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World File Search System宏观进化
一个简单的定量缩放宏观进化模型
是驱动宏观进化的环境还是生命？对大规模生物学数据库的最新分析认为，答案取决于时间表。在短时间内，不到4000万年，这是环境，在更长的时间范围内，生活可以有效地适应。环境和生活都在扩展 - 它们在整个尺度上的波动从数百万年前到数亿年（大型气候政权）。在本文中，我们提出了这种缩放“交叉”现象的简单模型。该模型具有一些不寻常的特征：它是完全随机的，并且基于分数（而不是经典的整数）微分方程。该模型由温度（环境的代理）和周转率（终身代理）驱动；它有两个指数，一个交叉的时间和两个相关性，但它不仅能够再现温度，多样性，灭绝，起源和周转率的统计数据，而且还可以有效地再现它们之间的成对相关性，及其在整个时间范围内。如果确定性地强迫会产生对苯甲酸撞击或其他急剧强迫事件的反应。
使用计算机断层扫描估算家猫（Felis Catus）中的内族量
在驯化过程中，大多数哺乳动物都观察到大脑和内部体积大小的变化。然而，尽管将驯养物种与野生亲戚进行比较，但很少有研究重点关注驯养品种之间的差异，尤其是在猫中。在这项研究中，我们使用从计算机断层扫描（CT）图像获得的虚拟内媒体估算了两种不同的家猫品种（Felis Catus）的内族体积。我们的分析没有揭示英国毛道和苏格兰褶皱在内政量上之间的任何显着差异。此外，我们发现了先前使用珠方法从家猫获得的体积的相似结果。尽管这些结果仅代表了整个CAT繁殖多样性的有限样本，但我们希望它们将有助于我们对驯化过程中大脑体积的宏观进化变化的理解。
猿类：系统发育和进化分析
描述 用于读取、写入、绘制和操作系统发育树的函数，在系统发育框架中分析比较数据，祖先特征分析，多样化和宏观进化分析，计算 DNA 序列的距离，读取和写入核苷酸序列以及从 BioConductor 导入，以及多种工具，例如 Mantel 检验、广义天际线图、系统发育数据的图形探索（alex、trex、kronoviz）、使用平均路径长度和惩罚可能性估计绝对进化率和时钟树，使用非同时期序列确定树的年代，将 DNA 转化为 AA 序列，以及评估序列比对。系统发育估计可以用 NJ、BIONJ、ME、MVR、SDM 和三角法以及几种处理不完整距离矩阵的方法（NJ*、BIONJ*、MVR* 和相应的三角法）来完成。一些函数调用外部应用程序（PhyML、Clustal、T-Coffee、Muscle），其结果返回到 R 中。
具有不同分化的间充质细胞的细胞 - 细胞融合触发基因组和转录组重塑朝着肿瘤侵袭性
细胞 - 细胞融合是一种生理过程，在肿瘤发生过程中被劫持并促进肿瘤的演变。细胞融合的主要影响是在流动白细胞和增殖肿瘤细胞之间融合后促进转移性杂化细胞的形成。我们在这里表明，通过基因组不稳定性和特定的转录组谱的表达，永生化的成肌细胞和转化的成纤维细胞之间的细胞融合会导致杂交细胞的出现获得传播特性。这与融合细胞获得克隆的能力有关。此外，通过遗传父母的特性，发现杂种肿瘤模仿肉瘤特定组织的组织学特征：未分化的多形性肉瘤，肌肉分化不完全。这一发现表明，作为宏观进化事件的细胞融合会根据父细胞的分化谱系有利于特定的肉瘤发育。
靶向胶质母细胞瘤：药物输送和新型治疗方法的进展
近几十年来的临床和实验室研究已将分支进化作为癌症的特征。然而，尽管以躯体选择为基础，但几条证据表明，仅达尔文模型就不足以完全解释癌症的发展。首先，宏观进化事件在肿瘤启动和进展中的作用与达尔文的渐进主义中心论文相矛盾。全基因组加倍，染色体染色体和染色体，代表了可以驱动肿瘤进化的单个灾难性事件的例子。第二，中性进化可以在某些肿瘤中发挥作用，表明选择并不总是在推动进化。第三，对衰老体体的作用的越来越多，导致了近期依赖年龄的癌变理论。在这里，我们回顾了这些概念和其他概念，这些概念共同主张了一种超越达尔文的癌症发展模型。我们还强调了临床机会，这些机会可以通过针对非达尔文人进化模式引起的癌症脆弱性来掌握。
基因组进化中的染色体不稳定性
简单总结：实验/病理学观察到基因组混乱（包括大规模易位、染色体碎裂和多倍体癌细胞），凸显了基因组重组在进化中的重要性。测序和生物信息学分析的最新进展凸显了这种染色体多样性。基因组的进化已在宏观进化和物种形成领域以及癌症和肿瘤进展的背景下得到研究。进化是适应环境和为未来生存压力做准备的固有过程。人类细胞具有可塑性，在正常条件下产生基因组多样性的零星时间涉及几种机制，例如在配子发生过程中或在癌症等病理过程中。有趣的是，染色体不稳定的模式在进化和癌症中惊人地相似。在这里，我们将讨论导致从癌症到物种形成的几种染色体模式的一些事件，并讨论与染色体不稳定相关的疾病。
螯肢动物的进化生物学
螯肢动物门是一类古老、生物多样性丰富且生态意义重大的节肢动物。过去十年，螯肢动物进化研究经历了一次复兴，使我们对高级系统发育和生物目内部关系的理解发生了重大变化。这些概念上的进步包括在螯肢动物目子集中发现多个全基因组复制事件，例如马蹄蟹、蜘蛛和蝎子。因此，螯肢动物进化的长期假设和教科书场景，例如蛛形纲的单系性和蛛形纲共同祖先的一次陆地殖民，引起了争议。该谱系中古老的重复基因的保留也为研究基因复制在螯肢动物宏观进化中的作用提供了沃土。这一新的研究前沿与第一种针对蛛形纲动物模型的基因编辑协议的及时建立相同步，促进了新一代实验方法的出现。
古代DNA基因组学和植物学的文艺复兴
♱这些作者对这项工作也同样做出了贡献。*通讯作者：h.burbano@ucl.ac.uk（H.A.B）。抽象的草药正在文艺复兴时期，作为探索植物进化，生态学和多样性的基因组数据的宝贵来源。从植物标本室取回的古代DNA可以向过去的植物群落，与生物和非生物因素的相互作用以及随着时间的推移发生的遗传变化提供前所未有的瞥见。在这里，我们重点介绍了标本基因组学领域的最新进展，并讨论了将现代和时空历史标本中数据结合的挑战和机遇。我们还描述了如何将植物标志基因组学数据与其他数据类型整合在一起可以产生对塑造植物群落的进化和生态过程的大量见解。制剂基因组分析是一种了解植物生命并在面对可怕环境挑战时为保护工作提供信息的工具。预告症对植物标本室基因组学的综述，以了解植物进化和生态相互作用的历史。简介标本标本，精心收集和压制的植物样品，保留植物多样性的切实记录，并长期以来一直是植物，分类学和系统学研究的基础（1）。托管了3,000种草药，这些资源包括接近3.9亿个标本及其相关的元数据（2）。我们将这个数字归功于数百年来的标本保管和当前策划，以确保该丰富收藏的持续增长，保存和可持续使用。除了它们用于植物专着和系统学的用途（3），涵盖多种类群和所有大陆的标本室标本增加了宏观进化研究的力量，从而使对性状进化（4）和植物家族辐射的研究（5）。
极地海洋中的硅藻含量由基因组大小
au：PleaseconfirmthatalleheadinglevelsarerepresentedCorrected：生态学的主要目标是确定自然中物种丰富的决定因素。身体大小已成为丰度的基本且可重复的预测指标，其生物体的数量较小。一个生物地理成果，称为伯格曼的统治，描述了跨分类学群体的优势，较冷地区的大型生物体。尽管不可否认，但这些模式的关键特征的程度尚不清楚。我们在硅藻中探索了这些问题，对于通过海洋食品网中的碳固定和能量流中的作用，全球重要性的单细胞藻类都具有重要意义。使用来自全球分布的单个谱系的系统基因组数据集，我们发现体型（细胞体积）与基因组大小强烈相吻合，基因组的大小在50倍上变化，并由重复性DNA的差异驱动。但是，定向模型确定了温度和基因组大小，而不是细胞大小，因为对最大种群增长率的影响最大。全球元编码数据集进一步将基因组大小确定为海洋中物种丰度的强大预定指数，但只有在高纬度和低纬度地区的较冷地区，其中具有大基因组的硅藻占主导地位，这是与Bergmann统治一致的模式。尽管物种丰度是由无数相互作用的非生物和生物因素塑造的，但仅基因组大小是丰度的明显强烈预测指标。在一起，这些结果突出了出现特征，基因组大小，这是生物体中最基本和不可约束特性之一的宏观进化变化的层层细胞和生态后果。