XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System巴博萨
2021 年 2 月会议记录
安德拉德、多丽安娜·安德鲁斯、安妮·巴博萨、尼古拉斯·布朗、汉娜·卡佩拉、格雷格·多恩、柯克·埃文斯、希瑟·法索尔卡、迈克·法托、霍普·盖尔、弗兰克·吉勒曼、戈登·格伦、雷切尔·格林、克里斯汀·汉莱因、Desiree (DiDi) Hanna、南希·希利、威廉·海特-沃克、安吉拉·霍夫曼、伊丽莎白·韦尔戈、詹妮弗·艾薇、娜拉·贾汉米尔、赛义德·珍妮特、本杰明·考夫曼、利亚·凯斯、米尔塔·金、叶京·马德森、马克·马特森、布鲁斯·梅里蒂斯、迪米特里奥斯·纳斯图斯、约瑟夫·尼斯特、詹妮弗·雷迪、卡里·里默、凯瑟琳（凯特·罗杰斯、凯利·鲁德尼茨基、罗伯特·桑德里、克莱尔·斯贝加耶娃、安娜·施拉特、凯蒂·M·施罗德，梅丽莎Schufreider、Jim Seiler、Dave Shyam-Sunder、Sivaraj Silverthorn、Courtney Strouse、Gregory Sullivan、Suzanne Tabassi、Elham Teske、Michael Ufford、Donald Valdez、Zachary VanLandingham、Mark Wang、Tom
科学家的警告：生物多样性可以改善气候变化的六个关键点
Cássio Cardoso Pereira ( cassiocardosopereira@gmail.com ), Walisson Kenedy-Siqueira, Daniel Negreiros, Fernando Figueiredo Goulart, and Geraldo Wilson Fernandes are affiliated with the Knowledge Center for Biodiversity, in Belo Horizonte, Minas Gerais, in Brazil and with the Ecologia Evolutiva & Bioververadade，DewarmentodeGenética，Ecologia EEvolção，联邦De Minas Gerais大学，Belo Horizonte，MG，巴西。斯蒂芬妮·费尔南德斯（Stephannie Fernandes）和西蒙妮·阿萨耶德（Simone Athayde）隶属于全球和社会文化研究系，以及位于佛罗里达州迈阿密的佛罗里达国际大学的金伯利绿色拉丁美洲和加勒比海中心。米尔顿·巴博萨（Milton Barbosa）隶属于环境变化研究所，地理与环境学院，英国牛津大学的牛津大学，英国的牛津大学。Christopher Wolf，Matthew G. Betts和William J. Ripple隶属于俄勒冈州立大学的森林生态系统与社会部，位于俄勒冈州的科瓦利斯。ian J. Harrison隶属于国际保护区的摩尔科学中心，以及美国弗吉尼亚州阿灵顿的淡水保护委员会，淡水保护委员会。Jennifer S. Powers隶属于明尼苏达州明尼苏达州明尼苏达州圣保罗大学的植物和微生物生物学系。Rodolfo Dirzo隶属于美国加利福尼亚州斯坦福大学斯坦福大学的生物学和地球系统科学系。Philip M. Fearnside隶属于巴西亚马纳斯州Manaus的国家亚马逊研究所。
2021 年前线捍卫者全球分析
阿富汗 Bismillah Adel Aimaq Adel Nang Khalil-ur-Rahman Narmgo Yusuf Khpolwak Abdul Sabur Karimi Haji Aminullah Rahimi Samad Paktin Sayed Murtaza Sadat Khalil Ahmad Khair Khah Naser Abdul Rahman Fani Safiullah Fawad Abdul Rahmad Mawin Zhowandy Helamand Frozan Safi Hijratullah Khogyani Eng.穆罕默德纳维德·伊姆达杜拉哈姆达尔·奈克·阿迈勒 阿根廷 埃利亚斯·加雷 孟加拉国 穆什塔克·艾哈迈德·莫希布·乌拉 巴西 卢卡斯·多斯桑托斯 费尔南多·多斯桑托斯·阿劳霍 埃尔索·桑德罗·塞奎拉·阿尔米尼 伊萨克·坦贝·盖鲁萨·雷斯 马西奥·韦洛索·达席尔瓦 马达莱娜·莱特·埃马纽利 卡罗莱纳·巴博萨·弗拉戈索·林道夫·科斯马斯基 玛丽亚·达·卢斯 贝尼西奥·雷金纳尔多·阿尔维斯安东尼奥·贡萨尔维斯·迪尼兹·何塞弗朗西斯科·德·苏萨阿劳霍·何塞·卡洛斯·阿德里亚诺·瓦格纳·罗马奥·达·席尔瓦·阿马里尔多·阿帕雷西多·罗德里格斯·阿马拉尔·何塞·斯托科·凯文·费尔南多·霍兰达·德·苏扎·埃德瓦尔多·桑托斯·科尔代罗·亚历克斯·巴罗斯·桑托斯·达席尔瓦·杰瓦尼·罗德里格斯·泽维尔·列维斯·曼努埃尔·奥利韦罗·拉莫斯·罗伯托·穆尼兹·坎珀·卡洛斯·阿尔贝托·佩雷拉·埃斯特维斯·拉斐尔·加斯帕里尼·特德斯科·乔斯迭戈·罗杰里奥·杜克·多斯桑托斯（又名Juliea Madsan）布基纳法索 Rory Young
采用 KRAKEN2 和 BOWTIE2 的方法
用于对狗微生物组进行宏基因组分析的数据库的开发：一种采用 KRAKEN2 和 BOWTIE2 的方法 PAULO SALLAROLA TAKAO；帕梅拉·苏萨·科里亚；胡利奥·弗朗茨·莫拉大卫·阿西奥莱·巴博萨； FABIANO BEZERRA MENEGIDIO 摘要 宏基因组分析在了解微生物群落及其环境影响方面发挥着至关重要的作用，在兽医学中对于宠物疾病的诊断、治疗和预防具有特殊意义。这项研究旨在为 Bowtie2 和 Kraken2 工具创建集成数据库，将狗和人类基因组整合成最新且易于访问的资源。随着技术的进步，微生物组的宏基因组分析已成为兽医日常工作中一种很有前途的工具，特别是考虑到兽医诊所中狗的普及率很高，仅在巴西就有大约 5810 万只狗，是家庭中第二大宠物，仅次于鸟类。然而，必要的生物信息学步骤（例如去除宿主基因组和人类污染物）需要大量时间和计算资源。为了克服这一挑战，我们为每种工具开发了特定的数据库，大大减少了分析时间并确保基因组的持续更新。虽然 Bowtie2 执行精确序列比对，但 Kraken2 使用较小的序列（k-mers）进行更快、更有效的分类学分类。数据库构建后，对犬类宏基因组文库进行了测试，结果显示比对率较高，且能有效去除与狗或人类相关的读段。尽管由于缺乏详细的文献而面临挑战，但创建的数据库被证明是可行且可重复的，为未来兽医宏基因组分析研究做出了重大贡献。关键词：家狼，宏基因组，Kraken2-build，Bowtie2-build，污染物。 1 引言 宏基因组分析是对宏基因组进行分类的过程（MARCHESI；RAVEL，2015），宏基因组是基因组学的衍生词，是研究生物体基因的学科。从字面上翻译，宏基因组学是“超越基因组的”，也就是说，在宏基因组学中我们不仅分析一个基因组，还分析样本中包含的所有基因组（GILBERT；DUPONT，2011）。这些基因组可以来自微生物，甚至可以是环境（样本）中的游离 DNA 片段、微生物结构元素的基因、病毒、噬菌体、毒素和其他所有具有遗传物质的东西（BERG 等人，2020 年；HANDELSMAN 等人，1998 年；MERRIAM-WEBSTER，2023 年；WHIPPS；LEWIS；COOKE，1988 年）。那么我们可以将宏基因组分析描述为对给定条件下的微生物基因组集合及其环境条件的分析
健康科学-生物医学和分子生物学
评估小组：健康科学 - 生物医学和分子生物学 研发单位：健康研究与创新研究所（i3S） 协调员：马里奥·阿道夫·蒙特罗·罗查·巴博萨 综合博士研究员：431 总体质量等级：优秀 评估标准评级 (A) 申请研发单位综合研究员的研发活动的质量、优点、相关性和国际化：5 (B) 综合研究员团队的优点：5 (C) 目标、战略、活动计划和组织的适当性：5 基础资金（2020-2023 年）：7038 K€ 建议的计划支持博士奖学金：21 计划资金：1915 K€，其中包括 5 个（3 个初级、2 个辅助）新博士研究员合同。理由、评论和建议 i3S 是一个年轻的研究中心，成立于 2015 年，由三个研发单位合并而成，即分子和细胞生物学研究所 (IBMC)、生物医学工程研究所 (INEB) 和波尔图大学病理学和分子免疫学研究所 (IPATIMUP)。小组赞扬该单位及其成功合并的方向，这创造了一个令人印象深刻的基础和应用生物医学研究中心，在国际最高水平上具有充分的竞争力，并拥有出色的运作模式。i3S 的科学结构包括三个主题线：癌症、宿主相互作用和反应以及神经生物学和神经系统疾病。这些研究领域涵盖分子和细胞生物学、遗传学、免疫学、病理学和生物工程学的研究，以促进我们对正常生理学中生命系统的分子和细胞基础及其病理状态下的偏差的理解，为开发新的诊断和治疗策略铺平道路。专家组完全支持这个促进跨学科和跨国界思维的现代科学组织，并建议反思加强计算生物学资源和专业知识，这可以巧妙地连接各种活动，并促进对基于（病理）生理现象的极其复杂的细胞和生物体调节回路的更深入理解。此外，专家组完全相信 i3S 的组织结构和运作，它支持上述科学组织。它赞赏该中心将在与大学结束持续讨论后于 2019 年成为法人实体。在与波尔图大学校长进行简短讨论后，专家组希望强调，波尔图大学和该地区通过这种卓越中心的存在而获得的声望应该转化为更强有力的支持，包括为研究人员提供职位。i3S 的科学非常出色，尽管团队之间不可避免地存在差异。除其他荣誉外，i3S 还获得了多项 ERC 资助，这说明其科研水平在国际上处于领先地位。小组对三个专题领域的出色简短介绍印象深刻。然而，团队表现的显著差异值得持续关注。在这方面，小组对定期监测团队表示赞赏（见下文）。i3S 的重大突破性发现包括细胞分裂与基因组（不）稳定性之间的功能联系、神经退行性疾病的机制以及对 T 细胞分化机制理解的进展。i3S 是遗传性弥漫性胃癌的国际参考中心，开发和进行基因诊断。后者的活动包括开发基因诊断工具。小组祝贺 i3S 制定了操作原则，该原则可供该部门的所有成员使用。这是 i3S 的一个独特功能，应该由该国所有主要研发部门采用。这些运作原则特别涉及由外部科学顾问委员会选出的外部专家每 4 年对所有团队进行一次科学评估、空间分配规则和作者身份的定义。事实上，小组指出，i3S 显然是唯一一个根据委员会的建议制定作者身份指导方针的单位