小鼠模型代表了研究与人类疾病相关的基因和变体的强大平台。虽然基因组编辑技术提高了模型开发的速率和精度,但在小鼠中预测和安装了模仿本地人类遗传环境的小鼠中特定类型的突变。计算工具可以识别和对齐来自不同物种的直系同源野生型遗传序列;但是,反映人类变体的核苷酸和/或多肽变化效应的等效小鼠变体的预测建模和工程仍然具有挑战性。在这里,我们提出了H2M(人类到鼠标),这是一种计算管道,用于分析人类遗传变异数据以系统地建模并预测等效小鼠变体的功能后果。我们表明,H2M可以使用精确的基因组编辑管道来整合鼠标到人类和旁系同源物变体映射分析分析,以制定针对小鼠中特定变体的模型定制的策略。我们利用这些分析来建立一个包含> 300万型人鼠的等效突变对,以及在计算机设计的基础和主要编辑库中的数据库,以设计4,944个经常性变体对。使用H2M,我们还发现,预测的致病性和免疫原性评分在人鼠变体对之间高度相关,这表明具有相似序列变化效应的变体也可能表现出广泛的种间功能保护。可以在https://human2mouse.com上访问H2M数据库(包括软件包和文档)。总体而言,H2M通过建立一个强大而多功能的计算框架来识别和建模物种之间的同源变体,同时提供关键的实验资源来增强功能遗传学和精确医学应用,从而填补了现场的空白。
此预印本版的版权持有人于2025年2月23日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.19.639065 doi:Biorxiv Preprint
这里的r和l分别是圆柱体的半径和长度,η是流体的粘度,κ是培养基的渗透性。darcy从Poiseuille的定律开始对渗透率进行解释,该定律从Poiseuille定律开始,该定律适用于空缸,并预测Q POIS =πr4 p/(8ηl)。他认为,在介质中,只有沿着非交流薄通道,半径r c r的每个流量才有可能,并且可以将渗透率鉴定为κ〜N CH r 2 c,n ch n CH,每个单位表面的开放通道数量[2] [2]。这种经验定律不仅适用于沙子中流动的水,还适用于嵌入多孔培养基中的所有牛顿流体[3](即具有强烈的异质性的复杂结构,例如土壤,岩石或沙子[4-7])。确实,对于这种流体,n Ch是压力无关的,因为在每个通道中,对于任意的弱压力而言发生了。对于另一类的流体,例如悬浮液[8],凝胶[9],重油[10],浆液或水泥[11],这不是这种情况。对于这些流体,随着施加的压力p而生长。实验[13,14]和数值模拟[15-17]表明,Darcy定律确实被修改:低于阈值压力P 0没有流量,而在其上方,该流量随着p非线性生长。观察到三个流动状态[18,19]:i)最初,流动在p -p 0中线性生长,渗透率很小,〜1 /r 2; ii)对于较大的压力,流量为(p-p 0)β
通过剪切变稀,在临界施加应力下可逆地从固体转变为流体。[2] 屈服应力流体是一类非常有用的材料,可实现众多应用,包括表面涂层、各种食品和消费品、注射药物输送[3–5] 和各种形式的 3D 打印。[6–9] 通过平移浸没在屈服应力流体浴中的喷嘴,同时注入不混溶相,可以生成嵌入的液滴。喷嘴的移动使流体浴屈服并流化,由于注入相与流体材料的表面张力,液滴形成。形成后,由于流体浴的有效屈服应力超过了液滴上的浮力应力,液滴静态悬浮在原位[10–12],并且即使不使用表面活性剂,它们在空间上也是孤立和稳定的。先前的研究已经为屈服应力流体与不混溶注入相的模型配对建立了可用的操作空间以及喷嘴移动速度与液滴直径之间的关系。[1]