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第 14 章 CRISPR/Cas13：一种用于植物 RNA 编辑的新型新兴工具
摘要 成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）和CRISPR相关蛋白（Cas）是细菌和古菌中对抗入侵核酸和噬菌体的适应性免疫系统。根据效应蛋白的组成，CRISPR/Cas大致分为多种类型和亚型。其中，VI型CRISPR/Cas系统尤受关注，有VI-A、VI-B、VI-C和VI-D四个亚型，被认为从转座子进化而来。这些亚型在结构架构和机制上表现出差异，具有多种Cas13a（C2c2）、Cas13b1（C2c6）、Cas13b2（C2c6）、Cas13c（C2c7）和Cas13d效应蛋白。CRISPR/Cas13 核糖核酸酶将前 crRNA 加工成成熟的 crRNA，后者在病毒干扰过程中靶向并敲除噬菌体基因组的单链 RNA。这种蛋白质的高特异性 RNA 引导和 RNA 靶向能力使其能够与多种效应分子融合，为 Cas13 介导的 RNA 靶向、追踪和编辑领域开辟了新途径。CRISPR/Cas13 具有靶向包括植物在内的 RNA 的独特功能，因此可以用作一种新的工具，用于工程干扰植物病原体（包括 RNA 病毒），具有更好的特异性，并可用于植物中的其他 RNA 修饰。荧光探针标记的失活可编程 Cas13 蛋白可用作体外 RNA 研究的替代工具。工程化的 Cas13 也可用于可编程的 RNA 编辑。CRISPR/Cas13 的高靶向特异性、低成本和用户友好的操作使其成为多种基于 RNA 的研究和应用的有效工具。因此，本章的重点是 CRISPR/Cas 系统的分类、VI 型 CRISPR/Cas 系统的结构和功能多样性，包括其发现和起源、机制以及 Cas13 在植物 RNA 编辑中的作用。
手动计算解剖工具箱 - CAT12
VBM 数据 ● 使用默认值分割数据（对纵向数据使用分段纵向数据）。现在可用于 VBM 的结果分割保存在“mri”文件夹中，灰质的分割名为“mwp1”，白质的分割名为“mwp2”。如果您使用了纵向管道，则灰质的默认分割名为“mwp1r”或“mwmwp1r”（如果选择了用于检测较大变化的纵向模型）。 ● 获取总颅内容积 (TIV) 以校正不同的脑部大小和体积。选择保存在“报告”文件夹中的 xml 文件。 ● 使用检查样本检查 VBM 数据的数据质量（可选择将 TIV 和年龄视为干扰变量）。从第一步中选择灰质或白质分割。 ● 平滑数据（建议起始值为 6-8mm 1）。从第一步中选择灰质或白质分割。 ● 指定具有平滑灰质或白质分割的二级模型，并检查设计正交性和样本同质性：
Spheroscan：用于球体图像分析的用户友好的深度学习工具。
近年来的抽象背景，三维（3D）球体模型在科学研究中变得越来越流行，因为它们提供了一种与生理相关的微环境，可以模仿体内条件。与传统的二维细胞培养方法相比，它可以更好地了解3D球体测定法具有优势，因为它可以更好地了解细胞行为，药物功效和毒性。但是，使用3D球体测定法受到了用于球体图像分析的自动化和用户友好的工具的阻碍，这会对这些测定的可重复性和吞吐量产生不利影响。为解决这些问题的结果，我们开发了一种完全自动化的，基于Web的工具，称为Spheroscan，该工具使用了带有卷积神经网络（R-CNN）的名为“掩码区域”的深度学习框架进行图像检测和细分。为了开发一个可以从一系列实验条件中应用于球体图像的深度学习模型，我们使用使用Incucyte Live细胞分析系统和常规显微镜捕获的球体图像训练了该模型。使用验证和测试数据集对经过培训模型的性能评估显示出令人鼓舞的结果。结论Spheroscan允许轻松分析大量图像，并提供交互式可视化功能，以更深入地了解数据。我们的工具代表了球体图像分析的重大进步，并将促进科学研究中3D球体模型的广泛采用。可在https://github.com/funtionalurosology/spheroscan上获得有关Spheroscan的源代码和详细的Spheroscan教程。
课堂上的人工智能：10 多种教师工具
人工智能 (AI) 是指计算机或机器执行通常需要人类智能才能完成的任务的能力，例如学习、解决问题、决策等。构建 AI 系统有几种不同的方法，包括机器学习（系统在数据集上进行训练，可以随着时间的推移提高其性能）和基于规则的系统（系统遵循一组预定的规则来做出决策）。
优化精神病学药物治疗的工具（...
a 瑞士洛桑大学医院和洛桑大学精神神经科学中心药物遗传学和临床精神药理学部；b 瑞士洛桑大学医院和洛桑大学临床药学研究与创新中心；c 瑞士日内瓦大学药学院；d 瑞士日内瓦大学瑞士西部药学研究所；e 瑞士日内瓦洛桑大学瑞士西部药学研究所；f 德国曼海姆海德堡大学医学院中央精神卫生研究所分子神经影像学系；g 瑞士洛桑大学医院和洛桑大学精神病学系；h 意大利博尔扎诺博尔扎诺卫生服务区精神病学系；i 意大利博尔扎诺南蒂罗尔地区卫生服务中心儿童和青少年精神病学系； j INSERM CESP，团队 MOODS，服务医院-大学精神病学，巴黎萨克雷大学，勒克里姆林宫比塞特，法国； k Service Hospitalo-Universitaire de Psychiatrie，H ^ opital Bic ^ etre，Assistance Publique H ^ opitaux de Paris，Le Kremlin Bic ^ etre，法国； l 瑞典斯德哥尔摩卡罗林斯卡医学院检验医学系临床药理学部； m 东部州立医院，肯塔基大学心理健康研究中心，美国肯塔基州列克星敦；德国波恩联邦医疗产品研究所； o 伦敦国王学院和 MRC 伦敦医学科学研究所 (LMS)-帝国理工学院，英国伦敦； p 韩国首尔国立大学自然科学学院脑与认知科学系；q 韩国首尔国立大学医学院精神病学系；r 奥地利维也纳医科大学精神病学和心理治疗学系；s 加拿大多伦多大学坎贝尔家庭心理健康研究所、CAMH 和精神病学系；t 德国图宾根大学精神病学和心理治疗学系；u 荷兰阿森威廉敏娜医院临床药学系；v 荷兰阿森 GGZ 德伦特精神卫生服务中心；w 荷兰格罗宁根大学药学和制药科学系药物治疗学、流行病学和经济学系；x 荷兰格罗宁根大学精神病理学和情绪调节跨学科中心精神病学系； y 加拿大安大略省多伦多市成瘾与心理健康中心坎贝尔家庭心理健康研究所；z 加拿大安大略省多伦多大学精神病学系加拿大；aa 多伦多大学药理学和毒理学系，加拿大安大略省多伦多；ab 林茨大学生物医学和临床科学系，林茨大学，瑞典；ac 斯科讷大学医院临床化学和药理学，瑞典隆德；ad 西乌尔茨堡大学医院精神卫生中心、精神病学、心身疾病和心理治疗诊所和综合诊所，西乌尔茨堡，德国；ae 南丹麦奥登塞大学精神病学系，丹麦奥登塞；af 拉德布德大学精神病学系，奈梅亨，荷兰；ag 拉德布德大学 Donders 大脑、认知和行为研究所，奈梅亨，荷兰；ah 圣奥拉夫大学医院临床药理学系，挪威特隆赫姆；ai 挪威科技大学临床和分子医学系，挪威特隆赫姆； aj 意大利墨西拿大学临床与实验医学系；ak 德国雷根斯堡大学药学研究所；al 德国慕尼黑工业大学临床化学与病理生物化学研究所；am 德国亚琛工业大学医院临床药理学研究所；an 土耳其安卡拉大学药学院毒理学系；ao 日本东京新宿区庆应义塾大学医学院神经精神病学系；ap 德国西乌尔茨堡大学医院精神病学、心身医学和心理治疗系；aq 德国美因茨大学医学中心精神病学和心理治疗系土耳其；ao 日本东京新宿区庆应义塾大学医学院神经精神病学系；ap 德国西乌尔茨堡大学医院精神病学、心身医学和心理治疗学系；aq 德国美因茨大学医学中心精神病学和心理治疗学系土耳其；ao 日本东京新宿区庆应义塾大学医学院神经精神病学系；ap 德国西乌尔茨堡大学医院精神病学、心身医学和心理治疗学系；aq 德国美因茨大学医学中心精神病学和心理治疗学系
生物工具和欧盟AI法案
我们修改了先前描述的狭窄AI支持生物学工具的类别（Rose＆Nelson，2023），然后检查以下类别中的模型：蛋白质设计工具；蛋白质结构预测或表示工具；小型生物分子设计工具；疫苗设计工具；病毒矢量设计工具；遗传修饰工具；基因组装配工具；毒性预测或检测工具；病原体性质预测工具；宿主 - 病原体相互作用预测工具；免疫系统建模工具；实验设计，计划工具和仿真工具；自动实验平台；和生物基础模型（BioFMS）。对于这14个类别中的每一个，我们选择了2-7个AI模型。4对于每个模型，我们检查了它们是否满足GPAI分类的一般性和下游集成标准，并使用专业的情报评估概率概率标准来指定我们的估计。我们还考虑了使用自学阶段模型的Epoch AI数据集在大型数据集上使用至少1B参数训练的任何模型。我们分析的信息包括基本的学术论文或技术报告，有时包括文档或类似文档。
爱达荷州立大学社区使用生成式人工智能工具的初步指南
● 合同审批与执行 ISUPP 1060 ● 电子和信息技术可访问性 ISUPP 1020 ● 平等机会、骚扰和非歧视 ISUPP 3100 ● HIPAA 合规性 ISUPP 1100 ● 采购 ISUPP 2560 ● 平等机会和平权行动 ISUPP 3080 ● 学术自由 ISUPP 4040 ● 学术诚信与不诚实 ISUPP 4000 ● 教师道德 ISUPP 4120 ● 学生行为准则 ISUPP 5000 ● 知识产权 ISUPP 7010 ● ISU 出口管制 ISUPP 7040 ● ITS 可接受使用 ISUPP 2400 ● ITS 访问控制 ISUPP 2410 ● ITS 采购、开发和维护 ISUPP 2420 ● ITS 资产管理 ISUPP 2430 ● ITS 信息安全 ISUPP 2500 ● ITS 安全角色和职责 ISUPP 2480
HVAC 工具、仪器和设备...
• 来自多个无线设备的数据：同时从一个或多个无线 CPS 设备收集数据 • 客户列表：创建和保存客户历史信息 • 工作清单：创建和保留工作提醒 • 工作追踪器：创建和保留已执行服务的记录 • 地理位置：记录和存储工作完成的位置 • 时间戳：记录和存储时间和日期 • 监测读数：远程 • 共享/发送数据：方便地通过电子邮件发送或保存数据 • 可选语言：从不同的语言中选择