1 Center for Experimental and Molecular Medicine, Amsterdam UMC location University of Amsterdam, Amsterdam, The Netherlands 2 Department of Intensive Care Medicine, Université Catholique de Louvain, Louvain-la-Neuve, Belgium 3 Intensive care unit and Inserm CIC 1435 & UMR 1092, University Hospital Centre of Limoges, Limoges, France 4 Critical Care Department, San Carlos Clinic Hospital,西班牙马德里5人类遗传学系,阿姆斯特丹UMC地点Vrije Universiteit Amsterdam,阿姆斯特丹,荷兰6号,6分子医学与生物群中心,马尔塔斯大学马尔塔大学,马尔塔大学7 7美国马萨诸塞州,美国9号马德里细胞疗法技术中心,西班牙TRES CANTOS 10传染病司,阿姆斯特丹UMC UMC位置,阿姆斯特丹,阿姆斯特丹,阿姆斯特丹,荷兰
人类肠道中宿主微叶相互作用的机理研究受到与肠上皮细胞的共培养微生物的困难。一方面肠道细菌是兼性,气化剂或强性厌氧菌的混合物,而肠上皮则需要氧气才能生长和功能。因此,可以重现这些对比的氧气要求的共培养系统是我们理解人类肠道中微生物 - 宿主相互作用的关键步骤。在这里,我们展示了肠道类器官植物植物共培养(IOPC)系统,这是一种简单且具有成本效益的方法,用于将厌氧肠肉芽菌与人肠癌(HIOS)共培养。使用具有不同程度的氧气耐受性的共生厌氧菌,例如纳米 - 大道细菌型毒菌菌菌和严格的Anaerobe blautia sp。IOPC概括了在体内看到的肠上皮的对比度。IOPC培养的HIO显示出增加的屏障完整性,并诱导了免疫调节基因的表达。转录组分析表明,来自不同捐助者的HIO在其对厌氧菌对共培养的反应的大小上显示出差异。因此,IOPC系统提供了可靠的共培养设置,用于研究复杂的,患者衍生的肠道组织中的宿主微生物相互作用,可以促进研究微生物群落在健康和疾病中作用的机制。
大量研究表明,共生微生物及其与宿主的相互作用与免疫系统发育 1,2 、衰老 3 、健康和疾病 4,5 以及治疗干预的有效性 6,7 有关。这种复杂的跨物种关系的关键组成部分是微生物群落、肠道上皮和免疫系统。了解宿主和相关微生物群之间复杂的动态已成为一个关键的研究领域。体外系统提供了一个受控环境来研究微生物群落及其与宿主组织的相互作用,由于动物和人体研究的复杂性和伦理问题,它们提供的见解往往在体内研究中无法获得。这些模型包括简单的单一培养到模拟宿主组织三维结构和微环境的复杂微流体装置 8,9 。它们为微生物定植、免疫反应和代谢相互作用提供了宝贵的见解。最近的方法学进步增强了这些模型的生理相关性,弥合了体外发现和生物过程之间的差距。
阴道微生物组组成与宿主健康密切相关。由特定厌氧菌(例如,阴道gardnerella)主导的微生物组称为细菌性阴道病(BV),与负面的健康结果有关,而乳酸杆菌属物种的定殖被认为可以预防BV。然而,乳酸杆菌内体在阴道健康中的作用是有争议的,有证据表明某些菌株可能无法预防BV,而其他菌株则可能无法防止BV。为了更好地表征L. iners菌株,需要在体外研究它们与阴道细菌和人类细胞的相互作用,但由于缺乏液体培养基的快速生长而阻碍了这种情况。我们开发了三种液体培养基的生长:Serrador适应ISCOVE的ISCOVE的培养基(Slim),这导致了强大的L. Iners生长,Slim-V(Slim-V)的阴道适应性版本(Slim-V)和一种化学定义的培养基(Slim-CD)(Slim-CD)。纤细和纤细的V型生长可显着改善。纤细-CD导致生长速度较慢,但可能被证明可用于表征L. iners的营养需求或代谢物生产。修改后的Slim-V版本支持人宫颈上皮细胞的生长,并为将来的共培养工作提供了基础。在这里,我们介绍了纤细,纤细V和Slim-CD的制剂,并比较了培养基中细菌菌株和人类细胞的生长。
腺相关病毒 (AAV) 是广泛用于递送基因疗法以治疗各种人类疾病的载体。截至 2024 年 3 月,美国 FDA(食品和药物管理局)已批准了 5 种基于 AAV 的疗法,并且正在进行 200 多项临床试验。1 生产 AAV 的方法包括在宿主细胞(例如 HEK293)中进行瞬时三重转染、基于杆状病毒的表达系统和无辅助病毒方法(例如单纯疱疹病毒 (HSV) 系统)。2 AAV 颗粒通常在细胞内,AAV 纯化过程通常始于通过洗涤剂裂解将病毒从宿主细胞中释放出来;该细胞裂解过程也经常将 hcDNA 释放到液体中。最终产品中存在 hcDNA 对经过处理的细胞构成了重大的安全隐患
4。Results .......................................................................................................................... 59
1 IRCCS Humanitas Research Hospital,通过Manzoni 56,20089 Rozzano,意大利; stefano.mancin@humanitas.it(S.M.); sofia.matteucci@humanitas.it(S.M.)2个糖尿病学单位,阿苏尔·马尔(Asur Marche),通过奥古斯托·默里(Augusto Murri)21,63900意大利费莫(Fermo); giovanni.cangelosi@virgilio.it 3药学,卫生和营养科学系(DFSSN),卡拉布里亚大学,意大利87036 Rende; sara.morales@unical.it 4护理学院,ASST SANTI PAOLO E CARLO,“ SAN PAOLO”校园,米兰大学,20142年,米兰,意大利米兰5医学与健康科学学院,瓦伦西亚瓦伦西亚瓦伦西亚圣维切斯特·米蒂尔,瓦伦西亚大学,瓦伦西亚大学,C/Quevedo,C/Quevedo,C/Quevedo Elena.sandri@ucv.es 6校园Bio-Medico di Roma University医学与外科科学系研究部门,经Alvaro del Portillo 21,意大利罗马00128; marco.sguanci@unicampus.it *通信:m.piredda@unicampus.it;电话。: +39-062-2548-833
图3附属大学/组织/机构A:循环RNA癌症疫苗的前15个组织B:循环RNA癌症疫苗的组织网络C:RNA癌症疫苗的前15个组织D:RNA癌症疫苗的组织网络
移动遗传因素(MGE)的交换促进了功能性状的传播,包括细菌群落内的抗菌抗性。目前缺乏在复杂的微生物群落中绘制MGE和识别其细菌宿主的工具,从而限制了我们对这一过程的理解。在这里,我们将单分子DNA荧光原位杂交(FISH)与多重核糖体RNA-fish相结合,以同时可视化MGE和细菌分类单元。我们在空间映射的噬菌体和抗菌耐药性(AMR)质粒中鉴定了其在人口腔生物膜中的宿主分类群。这揭示了AMR质粒和预言的独特簇,与宿主细菌的密集区域一致。我们的数据表明,细菌分类群中的空间异质性导致社区内部的MGE分布,MGE簇是由水平基因转移热点或MGE携带菌株的扩展产生的。我们的方法可以帮助推进生物膜中AMR和噬菌体生态的研究。
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