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CSE7850/CX4803计算生物学中的机器学习
描述此研究生级课程的重点是机器学习与计算生物学之间的令人兴奋的交集。我们将涵盖现代机器学习技术，包括受监督和无监督的学习，特征选择，概率建模，图形模型，深度学习等。学生将学习这些方法的基本原则，基本的数学和实施细节。通过阅读和批评发表的研究论文，学生将学习机器学习方法在基因组学，单细胞分析，结构生物学和系统生物学中的各种生物学问题上的应用。学生还将通过深入的编程作业使用Pytorch学习使用Pytorch来实施深度学习模型。在最终项目中，学生将通过以生物学问题探索这些概念来应用他们所学的知识，以充满热情。
标题 肿瘤学中的靶向联合疗法：挑战针对欧洲单一疗法设计的监管框架
药品价值链（包括临床试验、定价、获取途径和报销）是为传统单一疗法设计的。尽管已经发生了范式转变，增加了靶向联合疗法 (TCT) 的相关性，但法规和常规做法的适应速度很慢。我们探索了 9 个欧洲国家 17 家领先癌症机构的 19 位专家报告的 23 种晚期黑色素瘤和肺癌 TCT 的获取途径。我们发现，各国患者获取 TCT 的途径存在差异，各国特定法规存在差异，黑色素瘤和肺癌的临床实践也存在差异。更适合联合疗法背景的法规可以提高整个欧洲获取的公平性，并促进基于证据和授权使用联合疗法。
移植医学中的免疫调节
1塑料，手和重建手术系，德国雷格斯堡大学医院雷根斯堡，2个整形外科部，外科手术系，Yale New Haven医院，耶鲁纽黑文医院，耶鲁大学医学院，纽黑文，康涅狄格州纽黑文，3美国医学院3学院塑料和重建手术，烧伤中心，Berufsgenossenschaft（BG）创伤中心Ludwigshafen，海德堡大学，海德堡大学，德国路德维希芬，牙科，口腔和上颌面外科六号，德国雷涅斯堡，德国7次，德国7号，demothoracic and cartiothorlin and cartiorlin and Deculin curneriger charyseriger charyserigh seriger chanysermums，她的脑海中，她的脑海中，居民，居住在居民，居小时，居小时，居小时居小时， 8德国柏林柏林大学柏林大学，伯尔尼大学医学院9，瑞士伯尔尼大学，瑞士伯恩大学，10颅颅中心，颅骨 - 马克西洛 - 同性恋手术中心，伯恩，瑞士，瑞士，瑞士，11号，医院，医院，医院
QBIO 465生物学和医学中的人工智能
QBIO 465 Artificial Intelligence in Biology and Medicine Units: 4 TBD Semester Lecture: Tuesdays and Thursdays 12:30-1:50 pm Discussion: Fridays 11:00-11:50 am Location: RRI 301 Instructor: Tsu-Pei Chiu, PhD Office: RRI 413J Office Hours: Fridays, 4:00-5:00 pm, or by appointment Contact Info: tsupeich@usc.edu助教：Jesse Weller办公室：RRI 413L办公时间：星期二，11：00 AM-12：00 PM或通过预约联系信息：wellerj@usc.edu简短描述AI技术，包括传统的机器学习和高级学习方法，用于基因组学，系统生物学，数据集成，结构，药物学，医学，医学，医学，以及医学，医学，和医学，并发现，以及基于项目。课程描述本课程介绍了各种各样的人工智能（AI）技术，强调各种深度学习方法。本课程将指导学生采用这些复杂技术来应对各种生物学和医疗挑战的过程。通过一种全面，直观的教学方法，学生将沉浸在动手活动中，直接与许多不同类型的生物学和医疗数据集合作。学习目标主题包括基因组学的原理和方法，系统生物学，结构生物学，多摩学数据整合，结构生物学发现，医学图像，大脑形象，道德问题等。使用AI技术，包括传统的机器学习和先进的深度学习方法以及目前的新兴研究领域。使用的主要编程语言将是Python，该语言将在针对AI和深度学习应用程序量身定制的讲座中进行审查。学生将使用该语言实施AI算法来分析生物学和医疗数据集的每周计算分配和学期末期项目。成功完成本课程后，学生将获得对AI原则的广泛了解，尤其是深度学习技能，并能够通过讲座和练习来分析和建模生物学和医学数据。建议准备：数学208x或QBIO 305G或QBIO 310（或同等学历）。数学225或数学235或数学245（或同等学历）。建议使用Python的编程经验。课程记录本课程是为字母等级的。演讲幻灯片将发布在Brightspace上。
摘要 研究：AI 社会认知评估与建模。评估 LLM 中的心智理论及其在心理学中的应用 NLP：LLM IFT、表征学习（对比和三重态损失）、语义聚类、总结 DL：Transformers、MoE、EncDec、RNNs、DPO、LoRA 工具：Python、Pytorch、Deepspeed、AWS Sagemaker、hydra、SQL 管理：建立 ML 团队、职能、策略和 OKR、招募和指导科学家和实习生以及建立数据和注释伙伴关系。
摘要 研究：AI 社会认知评估与建模。评估 LLM 中的心智理论及其在心理学中的应用 NLP：LLM IFT、表征学习（对比和三重态损失）、语义聚类、总结 DL：Transformers、MoE、EncDec、RNNs、DPO、LoRA 工具：Python、Pytorch、Deepspeed、AWS Sagemaker、hydra、SQL 管理：建立 ML 团队、职能、策略和 OKR、招聘和指导科学家和实习生以及建立数据和注释合作伙伴关系。
计算化学中的数学挑战
在过去的二十年中，理论和建模已成为应用化学以及分析化学、合成化学和其他化学领域的主要研究课题之一。这是由于方法论、数值方法以及计算机软件和硬件的重大改进而成为可能的。许多实验研究开始包括计算建模。计算机模拟在现代化学中的作用不可低估，有效的建模和模拟在实际应用中起着至关重要的作用，因为它可以提供对实验的见解并帮助优化系统。具体而言，模拟越来越多地被用来用计算代替危险且昂贵的实验。同时，现代材料科学和生物学实验研究的令人瞩目的进步要求进一步发展和不断扩展当今计算化学方法的适用性和准确性。对大型生物分子、纳米粒子和界面进行快速而准确的定性和定量建模成为研究的主要焦点，这需要大量的计算工作，而且在目前的技术水平下并不总是能够实现。大多数计算化学问题都是关于求解分子中电子的薛定谔方程或经典粒子系统的牛顿运动方程。因此，数学应该在新的发展中发挥核心作用。本次研讨会的主要目的是根据顶尖科学家提供的经验分析计算化学的当前需求和期望，并与方法和计算软件开发人员进行讨论。以下部分以研讨会会议为名，包括初始演讲中提出的主题以及圆桌讨论和人际谈话中提出的主题。
功能重新安装：迈向计算病理学中的基础模型级表现
多个实例学习（MIL）是计算病理学中最广泛使用的框架，包括分型，诊断，预后等等。但是，iS-iSting MIL范式通常需要脱机实例提取器，例如预训练的重新网络或Foun-Dation模型。这种方法缺乏在特定下游任务中进行微调进行微调的能力，从而限制了其适应性和性能。为了解决此问题，我们提出了一个重新安装的区域变压器（R 2 T），用于在线重新安装实例功能，该功能可以限制精细元素的本地功能并在不同地区建立联系。与现有的作品不同，该作品专注于预训练强大的功能提取器或设计复杂的实例聚合器，r 2 t量身定制为在线重新设计实例功能。它是一种便携式模块，可以无缝集成到主流MIL模型中。对常见的综合病理学任务的广泛实验结果验证：1）功能重新嵌入基于Resnet-50特征的MIL模型的性能到基础模型模型的水平，并进一步增强了基础模型特征的性能； 2）r 2 t可以对各种MIL模型引入更大的性能改进； 3）R 2 T-MIL，作为R 2 T-增强的AB-MIL，以大幅度优于其他最新方法。该代码可在以下网址提供：https：//github.com/dearcaat/rrt-mil。
关于量子力学中的测量问题
自量子物理学诞生以来，“量子”和“经典”世界之间的界限问题就一直备受关注，但今天，这一领域仍有许多悬而未决的问题，而社会对此还没有达成共识。这里最著名的问题可能是测量问题：决定宏观（“经典”）仪器在测量微观（“量子”）系统特性时的行为的规则如何遵循量子力学方程（以及它们是否遵循）。首先，有必要说明的是，量子理论中采用的术语与一般物理术语有本质区别。通常在物理学中（以及在日常生活中），测量被理解为使用测量设备对某些物理量和参考值进行比较。在这种情况下，测量误差通常是由设备的不完善而不是由所研究系统的属性决定的，可以通过改进仪器和测量程序来减少。在量子
扩散光学中蒙特卡洛模拟的缩放关系的应用限制。第1部分：理论
摘要：Monte Carlo（MC）是研究散射媒体中光子迁移的强大工具，但很耗时以解决反问题。为了加快MC模拟的速度，可以将缩放关系应用于现有的初始MC模拟，以生成具有不同光学属性的新数据集。我们命名了这种方法基于轨迹，因为它使用了初始MC模拟的检测到的光子轨迹的知识，这与基于较慢的光子方法相反，在这种方法中，新型MC模拟具有新的光学特性。我们研究了缩放关系的收敛性和适用性限制，这两者都与所考虑的轨迹样本也代表了新的光学特性有关。为了吸收吸收，缩放关系包含平滑收敛的兰伯特啤酒因子，而对于散射，它是两个快速分化因子的乘积，其比例很容易达到十个数量级。我们通过研究给定长度的轨迹中的散射事件数量来研究这种不稳定。我们根据记录的轨迹中的最小最大散射事件进行了散射缩放关系的收敛测试。我们还研究了MC模拟对光学性质的依赖性，这在反问题中最关键，发现散射衍生物归因于小泊松分布的散射事件分布的小偏差。本文也可以用作教程，有助于理解比例关系的物理学与其局限性的原因，并制定了应对它们的新策略。