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World File Search System差异基因
博士课程课程单元英语面额...
课程单元目录1。序列分析 - 了解DNA序列，序列相似性，身份和同源性的基本概念，数据库搜索：BLAST，FASTA，FASTA和其他序列分析工具分配同源性。底漆设计，PCR和Sanger序列分析。2。转录组分析 - RNA-seq数据分析中的概念：数据预处理和数据处理步骤：映射算法，例如BWA和BOWTIE2；使用RNA-seq数据，统计方法，各种平台的相对优点进行差异基因表达分析。下游验证的底漆设计。从RNA-seq数据中测量基因，lncRNA，siRNA。3。微生物组分析-16S rRNA数据分析，基于比对的聚类/系统发育树，基于组成的聚类。基于数据库，主组件分析和其他聚类工具的注释。4。SNP分析 - 靶基因或整个基因组，基因预测算法，变体的鉴定 - SNP/SNV的鉴定。基因组广泛关联研究背后的概念。介绍各种
鉴定耐热酵母马克斯克鲁维酵母高温下竞争性生长所需的新基因
收到日期：2021 年 11 月 5 日；接受日期：2022 年 1 月 25 日；发布日期：2022 年 3 月 25 日 作者隶属关系：1 爱尔兰科克大学微生物学院、APC 微生物组、环境研究所和 SUSFERM 中心，科克 T12 K8AF，爱尔兰；2 查尔姆斯理工大学生物与生物工程系，瑞典哥德堡 SE-41296；3 科克大学生物化学与细胞生物学学院，科克 T12 K8AF，爱尔兰。 *通讯作者：John P. Morrissey，j.morrissey@ucc.ie 关键词：耐热性；非常规酵母；工业生物技术；基因组注释；核糖体分析。缩写：ARS，自主复制序列；CDS，编码序列；DE，差异基因表达；FC，倍数变化；FDR，错误发现率；gRNA，向导 RNA； NHEJ，非同源末端连接；snoRNA，小核仁 RNA；TMM，m 值的修剪平均值。本文的在线版本提供了五个补充表和三个补充图。001148 © 2022 作者
血浆蛋白质组和皮质的综合分析单 -
结果：我们在成年人（44-58岁），早期（69-79岁）和较早的阶段（85-94岁）阶段的14名受试者和阶段（85-94岁）阶段的14名受试者和阶段。基于既定标记物进行了七种主要细胞类型，包括少突胶质细胞，兴奋性神经元，少突胶质细胞祖细胞，星形胶质细胞，小胶质细胞，抑制性神经元和内皮细胞。总共确定了93个细胞基因与年龄显着相关。Afterward, plasma proteomics data from 2,925 plasma proteins across 4,263 young adults to nonagenarians (18–95 years old) were combined with the outcomes from snRNA-seq data to obtain 12 differential genes/proteins (GPC5, CA10, DGKB, ST6GALNAC5, DSCAM, IL1RAPL2, TMEM132C, VCAN，APOE，PYH1R，CNTN2，SPOCK3）。最后，我们通过ELISA验证了12个差异基因，发现五个生物标志物（DSCAM，CNTN2，IL1RAPL2，CA10，GPC5）的表达趋势与脑老化相关。
影响肌肉发育的斑马鱼突变体的全转录组数据分析
骨骼肌收缩肌纤维的形成是一个复杂过程，若受到干扰则会导致肌营养不良。在此，我们提供了三种不同斑马鱼突变体的 mRNAseq 数据集，这些突变体在胚胎发生过程中影响肌肉组织。这些突变体包括肌球蛋白折叠伴侣 unc45b (unc45b/)、热休克蛋白 90aa1.1 (hsp90aa1.1/) 和乙酰胆碱酯酶 (ache/) 基因。在受精后 72 小时 (hpf) 对这三个突变体进行了重复实验中的转录组分析，并对 unc45b/ 进行了另外两个发育时间 (24 hpf 和 48 hpf)。通过层次聚类分析了总共 20 个样本以查找差异基因表达。本研究的数据支持 Etard 等人的观察结果。 (2015) [1] ( http://dx.doi.org/10.1186/s13059-015-0825-8 ) 肌球蛋白折叠失败会激活骨骼肌中独特的转录程序，该程序与应激肌肉细胞中诱导的程序不同。 & 2016 作者。由 Elsevier Inc. 出版。这是一篇根据 CC BY 许可协议开放获取的文章 ( http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ )。
单细胞分析和斑马鱼头像揭示了LGALS1作为胶质母细胞瘤的免疫调节靶标的
胶质母细胞瘤（GBM）仍然是最恶性的原发性脑肿瘤，中位生存期很少超过2年。肿瘤性质和免疫抑制微环境是导致当前治疗方法反应率较差的关键因素。GBM相关的巨噬细胞（GAM）经常表现出可促进肿瘤进展的免疫抑制特征。但是，他们与GBM肿瘤细胞的动态相互作用仍然很熟悉。在这里，我们使用了患者衍生的GBM干细胞培养物，并结合了GAM-GBM共培养的单细胞RNA测序，并在正局主题斑马鱼异种移植模型中对GAM-GBM相互作用的实时监测进行实时监测，以洞悉细胞，分子和空间异质性。我们的分析表明，GBM诱导的GAM极地和吸引和激活GAM的能力（与患者生存相关的特征），GBM患者的定位异质性。差异基因表达分析，原始肿瘤样品的免疫组织化学以及斑马鱼中的敲除实验随后将LGALS 1鉴定为免疫抑制的主要调节剂。总的来说，我们的工作高光可以在临床上研究GAM-GBM相互作用
LDB1调节多能性中的基因表达和染色质结构，
抽象染色质组织是干细胞多能和分化的关键因素。然而，尚未探索增强子循环蛋白LDB1在干细胞中的作用。我们使用CRISPR/CAS9编辑产生了LDB1（ - / - ）胚胎干细胞（ESC），并观察到LDB1损失后关键干细胞因子SOX2和KLF4的降低。源自LDB1（ - / - ）ESC的胚胎体（EB）显示出谱系特异性标记的表达降低，并且能力受损能够经历末端分化为红细胞。差异基因表达，包括LIN28介导的自我更新途径基因，在WT和LDB1（ - / - ）ESC和EB之间观察到，但在分化为成红细胞细胞后最为明显。LDB1占据了超级增强剂，包括多能基因的超级增强剂，以及多能因素。LDB1损失导致ESC和EB中的全球染色质可及性降低。有条件的LDB1缺陷小鼠在骨髓细胞上显示造血干细胞标记降低，LIN28途径的失调。因此，LDB1功能对于ESC和EB发育至关重要，在分化为红细胞时变得越来越重要。关键字：
HHS公共访问-IU Indianapolis Scholarworks
阿尔茨海默氏病（AD）的特征是痴呆症诊断前的嗅觉和嗅觉病理缺陷。在这里，我们分析了含有常染色体显性presenilin presenilin 1 E280A突变的家族性AD（FAD）个体的嗅球（OB）和小块（OT）中的差异基因和蛋白表达。与对照组相比，FAD OT在高和低髓鞘区域的β-淀粉样蛋白（Aβ）和CD68的免疫染色增加，并且在高髓层地区的IBA1免疫染色增加。在FAD样品中，RNA测序显示：（1）OB中的病毒感染； （2）OT的炎症，该炎症是通过内嗅皮层从OB到海马的，这是学习和记忆必不可少的大脑区域； （3）少突胶质细胞变形转录本。有趣的是，空间蛋白质组学分析证实了FAD个体OT中的髓鞘变化，这意味着OB和海马之间的通信功能障碍。这些发现增加了嗅觉系统的病毒感染以及相关的炎症和相关的炎症和失调可能破坏海马功能，从而有助于加速FAD进展。
microRNA-155抑制激活Wnt/β-catenin信号传导以恢复Th17/Treg细胞平衡并预防急性缺血性卒中
抽象的急性缺血性中风（AIS）是一种严重的神经系统疾病，与Th17/ Treg细胞不平衡和Wnt/β-蛋白蛋白信号通路的失调有关。这项研究研究了miR-155抑制是否可以激活Wnt/β-catenin信号传导，改善Th17/ Treg平衡，并提供针对中风的神经治疗方法。我们进行了多级实验设计，包括高通量测序，生物信息学分析，体内小鼠模型和体外细胞实验。高吞吐量测序显示miR-155 Antagomir - 处理和对照组之间的显着差异基因表达（Bioproject：PRJNA1152758）。生物信息学分析确定了与Wnt/β -catenin信号传导和Th17/ Treg不平衡相关的关键基因。体外实验证实，miR -155抑制激活了Wnt/β -catenin信号传导并改善了Th17/ Treg比率。体内螺栓表明，miR-155 Antagomir治疗可针对AIS提供显着的神经保护作用。这些发现表明，靶向miR-155可能是通过调节免疫平衡和关键信号通路的有希望的中风的治疗策略。
单细胞谱系轨迹的重建以及上皮到间质转变期间命运多样性的识别
探索上皮 - 间充质转变（EMT）的复杂性揭示了各种潜在的细胞命运；然而，早期细胞状态差异为不同的EMT轨迹的确切时机和机制尚不清楚。通过单个细胞RNA测序研究这些EMT轨迹，由于需要为每次测量牺牲细胞，因此具有挑战性。在这项研究中，我们采用了最佳运输分析来重建MCF10A细胞系中TGF - β-诱导的EMT期间不同细胞命运的过去轨迹。我们的分析揭示了导致低EMT，部分EMT和高EMT状态的三个不同的轨迹。沿部分EMT轨迹的细胞在EMT特征中显示出很大的变化，并表现出明显的茎。 在整个EMT轨迹中，我们观察到EED和EZH2基因的一致下调。 这一发现得到了EMT调节剂和CRISPR筛查研究的最新抑制剂筛查的验证。 此外，我们将早期 - 相位差异基因表达的分析应用于与干性和增殖相关的基因集，将ITGB4，LAMA3和LAMB3指定为在部分阶段与高EMT轨迹的初始阶段差异表达的基因。 我们还发现CENPF，CKS1B和MKI67在高EMT轨迹中显示出显着的上调。 第一组基因与先前研究的发现保持一致，但我们的工作独特地指出了这些上调的确切时机。 最后，后者基因的鉴定揭示了调节EMT轨迹的潜在细胞周期目标。细胞在EMT特征中显示出很大的变化，并表现出明显的茎。在整个EMT轨迹中，我们观察到EED和EZH2基因的一致下调。这一发现得到了EMT调节剂和CRISPR筛查研究的最新抑制剂筛查的验证。此外，我们将早期 - 相位差异基因表达的分析应用于与干性和增殖相关的基因集，将ITGB4，LAMA3和LAMB3指定为在部分阶段与高EMT轨迹的初始阶段差异表达的基因。我们还发现CENPF，CKS1B和MKI67在高EMT轨迹中显示出显着的上调。第一组基因与先前研究的发现保持一致，但我们的工作独特地指出了这些上调的确切时机。最后，后者基因的鉴定揭示了调节EMT轨迹的潜在细胞周期目标。
转录组学数据的综合网络分析揭示了急性放射综合征的潜在药物靶点
最近的政治动荡凸显了了解伽马射线暴露对人类健康和生存能力的短期和长期影响的重要性。在这方面，在发生核灾难的情况下，对急性放射综合征 (ARS) 进行有效治疗是必要的。在这里，我们提出了 20 个 ARS 治疗靶点，这些靶点是使用系统方法确定的，该方法整合了人类和小鼠在放射治疗下获得的基因共表达网络、药物数据库、疾病基因关联、辐射诱导的差异基因表达和文献挖掘。通过选择具有现有药物的基因靶点，我们确定了药物再利用的潜在候选基因。其中八个基因 (BRD4、NFKBIA、CDKN1A、TFPI、MMP9、CBR1、ZAP70、IDH3B) 已通过文献证实在扰动时显示出放射保护作用。这项研究为使用集成多种生物信息的系统级基因关联治疗 ARS 提供了一个新的视角。所确定的基因可能为 ARS 的潜在药物再利用提供高可信度的药物靶点候选基因。