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双向运动蛋白-5 CIN8的细胞内功能和运动特性受颈接头对接
摘要在这项研究中，我们分析了双向S. cerevisiae jinesin-5 Motor，CIN8的颈链（NL）变体的细胞内功能和运动特性。我们还通过建模 - 在NL对接过程中检查了H键的配置。只要在n束束位置处的保守的骨干H键（提议稳定NL的对接构象）仍然完好无损，稳定的H键数量会导致部分功能变体。 消除这种保守的H键导致产生非功能性CIN8变体。 令人惊讶的是，通过通过加上端端的定向运动蛋白-5 EG5替换NL CIN8产生的N-LATCH位置的其他H键稳定，也产生了非功能性变体。 在CIN8中存在的N-LATCH ASPARAGINE用甘氨酸的单个替代>中，如CIN8中所存在，消除了额外的H键稳定化并挽救了功能缺陷。 我们得出的结论是，NL对接过程中的确切的N闩锁稳定对于双向驱动蛋白-5 CIN8的功能至关重要。稳定的H键数量会导致部分功能变体。消除这种保守的H键导致产生非功能性CIN8变体。令人惊讶的是，通过通过加上端端的定向运动蛋白-5 EG5替换NL CIN8产生的N-LATCH位置的其他H键稳定，也产生了非功能性变体。在CIN8中存在的N-LATCH ASPARAGINE用甘氨酸的单个替代>中，如CIN8中所存在，消除了额外的H键稳定化并挽救了功能缺陷。我们得出的结论是，NL对接过程中的确切的N闩锁稳定对于双向驱动蛋白-5 CIN8的功能至关重要。
重新利用 COVID-19 疗法：通过机器学习和对接快速预测市售药物
保留所有权利。未经许可不得重复使用。 （未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 medRxiv 永久展示预印本的许可。此预印本的版权所有者此版本于 2020 年 4 月 7 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.04.05.20054254 doi：medRxiv preprint
一种进化游戏模型，用于与政府参与的农业超市匹配供应链的质量控制
，农业 - 苏佩尔马克对接供应链模型是零售与农产品供应之间的创新合作关系[1]。农产品的质量和安全是农业现代化的重要组成部分[2-3]。国内外的学术和工业界已经对与农业超市供应链对接有关的问题进行了许多理论和实际探索[4-7]。基于进化游戏理论，一些学者对农业超市对接供应链进行了各种研究[8-10]。通常，许多研究人员在不同情况和条件下对农业超市对接供应链的质量控制手段和相关游戏方法进行了广泛的针对性研究和分析。在农业超市对接供应链质量控制的实际运营过程中，相关政府监管部门的行为选择在农业超市对接供应链的方式下对农业产品质量管理游戏中各方的行为产生了重要影响。因此，本文描述了在政府参与的影响下，质量和安全管理的进化游戏过程以及农业超市对接供应链的控制，并详细分析了农业专业合作社，大型超市链和政府监管部门之间复杂的游戏关系。研究目标是揭示农业超市对接供应链质量和安全问题的根本原因。
在使用分子对接方法靶向SMDCD的植物化学物质筛查中
在使用分子对接链球菌突变的植物化学物质筛选中，使用分子对接方法hemlata pundir 1，Ramanand Pathak 2，Tanuja Pant 3，Manish Pant 4，Manish Pant 4，Subhash Chandra Chandra 3，Chandra 3，*和Sushma Tamta 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 S. botany，d.s.ss.b。校园，库马恩大学，北阿坎德邦263002，印度2植物学系，M.L.K。 北方邦西德斯大学272202，印度 北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要校园，库马恩大学，北阿坎德邦263002，印度2植物学系，M.L.K。北方邦西德斯大学272202，印度 北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要北方邦西德斯大学272202，印度 北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要
通过分子对接靶向SARS-COV-2主要蛋白酶的重新利用药物的计算筛选
摘要背景：Covid-19（2019年冠状病毒病）是由严重的急性呼吸综合症2型（SARS-COV-2）引起的，这构成了明显的全球健康和经济危机，该危机敦促有效治疗。方法：总共11个分子（Baricitinib，Danoprevir，Dexamethasone，Hydrox- Ychloroquine，Ivermectin，lopinavir，甲基甲基甲虫，Remdesivir，Remdesivir，Ritononavir，Ritonavir，Ritonavir和Saridegib和Saridegib，saridegib，saridegib，saridegib，condina contine conto ander cons of tosect in select ins seption condine condine contine condine sout solect solect通过靶向SARS-COV的主要蛋白酶（MPRO）的抗病毒活性，这是一种半胱氨酸蛋白酶，介导病毒复制过程中多蛋白的成熟裂解。结果：三种药物与N3（活性MPRO抑制剂作为对照）表现出更强的结合功能：Danoprevir（–7.7 kcal/mol），remdesivir（–8.1 kcal/mol）和saridegib（–7.8 kcal/mol）。在Glya的Danoprevir-Mpro复合物中鉴定出两个主要的常规氢键：143和GLNA：189，而残基GLUA：166形成了碳 - 氢键。在Asna：142，血清：144，CYSA：145，HISA：163，GLUA：166和GLNA：189的Remdesivir中鉴定出七个主要的常规氢键。与抗坏血酸（–5.4 kcal/mol）相比，头孢氨思显示出对MPRO（–7.9 kcal/mol）的结合性更好（–5.4 kcal/mol）。在HISA：164，POA； 168，GLNA; 189和THRA：190的头孢氨思-Mpro复合物中形成了四个碳 - 氢键。结论：这项研究的发现表明，这些药物可能通过靶向MPRO蛋白来抑制SAR-COV-2病毒。
经生物信息学和分子对接分析筛选出Dhea和2-14,15-Eg对胆管癌有疗效
胆管癌 (CCA) 是一种罕见的腺癌，起源于胆管上皮细胞，常表现为局部晚期或转移性病变，预后极差 [1]。根据病理结构的位置，可分为三型：肝内胆管癌 (iCCA)、肝门部胆管癌 (pCCA) 和远端胆管癌 (dCCA) [2]。目前胆管癌的首选治疗方法是手术切除，但该方法仅适用于早期。对于不适合手术的中晚期患者，一般选择局部区域治疗、化放疗和靶向药物治疗 [3]。但即使采用综合治疗，治疗效果也不令人满意。3 期和 4 期胆管癌的 5 年总生存率分别为 10% 和 0% [4]。此外，由于发病率上升，胆管癌死亡人数累计增加了39%，男性死亡率（1.9/100 000）高于女性死亡率（1.5/100 000）[5]。近年来，生物信息学和微阵列方法在复杂疾病的多基因或蛋白质探索和分析中变得越来越有效[6]。通过应用相应的生物信息学算法，这些方法可以识别疾病的核心驱动基因和异常调控通路，有助于研究人员系统、准确、有效地揭示治疗的分子靶点，为肿瘤的发生发展提供理论依据。分子对接是一种成熟的基于计算机结构的方法，广泛应用于药物研发[7]。虚拟筛选是一种具有多种可用工具的计算技术[8]，通过分子对接可以从数百万个分子中筛选出具有药物特性的活性化合物。因此，虚拟筛选和分子对接是合理药物设计和药物化学中广泛实用的方法[9，10]。例如，针对胆管癌中潜在的驱动基因畸变，已经开发了几种治疗晚期疾病的新药，包括FGFR抑制剂和IDH抑制剂[11]。在本研究中，我们利用生物信息学和虚拟筛选方法相结合，筛选出可以结合特定靶点的药物，以促进胆管癌药物的研究和开发。此外，该方法已被证明是有效的，并有助于治疗其他疾病，如骨肉瘤和胶质母细胞瘤[12，13]。本研究从基因表达综合数据库中下载了3个涉及CCA的mRNA微阵列数据集（GSE132305、GSE89749和GSE45001），并通过比较CCA和正常组织的基因表达谱来分析这些数据集以识别差异表达基因（DEG）。然后，使用Venn分析筛选出相互的DEG。通过基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析，研究CCA的生物学功能和信号通路改变。进行PPI网络构建，识别枢纽基因。接下来，利用虚拟筛选、分子对接等一系列结构生物学方法，筛选和识别对MYC有潜在抑制作用的先导化合物。此外，我们的研究还预测了CCA在体内的吸收、分布、代谢和功能。
分子对接，MD模拟，合成，DFT和生物学评估以及与Para Nitro苯基
伏诺替纳斯特的结构特征显示了三个部分，例如表面识别苯甲酰胺，接头己酰基和金属结合羟氨酸。在这项工作中，用取代的苯基环改变了表面识别组，咪唑基 - 三唑组用相同的金属结合羟氨基酸更改了接头组，最后设计了（F1-F4）分子。然后将所有设计的分子对接使用HDAC 2（4LXZ）受体。f4显示-8.7 kcal/mol的最大结合能，标准vornostat显示-7.2 kcal/mol。所有设计的分子都是使用gromacs软件模拟的分子动力学，以确定RMSD，RMSF，SASA和氢键的数量。所有仿真数据显示配体和受体之间的良好相互作用。然后，所有分子均由三个部分合成：a。二硝基苯基连接的三唑羟酸的合成，b。取代的恶唑酮衍生物的合成和c。在最后一步中，对替代的恶唑酮衍生物和二硝基苯基链接的三唑羟氨基酸反应，以产生最终的分子集（F1-F4）。DFT分析确定，F4以良好的亲电性而出现为最反应性分子。此外，对乳腺癌细胞系的体外抗增殖活性表明，F4是所有合成分子中最有效的抗癌分子。
国际空间站现状
• 联盟号 70S 脱离 • SpaceX CRS-30 脱离 • SpaceX Crew-8 重新定位（启用 CFT 对接） • RS EVA 62 • 波音机组飞行测试（CFT） • 进步 86 脱离 • 进步 88 发射/对接 • 美国 EVA（RFG、ERDC R&R、IROSA 准备） • 诺斯罗普·格鲁曼 CRS-20 脱离 • 诺斯罗普·格鲁曼 CRS-21 发射 • 进步 87P 脱离 • 进步 89P 发射/对接 • SpaceX Crew-9 发射/对接 • SpaceX Crew-8 脱离 • 联盟号 72S 发射/对接 • 联盟号 71S 脱离
DOI:10.31557/APJCP.2024.25.6.2069 针对口腔癌：植物化学物质与致癌分子标记物的计算机对接研究
口腔癌变是一个多方面的复杂过程，其中调节正常细胞生理的信号转导通路内的遗传事件发生定性或定量改变 [1]。口腔鳞状细胞癌 (OSCC) 是最常见的口腔癌，占口腔所有恶性肿瘤的 80-90%。美国国家癌症研究所 (NCI) 发布的流行病学数据表明，OCSCC 的总体 5 年生存率为 63%，范围从早期的 83% 到晚期的 38%。在口腔癌中，某些分子靶点已被确定为疾病进展中的重要因素。两个这样的例子是 Cyclin D 和 PI3k-RAS 结合蛋白的异常，这有助于控制细胞周期。这些靶点非常重要，因为它们可以改变肿瘤的生长和扩散方式。为了做出新的分子治疗和化疗选择，我们需要充分了解这些分子靶点 [2]。细胞周期蛋白依赖性激酶 (CDK) 是保守的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶家族之一，对于维持体内平衡和调节细胞至关重要
基于结构的多靶点分子对接及分子动力学模拟分析筛选卵巢癌潜在抑制剂
卵巢癌 (OC) 是女性最常见的癌症之一。OC 是最致命和预后最差的疾病之一。目前，尚无获批的 OC 筛查测试或早期检测方法。因此，仍然迫切需要新的筛查、预防和早期检测策略。植物化合物最近在开发新的、有效的和负担得起的抗癌药物方面变得越来越重要。为了研究蛋白质-配体相互作用，使用分子对接和分子操作环境 (MOE) 工具来寻找目标蛋白的最佳抑制剂。使用分子对接计算化合物对 NY-ESO-1、RUNX3 和 UBE2Q1 蛋白活性位点的空间亲和力。使用 ADMET 分析来确定所选化合物的药物相似性，而使用 MD 模拟和 MMGBSA/MMPBSA 实验来进一步了解结合行为。临床前测试可以帮助确认我们的计算机研究的有效性，并确定该化合物是否可以用作治疗 OC 的抗癌药物。关键词：卵巢癌，抗癌药物，NY-ESO-1，RUNX3，UBE2Q1