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水平基因转移推断
水平基因转移（HGT）是核进化的基本驱动力，促进了新的特征并适应新环境。尽管其重要性，但很少有系统地比较用于推断HGT的方法，这在我们对它们的相对优势和局限性的理解上留下了差距。验证HGT推理方法是由于缺乏可以证实历史转移事件的基因组化石记录而面临的质疑。没有经验黄金标准，通常会验证新的推理方法的模拟数据；但是，这些模拟可能无法捕获生物学复杂性，并且经常嵌入推理方法本身中使用的相同假设。在这里，我们利用HGT事件的趋势涉及多个相邻的基因来评估不同HGT插入方法的准确性。我们表明，分析基因树木之间基因的存在/不存在模式的方法始终优于基于基因树种树的重新征服的方法。我们的发现挑战了显式系统发育和解方法优于模拟者隐式方法的普遍假设。通过提供全面的台式标记，我们提供了选择适当方法的实用建议，并指示了未来方法论进步的途径。
通过矿物质促进的水平基因转移，重现和传播过去的功能
水平基因转移是细菌进化的最重要驱动因素之一。传统上，通过吸收细胞外 DNA 进行转化不被认为是一种有效的基因获取方式，原因很简单，因为当细胞外 DNA 悬浮在海水等环境中时，几天内就会降解。最近，储存 DNA 的年龄跨度增加到至少 2 Ma。在这里，我们表明 Acinetobacter baylyi 可以整合吸附在常见沉积矿物上的 60 bp DNA 片段，并且转化频率与矿物表面特性成比例。我们的工作强调，古老的环境 DNA 可以促进当代细菌的进化。与可遗传的随机突变相反，细菌在压力和需求增加时获取新基因组材料的过程表明，非随机机制可能以非随机方式推动进化。
水平基因转移：细菌的自适应演化
完整的基因组（WGS）：所有染色体均完全由不超过十个染色体碱基的间隙组装而成：所有染色体都完全组装，但包含支架间隙：顺序连续体是通过间隙连接的，但序列未分配到重叠式染色体：
仅从长读序列数据中提取的芒果染色体水平基因组
高质量的参考基因组和注释对于表征基因组的结构和功能变异以及探索促进现代分子育种的重要性状机制至关重要。随着单分子长读测序技术的开发和不断改进，我们现在可以组装高精度的端粒到端粒 (T2T) 基因组。从头基因组组装时代始于桑格测序，而第一个组装的真核基因组是 1996 年的酿酒酵母 (Dujon, 1996 )。随后，许多其他物种的基因组被组装起来，包括水稻（Goff 等人，2002 年）、玉米（Schnable 等人，2009 年）、拟南芥（拟南芥基因组计划，2000 年）和人类（Venter 等人，2001 年）。下一代测序的后续进展进一步改善了植物基因组组装，但它们仍然在伪分子中表现出数千个缺口，这主要是由于重复序列的普遍性和读取长度的限制（75-300 bp）（Belser 等人，2021 年；陈等人，2023 年）。
2023 年卡内基国际和平基金会年度...
2023 年 4 月，我们在柏林成立了卡内基俄罗斯欧亚中心，这是俄罗斯政府于 2022 年关闭卡内基莫斯科中心后，我们学者的新家。该中心强大的在线平台卡内基政治报继续吸引数百万读者。我们在柏林的学者对克里姆林宫的思想、俄罗斯公众舆论和地区重组进行了深远的分析，此外还对包括巴尔干和高加索在内的更广泛地区进行了分析。他们的工作补充了华盛顿正在制定的为乌克兰长期安全和经济未来制定模式的举措。卡内基加州中心今年也进行了扩大，重点是将国家与更广泛的全球社会联系起来，并启动了技术、民主、移民和跨太平洋关系方面的研究流。
测量说明： - 1) 水平基准
2023 年 8 月 8 日 — 4) 调查信息：调查船：BOWEN1（24' SCULLY 工作船）。回声测深仪：TELEDYNE ECHOTRAC E20。换能器：ODOM SMSW200-4（4° 波束，200 kHz）。
染色体水平基因组组装揭示新热带叶屑壁虎的动态性染色体（壁虎科：壁虎属）
摘要 性别决定是脊椎动物成功发育的关键要素，这表明性染色体系统可能在各个谱系中都具有进化稳定性。例如，哺乳动物和鸟类在漫长的进化时期内保持了保守的性染色体系统。相比之下，其他脊椎动物经历了频繁的性染色体转换，这更加令人惊奇，因为我们对它们各自的系统发育的大部分了解仍然很少。一种特殊的爬行动物群，壁虎蜥蜴（壁虎亚目），在性染色体转换方面表现出极高的不稳定性，并且可能拥有鳞目动物（蜥蜴和蛇）中的大多数转换。然而，大多数壁虎物种缺乏关于性染色体的详细基因组和细胞遗传学信息，这给我们对进化过程的理解留下了巨大的空白。为了解决这个问题，我们组装了壁虎（Sphaerodactylidae：Sphaerodactylus）的染色体水平基因组，并利用该组装数据在六个密切相关的物种中寻找性染色体，其中使用了各种基因组数据，包括全基因组重测序、RADseq 和 RNAseq。之前的研究已经在两种 Sphaerodactylus 壁虎中发现了 XY 系统。我们在那项工作的基础上扩展了该属中两到四个性染色体顺式转换（XY 到新的 XY）。有趣的是，我们确认了两种不同的连锁群为 XY 性染色体系统，而此前人们并不知道它们在四足动物中充当性染色体（与 Gallus 的 3 号染色体和 Gallus 的 18/30/33 号染色体同源），进一步突显了一个独特而令人着迷的趋势，即大多数连锁群都有可能充当有鳞动物的性染色体。
水平基因转移如何塑造昆虫基因组的进化？
昆虫是一个高度多样化的谱系，占所有描述的动物的50％，约有30个订单（Chapman，2009; Forister等，2019; Novotny等，2002）。昆虫是在大多数陆地和水生环境中发现的（Gullan＆Cranston，2014; Scudder，2017），并且以多种方式成为生态系统健康的关键，例如通过充当分解，猎物，捕食者，捕食者和传粉者（Gurr等，2003; Majeed等，20222）。此外，它们相对较小的尺寸和高生殖率使它们能够占据大型生物所无法的多种生态壁ches（Berger等，2008； Gullan＆Cranston，2014）。昆虫还与微型ISM（例如细菌和真菌）广泛相互作用，增强了昆虫适应不同环境的能力。微型肌肉是在昆虫的外骨骼，肠道和血液中以及内部昆虫细胞中发现的。昆虫肠道菌群有助于宿主的消化和
Rohu Carp，Labeo Rohita的高质量染色体水平基因组组装及其在基于SNP的基因流量和性别测定的探索中的利用
Labeo Rohita（Rohu）对南亚的水产养殖很重要，其生产量接近大西洋鲑鱼。虽然对Rohu的遗传改善正在进行中，但在Rohu中，在其他水产养殖改善计划中常用的基因组方法已被阻止，部分原因是缺乏高质量的参考基因组。在这里，我们提出了使用下一代测序技术组合产生的高质量的从头基因组，从而产生了946 MB基因组，该基因组由25个铬虫和2,844个未放置的支架组成。值得注意的是，虽然大约是现有基因组序列的大小的一半，但我们的基因组代表了使用流量细胞仪新估计的基因组大小的97.9％。与该基因组结合使用了120个个体的测序，以预测三个主要河流（Jamuna，Padma和Halda）中的种群结构，多样性和差异，以推断Rohu中可能的性别确定机器。这些结果证明了新的Rohu基因组在现代化Rohu遗传改善计划的某些方面的实用性。
水平基因转移如何塑造昆虫基因组的进化？
昆虫是一个高度多样化的谱系，占所有描述的动物的50％，约有30个订单（Chapman，2009; Forister等，2019; Novotny等，2002）。昆虫是在大多数陆地和水生环境中发现的（Gullan＆Cranston，2014; Scudder，2017），并且以多种方式成为生态系统健康的关键，例如通过充当分解，猎物，捕食者，捕食者和传粉者（Gurr等，2003; Majeed等，20222）。此外，它们相对较小的尺寸和高生殖率使它们能够占据大型生物所无法的多种生态壁ches（Berger等，2008； Gullan＆Cranston，2014）。昆虫还与微型ISM（例如细菌和真菌）广泛相互作用，增强了昆虫适应不同环境的能力。微型肌肉是在昆虫的外骨骼，肠道和血液中以及内部昆虫细胞中发现的。昆虫肠道菌群有助于宿主的消化和