基因组编辑可以对内源性顺式调控元件进行序列功能分析,从而推动对其机制的理解和基因疗法的发展。然而,这些方法不能与染色质结构和长单分子染色质纤维可及性的直接可扩展读数相结合。在这里,我们利用双链 DNA 胞嘧啶脱氨酶通过靶向 PCR 和长读测序以高深度和分辨率分析内源性目标基因座的染色质可及性,我们将这种方法称为靶向脱氨酶可及染色质测序 (TDAC-seq)。TDAC-seq 凭借目标基因座的高序列覆盖率,可以与 CRISPR 扰动独特地整合,从而实现顺式调控元件的功能解剖,其中遗传扰动及其对染色质可及性的影响叠加在同一单个染色质纤维上并以单核苷酸分辨率解析。我们利用 TDAC-seq 解析了在红细胞分化过程中激活人类 CD34+ 造血干细胞和祖细胞中胎儿血红蛋白的 CRISPR 编辑,以及在合并的 CRISPR 和碱基编辑筛选中平铺控制珠蛋白位点的增强子。总之,TDAC-seq 能够通过基因组编辑实现单分子染色质纤维的高分辨率序列功能映射。
电磁脑成像是从磁场和电位的非侵入性记录中重建脑活动。这种成像方式的一个持久挑战是估计源的数量、位置和时间过程,特别是对于具有复杂空间范围的分布式脑源的重建。在这里,我们介绍了一种新颖的稳健经验贝叶斯算法,该算法通过两个关键思想可以更好地重建分布式脑源活动:核平滑和超参数平铺。由于所提出的算法建立在稀疏源重建算法 - 香槟的许多性能特征之上,我们将该算法称为平滑香槟。平滑香槟对高水平噪音、干扰和高度相关的脑源活动的影响具有很强的鲁棒性。与基准算法相比,模拟表明平滑香槟在准确确定分布式源活动的空间范围方面具有出色的性能。平滑香槟还可以准确重建真实的 MEG 和 EEG 数据。
随着立方体卫星技术在轨测试和实施的日益增多,对高效、低质量推进系统的需求也不断增长。离子推进系统已成为填补立方体卫星推进空白的潜在技术。BeaverCube 是麻省理工学院学生建造的 3U 立方体卫星,将在低地球轨道上进行离子推进系统演示。BeaverCube 计划于 2020 年 10 月之前发射,旨在展示 Accion Systems Inc. 的平铺离子液体电喷雾推进系统。该系统利用离子液体作为推进剂,使 BeaverCube 能够进行高效、低推力机动。成功的系统演示将能够使用 BeaverCube 上的 NovAtel OEM-719 全球定位系统接收器检测平移机动。可探测性要求机动的高度变化至少为 9 米,这比预期的 GPS 高度误差高出 3 个标准差。这项工作的目标是确定平移机动的持续时间,从而产生最高的探测概率,同时产生最小的推力计算误差。根据 Systems Tool Kit 中执行的模拟,确定 3.5 小时的机动是最佳的,导致高度变化为 280.6 米。
电磁脑成像是从磁场和电位的非侵入性记录中重建脑活动。这种成像方式的一个持久挑战是估计源的数量、位置和时间过程,特别是对于具有复杂空间范围的分布式脑源的重建。在这里,我们介绍了一种新颖的稳健经验贝叶斯算法,该算法通过两个关键思想可以更好地重建分布式脑源活动:核平滑和超参数平铺。由于所提出的算法建立在稀疏源重建算法 - 香槟的许多性能特征之上,我们将该算法称为平滑香槟。平滑香槟对高水平噪音、干扰和高度相关的脑源活动的影响具有很强的鲁棒性。与基准算法相比,模拟表明平滑香槟在准确确定分布式源活动的空间范围方面具有出色的性能。平滑香槟还可以准确重建真实的 MEG 和 EEG 数据。
在本文中,我们描述了一种基于我们之前开发的光子谐振吸收显微镜 (PRAM) 的生物传感仪器,该仪器结合了自动对焦、金纳米粒子 (AuNP) 积累的数字表示以及收集 AuNP 附着和脱离光子晶体 (PC) 表面的时间序列图像序列的能力。这些组合功能用于在生物分子分析过程中完全自动化 PRAM 图像收集,从而能够平铺 PRAM 图像以提供毫米级视野。该仪器还可以收集 PRAM“电影”,从而实现数字展示和动态计数 AuNP 到达和离开 PC 表面时的情况。我们在两种生物分子分析中利用这些功能来检测传统 AuNP 标记夹层格式的蛋白质生物标志物。利用测定过程中 AuNP 附着和分离事件的动态计数,我们提出了一种 10 分钟、室温、无酶方法检测低至 1 aM 的 microRNA-375 (miRNA- 375) 的方法,同时揭示了生物分子相互作用的结合率和解离率的特征。我们的仪器可能在多路复用即时诊断测试中得到广泛应用,并可作为以单分子分辨率定量表征生物分子结合动力学的通用工具。
海报会议 1:数据高效和计算高效的机器学习 标题:矩阵的内存效率 PoC:Chien-Cu Chen 标题:舒张阵列:高效的神经网络推理加速 PoC:Michael Mishkin 和 Mikko Lipasti 摘要:绝大多数神经网络运算都是与点积计算相关的乘法和累加。基于舒张阵列的神经网络加速有助于实现基于收缩阵列的节能神经网络推理加速,该收缩阵列具有复杂单元的浅流水线,每个单元包含多个乘法器单元和一个加法器树以执行部分缩减。这些流水线比传统的矩阵乘法收缩阵列实现包含的触发器更少,从而大幅节省能源。由于通过较浅流水线的较低延迟传播,可以进一步提高性能,但这种延迟的减少很容易被带宽限制所掩盖。通过并行操作多个较小的舒张阵列图块以提高阵列利用率,可以进一步提高性能。平铺增加的功耗被舒张阵列功率节省所抵消,从而在组合时产生最佳能量延迟积。标题:学生声学基础词嵌入,用于改进声学到词的语音识别 PoC:Shane Settle 标题:学生序列的多视图表示学习 PoC:Qingming Tang T
(续) • 绘图功能: • 峰值绘图速度为每秒 800 Mpixels(内部工作频率为 100 MHz) • 2D 绘图功能:点、线、三角形、多边形、BLT 和图案绘图 • 3D 绘图功能:点、线和三角形绘图以及通过 Z 缓冲去除隐藏表面 • 特殊效果:抗锯齿、粗体 / 虚线处理、alpha 混合、Gouraud 着色、纹理映射(双线性过滤、透视校正)和平铺 • 显示功能: • 支持的最大显示分辨率:1024 × 768 像素 • 彩色显示,可使用每像素 8 位的调色板,或直接使用每像素 16 位的 5 位 RGB 颜色 • 覆盖四层屏幕,其中下两层可分为左右部分 • 支持两个 64 × 64 像素的硬件光标 • 模拟 RGB 和数字 RGB 信号输出 • 能够使用外部同步模式 • 电源电压 :内部电路和 SDRAM 的两个电源分别为 2.5 V ± 0.2 V 和 3.3 V ± 0.2 V (用于 I/O 部分) • 封装 :208 针塑料 QFP(引脚间距为 0.5 毫米) • 工艺技术 :0.25 µ m CMOS
摘要:计算机视觉是医学图像分析中的强大工具,支持对眼部疾病的早期检测和分类。糖尿病性视网膜病(DR)是继发于糖尿病的严重眼科疾病,伴随着危险性疾病的几个早期迹象,例如微型神经疗法(MAS),出血(Hemos)和渗出液(EXS),这些症状已被广泛研究并靶向由计算机视觉模型检测的对象。在这项工作中,我们测试了最先进的Yolov8和Yolov9 Architectures DR Feldus功能分割的表演,而无需编码经验或编程背景。我们从公共Messidor数据库中获取了一百个DR图像,并手动标记并准备了它们以进行像素分割,并测试了不同模型变体的检测能力。我们通过数据增强增加了训练样本的多样性,包括平铺,翻转和旋转眼底图像。在检测诸如MA,Hemo和ex之类的DR病变时,提出的方法达到了可接受的平均平均精度(MAP),以及眼睛后极的标志,例如视盘。我们将我们的结果与涉及不同神经网络的文献中的相关作品进行了比较。我们的结果是有希望的,但尚未准备好进入临床实践。必须进行准确的病变检测,以确保早期和正确的诊断。未来的工作将进一步研究病变检测,尤其是MA分割,并通过改进的提取技术,图像预处理和标准化数据集进行研究。
顺式调节元件(CRE)与反式调节剂相互作用以编排基因表达,但是在多基因基因座中如何协调转录调控尚未实验定义。我们试图表征控制相邻共刺激基因CD28,CTLA4和ICO的动态表达的CRE,并编码了T细胞介导的免疫的调节剂。平铺CRISPR干扰(CRISPRI)筛选在常规和调节子集的原代人T细胞中,发现的基因,细胞子集和刺激特异性CRE。与CRISPR敲除筛选和针对转座酶可访问的染色质的测定(ATAC-SEQ)分析确定了在特定的CRISPRI-RESPONSIME元素上影响染色质状态的反式调节剂,以控制共刺激基因表达。然后,我们发现了一个关键的CCCTC结合因子(CTCF)边界,该边界增强了与CTLA4的相互作用,同时还可以防止CD28的混杂激活。通过系统地绘制CRE和相关的反式调节剂直接在原代人T细胞子集中,这项工作克服了长期存在的实验局限性,以解码与免疫稳态至关重要的复杂的多基因基因座中的上下文相关基因调节程序。
概述 ................................................................................................................................ v 工作原理 ...................................................................................................................... v 关于手册 ...................................................................................................................... v 1.安装和激活 ...................................................................................................................... 1 系统要求 ...................................................................................................................... 1 GPU 加速 ...................................................................................................................... 1 安装步骤 ...................................................................................................................... 2 演示模式的限制 ............................................................................................................. 3 激活步骤 ...................................................................................................................... 3 浮动许可证 ...................................................................................................................... 5 2.拍摄场景 ...................................................................................................................... 8 设备 ............................................................................................................................. 8 相机设置 ...................................................................................................................... 8 物体/场景要求 ................................................................................................................ 8 图像预处理 ...................................................................................................................... 8 拍摄场景 ...................................................................................................................... 9 限制 ............................................................................................................................. 10 镜头校准................................................................................................ 11 计划任务 ................................................................................................................ 13 减少重叠 ................................................................................................................ 14 3....................................................................... 70 使用编码和非编码目标 ...................................................................................... 71 5.常规工作流程 ................................................................................................................ 15 首选项设置 ................................................................................................................ 15 加载照片 ................................................................................................................ 16 对齐照片 ................................................................................................................ 21 构建密集点云 ............................................................................................................. 25 构建网格 ................................................................................................................ 26 构建模型纹理 ............................................................................................................. 29 构建平铺模型 ............................................................................................................. 32 构建数字高程模型 ............................................................................................................. 33 构建正射影像 ............................................................................................................. 35 保存中间结果 ............................................................................................................. 38 导出结果 ............................................................................................................................. 39 4.引用 ............................................................................................................................. 54 相机校准 ............................................................................................................................. 54 设置坐标系 ............................................................................................................. 58 优化 ............................................................................................................................. 67 参考窗格中的错误是什么意思?测量 ................................................................................................................ 73 对 3D 模型进行测量 .............................................................................................. 73 对 DEM 进行测量 .............................................................................................. 75 植被指数计算 ...................................................................................................... 77 立体测量和矢量化 ...................................................................................................... 80 6.编辑 ................................................................................................................................ 82 使用蒙版 ...................................................................................................................... 82 编辑点云 ...................................................................................................................... 86 对密集云点进行分类 ...................................................................................................... 90 编辑模型几何 ............................................................................................................. 91 形状 ............................................................................................................................. 96 正射影像接缝线编辑 ...................................................................................................... 98 移除照明 ...................................................................................................................... 98