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CRISPR/dCas9-Tet1介导的DNA甲基化编辑
DNA甲基化是许多生物过程的关键表观遗传机制，其异常调控与人类多种疾病密切相关。精准操控DNA甲基化有望增进我们对这一关键机制的理解，并开发新的治疗方法。此前，我们只能通过小分子（如5-氮杂-2-脱氧胞苷）或无针对性地干扰相关基因（如DNA甲基转移酶）来改变全基因组的DNA甲基化，这使得研究这种表观遗传标记在特定基因组位点的功能意义变得十分困难。通过将DNA去甲基化过程中的关键酶（Ten-eleven易位双加氧酶1，Tet1）的催化结构域与可重编程的序列特异性DNA靶向分子蛋白dCas9融合，我们开发了一种DNA甲基化编辑工具（dCas9-Tet1），可以有针对性地对特定基因组位点进行去甲基化。 dCas9-Tet1 系统使我们能够仅通过替换单个向导 RNA 来研究几乎任何给定位点的 DNA 甲基化作用。本文，我们描述了一种方案，该方案能够使用 dCas9-Tet1 系统高效、特异性地对各种细胞培养物中特定基因组位点的 DNA 甲基化进行模块化和可扩展的操作。
重组DNA彻底改变了基因工程
基因工程的进步改变了科学领域，为理解和操纵生命构造块开辟了新的可能性。重组 DNA 技术是这场革命的前沿，这是一项突破性的技术，它将来自不同来源的 DNA 融合在一起，创造出新的基因组合。本文深入探讨了重组 DNA 技术的复杂性，探索了它的原理、应用以及它对医学、农业和生物技术等领域的深远影响。通过利用自然界自身构造块的力量，科学家们正在彻底改变我们对遗传学的理解，并为各个领域的空前进步铺平道路。重组 DNA 技术基于从不同来源分离、操纵和重组 DNA 分子的能力。该技术的核心是使用限制性酶（充当分子剪刀）在特定位点切割 DNA 分子。然后可以使用 DNA 连接酶将这些 DNA 片段与其他 DNA 片段组合，从而产生重组 DNA 分子。重组 DNA 技术成功的关键在于使用载体系统（如质粒或病毒载体）将所需 DNA 带入宿主生物体。载体充当将重组 DNA 引入宿主细胞的载体，重组 DNA 可在宿主细胞中复制和表达。这使得科学家能够在不同生物体之间转移基因，从而产生新的特性或功能 [1]。
EFSA科学意见对定向核酸酶1和2的含义，以评估欧盟
摘要：基因组编辑是一组用于引入基因组靶向变化的技术。可以通过综合称为位置定向的核酸酶（SDN）来实现。SDNS的位点特异性是由蛋白质分子本身的DNA结合结构域或将SDN引向基因组中特定位点的RNA分子（S）提供的。与导致外源性DNA插入的转基因相反，基因组编辑仅影响特定的内源序列。因此，全世界的多个司法管辖区已将某些类型的基因组编辑的生物完全免除了国家生物安全法规，或者是逐案。然而，在欧盟中，法院在诱变豁免案件范围内的裁决C-528/16表明，基因组编辑的生物受到GMO指令的约束，但对希望开发和授权在EU中开发和授权基因组产品的利益相关者的实际影响仍然不清楚。欧洲食品安全局对欧洲委员会的要求作出了科学意见，对SDN-1，SDN-2和寡核苷酸指导的诱变（ODM）基因组编辑技术的植物产生了科学意见。在这篇评论中，我将（1）在欧盟提供有关转基因生物风险评估的概念背景； （2）将介绍EFSA意见的主要结论，（3）将概述对基因组编辑植物的风险评估的潜在影响。
在Siargao Island，Surigao del Norte，Mindanao，Phi
摘要。在地上和地下生物量量化地上的红树林时，应用异形方程是与气候变化适应的努力有关的重要步骤。广义的异态方程已用于估计红树林的生物量和碳储存。然而，采用广义的异态方程来估计生物量由于环境，物种和分区的变化而产生不确定性。因此，制定位点特异性异态方程对于准确量化生物量很重要。Siargao岛被认为是最大的红树林持续地形，估计有9,000公顷的红树林。这项研究的目的是使用破坏性方法来制定菲律宾棉兰老岛锡亚尔高岛的红树林的特定地点异态方程。关键词：碳库存，气候变化，增长，多种物种。简介。红树林生态系统已被证明可以提供各种经济和生态服务。It supports local fishery, livelihood to fisherfolk (Primavera 2000; Ingwall 2005; Walters et al 2008; Hogarth 2015) and fish breeding grounds (Brander et al 2012), produces wooden products (Da Silva et al 1993; Brander et al 2012; Abino et al 2014), protects coastal community from storm surge (Lee et al 2014) and sequesters atmospheric carbon.
NGT 引起的植物非预期基因改变—— ...
目前，全球多个地区正在就新基因组技术 (NGT) 的监管及其在农业中的应用进行讨论。例如，欧盟委员会提议对 NGT 植物实行具体监管。需要回答各种问题，例如，作为审批程序的一部分，NGT 引起的有意和无意的基因改造必须在多大程度上接受强制性风险评估。本综述主要关注 NGT 应用可能导致的意外基因改变的发现。更具体地说，本综述涉及核酸酶 CRISPR/Cas 的应用，这是目前开发 NGT 植物的最重要工具，以及它在目标 DNA 序列上引入双链断裂 (DSB) 的潜力。为此，我们确定了与传统育种中使用的非靶向诱变方法相比的差异。本综述得出结论，NGT 过程引起的意外基因改变与风险评估有关。由于 NGT 的技术特性，非预期变化的位点、基因组背景及其频率（就特定位点而言）意味着，通过常规方法，产生的基因组合（预期或非预期）可能不太可能发生。这反过来意味着生物效应（表型）也可能不同，并可能对健康和环境造成风险。因此，我们得出结论，对预期和非预期基因变化的评估应成为 NGT 植物强制性全面分子表征和风险评估的一部分，这些植物旨在释放到环境中或获得市场授权。
夏季研究2024/25项目摘要
项目摘要：Xeno核酸（XNAS）是天然出现的RNA和DNA的合成类似物，但其氮基碱，骨干糖单位或磷酸二酯链接的变化。具有不同氮基碱基的XNA通常称为非自然基对（UBP）XNA。UBP只能与自己搭配，而不能与天然出现的碱基对A-T或G-C相对。这有可能通过这些非天然UBP碱基扩大遗传密码并进行合成生物学；但是，这依赖于将其作用于它们的酶的工具。在传统的分子生物学中，我们通常会使用“限制 - 连接克隆”（通常与PCR）一起将新的DNA碎片引入基因组或生产人造DNA。PCR扩大了感兴趣的基因，因此我们有许多副本。然后，我们使用限制性核酸内切酶，该核酸内切酶在DNA中的特定位点识别和切割，从而形成粘合性的悬垂（也称为“粘性端”非正式），可以重新加入。最后，我们使用DNA连接酶密封这些粘性末端，并将所得的DNA引入细胞中。UBPS的问题是酶并不总是识别并使用不自然的碱基工作。为了克服这一点，我们已经测试了一系列核酸酶和连接酶，以剪切和加入UBP-XNA，并找到了两个具有合适活性的核酸酶和连接酶。这些将是您研究的主题。在此项目中，您将组合测试这些酶为：
CRIPSR 案例系统：细菌毒力、基因组编辑和抗菌素耐药性中的生物学作用
摘要 | 本综述旨在研究 CRISPR Cas 系统及其在基因组编辑、细菌毒力和抗生素耐药性中的作用。CRISPR Cas 系统是原核生物（细菌和古细菌）免疫系统的一个组成部分，可提供针对病毒感染的保护。当细菌识别其内部的病毒 DNA 时，细菌会将病毒 DNA 的小片段整合到其基因组中称为 CRISPR 基因座的特定位点。在 CRISPR 基因座插入病毒 DNA 可以通过序列特异性适应性免疫机制记住、诊断和清除病毒感染。CRISPR Cas 系统可持续对抗病毒基因组中发生的突变，帮助病毒逃脱基于细菌 CRISPR Cas 的免疫系统。CRISPR Cas 系统是原核微生物的分子机制。它作为细菌对抗噬菌体、质粒和外来基因组元素的天然适应性免疫系统。大多数原核生物使用其 CRIPR Cas 系统来增强其细胞膜的完整性，从而抑制抗菌剂从宿主体渗透到细菌细胞。 CRISPR Cas 系统还可以通过抑制细菌免疫受体（例如 TLR）的活性来帮助细菌逃避宿主免疫系统。CRISPR Cas 系统还可以帮助细菌附着在宿主体内并在宿主体内复制。它可以使致病细菌产生抗生素耐药性，增强其致病性并能在宿主体内存活。
CRISPR技术在植物基因组编辑中的应用
新型基因编辑技术中使用的核酸酶主要有四类，分别是：巨核酸酶、锌指核酸酶（ZFN）；转录激活因子样效应核酸酶 (TALEN)；以及成簇的规律间隔的短回文重复序列 (CRISPR) 相关 (Cas) (Gaj 等人，2016)。巨核酸酶是一种在特定区域切割 DNA 的内切核酸酶，可识别大于 12 bp（碱基对）的序列。 LAGLIDADG 巨核酸酶家族包含 I-CreI 和 I-SceI，它们是第一种用于基因编辑的酶。由于只有少数氨基酸残基与核苷酸接触，这些酶被设计用于在特定位点切割基因（Paques；Duchateau，2007）。此外，ZFN 是一种人工酶，也是最早用于诱导植物靶向突变的酶之一。这些酶是由锌指型结构域和限制性酶 Fok I 的结构域融合产生的。与基因编辑中使用的其他核酸酶一样，ZFN 会在需要修复的 DNA 特定位置插入双链断裂 (DSB)，并且由于修复机制中的故障，可能会出现突变 (Carroll, 2011)。使用该系统的主要问题是这种酶的高毒性，以及它会产生许多脱靶效应（Cornu et al., 2008; Ramirez et al., 2008），这会损害不应改变功能的基因的功能（Zhang et al., 2015）。随着版本的合并
欧洲地震参考站的数据驱动和机器学习识别
sumary日益增长的地震网络和越来越多的永久性地震站可以帮助改善地震危害评估的物理基础。为此，参考站点条件的定义非常重要。如果已知参考地面运动的可靠估计，则可以根据该参考位点对任何给定位点进行修改。由于选择良好的参考位点的选择并不简单，这主要是由于浅层层的较高可变性，因此这种选择被证明会受到大型不确定性的影响。虽然最上层30 m（v s 30）的平均s波速度之类的代理参数可能有助于表征参考站点条件，但此类参数既不可用，也不允许结论一下该站点不受放大和减弱效应的影响。在这项研究中，我们以统一和完全数据驱动的方式确定欧洲的前瞻性参考地点。所有分析均基于免费可用的地质和地球物理数据，不需要现场测量或特定地点代理。研究既说明了扩增的影响，又是较大频率范围内的衰减。为了解决关键概念问题，我们基于机器学习技术验证了我们的分类，其中研究了单个站点表征参数的影响。我们的研究表明，在2000多个研究中，欧洲大约250个地点不受当地现场效应的影响，并且可以根据所应用的标准将事实视为参考地点。
通过多光子照相链接
据报道，使用无膜多光谱图创建热响应生物功能的水凝胶微结构。与常规多光子触发的基于聚合的技术背道而驰，这种方法依赖于同一合成的聚合物链的同时光叠链链接和附着在固体底物上。该方法允许改善对聚合物网络特征的控制，并通过在特定位点与生物分子进行模型后的额外功能来使其他功能易于整合。探索两个不同的基于苯喹酮和蒽醌的光叠链链链链球链球链球链球链球链球链球链球链球链球链球链将使用的PhotoCrosslink效率均通过使用的近传近光线符号的近光线仪使用。通过表面等离子体共振成像，原子力显微镜和光学荧光显微镜的全面表征揭示了肿胀的行为，并证明了延期后的可行性。值得注意的是，在特定的多光子光链接参数范围内，表面附加的微观结构显示出类似于皱纹形成形成的准膜状地形。利用已建立的多光石版画系统的功能，以高分辨率为快速的模式写作，这种方法对多功能3D微型和纳米结构的多功能制造具有很大的希望。在生物分析和生物医学技术的领域中，这种量身定制的响应式生物功能材料具有对组成，肿胀行为和延展后的空间控制，尤其有吸引力。