint
Invitrogen™ LentiArray™ 人类 CRISPR 文库，96 孔...
转导条件 • 您必须根据经验确定每种细胞系的转导条件和感染复数 (MOI)。如果需要共感染，我们建议对 Cas9 至 CRISPR 文库慢病毒颗粒使用 5–10 的 MOI 比率，以达到最佳基因敲除程度。 • 感染期间使用含较低水平 FBS（例如 3– 5% FBS）的培养基可能会增加某些细胞类型的转导效率。 • Polybrene™（六甲溴铵）可以将慢病毒转导到人细胞的效率提高 2–10 倍。您必须根据经验确定目标细胞的最佳 Polybrene™ 浓度（例如最大感染性，最小毒性）。我们建议使用浓度范围（2–8 µg/mL）对 Polybrene™ 耐受性进行初步测试。 • 如果您计划使用嘌呤霉素进行选择，则必须首先确定选择转导细胞所需的最佳嘌呤霉素浓度。抗生素批次、细胞类型、细胞生长动力学和细胞培养条件（包括细胞密度）会影响筛选所需的嘌呤霉素量。使用嘌呤霉素进行筛选通常需要 7-10 天。
介孔 TiO2 纳米粒子的机理研究...
完整作者列表： 邓昌建；深圳职业技术学院，霍夫曼先进材料研究院 刘缪仑；博伊西州立大学，材料科学与工程系 马春荣；上海交通大学，化学与化工工程；上海交通大学，化学与化工工程 Skinner, Paige；博伊西州立大学工程学院 刘玉姿；阿贡国家实验室，纳米材料中心 徐文倩；阿贡国家实验室，X 射线科学部，先进光子源 周华；阿贡国家实验室，先进光子源 张向辉；华盛顿州立大学 吴迪；华盛顿州立大学，基因和琳达沃兰德化学工程与生物工程学院；尹亚东；美国加州大学河滨分校，化学系 任杨；阿贡国家实验室，Perez, Jorge；博伊西州立大学 Jaramillo, Diana；博伊西州立大学 Barnes, Pete；博伊西州立大学工程学院 侯德文；博伊西州立大学工程学院 Dahl, Michael；加州大学河滨分校，化学系 Williford, Bethany；博伊西州立大学 Chong, Zheng；北伊利诺伊大学，化学与生物化学 Xiong, Hui；博伊西州立大学，材料科学与工程
开发PAL-XFEL的纳米孔X射线实验仪器
a XFEL Beamline Department, Pohang Accelerator Laboratory, Pohang University of Science and Technology, Pohang 37673, Republic of Korea, b PLS-II Beamline Department, Pohang Accelerator Laboratory, Pohang University of Science and Technology, Pohang 37673, Republic of Korea, c Photon Science Center, Pohang University of Science and Tech- nology, Pohang 37673, Republic of朝鲜，北北北部研究部，波港科学技术大学Pohang加速器实验室，Pohang 37673，大韩民国Pohang，Pohang科学技术大学E部，Pohang 37673，Pohang 37673，Rusefuce of Rusefore oforea of Contary/korea interiat of Pohang/korea interiatiat of toseaiT of toseai of toseaip，韩国韩国和韩国超级法斯特科学中心。*信函电子邮件：daewoong@postech.ac.kr
spiro型孔传输材料的从头设计
1柔性电子学研究所（SIFE，FUTURE TECHNOGIES），FUJIAN柔性电子的主要实验室，福建师范大学和柔性电子海峡实验室（Slofe），富州，福建350117，中国。2福建师范大学物理与能源学院，富州，福建350117，中国。3功能纳米结构设计和组装的关键实验室，以及福建省纳米材料的省级主要实验室福吉安物质研究所，中国科学院，中国科学院，富士，富士，富士，中国350002。4 Xiamen稀土光电功能材料的主要实验室，Xiamen稀土材料研究所，海克西研究所，中国科学院，Xiamen 361021，中国。5物理，化学和生物学系（IFM），瑞典LinköpingLinköpingUniversity，瑞典。
紫外线反射多孔纳米级周期孔阵列...
图1。（a）4H-SIC纳米级周期孔阵列的制造过程插图。SEM图像显示了孔阵列的顶视图和横截面视图。（b和c）分别由AFM采集的孔阵列的表面地形图3D图像和横截面线轮廓。