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Icacina 物种：选定的多靶点分子对接
摘要：利用计算机模拟评估了 Icacinol、Icacenone 和 Icaceine 对金黄色葡萄球菌的活性。使用 SwissDock 将化合物与六种蛋白质 2ZCO、1JIJ、1TVF、1N67、3TTZ 和 4H8E 对接。将结果与头孢他啶、庆大霉素、环丙沙星和亚胺培南对相同蛋白质的结果进行比较。使用 SwissADME 评估具有最佳结合亲和力的化合物的药物相似性。Icaceine (-7.45 kJ/mol) 对 1TVF 的结合亲和力与环丙沙星 (-7.44 kJ/mol) 和亚胺培南 (-7.58 kJ/mol) 相当。Icacinol (-7.68 kJ/mol) 对 3TTZ 的结合亲和力与环丙沙星 (-7.94 kcal/mol) 相当。伊卡西诺 (-7.46 kJ/mol) 对 1N67 的结合能与亚胺培南 (7.29 kJ/mol) 和环丙沙星 (-7.40 kJ/mol) 相当。伊卡西诺和伊卡西酮的结合能分别为 -6.40 kJ/mol 和 -6.75 kJ/mol，对 2ZCO 的亲和力与环丙沙星 (-6.49 kJ/mol) 相当。伊卡西诺 (-6.44 kJ/mol) 和伊卡西酮 (-6.80 kJ/mol) 对 4H8E 的结合能与环丙沙星 (-6.85 kJ/mol) 相当，而伊卡西诺 (-7.55 kJ/mol) 对环丙沙星 (-8.08 kJ/mol) 的结合能与环丙沙星 (-8.08 kJ/mol) 相当。伊卡西诺和伊卡西酮满足 Lipinski 的药物相似性条件。这两种化合物都显示出作为治疗金黄色葡萄球菌引起疾病的抗菌剂的前景。
目标 太空对接 里程碑 wi spadex 任务
什么是太空对接？ 太空对接是两个航天器或模块在太空中相互连接或附着的过程。这项技术允许航天器在轨道上对接，以实现特定目标。对接过程通常涉及一艘航天器（追逐者）接近另一艘航天器或空间站（目标）并与其对齐，以进行物理连接。 1. 空间站组装：对接是建造大型太空结构（如空间站）的关键，空间站中多个模块分别发射，然后在轨道上对接在一起。 2. 卫星维修：对接使航天器能够与卫星连接，以便在轨道上加油、维修或升级，从而延长卫星的使用寿命，而无需发射替换件。 3. 机组人员转移：对于载人航天任务，对接允许宇航员在航天器之间或航天器与空间站之间转移。 4. 资源共享：对接的航天器可以传输补给、电力和数据，支持深空探索等长期任务。太空对接是如何进行的
生物利用度研究和分子对接酚类化合物
罗勒（Ocimum Sanctum L.）是一种在印度尼西亚等热带地区生长的植物。该植物通常用作蔬菜或蔬菜。此外，O。Sanctum L.还拥有克服咳嗽，发烧，头痛等的财产（Chowdhury和Koike，2010年； Rahman等，2013）。均以提取物和化合物的形式均具有药理学活性，例如抗癌，抗氧化剂，抗炎性，抗炎性，抗糖尿病，抗菌药物，抗菌素，抗菌素，利什曼尼疗法，清虫和辐射保护剂。O. sanctum L.中包含的一些继发代谢产物是一种简单的酚类，多酚（黄酮类似，库玛林，新木剂），精油，三萜，倍半萜类化，类固醇，类固醇，糖苷，糖苷和甲状腺素（Singh and Cherebroade）（Singh和Chaudhuri，2018年）。
印度尼西亚活性海洋化合物的分子对接研究
1 农业研究计划，艾哈迈德达兰大学农业学院，印度尼西亚 *通讯作者：ikhymanno97@gmail.com 摘要 背景：许多天然和合成疗法被用于帮助 COVID-19（2019 冠状病毒病）患者的康复，但抑制这种病毒的有效性仍需进一步研究。 目的：预测海参中的硫酸软骨素化合物是否对 COVID-19 具有抗病毒活性。 方法：使用分子对接方法，基于硫酸软骨素与 6LU7 和 2GTB 蛋白（COVID-19 中发现的主要蛋白酶 (M pro)）的相互作用，测试其对 COVID-19 的抗病毒活性。研究阶段包括准备6LU7和2GTB蛋白质结构数据库，使用Biovia Discovery Studio应用程序准备和优化3D硫酸软骨素结构，以及使用Autodock 4.2应用程序验证6LU7和2GTB蛋白质上的分子对接和硫酸软骨素对接方法。结果：硫酸软骨素与6LU7蛋白具有较高的亲和力并形成氢键，其对6LU7受体的亲和力值为（-9.5 kcal/mol），RMSD Ib为（0.000），RMSD ub为（0.000），而2GTB蛋白的亲和力较低，即对2GTB受体的亲和力值为（-7.7 kcal/mol），RMSD Ib为（0.000），RMSD ub为（0.000）。结论：根据分子对接研究结果，硫酸软骨素具有抗病毒潜力，因为它与 6LU7 和 2GTB 蛋白具有亲和力，可以抑制 COVID-19 病毒的感染途径。关键词：COVID-19，硫酸软骨素，6LU7 和 2GTB 受体，分子对接
选定的生物活性化合物的分子对接研究...
摘要 阿尔茨海默病 (AD) 是一种复杂的神经退行性疾病，其特征是大脑中淀粉样β蛋白 (Aβ) 肽的积累。它是最常见的痴呆类型，从轻度记忆丧失开始，导致人与环境进行充分对话和反应的能力严重下降。β-分泌酶-1 (BACE-1) 是参与 Aβ 肽产生的关键酶，使其成为 AD 治疗药物发现的有吸引力的靶点。在此，本研究旨在调查选定的针对 BACE-1 蛋白的生物活性化合物的抗阿尔茨海默病潜力。使用 Pyrx 和 Biovia discovery studio 软件进行分子对接，以预测潜在的选定生物活性拮抗剂以及选定的配体、标准药物和靶蛋白之间的非共价相互作用。BACE-1 靶蛋白与配体对接；他克林、哈尔明、香豆素、小檗碱、吲哚、白藜芦醇、石杉碱、3-氯-R(2)、C(6)-双(4-氟苯基)-3-甲基哌啶-4-酮 (CFMP) 和标准阿尔茨海默病药物多奈哌齐和加兰他敏，然后确定具有最佳结合亲和力的配体。本研究的对接结果表明，当与选定的阿尔茨海默病靶蛋白对接时，白藜芦醇是具有最佳结合亲和力的配体。
移动海底停靠站与AUV之间的自主对接
摘要 - 自动摩托水车（AUV）的发射和恢复是这些船只运行的关键阶段，也是最可能的故障点之一。主要风险因素之一是天气状况，甚至可能完全阻止该过程。我们通过一个新颖的发射和恢复系统（LARS）解决了这个问题，该系统由一个高度可操作的Auv型停靠站组成，该站束缚在供应船上。虽然这可以缓解不利的天气条件，但需要更高的自主功能。在本文中，我们提出了一种新颖的方法，用于促进两种自动水下车辆之间的物理对接水下，而它们俩都在运动且具有紧密的公差。这是通过基于自定义距离度量的控制法之间融合来实现的。我们的方法在模拟和物理试验中得到了验证。
将网络药理学和分子对接整合到发现
摘要简介：鲁丁蛋白是一种黄酮醇糖苷，已知血糖还原活性。然而，其在降低血糖水平的分子机制尚不清楚。这项研究用于阐明鲁丁作为抗糖尿病药物的药理机制。方法：在相关数据库中筛选Rutin的潜在目标以构建复合目标网络。网络药理学用于识别与疾病，基因本体学和KEGG途径相关的靶标，并使用Autodock 4.2在ADT界面辅助的结果中证实了其潜在的结合亲和力：。结果强调了MTOR，PIK3R1和NFKB1R是通过网络药理学的潜在目标。与胰岛素信号通路，胰岛素抵抗，2型糖尿病，B受体信号通路，糖尿病并发症和胰腺癌中的年龄静电信号通路途径有关的靶标。所有对接协议的有效期为TNF-A，NF-KB，PI3K的RMSD值分别为0.72Å，0.67Å和0.54Å。分子对接已经通过与这些蛋白质稳定结合，估计的自由结合能值为-8.54 kcal/mol（nf -kb），-8.01 kcal/mol（pi3k）和-6.22 kcal/mol（tnf -l -l -l -l -l -l -l -li）。结论：该研究已通过稳定与NF-KB，TNF-和PI3K结合，对Rutin在DM管理中的分子机制有了深入的了解。但是，需要进一步的实验室实验研究，尤其是体外和体内测定。关键字：鲁丁，抗糖尿病，网络药理学，分子对接，虚拟筛查
洞察与葡萄糖酶的茉莉花分子对接相互作用
iabetes mellitus（DM）是印度尼西亚的非传染性疾病。这项研究探讨了茉莉香肠植物化学成分对处理DM的潜力。使用多个数据库和计算机辅助药物发现工具在计算机分析中证明了茉莉花Sambac作为DM治疗候选者的潜力。本研究利用PubChem数据获得了分析的生物活性化合物，同时使用的受体是从RSCB获得的（PDB ID：4LC9）。使用swissadme测试了化合物的ADME特性。此外，还采用了瑞士目标预测和DB弦来分别分析靶蛋白和代谢途径，生物活性和相关疾病。通过使用PYRX版本0.8的分子对接进行了进一步的分析，使用Biovia Discovery Studio Visualizer版本4.5进行可视化。从jasminum sambac中包含的化合物的搜索结果中发现其中包含几种活性化合物。Some of these compounds passed the ADME criteria, compounds (Z, Z,Z)-3,6,9-Dodecatrien -1-ol,( Z)- Jasmone, linalool, Nerolidol, (-)-alpha-Cadinol, Benzenemethanol, Benzaldehyde, Linalyl benzoate, and 2,2,3,4-Tetramethylpentane.此外，对发生的分子相互作用，这些化合物的结合与人类中发现的葡萄糖激酶酶的结合以及它们的潜力如何成为糖尿病的抑制剂，进行了深入的分析。这增加了开发新药物化合物以抑制糖尿病的可能性。在植物茉莉香肠中发现的化合物，特别是苯基苯甲酸甲醇和苯甲酰甲醇，与葡萄糖酶蛋白具有强大的键合能力。关键字：茉莉花sambac |糖尿病| GCK | Linalyl苯甲酸酯|在硅中，这种称为糖尿病（DM）的疾病的特征是血糖（血糖）水平高于正常水平，尤其是当空腹血糖水平高于或等于126 mg/dl时，血糖水平等于或大于200 mg/dl。由于当今儿童不受管制的生活方式，这种疾病现在影响了许多年轻人。这种情况也是由几个环境变量引起的，由于其生活环境，许多人患有糖尿病。除了其他变量外，糖尿病患者的产生更有可能患上糖尿病1糖尿病，糖尿病是一种具有高血糖水平的异质疾病。呈现了糖尿病的当前分类，并比较了1型和2型糖尿病的主要特征。此外，在禁食和口服葡萄糖中使用准确的生化诊断标准和血红蛋白A1C（HBA1C）
利用逆对接指纹重新利用 SARS-CoV-2 药物
严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 或 SARS-CoV-2 是一种属于冠状病毒科的病毒。这类病毒通常会引起感冒，但具有巨大的致病潜力。在人类中，由 SARS-CoV 病毒引起的 SARS 疫情于 2003 年首次报道，随后 2012 年，中东呼吸综合征冠状病毒 (MERS-CoV) 导致中东呼吸综合征 (MERS) 疫情爆发。此外，COVID-19 是一个严重的社会经济和全球健康问题，已夺走了 400 多万人的生命。迄今为止，只有少数几种治疗方法可以对抗这种疾病，而且只有一种直接作用的抗病毒药物，即有条件批准的瑞德西韦。由于迫切需要针对 SARS-CoV-2 的有效药物，药物再利用策略是实现这一目标的最快方法之一。进行了一项使用两种方法的计算机模拟药物再利用研究。对 FDA 批准的 SARS-CoV-2 主蛋白酶药物数据库进行了基于结构的虚拟筛选，并确定了 11 种具有已知 3CL pro 活性的得分最高的化合物，同时使用该方法报告了另外 11 种潜在的全新 3CL pro 抑制剂。然后，对整个病毒蛋白数据库以及冠状病毒科蛋白子集进行逆分子对接，以详细检查命中化合物。不是进行靶向筛选，而是为每种命中化合物以及作为对照的五种最常报告和直接作用的再利用药物生成逆对接指纹。通过这种方式，检查和比较了靶向命中空间，我们可以支持对所有 11 种新报告的 SARS-CoV-2 3CL pro 命中化合物进行进一步的生物学评估，并建议对抗蠕虫类成员化合物进行进一步的深入研究。作者承认该方法对于未来成熟的逆对接指纹筛选具有普遍的实用性。
在计算机分子对接研究和Adme -Tox预测中...
本研究研究了基于自由结合能（δg）的潜在活性预测以及对ARTOCARPUS冠军（Lour。）的植物复合的相互作用确认。使用二肽基肽酶IV（DPP -IV）的大分子蛋白受体在硅分子对接研究中，以及物理化学和药代动力学特性（ADME -TOX）预测方法。使用Autodock v4.2.6（100个对接运行）将DPP -IV受体大分子蛋白蛋白数据库（ID：1×70）的活性子站点停靠。一个52×28×26Å点的网格盒子由0.37Å的距离为X =40.926Å的活动位置； y =50.522Å; Z =35.031Å。用于ADME -TOX预测，使用了基于瑞士的在线申请计划。结果表明，基于δg值和相互作用构象，来自A.冠军的12个Pythocompound具有DPP -IV抑制剂的潜力。比天然配体有五个具有较低δg值和抑制常数的Pythocompounds，七个具有δg值和抑制常数接近天然配体的Pythocompounds。12种化合物在DPP -IV受体的活性子矿石上形成了一种相互作用构象。同时，Adme -Tox预测分析的结果表明，这12种化合物具有不同的物理化学和药代动力学特性。