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CaBagE：一种基于 Cas9 的背景消除策略，用于靶向、长读 DNA 测序
由于旁系同源、复杂的单倍型结构或串联重复，人类基因组的很大一部分难以用短读 DNA 测序技术进行检测。长读测序技术（例如 Oxford Nanopore 的 MinION）能够直接测量复杂的位点，而不会引入短读方法固有的许多偏差，尽管它们的通量相对较低。这一限制促使人们最近努力开发无扩增策略来定位和富集感兴趣的位点，以便随后用长读进行测序。在这里，我们介绍了 CaBagE，这是一种高效且有用的靶标富集方法，可用于对大型、结构复杂的靶标进行测序。CaBagE 方法利用 Cas9 与其 DNA 靶标的稳定结合来保护所需片段不被核酸外切酶消化。然后使用 Oxford Nanopore 的 MinION 长读测序技术对富集的 DNA 片段进行测序。使用健康供体 DNA 对长度为 4-20kb 的五个基因组靶标进行测试时，使用 CaBagE 进行富集可获得 116X 覆盖率（范围为 39-416）的靶标位点中位数。四种癌症基因靶标在单个反应中富集并在单个 MinION 流动槽中进行多路复用。我们进一步证明了 CaBagE 在两名具有 C9orf72 短串联重复扩增的 ALS 患者中的效用，以产生与每个个体的重复引发 PCR 得出的基因型相称的基因型估计值。使用 CaBagE，可以在测序之前对给定样本中的靶标 DNA 进行物理富集。此功能允许跨测序平台进行适应性，并可能用作测序以外应用的富集策略。CaBagE 是一种快速富集方法，可以阐明人类疾病背后的“隐藏基因组”区域。
恶性疟原虫组氨酸富集蛋白 2 缺失的遗传特征及其对印度奥里萨邦疟疾干预的影响
摘要。通过恶性疟原虫 (P. falciparum) 富含组氨酸的蛋白质 2 (pfhrp2) 基因缺失而导致的诊断逃逸是全球消除疟疾工作的主要潜在障碍。我们调查了印度奥里萨邦 15 个疟疾流行村 pfhrp2 基因缺失的流行情况，并模拟了它们对正在进行的国内疟疾干预计划的影响。我们发现 61.6% 的亚潜伏性恶性疟原虫感染（即快速诊断测试 [RDT] 阴性和聚合酶链反应 [PCR] 阳性）有 pfhrp2 基因缺失，这些缺失主要位于外显子 2 区域（96.2%），并且主要在发热个体的样本中发现（82.6%）。在携带完整 pfhrp2 外显子 2 基因座的亚专利感染个体样本子集中，我们对 DNA 测序和蛋白质多样性特征进行了表征。我们的分析揭示了新的氨基酸重复基序（231 – 293 个氨基酸），这些变异重复序列与 RDT 1 /PCR 1 样本的重复序列不同。我们还在 pfhrp2 基因缺失的背景下评估了国家资助的大规模筛查和治疗干预。我们发现，与单独进行 RDT 治疗相比，大规模筛查和治疗结合其他干预措施（例如分发长效杀虫蚊帐、室内滞留喷洒）降低了携带 pfhrp2 缺失的恶性疟原虫（调整后的相对风险比 [aRRR] = 0.3；95% CI = 0.1 – 1.0）和携带完整 pfhrp2 基因的恶性疟原虫（aRRR = 0.4；95% CI = 0.2 – 1.1）的相对感染风险。总之，我们的研究结果强调，在印度朝着 2030 年消除疟疾的目标迈进之际，需要替代的诊断目标和工具。
引用：Belchev Z，Boulos ME，Rybkina J等。远程交付的针对创伤性脑损伤的环境富集干预：研究方案
摘要引入中等重度创伤性脑损伤（M-STBI）的人经历了脑部造成的脑部和行为下降。纵向研究发现，大多数M-STBI患者在伤害后5到12个月表现出显着的海马萎缩，与认知环境富集降低有关（EE）。令人鼓舞的是，参与EE已被证明会导致神经改善，这表明这是抵消M-STBI海马神经变性的有前途的途径。同种形式的空间导航（即，柔性，鸟类视图方法），是M-STBI中EE的良好候选者，因为它与海马激活和减少与年龄相关的体积损失减少有关。EE的功效需要在大多数当前的医疗服务系统中进行强化的日常培训。 目前的方案是一种新颖的，远程交付和自我管理的干预措施，旨在利用EE和中心空间导航，以抵消海马萎缩，并有可能改善M-STBI患者的海马功能，例如导航和记忆。 的方法和分析正在从城市康复医院招募八十四名参与者，并将其随机分为有针对性的空间导航或主动对照组的16周干预（5小时：80小时：80小时）。 空间导航小组使用包括日常导航挑战的Google街道视图对不同城市进行结构化探索。 主动对照组观看并回答有关教育视频的主观问题。EE的功效需要在大多数当前的医疗服务系统中进行强化的日常培训。目前的方案是一种新颖的，远程交付和自我管理的干预措施，旨在利用EE和中心空间导航，以抵消海马萎缩，并有可能改善M-STBI患者的海马功能，例如导航和记忆。的方法和分析正在从城市康复医院招募八十四名参与者，并将其随机分为有针对性的空间导航或主动对照组的16周干预（5小时：80小时：80小时）。空间导航小组使用包括日常导航挑战的Google街道视图对不同城市进行结构化探索。主动对照组观看并回答有关教育视频的主观问题。在短暂的方向上，参与者在自己的家用计算机上进行了远程自我管理。除了可行性和依从性措施外，还收集了干预前和干预后的临床和实验认知措施以及MRI扫描数据，以确定行为和神经功效。伦理和传播道德批准是从大学卫生网络和多伦多大学的道德委员会获得的。调查结果将在学术会议上提出，并提交给同行评审的期刊。
富含硼的金属二吡啶的非平衡反应性...
图1：富含硼的六角形面孔的热力学的从头开始。（a）BOB 2表面的表面相图，其额外表面硼的覆盖范围与B大典型的全局优化采样的覆盖范围不同。虚线标记了与B富集相关的化学潜力。（b）在与B富集相关的化学势方面，采样表面相的大规范自由能。（c）三个表面相（B 0，B 1/9和B 1/3）结构的顶部和前视图，可以通过硼 - 富集来制备。额外的硼原子以黄色圆圈标记。原子的颜色代码：mo - 蓝色，b - 粉红色。
神经影像学促进亨廷顿氏病的临床试验：EHDN成像工作组的当前意见
摘要。神经影像越来越多地包括在亨廷顿疾病（HD）的临床试验中，从参与者选择和安全监测到疾病改良的证明，从参与者选择和安全监测到疾病。选择适当的方式和相关分析工具需要仔细考虑。代表EHDN成像工作组，我们提出了有关将神经影像纳入高清试验的实用性和未来前景的当前意见。涵盖结构 - 功能 - 功能和扩散的关键成像方式 - MRI，灌注成像，正电子发射断层扫描，磁共振光谱和磁脑摄影，我们解决了如何在HD试验中使用神经影像，以：1）辅助患者选择，富集患者，富集，富集，富集，富集，层次，层次，层次，层次，安全性监测和安全性； 2）展示生物分布，目标参与和药效学； 3）提供疾病改良的证据； 4）了解治疗后大脑重组织。我们还提出了将研究方法论转化为临床试验环境的挑战，包括设备要求和成本，获取和分析的标准化，患者负担和侵入性以及结果的解释。我们得出的结论是，在适当考虑模式，研究设计和分析的情况下，成像具有巨大的潜力，可以促进HD中有效的临床试验。
组织和液体活检样本中的敏感变异分析
根据 Illumina 无细胞 DNA 富集制备用户指南中的详细说明，从碎片化的 FFPE DNA 或 cfDNA 制备 Illumina 无细胞 DNA 富集制备文库。对于 FFPE DNA，超声处理后，将 45 μl 碎片 DNA（~40 ng）转移到 96 孔 PCR 板中以进行最终修复反应。对于 ctDNA 样本，将 20 ng DNA 输入文库制备中。对“浓缩索引文库”步骤进行了更改，按质量而不是体积进行汇集，以适应在本研究期间测试的单个文库制备中的 1 重、4 重和 12 重文库汇集。使用 Qubit dsDNA BR 检测（Thermo Fisher Scientific，目录号 Q32853）对文库进行量化。为了适应更大的体积，每个文库汇集了 250 ng，并对协议进行了一些修改。富集是使用定制的 79 基因探针面板进行的，如 Illumina 无细胞 DNA 富集准备用户指南中所述。
青春期的环境富集减轻了成年大鼠的连续和间歇性围产期酒精暴露而导致的认知缺陷和酒精脆弱性
围产期酒精暴露会影响个体神经发育，导致身体和功能性的长期异常，治疗方案有限。这项研究调查了后代认知功能和酒精脆弱性行为读数的连续和间歇性饮酒对后代的长期后果。还评估了青春期环境富集（EE）的影响。雌性大鼠进行连续饮酒（CAD） - 或间歇性酒精饮用范式（IAD），沿预孕，妊娠和哺乳期，等于人类的整个妊娠期。男性后代在标准条件或EE中饲养，直到成年，然后在新型的对象识别测试中评估宣言记忆；莫里斯水迷宫（MWM）中的空间学习，知名度和参考记忆；饮酒和通过两瓶选择范式复发。我们的数据表明，围产期CAD降低了对控件的运动活动，探索性行为和声明性记忆，而围产期IAD则显示出声明性记忆和空间学习和记忆的受损。此外，围产期酒精暴露的后代与对照相比，均显示出对酒精造成行为的脆弱性，尽管围产期IAD大鼠均显示出相对于围产期-CAD后代的饮酒和复发行为。ee在围产期CAD中改善了声明性记忆，同时减轻了围产期幼虫后代的空间学习和参考记忆障碍。此外，EE在对照和围产期酒精暴露的大鼠中降低了对酒精的脆弱性。产妇饮酒会产生与饮酒模式相关的
通常健康的肠运动频率异常的个体显示出与肾功能降低相关的微生物衍生的血液代谢物的富集
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