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接近驱动荧光探针的初学者指南
摘要要维持细胞稳态并协调对特定刺激的适当响应，必须在整个细胞中整合信息，其中整个组织的网络是整个组织的网络，其中细胞器是至关重要的节点和膜接触位点是主要边缘。膜接触位点是两个或多个细胞器的细胞子域，并彼此相互作用。尽管已经确定了许多轨道间的联系，但其中大多数仍未完全表征，因此他们的研究是一种吸引人的研究领域。多亏了重要的技术计划，现在有许多工具可用或正在快速开发，因此很难选择哪种工具最适合回答特定的生物学问题。在这里，我们区分了研究细胞器接触位点的两种不同的实验方法。第一个旨在从形态学上表征膜接触的位点并确定所涉及的分子参与者，主要依赖于生化和电子显微镜（EM）相关的甲基化甲形成。第二种方法旨在了解特定接触的功能重要性，重点是时空细节。为此，接近驱动的荧光探针是选择的实验工具，因为它们允许在不同的细胞条件下或在不同的刺激下进行膜接触位点及其在活细胞中的动力学的迹象和定量。在这篇评论中，我们专注于这些工具，目的是突出它们的多功能性以及如何将其应用于膜接触研究。我们将广泛描述所有不同类型的近端驱动的液化工具，讨论它们的好处和缺点，最终提供了一些建议，以根据案例对案例进行选择和应用适当的方法，并获得最佳的实验结果。
可穿越虫洞协议中通过算子扩散实现多体量子隐形传态
通过利用一对量子比特之间的共享纠缠，可以将量子态从一个粒子传送到另一个粒子。最近的进展揭示了量子隐形传态的内在多体泛化，与引力有着巧妙而令人惊讶的联系。具体来说，量子信息的隐形传态依赖于多体动力学，这种动力学源于与引力全息对偶的强相互作用系统；从引力的角度来看，这种量子隐形传态可以理解为通过可穿越虫洞传输信息。在这里，我们提出并分析了一种新的多体量子隐形传态机制——被称为峰值隐形传态。有趣的是，峰值隐形传态利用的量子电路类型与可穿越虫洞隐形传态完全相同，但微观起源却完全不同：它依赖于一般热动力学下局部算子的扩散，而不是引力物理。我们通过分析和数值证明了峰值尺寸隐形传态在各种物理系统中的普遍性，包括随机单元电路、Sachdev-Ye-Kitaev 模型（高温）、一维自旋链和带有弦校正的体引力理论。我们的研究结果为使用多体量子隐形传态作为强大的实验工具铺平了道路，用于 (i) 表征强关联系统中算子的尺寸分布和 (ii) 区分一般和内在引力扰乱动力学。为此，我们提供了在捕获离子和里德堡原子阵列中实现多体量子隐形传态的详细实验蓝图；分析了退相干和实验缺陷的影响。
通过可穿越虫洞协议中的算子扩散实现多体量子隐形传态
通过利用一对量子比特之间的共享纠缠，可以将量子态从一个粒子传送到另一个粒子。最近的进展揭示了量子隐形传态的内在多体泛化，与引力有着巧妙而令人惊讶的联系。具体来说，量子信息的隐形传态依赖于多体动力学，这种动力学源于与引力全息对偶的强相互作用系统；从引力的角度来看，这种量子隐形传态可以理解为通过可穿越虫洞传输信息。在这里，我们提出并分析了一种新的多体量子隐形传态机制——被称为峰值隐形传态。有趣的是，峰值隐形传态利用的量子电路类型与可穿越虫洞隐形传态完全相同，但微观起源却完全不同：它依赖于一般热动力学下的局部算子的扩散，而不是引力物理。我们通过分析和数值方法证明了峰值尺寸隐形传态在各种物理系统中的普遍性，包括随机单元电路、Sachdev-Ye-Kitaev 模型（高温）、一维自旋链和带弦校正的体引力理论。我们的研究结果为使用多体量子隐形传态作为强大的实验工具铺平了道路，用于 (i) 表征强关联系统中算子的尺寸分布和 (ii) 区分一般和内在引力扰乱动力学。为此，我们提供了在捕获离子和里德堡原子阵列中实现多体量子隐形传态的详细实验蓝图；分析了退相干和实验缺陷的影响。
使用数据约束的复发神经网络模型推断大脑互动
4加利福尼亚州帕萨迪纳市加州理工学院 *通信：kanaka.rrajan@mssm.edu抽象行为来自许多解剖学和功能上不同的大脑区域的协调活动。现代的实验工具允许空前访问跨越许多相互作用区域的大型神经种群。然而，了解这样的大规模数据集需要两个可扩展的计算模型来提取区域通信的有意义的特征和原则性理论来解释这些特征。在这里，我们引入了基于电流的分解（CurbD），这是一种使用数据约束的复发性神经网络模型来推断大脑相互作用的方法，该模型直接重现实验性的神经数据。Curbd利用了此类模型推断出的功能相互作用，以揭示多个大脑区域之间的定向电流。我们首先表明Curbd准确地隔离了具有已知动力学的模拟网络中的区域间电流。然后，我们将路缘应用于跑步过程中从小鼠获得的多区域神经记录，在帕夫洛维亚调节过程中的猕猴以及记忆回收期间的人类，以证明Curbd在各种神经数据集中脱离了Curbd对脑部互动的广泛适用性。在发育过程中引入，即使是小生物的神经系统也会组织成非常复杂的结构。大脑具有结构模块性（例如，脑区域，层状组织，细胞类型），具有系统发育跨模块的专业化。大脑区域具有惊人的专业化和独特的功能特征。但是，单个大脑区域也经常与整个大脑中的许多其他区域相互作用2。这些宏观电路通过直接投影，多节日回路和更广泛的间接效应（例如神经调节剂释放3）反复连接。因此，在理论上，大脑甚至在简单的行为中都处于活跃状态，从理论上讲，只有一个较小的区域4-6介导的大脑。得出对行为神经基础的理解需要考虑大脑活动的分布性质。，尽管现代实验技术提供了大规模的多区域数据集，但研究人员仍缺乏一种全面的，统一的方法来推断全脑部相互作用和信息流。在这里，我们引入了基于电流的分解（CURBD），这是一个计算框架，利用多区域神经记录的复发性神经网络（RNN）模型来推断
使用数据约束的复发神经网络模型推断大脑互动
4加利福尼亚州帕萨迪纳市加州理工学院 *通信：kanaka.rrajan@mssm.edu抽象行为来自许多解剖学和功能上不同的大脑区域的协调活动。现代的实验工具允许空前访问跨越许多相互作用区域的大型神经种群。然而，了解这样的大规模数据集需要两个可扩展的计算模型来提取区域通信的有意义的特征和原则性理论来解释这些特征。在这里，我们引入了基于电流的分解（CurbD），这是一种使用数据约束的复发性神经网络模型来推断大脑相互作用的方法，该模型直接重现实验性的神经数据。Curbd利用了此类模型推断出的功能相互作用，以揭示多个大脑区域之间的定向电流。我们首先表明Curbd准确地隔离了具有已知动力学的模拟网络中的区域间电流。然后，我们将路缘应用于跑步过程中从小鼠获得的多区域神经记录，在帕夫洛维亚调节过程中的猕猴以及记忆回收期间的人类，以证明Curbd在各种神经数据集中脱离了Curbd对脑部互动的广泛适用性。在发育过程中引入，即使是小生物的神经系统也会组织成非常复杂的结构。大脑具有结构模块性（例如，脑区域，层状组织，细胞类型），具有系统发育跨模块的专业化。大脑区域具有惊人的专业化和独特的功能特征。但是，单个大脑区域也经常与整个大脑中的许多其他区域相互作用2。这些宏观电路通过直接投影，多节日回路和更广泛的间接效应（例如NeuroModulator版本3）反复连接。因此，在理论上，大脑甚至在简单的行为中都处于活跃状态，从理论上讲，只有一个较小的区域4-6介导的大脑。得出对行为神经基础的理解需要考虑大脑活动的分布性质。，尽管现代实验技术提供了大规模的多区域数据集，但研究人员仍缺乏一种全面的，统一的方法来推断全脑部相互作用和信息流。在这里，我们引入了基于电流的分解（CURBD），这是一个计算框架，利用多区域神经记录的复发性神经网络（RNN）模型来推断
周日第三
巴西在开发磁性悬浮火车（Maglev）的开发方面又迈出了又一步。这些仍然是世界上罕见的未来派车，无声地旅行，而没有直接排放污染物 - 被选出 - 悬挂在路上几厘米。在今年年底之前，里约热内卢大学（UFRJ）的研究人员计划开始使用超导悬浮技术（SML）领域的第一个实尺度实验工具测试的新阶段。货车的行程，长度为4.3米（m），宽2 m宽，可容纳20名乘客的容量，将在200 m的高路线上，在UFRJ Technology Centers 1和2中，位于Rio de Janeiro的Fundão岛。只有日本，中国和韩国才有经营杂志的青少年。 该地区的研究也发生在德国，美国，法国，英国，俄罗斯和意大利。 SML系统是三种有希望的磁质技术之一。 或两个，电动力学和电磁悬浮的悬浮年龄更大。 巴西汽车的名字Maglev-Cobra的项目由UFRJ的研究生和工程Pesquisa（Coppe）的Alberto Luiz Coimbra研究所的老师与Polytechnic School和Polytechnic School和同一大学的物理学院合作。 这项研究始于1998年（请参阅FAPESP Research No. 157），并得到了里约热内卢州研究支持基金会（FAPERJ），国家经济和社会发展银行（BNDES）（BNDES）和研究与项目的金融家（FineP）的支持。 第一个的结果只有日本，中国和韩国才有经营杂志的青少年。该地区的研究也发生在德国，美国，法国，英国，俄罗斯和意大利。SML系统是三种有希望的磁质技术之一。或两个，电动力学和电磁悬浮的悬浮年龄更大。巴西汽车的名字Maglev-Cobra的项目由UFRJ的研究生和工程Pesquisa（Coppe）的Alberto Luiz Coimbra研究所的老师与Polytechnic School和Polytechnic School和同一大学的物理学院合作。这项研究始于1998年（请参阅FAPESP Research No. 157），并得到了里约热内卢州研究支持基金会（FAPERJ），国家经济和社会发展银行（BNDES）（BNDES）和研究与项目的金融家（FineP）的支持。第一个国家工业学院（INPI）已经授予了三项专利。手工制作的车辆的第一个原型，在2015年至2020年之间以与200 m相同的方式进行了实验操作。 “在此期间，一千人被运输了，” Maglev-Cobre开发协调员Coppe电动工程计划Stephan的电工Richard Magdale-说。
'SGLT2抑制剂减轻了狼疮中的足细胞损伤...
我们对Zhao等人的研究充满兴趣和惊讶。对SGLT2抑制剂empagliflozin在全身性红斑狼疮（SLE）和MRLLPR小鼠的狼疮样肾炎中的治疗作用。1关注点是：（1）SGLT2是一种主要在肾脏近端小管中表达的钠葡萄糖转运蛋白。sglt2抑制剂可增强钠和葡萄糖排泄，以及其他机制，这些机制对心脏系统，葡萄糖代谢和造血的有益作用。相比之下，没有直接对自身免疫的影响。作者报告了对SLE的各个方面的抑制以及相关的自动免疫，也就是说，对自动反应性免疫细胞克隆产生的全部IgG和双链DNA（DSDNA）自身抗体的深刻抑制作用，在淋巴机构和骨髓中引起了不可能的效果，这使得对这种疾病的效果不佳，并提高了这种效果。（2）作者试图在人类肾脏活检和MRLLPR小鼠肾脏中的足细胞中降低SGLT2蛋白的表达，但是图2中缺乏管状信号清楚地表明，所使用的抗体未检测到SGLT2。1的确，sglt2在管状细胞的刷子边界中的显着染色，在人类肾脏活检的肾小球中几乎没有表达，抗中性粒细胞胞质抗体（ANCA）血管炎或狼疮2与肾炎2的较低者（scrna）的序列（scrna）不一足细胞中的表达水平。未使用适当的实验工具和控件。这与作者在转基因“ Podocyte”细胞系中发现强SGLT2蛋白表达的发现对比。（3）这种健康和患病的肾脏SCRNA测序数据集中的足细胞对NLRP3转录本也为阴性，因此，关于NLRP3炎性症的参与，所有的数据和推测都与已知的证据无关。尤其是，NLRP3免疫染色（在图4G中）1再次缺乏居民或浸润的单核吞噬细胞中的正信号，识别出所述信号是非特异性的。从这个意义上讲，我们最近反驳了体内原代人足细胞和小鼠足细胞中功能性NLRP3炎症体的主张。3此外，我们在同一小鼠模型中对empagliflozin进行了类似的研究，并且没有观察到任何报告的发现（未提交）。我们认为，狼疮性肾炎患者将在慢性肾脏疾病的进展和相关心血管发病率方面受益于SGLT2抑制作用，但Zhao和SoAthors的报告似乎暗示SGLT2抑制作用将是系统性自动自动抑制的有效抑制器。纸张，就其文章而言，得出的结论不受提供的数据的支持。
通过范围内的免疫表型提取自身免疫性疾病的免疫和临床异质性
我们对Zhao等人的研究充满兴趣和惊讶。对SGLT2抑制剂empagliflozin在全身性红斑狼疮（SLE）和MRLLPR小鼠的狼疮样肾炎中的治疗作用。1关注点是：（1）SGLT2是一种主要在肾脏近端小管中表达的钠葡萄糖转运蛋白。sglt2抑制剂可增强钠和葡萄糖排泄，以及其他机制，这些机制对心脏系统，葡萄糖代谢和造血的有益作用。相比之下，没有直接对自身免疫的影响。作者报告了对SLE的各个方面的抑制以及相关的自动免疫，也就是说，对自动反应性免疫细胞克隆产生的全部IgG和双链DNA（DSDNA）自身抗体的深刻抑制作用，在淋巴机构和骨髓中引起了不可能的效果，这使得对这种疾病的效果不佳，并提高了这种效果。（2）作者试图在人类肾脏活检和MRLLPR小鼠肾脏中的足细胞中降低SGLT2蛋白的表达，但是图2中缺乏管状信号清楚地表明，所使用的抗体未检测到SGLT2。1的确，sglt2在管状细胞的刷子边界中的显着染色，在人类肾脏活检的肾小球中几乎没有表达，抗中性粒细胞胞质抗体（ANCA）血管炎或狼疮2与肾炎2的较低者（scrna）的序列（scrna）不一足细胞中的表达水平。未使用适当的实验工具和控件。这与作者在转基因“ Podocyte”细胞系中发现强SGLT2蛋白表达的发现对比。（3）这种健康和患病的肾脏SCRNA测序数据集中的足细胞对NLRP3转录本也为阴性，因此，关于NLRP3炎性症的参与，所有的数据和推测都与已知的证据无关。尤其是，NLRP3免疫染色（在图4G中）1再次缺乏居民或浸润的单核吞噬细胞中的正信号，识别出所述信号是非特异性的。从这个意义上讲，我们最近反驳了体内原代人足细胞和小鼠足细胞中功能性NLRP3炎症体的主张。3此外，我们在同一小鼠模型中对empagliflozin进行了类似的研究，并且没有观察到任何报告的发现（未提交）。我们认为，狼疮性肾炎患者将在慢性肾脏疾病的进展和相关心血管发病率方面受益于SGLT2抑制作用，但Zhao和SoAthors的报告似乎暗示SGLT2抑制作用将是系统性自动自动抑制的有效抑制器。纸张，就其文章而言，得出的结论不受提供的数据的支持。
硫四醇素在体内具有复杂的作用，但是RNA聚合酶II的直接抑制剂。
Thiolutin has complex effects in vivo but is a direct inhibitor of RNA Polymerase II in 1 vitro 2 Chenxi Qiu 1,6 , Payal Arora 1,2 , Indranil Malik 1,7 , Amber J. Laperuta 3,8 , Emily M. Pavlovic 4,9 , Scott 3 Ugochukwu 5 , Mandar Naik 1,10 , Craig Kaplan 2 4 5 1 Department德克萨斯州A＆M大学生物化学与生物物理学，德克萨斯州大学站6 77843，美国7 2宾夕法尼亚州匹兹堡大学生物科学系15260，美国8 3 Stevenson大学，Stevenson University，Stevenson，Stevenson，Stevenson，Stevenson，MD 21153，MD 21153，M. 9 4 44 HAM HAM HAM HAM MARCOS，SAN RICHOND，美国4774，4774，10 55.4774，10 55.47344，10 55.47344.4774 78666美国11 6现在的地址：哈佛医学院，马萨诸塞州波士顿，马萨诸塞州02115，美国12 7现在的地址：生物技术系印度印度技术研究所海得拉巴，海得拉巴13号，桑加里德迪，塔兰加纳，印度TERANGANA，印度14 8现在地址：生物科学系：匹兹堡，匹兹堡，帕特斯堡，帕特斯堡，帕特斯堡，帕特斯堡，帕特斯堡，帕特斯堡，1522117，922117， Duluth，MN 55812，USA 17 10当前地址：分子药理学，生理学和生物技术部，布朗大学18号，普罗维登斯，RI 02912，美国19 20 21摘要22硫醇素是一种自然产物转录抑制剂，具有未解决的作用方式。硫醇蛋白23和相关的二硫代吡咯酮纯霉素螯合Zn 2+和先前的研究得出结论24，RNA聚合酶II（POL II）在体内抑制是间接的。在这里，我们提出了化学遗传学25和生化方法，以研究硫醇蛋白在糖疗法中的作用方式26酿酒酵母。我们识别出改变对硫四醇素敏感性的突变体。31抑制作用需要MN 2+，并且由于多余的DTT消除了其32个影响，因此需要适当的硫醇素。我们提供了遗传证据27硫醇素在体内引起硫氧还蛋白的氧化，并且硫醇素都诱导氧化28胁迫，并与包括Mn 2+和Cu 2+在内的多种金属在功能上相互作用，而不仅仅是Zn 2+。29最后，我们在体外表现出直接抑制RNA聚合酶II（POL II）转录起始，以支持经典研究，硫四醇素可以直接在体外抑制转录。易于停止，如果绕过抑制作用，可以在体外观察到缺陷。33硫四列霉素对体内POL II占用率的影响广泛，但主要影响与34个先前的TOR途径抑制和胁迫诱导的观察结果一致，这表明硫四醇素的使用35在体内应限于其作用模式的研究，而不是作为实验工具。36 37