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使用Sommer软件包的定量遗传学
SOMMER软件包的开发是为了为R用户提供功能强大可靠的多元混合模型求解器，用于在二倍体和多倍体生物中的不同遗传和非遗传分析。此软件包允许用户估算混合模型的差异组件，并具有指定随机效应的方差 - 稳定率结构的优势，指定异质方差，并获得其他参数，并获得其他参数，例如浮肿，布鲁斯，蓝调，残留的值，填充的值，for for for for for for for for for for for for for for for for for for for of of of。使用Armadillo库将软件包的核心算法编码在C ++中，以优化DERECT INVERTION算法中常见的密集矩阵操作。尽管Vignette显示了使用MMER函数的示例，但是使用MMEC功能可以比供估计的系数多的记录更快，我们强烈建议您转移到MMEC功能的使用。
D4.1 应用领域和能力图 | Excellerat
2.1 参考应用程序第一个参考应用程序 Nek5000 (C1) [1] 是一个基于谱元法 (SEM) 的流体和传热求解器，具有悠久的开发历史。在 20 世纪 90 年代中期，它是第一个可用于分布式内存计算机的代码，并于 1999 年因算法质量和持续的并行性能而获得了戈登贝尔奖。良好的扩展属性是通过将基于 SEM 的域分解为一系列不相交的谱子域来实现的，这允许将全局算子分解为一组局部执行的密集矩阵-矩阵乘法，并结合通过直接刚度求和的通信步骤。这种域分解也可用于提高模拟的可靠性，因为可以在运行过程中动态修改域分解以最小化估计的计算误差。在 EXCELLERAT 中，KTH 将致力于 Nek5000 的开发，重点关注与 WP4 服务数量相对应的多个方面，例如：使用伴随算法（内在优化方法）进行自适应网格细化、不确定性量化（数值方法、数据缩减算法）、使用加速器（移植到新架构、节点级性能工程）或后处理数据缩减（现场可视化）。它涵盖了从预处理阶段开始的整个模拟周期，其中必须生成相对复杂几何的粗六边形网格（网格划分算法）。在模拟阶段，我们将专注于非一致网格的压力预处理器（数值方法）和通信内核（系统级性能工程）。
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2.1 参考应用程序 第一个参考应用程序 Nek5000 (C1) [1] 是一个基于谱元法 (SEM) 的流体和传热求解器，具有悠久的开发历史。在 20 世纪 90 年代中期，它是第一个可用于分布式内存计算机的代码，并于 1999 年因算法质量和持续并行性能而获得 Gordon Bell 奖。良好的缩放特性是通过将基于 SEM 的域分解为一组不相交的谱子域来实现的，这允许将全局运算符拆分为一组局部执行的密集矩阵-矩阵乘法，并结合通过直接刚度求和的通信步骤。这种域分解也可用于提高模拟可靠性，因为可以在运行过程中动态修改域分解以最小化估计的计算误差。在 EXCELLERAT 中，KTH 将致力于 Nek5000 的开发，重点关注与 WP4 服务数量相对应的多个方面，例如：使用伴随算法（内在优化方法）进行自适应网格细化、不确定性量化（数值方法、数据缩减算法）、使用加速器（移植到新架构、节点级性能工程）或后处理数据缩减（现场可视化）。它涵盖了从预处理阶段开始的整个模拟周期，其中必须生成相对复杂几何形状的粗六边形网格（网格划分算法）。在模拟阶段，我们将专注于非一致网格的压力预处理器（数值方法）和通信内核（系统级性能工程）。
边界元素方法中的高级技术
本论文描述了旨在提高边界元素方法（BEM）的效率的研究活动，专门关注在声学和电磁模拟领域内的数学和算法挑战。BEM方法中的贡献机会很多，因为该方法在某些特定的应用方案中提出的挑战。BEM中的进步可能包括函数离散化，数值和分析集成或预处理技术。当前，最广泛的扩展技术涉及离散化方法，可以将其描述为低阶，因为它们采用了低阶，通常是一两个表示功能。尽管如此，分析表明，高阶方法在许多情况下提供了更好的计算效率。本论文在这一研究领域中深入研究了各种技术。这项研究扩展到医学成像的领域，特别是在磁共振成像（MRI）中提高（LARMOR）频率共振的高阶挑战。所提出的方法产生了令人鼓舞的结果，表明共振分解过程的潜在改善。引入了二维问题的快速直接求解器，利用从任意结构中提取循环问题。通过制定临时策略，进一步扩展了此方法以支持高阶离散功能。同时，不同的方法可能会导致计算和内存强度之间的不同权衡。一个关键的挑战是与BEM中产生的密集矩阵相关的隐含计算复杂性，在BEM中，标准求解器的时间复杂 - 最多为O（n 3），n是未知数的数量。快速求解器允许减轻这种效果，并且所选方法可能是出现的时间复杂性及其内在适应性之间的妥协。这项研究活动引入了一种多内核方法，旨在有效地压缩涉及多个操作员的BEM矩阵。提出的方法有效地降低了记忆成本，而无需增加计算成本。总而言之，这些活动促进了数值的演变，从工程应用到医学科学的成像技术。