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World File Search System富集
识别新型蛋白质生物标志物和药物靶点...
为了探索13种循环蛋白的编码基因在结肠肿瘤组织中是否具有细胞类型特异性富集，我们进一步使用来自GEO的单细胞RNA测序数据进行单细胞类型表达分析。细胞被聚类为11个簇，进一步分为六种细胞类型（上皮细胞、B细胞、单核细胞、组织干细胞、T细胞、内皮细胞）（图4A）。13个蛋白质编码基因中有12个在结肠肿瘤组织中有表达数据；图4（B和C）显示了每个簇中这12个编码基因的单细胞表达。其中，6个蛋白质编码基因在结肠肿瘤组织中具有细胞类型特异性富集，平均Log 2 FC> 0.5和FDR<0.05水平（图4D）。GREM1、MMP2和TIMP2主要富集在组织干细胞中，而FUT3和
人类神经类器官突触结构的分离和表征
突触体传统上是从啮齿动物或死后人类脑组织中富集的，但啮齿动物模型缺乏人类特有的突触特征，而死后组织中突触体的功能受到死后间隔的限制，并且通常仅显示疾病终点。此外，由于道德问题和可用性问题，只有少数研究针对人类样本。然而，神经类器官 (NO) 已成为分离完整和活的人类神经末梢以研究人类特有的突触传递方面的可能新来源。此外，突触体的富集通常使用密度梯度离心进行，这需要大量的起始材料。在本研究中，我们开发了一种应用差速离心方案从人类 NO 中富集突触结构的方法。然后，我们使用基于质谱的定量蛋白质组学来记录突触和生长锥特异性蛋白的富集，并在 KCl 刺激下进行定量磷酸化蛋白质组学来证明衍生突触结构的活力和生理功能。
肠道衍生代谢产物的未靶向代谢组学来自Garambullo的体外结肠发酵（Myrtillocactus GeoMetrizans）
Garambullo是一种多酚和富含纤维的水果，但是在体外发酵过程中的表现和潜在的衍生健康益处尚未探索。这项研究旨在通过对加拉布洛体外结肠发酵衍生的代谢产物进行富集分析，进行非靶向的代谢组学。此外，由于其生物学相关性，对短链脂肪酸（SCFA）进行了识别和量化。通过未靶向的代谢组学分析了发酵提取物（0、6和24 H发酵）。鉴定了总共50种代谢产物，例如苯，吲哚，苯酚和脂肪酸。丁酸是其中一种生产的SCFA，在24小时后增加（p <0.05）。结肠代谢产物的代谢组富集分析表明了几种条件的调节。这些结果表明，Garambullo结肠代谢产生的生物活性分子可能会对肠道和全身健康产生有益的影响。尽管应谨慎地解释富集分析的结果，但它们值得进一步研究Garambullo的健康益处。
2021/05/25高级反应堆Geis Docs
dn30新的30B超额包装设计当前的认证包括：•dljɖ＆ĩƌh＆ћћћћћstription-ƌŝŷŝŷőƌstriptionƌdiv> dn所有30b h＆ћdn周还包括：USA-9362-AF和F/420/AF•类型•对于符合LSA-II要求的商业级或后处理的UF6，并且富集不超过5 wt。％U-235。f/420/if•用于含有商业级铀或重新加工的铀的UF6型F型F型，铀中的富集不超过5 wt。％U-235。f/420/b（u）f•csi = 0
通过通路富集分析和中心基因-miRNA 网络揭示多囊卵巢综合征 (PCOS) 中的关键生物标志物和治疗药物
背景：多囊卵巢综合征 (PCOS) 影响着全球育龄妇女，发病率为 5% - 26%。越来越多的证据表明，微小 RNA (miRNA) 在 PCOS 的颗粒细胞 (GC) 病理生理中发挥着重要作用。目的：本研究的目的是通过分析三个不同的微阵列数据集，确定枢纽基因-miRNA 网络中差异表达最显著的 miRNA (DE-miRNA) 及其相应的靶标，并识别新的 DE-miRNA。此外，还使用生物信息学方法进行了功能富集分析。最后，研究了排名前 5 位的枢纽基因与药物之间的相互作用。方法：使用生物信息学方法，分析了基因表达总集 (GEO) 中的三个 GC 谱，即基因表达总集系列 (GSE)-34526、GSE114419 和 GSE137684。使用 multiMiR R 包预测排名靠前的 DE-miRNA 的靶标，并且仅检索具有验证结果的 miRNA。将“DE-miRNA 预测结果”和“现有组织 DE-mRNA”之间共同的基因指定为差异表达基因 (DEG)。对 DEG 实施了基因本体 (GO) 和通路富集分析。为了识别枢纽基因和枢纽 DE-miRNA，使用 Cytoscape 软件构建了蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络和 miRNA-mRNA 相互作用网络。利用药物-基因相互作用数据库 (DGIdb) 数据库来识别排名靠前的枢纽基因与药物之间的相互作用。结果：从 GSE114419 和 GSE34526 微阵列数据集中检索到的前 20 个 DE-miRNA 中，只有 13 个通过 multiMiR 预测方法具有“验证结果”。在研究的 13 个 DE-miRNA 中，只有 5 个，即 hsa-miR-8085 、 hsa-miR-548w 、 hsa-miR-612 、 hsa-miR-1470 和 hsa-miR-644a，与我们研究中的枢纽基因-miRNA 网络中的 10 个枢纽基因表现出相互作用。除 hsa-miR-612 外，其他 4 个 DE-miRNA，包括 hsa-miR-8085 、 hsa-miR-548w 、 hsa-miR-1470 和 hsa-miR-644a ，都是新发现的，之前尚未在 PCOS 发病机制中报道过。此外，GO 和通路富集分析将京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 中的“致病性大肠杆菌感染”和 FunRich 中的“调节 Rac1 活性”确定为主要通路。药物中心基因相互作用网络确定 ACTB 、 JUN 、 PTEN 、 KRAS 和 MAPK1 是使用治疗药物治疗 PCOS 的潜在靶点。结论：本研究结果可能有助于研究人员发现 PCOS 治疗中的新生物标志物和潜在治疗药物靶点。
靶标富集纳米孔测序和从头组装揭示了 CRISPR-Cas9 在人类细胞中诱导的复杂靶标基因组重排同时发生
CRISPR-Cas9 系统被广泛用于通过双向导 RNA 永久删除基因组区域。CRISPR-Cas9 可能会引起基因组重排，但持续的技术发展使得表征复杂的靶向效应成为可能。我们将创新的基于液滴的靶向富集方法与长读测序相结合，并将其与定制的从头序列组装相结合。这种方法使我们能够在靶向基因组位点内以千碱基规模剖析序列内容。我们在此描述了 Cas9 造成的广泛基因组破坏，包括靶区域基因组重复和倒位的等位基因共存，以及外源 DNA 的整合和聚集的染色体间 DNA 片段重排。此外，我们发现这些基因组改变导致功能异常的 DNA 片段并可改变细胞增殖。我们的发现拓宽了 Cas9 删除系统的结果范围，强调了细致的基因组验证的必要性，并引入了一种数据驱动的工作流程，能够以更高的分辨率详细剖析目标序列内容。
相关免疫细胞浸润的生物信息学分析...
方法：用于对ONFH患者和健康对照组中的mRNA表达训练进行仔细检查，其数据整合来自GEO数据库。de mRNA。通过基因和基因组（KEGG）途径富集分析，基因本体论（GO）功能分析以及基因集富集分析（GSEA）的基因和基因组（KEGG）途径富集分析，基因和基因组百科全书（GSEA）探索了DE mRNA的生物学功能。此外，支持向量机 - 递归特征消除（SVM-RFE）和最低绝对收缩和选择操作员（Lasso）（Lasso）被用来辨别与该疾病相关的诊断生物标志物。接收器操作特征（ROC）分析用于评估特征基因的统计性能。使用QRT-PCR在从ONFH患者和健康对照组中获得的骨组织中进行关键基因的验证。成骨分化，以验证关键基因与成骨分化之间的相关性。最后，执行免疫细胞进行锻炼分析以评估ONFH中的免疫细胞失调，同时探索免疫细胞内效率与关键基因之间的相关性。
耐链霉素结核分枝杆菌的全基因组 DNA 甲基化、转录组和蛋白质组概况
耐链霉素（SM）的结核分枝杆菌（ M . tuberculosis ）是结核病（TB）治疗中关注的焦点，但其具体的耐药机制尚不清楚。本研究主要通过多基因组学的联合分析，对链霉素耐药相关基因进行初步筛选。通过全基因组甲基化、转录组和蛋白质组分析，阐明结核分枝杆菌H37Rv中特定基因与链霉素耐药性的关联。甲基化分析显示，SM耐药组与正常组之间有188个基因存在差异甲基化，其中89个基因为高甲基化，99个基因为低甲基化。功能分析显示，这188个差异甲基化基因富集在74条通路中，多数富集在代谢途径中。转录组分析显示耐药组与正常组之间有516个差异表达基因，其中显著上调和下调的基因分别有263和253个。KEGG分析表明这516个基因富集在79条通路上，大多数基因富集在组氨酸代谢途径，甲基化水平与mRNA丰度呈负相关。蛋白质组分析发现56个差异表达蛋白，其中14个上调，42个下调。此外，通过综合分析获得了3个枢纽基因（coaE、fadE5和mprA）。本研究结果提示，整合的DNA甲基化、转录组和蛋白质组分析可为SM耐药结核分枝杆菌H37Rv的表观遗传学研究提供重要资源。
研究论文基于网络药理学的方法预测连花清瘟胶囊治疗慢性中风的活性成分和潜在机制
SARS-CoV-2 引起的严重呼吸道疾病爆发已导致数百万人感染，并引发全球健康担忧。连花清瘟胶囊（LHQW-C）是一种广泛用于治疗呼吸系统疾病的中药复方，在治疗 2019 年冠状病毒病 (COVID-19) 中显示出治疗效果。然而，LHQW-C 在治疗 COVID-19 中的有效成分、药物靶点和治疗机制尚不清楚。本研究采用集成网络药理学方法，包括药代动力学筛选、靶点预测（宿主靶点和 SARS-CoV-2 靶点）、网络分析、GO 富集分析、KEGG 通路富集分析和虚拟对接。最终筛选出 LHQW-C 中的 158 种有效成分，预测出 49 个靶点。GO 功能分析显示这些靶点与炎症反应、氧化应激反应和其他生物过程有关。 KEGG富集分析表明，LHQW-C的靶点高度富集到多种免疫反应相关和炎症相关通路，包括IL-17信号通路、TNF信号通路、NF-κB信号通路和Th17细胞分化。此外，四种关键成分（槲皮素、木犀草素、汉黄芩素和山奈酚）与SARS-CoV-2 3-胰凝乳蛋白酶样蛋白酶（3CL pro）表现出较高的结合亲和力。研究表明，LHQW-C中的一些抗炎成分可能调节COVID-19重症患者的炎症反应。
使用 Enrichment Dx 进行 Illumina DNA 制备
Illumina DNA Prep with Enrichment Dx 是一种文库制备和富集解决方案，符合欧盟 (EU) 关于体外诊断医疗器械的法规 2017/746，并受美国食品药品管理局 (FDA) 监管。它支持来自人体细胞和组织的各种基因组 DNA (gDNA) 的文库制备，包括从全血或福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 组织中提取的 gDNA（表 1）。作为下一代测序 (NGS) 工作流程的一部分，Illumina DNA Prep with Enrichment Dx 使临床实验室能够将有针对性的测序富集面板添加到其诊断应用程序中（图 1）。