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主要文章
B 组链球菌 (GBS) 是全球新生儿和婴儿死亡的主要原因 [1]。尽管正在努力开发有效的 GBS 疫苗，但人们对人群中针对 GBS 的基线免疫力仍知之甚少。多项研究报告称，不同地区的 GBS 定植和发病率存在显著差异，欧洲、非洲和东南亚的孕妇直肠阴道定植率和新生儿发病率也存在差异 [2-4]。例如，据报道，马拉维的孕妇直肠阴道定植率为 21.2%，英国为 20%，而孟加拉国的孕妇直肠阴道定植率为 11%，不过 Kwatra 等人最近报告的孕妇直肠阴道定植率为 17.5% [4-7]。英国和马拉维的婴儿 GBS 发病率明显高于孟加拉国：英国每 1000 个活产婴儿中有 0.94 个发病，马拉维每 1000 个活产婴儿中有 1.8 个发病，而孟加拉国每 1000 个活产婴儿中只有 0.10 个发病 [2, 8, 9]。这些有趣的差异凸显了探索导致 GBS 流行病学差异的潜在因素的必要性。促成因素包括 GBS 菌株的毒力、遗传易感性、环境暴露、医疗保健实践（例如抗生素的使用和获取）以及人群免疫力的地区差异（无论是自然暴露还是被动获得的抗 GBS 抗体），这些因素可能会显著影响流行病学格局 [10, 11]。
肺炎球菌疾病和肺炎球菌疫苗
c. 流行病学。肺炎球菌是呼吸道的常见菌种，5% - 90% 的健康人鼻咽部可能分离出肺炎球菌。无症状携带者的比例因年龄、环境和上呼吸道感染情况而异。在学龄儿童中，20% - 60% 可能被定植。只有 5% - 10% 的无子女成年人被定植，但在军事设施中，多达 50% - 60% 的军人可能被定植。肺炎链球菌通过人与人之间直接接触鼻、口和喉分泌物释放的呼吸道飞沫传播。患有免疫功能低下疾病（由疾病或药物引起）、功能性或解剖性无脾（包括镰状细胞病）、脑脊液漏或人工耳蜗植入的人发生严重感染的风险更高。 2019 年，估计肺炎球菌感染导致超过 30,000
B 部分：将列入公共登记册的释放申请信息
田间试验中要研究的转基因植物是春大麦（Hordeum vulgare）品种 Golden Promise，其中参与感知和定植的基因之一已通过 CRISPR/Cas9 系统丧失功能或通过过度表达进行修改。该研究旨在进行田间试验，以检查 AMF 接种对低磷和富磷土壤中共生途径基因编辑和过表达基因修饰的春大麦品种 Golden Promise 的生物量和产量的影响。大麦品种 Golden Promise 的六个基因，即 SYMRK 、 CCamK 、 Cyclops 、 RAM1 、 NSP1 和 NSP2 已使用 CRISPR-Cas9 介导的基因编辑系统分别进行编辑。在实验室条件下，这些基因的基因编辑导致 AMF 定植失败或显著减少。此外，其中一个基因，即大麦NSP2 (HvNSP2) 及其来自蒺藜苜蓿 (MtNSP2) 的直系同源物，通过过度表达 (OX) 进行修改，从而促进了实验室环境中 AMF 的定植。
人工智能可以识别和量化
图 1. AMFinder 预测流程能够实现半自动化、用户监督的 AM 真菌定植分析。（a）AMFinder 使用两阶段预测流程进行图像注释。首先，将输入图像分割成图块，并通过 amf 神经网络 1（CNN1）进行处理，以识别定植根部部分（预测阶段 1）。如果分辨率允许，可以进一步分析定植区域以识别根内菌丝结构（预测阶段 2，CNN2）。（b）amfbrowser 注释会话的代表性屏幕截图。（1）用于在预测阶段之间切换显示的按钮。（2）可点击按钮定义活动图块中存在的注释。（3）活动图块（红色方块）和八个周围图块的放大视图。（4）注释马赛克概览。（5）图层工具栏用于过滤显示。数字表示整个图像的注释计数。（6）预测工具栏用于加载预测、修复模棱两可的情况和生成注释。（7）导出功能。
减肥手术后人类肠道微生物群独立于肥胖而改变小鼠的肠道形态和葡萄糖吸收
摘要 目的 减肥手术是治疗 2 型糖尿病 (T2D) 的有效方法，可改变肠道微生物组成。我们确定限制性或吸收不良性减肥手术后人类的肠道菌群是否足以降低血糖。设计 患有肥胖和 2 型糖尿病的女性接受十二指肠转位术 (BPD-DS) 或腹腔镜袖状胃切除术 (LSG)。使用同一患者在每次手术前后的粪便样本来定植啮齿动物，并评估血糖控制的决定因素。结果 无菌小鼠在 BPD-DS 或 LSG 后口服定植人类菌群 7 周，其葡萄糖耐受性得到改善，而食物摄入量、脂肪量、胰岛素抵抗、分泌和清除率均没有变化。BPD-DS 后定植菌群的小鼠远端空肠绒毛高度/宽度和隐窝深度较低，肠道葡萄糖吸收率较低。抑制钠-葡萄糖协同转运蛋白 (Sglt)1 可消除小鼠中微生物群可传递的血糖控制改善。在无特定病原体 (SPF) 大鼠中，BPD-DS 后空肠内定植微生物群 4 周足以改善血糖控制，而抑制空肠内 Sglt-1 后则无此效果。BPD-DS 和 LSG 后定植人类细菌后，副拟杆菌增多和 Blautia 减少与血糖控制改善相一致。结论 限制性或吸收不良性减肥手术后啮齿动物接触人类肠道微生物群可改善血糖控制。减肥手术后的肠道微生物群是一个独立的因素，它改变上肠道的肠道形态并降低 Sglt1 介导的肠道葡萄糖吸收，从而独立于肥胖、胰岛素或胰岛素抵抗的变化改善血糖控制。
Burkholderia的差异遗传策略
摘要Burkholderia越南语LMG10929和Paraburkholderia Kururiensis M130是细菌大米生长促进模型。除了这种常见的生态莱基外，伯克霍尔德属的物种也被发现为机会性人类病原体，而帕拉伯克霍顿物种大多是环境和植物构成的。在这项研究中，我们比较了越南芽孢杆菌和库里氏芽孢杆菌使用的遗传策略，以定居其共同宿主的两个亚种Oryza sativa subsp。japonica（cv。nipponbare）和O. sativa subsp。indica（cv。ir64）。我们使用了转座子插入突变库文库（TN-SEQ）的高吞吐量筛选来推断哪些遗传元件在接种后7天后在根表面定植期间具有最高的效果。总的来说，我们在越南芽孢杆菌中检测到的基因比库里林斯假发疟原虫的基因多两倍，其中包括促进植物防御能力的基因，这表明越南芽孢杆菌的不良反应比越南b。越南人比对kuriensisp。kuriensis的不利反应。对于这两种菌株，与japon-ica相比，在定植Indica水稻时，细菌耐性取决于较高的基因。宿主对细菌适应压力的这些分歧可能部分与品种氮同化的差异有关。我们检测到了两种细菌菌株中的根定植的功能，例如entner-doudoroff（ed）糖酵解。在特定方面的频率较低，较多的菌株中，我们检测到限制了根定植的功能，例如越南芽孢杆菌中的生物膜产生和库鲁里氏菌中的法定感应。通过TN-SEQ程序鉴定的基因参与是有助于根定植的，即ED途径，C-DI-GMP循环和钴胺素合成，通过定向的诱变和野生型（WT）菌株的竞争来验证。
在溃疡性结肠炎患者中，细菌伴侣与粪便微生物移植衰竭的持续粘膜定植和粪便代谢功能障碍
粪便微生物移植（FMT）为治疗溃疡性结肠炎（UC）提供了希望，尽管治疗失败的机制尚不清楚。这项研究利用了纵向收集的结肠活检（n = 38）和粪便样本（n = 179），来自19名患有轻度至中度UC的成年人接受串行FMT，其中抗菌预处理和递送模式（capsules versus versus versus versus versus versus versus versus versus versus versus versus versus sorge均可评估临床响应（从临床上降低）。结肠活检进行了双RNA-Seq；粪便样品接受了平行的16S rRNA和shot弹枪元基因组测序以及未靶向的代谢组分分析。与反应性（R）患者相比，无反应性（NR）患者的结肠粘膜（NR）患者的结肠粘膜（NR）患者的结肠粘膜增加了细菌的负担，包括细菌的负担增加，这些细菌表达了更多的抗菌耐药性基因。NR患者还表现出先天免疫抗菌反应基因的粘膜表达。FMT，NR和R粪便微生物组和代谢组表现出明显的差异。NR代谢组具有升高的免疫刺激化合物，包括鞘磷脂，溶血磷脂和牛磺酸。nr粪便微生物组富含菌丝脆弱的菌丝和细菌剂盐菌株，这些菌株编码了能够生产牛磺酸的基因。这些发现表明，有效的粘膜微生物清除率和重新引入细菌，使腔内代谢与FMT成功相关，以及持续的粘膜粘膜和粪便抗菌细菌菌种物种可能会导致FMT失败。