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World File Search System对接模拟
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通过使用MEGA6.0的系统发育树来构建序列的分类。通过使用诸如AutoDock的galaxysagittarius，SwisStargetPrdiction，SwisStargetPrdiction以及相关的分子对接模拟，分为蛋白质与特定代谢物/生物活性分子之间的相互作用和研究。蛋白质相互作用预测 - 通过使用Web服务器（HADDOCK，LZERD，ROSETTADOCK）的蛋白质。
生物信息学确定...
方法：对于心力衰竭和健康对照组复杂性心肌病患者的基因表达促纤维和临床数据，来自基因表达综合（GEO）数据库。从分子特征数据库（MSIGDB）下载了与能量代谢相关的基因集以进行后续分析。加权基因共同表达网络分析（WGCNA）和差异表达分析被用于识别与心力衰竭相关的关键模块和基因。通过基因富集分析（GSEA），基因本体论（GO），基因和基因组百科全书（KEGG）（KEGG）以及构建竞争性的内源性RNA（CERNA）网络来研究潜在的生物学机制。分子对接模拟，以探索潜在的治疗药物与轮毂基因的结合和构象。
honokiol作为α-葡萄糖苷酶抑制剂
honokiol是一种天然发生的来自木兰obovata thunb。的化合物，具有许多生物学活性，但其抗α-葡萄糖苷酶活性仍然不清楚。因此，我们确定了其对α-葡萄糖苷酶的抑制作用。活性测定表明，Honokiol是α-葡萄糖苷酶的可逆混合型抑制剂，其IC 50值为317.11±12.86μMM。荧光结果表明，Honokiol与α-葡萄糖苷酶的结合导致α-葡萄糖苷酶活性的降低。3D荧光和CD光谱结果表明，Honokiol与α-葡萄糖苷酶的结合引起α-葡萄糖酶的构象变化。对接模拟了Honokiol和α-葡萄糖苷酶（包括氢和疏水键）之间的详细相互作用。所有发现都表明Honokiol可以用作开发α-葡萄糖酶剂的天然抑制剂。
一种新型的异质Cu（II）
通过[Cu（PEN）2（OH 2）]（CLO 4）2（C0）与胆汁ursoxyoxycholic Acid（UDCA）的反应制备了一种称为C0-UDCA的新型杂化铜（II）化合物。所产生的化合物能够抑制比前体C0和UDCA更有效的脂氧合酶。分子对接模拟阐明了与酶的相互作用，这是由于变构调节所致。新复合物通过激活未折叠的蛋白质反应，在内质网（ER）水平上对卵巢（SKOV-3）和胰腺（PANC-1）癌细胞的抗肿瘤作用。尤其是，在C0-UDCA存在下，伴侣BIP，促凋亡蛋白Chop和转录因子ATF6上调。完整细胞MALDI-MS和统计分析的组合使我们能够根据其质谱指纹区分未经处理和处理过的细胞。
在天然衍生物中通过计算机模拟鉴定有希望治疗肝细胞癌的 PDE5 抑制剂：一项涉及对接和 ADMET 的研究
肝细胞癌 (HCC) 死亡率高，是全球面临的重大健康挑战，迫切需要先进的治疗策略。本研究采用计算机方法从已获批准的 IBS_Scaff 532 天然化合物库中识别潜在的磷酸二酯酶 5 (PDE5) 抑制剂。PDE5 抑制剂因其潜在的抗肿瘤作用而备受关注。研究人员使用分子对接模拟评估了这些化合物与调节细胞 cGMP 通路的 PDE5 酶的结合效果。此外，ADMET 分析预测了候选抑制剂的药理和安全性。值得注意的是，IBS_NC-0322 和 IBS_NC-0320 等化合物表现出良好的 ADMET 特性和强的结合亲和力。这些发现表明它们具有作为治疗 HCC 的治疗剂的潜力。虽然计算机模拟方法是宝贵的筛选工具，但后续的实验验证和临床试验对于确认至关重要。
阿司匹林的比较分子对接研究
校园，卡拉奇，巴基斯坦。Shazia.dawood@iqra.edu.pk 摘要背景：抵抗素是一种与肥胖、慢性炎症和胰岛素抵抗有关的激素，在代谢和炎症途径中起着至关重要的作用。非甾体抗炎药 (NSAID) 如阿司匹林和布洛芬因其抗炎特性而广泛使用，并且可能与抵抗素相互作用来调节炎症和胰岛素抵抗。目的：本研究旨在比较阿司匹林和布洛芬与抵抗素的分子对接相互作用，以确定它们的结合亲和力、相互作用模式以及对抵抗素结构和功能的潜在影响。该研究还试图评估这些相互作用对管理肥胖相关炎症和胰岛素抵抗的意义。方法：使用 Molegro Virtual Docker (MVD) 和 UCSF Chimera 进行分子对接模拟。抵抗素的晶体结构 (PDB ID：1IRF) 是从蛋白质数据库中获得的。制备并优化了阿司匹林和布洛芬作为配体，并确定了抵抗素的活性位点。进行对接模拟以评估结合亲和力和相互作用模式，并对结果进行可视化和分析，以了解氢键和活性位点相互作用。结果：阿司匹林和布洛芬都表现出对抵抗素的强结合亲和力，布洛芬的亲和力（MolDock评分为-81.6732）略高于阿司匹林（MolDock评分为-81.2585）。阿司匹林与Thr37形成一个氢键，而布洛芬与Ser65和Cys56形成两个氢键，表明相互作用更稳定。每种配体的不同相互作用残基组表明不同的结合机制以及对抵抗素构象和功能的潜在影响。结论：研究表明阿司匹林和布洛芬可以与抵抗素强结合，布洛芬表现出稍强和更稳定的相互作用。这些不同的相互作用可能影响抵抗素在炎症和胰岛素抵抗中的作用，为控制这些疾病提供了潜在的治疗途径。需要进一步的实验验证来确认这些相互作用在体内的功能后果，这可以为开发针对慢性炎症疾病和代谢紊乱的靶向疗法提供参考。
橙皮苷通过细胞凋亡和炎症信号介导机制抑制口腔癌细胞生长：体外和计算机模拟分析的证据
利用 MTT 测定法，揭示了橙皮苷的剂量依赖性细胞毒作用，显著的 IC50 值表明其对细胞增殖具有强效抑制作用。与这些发现 (p<0.05) 相辅相成的是，qRT-PCR 分析证明了橙皮苷对 KB 细胞系内关键分子靶标的调节影响。橙皮苷治疗导致 TNF- α 、白细胞介素-1β (IL-1- β )、IL- 6、活化 B 细胞的核因子 κ 轻链增强子 (NF- κ B) 和 B 细胞淋巴瘤 2 (Bcl-2) mRNA 表达水平显著降低 (p<0.05)，突出了其在细胞增殖、迁移和炎症过程中的抑制作用。同时，橙皮苷促进了 BAX mRNA 的表达 (p<0.05)，表明细胞死亡增加。分子对接模拟进一步揭示了橙皮苷和靶蛋白之间强大的结合亲和力，表明其有可能破坏口腔癌细胞的细胞功能和炎症信号通路。
酶动力学和分子对接研究乙酰胆碱酯酶和丁乙烯酯酶的抑制剂来自海洋藻类Ecklonia cava
摘要 - Ecklonia Cava Kjellman（Laminareaceae）在韩国济州岛岛的海岸生长，并因其用作食品成分，动物饲料和药物而闻名。该海藻含有硫烷蛋白，菲洛格葡萄醇的聚合单位，该术语衍生自这些复杂分子的基础，是这些化合物的常见名称。菲洛氏素是次生代谢产物，由于其各种有益特性，包括抗氧化剂，抗癌，抗过敏和抗HIV活性，对人类健康具有重要意义。在这项研究中，从大肠杆菌的80％EtOH提取物中分离出10磷酸（1-10）。通过光谱分析和与文献进行比较来确定这些化合物的结构。研究了化合物1-10对乙酰胆碱酯酶（ACHE）和丁酰胆碱酯酶（Buche）的抑制作用。在ACHE抑制测定中，化合物1、2、4和6-10的IC 50值范围从0.9±0.8至66.5±0.4 µm；化合物4、6和9具有有效的Buche抑制作用，IC 50值范围为1.4±3.8至25.2±0.1 µm。此外，还进行了酶动力学和分子对接模拟，以了解这些活性化合物与靶酶之间的抑制模式，结合机制以及关键相互作用。这表明Cava是ACHE和BUCHE抑制剂的潜在有价值的自然来源。关键字 - Ecklonia Cava，Laminareaceae，Phlorotannin，Ache，Buche
药物发现和生物蟒分析 MBP-...
摘要：髓系细胞白血病 1 (Mcl1) 是一种抗凋亡蛋白，在包括白血病在内的多种癌症中过度表达，使其成为治疗干预的有吸引力的靶点。本研究使用 Biopython 进行结构分析和 CBDock 进行分子对接模拟，探索了 MBP-Mcl1 和配体 12 之间的相互作用。使用 Py3Dmol 进行结构可视化，深入了解结合位点的可及性和蛋白质-配体相互作用。检查 MBP-MCL1 等蛋白质序列，有助于识别蛋白质的分类。结果揭示了配体 12 的高结合亲和力、结合后 Mcl1 的构象变化最小以及关键的残基相互作用。Biopython 为研究人员在靶向治疗方面的进步做出了贡献，为白血病患者带来了潜在的结果。这些发现突出了配体 12 是针对髓系细胞白血病的靶向治疗的有希望的候选药物，并建立了一种将计算工具整合到药物发现中的工作流程。