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通过刺激响应聚合物实现双稳态、剩磁、读/写存储器和逻辑门功能
原则上，如果状态之间的转变表现出导致双稳态的磁滞现象，则在不同状态之间切换可以读取和写入信息。响应性聚合物在其体积相变时表现出磁滞现象，例如热响应性聚合物。这是溶剂膨胀单相状态和溶剂消肿两相状态之间的转变。两种状态之间的转变在热力学上对应于铁磁材料中两种磁化状态之间的转变。对于铁磁材料，磁滞现象的特征是矫顽场强度 H c ，它是逆转磁化并从而改变磁化状态所需的，以及零场强度下的剩磁 M r。信息被编码在磁化状态中。在双稳态区域内，对于足够大的矫顽力和剩磁，它是长期稳定的。同时，体积相变信息将由溶液状态编码，并且对于足够大的矫顽力温度范围和剩磁来说，这是可能的。最近，非传统非磁性材料表现出双稳态，这在折纸结构的折叠状态 [3]、玻璃体 [4] 和主客体功能化的热响应聚合物中得到了证实。[5] 有了两个状态控制变量，逻辑运算的实现也将成为可能。近年来，逻辑门响应功能已被用于控制溶胶/凝胶转变 [6]、水凝胶降解 [7] 或纳米载体拆卸 [8]，用于药物输送应用。对于响应性材料，到目前为止，双稳态和逻辑门功能都是通过使用化学反应来实现的，例如由外部刺激驱动的不稳定连接子的断裂/形成 [7] 或主客体复合 [5]。这导致化学状态和动力学方面的双稳态，
使用 Decoil 从长读测序数据重建染色体外 DNA 结构异质性
1 柏林夏里特医学院儿科肿瘤学和血液学系，柏林 13353，德国； 2 马克斯德尔布吕克中心和柏林夏里特医学院实验与临床研究中心，德国柏林 13125； 3 柏林夏里特医学院，柏林 10117，德国； 4 柏林自由大学，德国柏林 14195； 5 马克斯德尔布吕克分子医学中心，德国柏林 13125； 6 埃尔朗根-纽伦堡弗里德里希亚历山大大学，91054 埃尔朗根，德国； 7 德国癌症联盟 (DKTK)，合作伙伴柏林，DKFZ 与柏林夏里特医学院合作，德国柏林 10117； 8 柏林夏里特医学院神经病理学系，柏林自由大学和柏林洪堡大学的企业成员，德国柏林 13353； 9 表观遗传学研究中心，纪念斯隆凯特琳癌症中心，纽约，纽约 10065，美国
使用 FUGAREC 检测长读转录组测序数据中的融合基因
摘要：融合基因是癌症治疗的重要靶点和生物标志物，临床需要准确检测融合基因的方法。RNA-seq被广泛用于检测活性融合基因。长读RNA-seq可以对mRNA全长进行测序，有望检测出短读RNA-seq无法检测到的融合基因。然而，长读RNA-seq的碱基调用错误率较高，在与基因组不一致的长读的断点附近可能会出现间隙序列。当出现间隙序列时，现有方法无法识别正确的融合基因或断点。为了解决融合基因检测中的这些挑战，我们引入了一种新算法FUGAREC（带间隙重新对齐和断点聚类的融合检测）。FUGAREC独特地将间隙序列重新对齐与断点聚类结合在一起。这种方法不仅增强了对以前无法检测到的融合基因的检测，而且显著降低了假阳性。我们证明 FUGAREC 在乳腺癌细胞系的模拟数据和测序数据上都具有很高的融合基因检测性能。
单细胞长读全基因组测序揭示人类大脑中的体细胞转座子活性
MD，美国。4. DeepSeq，诺丁汉，英国。5. 乌普萨拉大学免疫学、遗传学和病理学系生命科学实验室，瑞典乌普萨拉。6. 莱斯大学计算机科学系，美国德克萨斯州休斯顿主街 6100 号。* 通讯作者；贡献相同摘要单细胞 DNA 测序的出现揭示了基因组变异的惊人动态，但未能表征在种系水平上具有深远影响的较小到中等尺寸的变异。在这项工作中，我们利用单细胞长读测序发现了三个大脑中的新动态。这为了解单个细胞基因组的动态提供了关键见解，并进一步强调了转座因子的大脑特定活动。主要单细胞全基因组扩增（WGA）使通常使用短读在低覆盖率 1 下进行的单细胞全基因组测序（scWGS）成为可能，它通常只能检测 Mb 级 CNV，尽管据报道识别了 > 50kbp 的 CNV 2 。无论如何，许多预期的变体（如 Alu 或 LINE 变体）都被遗漏了。这些转座因子 (TE) 家族是最丰富和活跃的转座子，总共占人类基因组的约 27% 3 ，并有助于健康神经元 4 和神经退行性疾病 5–7 的重组。同时，长读测序的出现使得准确检测 Alu 或其他转座子介导的突变成为可能 8 。最近有报道称，在液滴中使用等温多重置换扩增 (MDA) (dMDA) 进行 WGA 后，在 T 细胞上使用长读 scWGS (scWGS-LR) 来组装单个细胞的一个基因组。然而，它的成本很高，而且由于嵌合体和扩增子大小限制，完整性有限 9 。尽管如此，这为进一步探索类似的方法是否能为单细胞的基因组变异提供新的见解开辟了新领域。
CaBagE：一种基于 Cas9 的背景消除策略，用于靶向、长读 DNA 测序
由于旁系同源、复杂的单倍型结构或串联重复，人类基因组的很大一部分难以用短读 DNA 测序技术进行检测。长读测序技术（例如 Oxford Nanopore 的 MinION）能够直接测量复杂的位点，而不会引入短读方法固有的许多偏差，尽管它们的通量相对较低。这一限制促使人们最近努力开发无扩增策略来定位和富集感兴趣的位点，以便随后用长读进行测序。在这里，我们介绍了 CaBagE，这是一种高效且有用的靶标富集方法，可用于对大型、结构复杂的靶标进行测序。CaBagE 方法利用 Cas9 与其 DNA 靶标的稳定结合来保护所需片段不被核酸外切酶消化。然后使用 Oxford Nanopore 的 MinION 长读测序技术对富集的 DNA 片段进行测序。使用健康供体 DNA 对长度为 4-20kb 的五个基因组靶标进行测试时，使用 CaBagE 进行富集可获得 116X 覆盖率（范围为 39-416）的靶标位点中位数。四种癌症基因靶标在单个反应中富集并在单个 MinION 流动槽中进行多路复用。我们进一步证明了 CaBagE 在两名具有 C9orf72 短串联重复扩增的 ALS 患者中的效用，以产生与每个个体的重复引发 PCR 得出的基因型相称的基因型估计值。使用 CaBagE，可以在测序之前对给定样本中的靶标 DNA 进行物理富集。此功能允许跨测序平台进行适应性，并可能用作测序以外应用的富集策略。CaBagE 是一种快速富集方法，可以阐明人类疾病背后的“隐藏基因组”区域。
M5 HiPer plus Taq DNA Polymerase 经典Taq 酶（适合 ...
【产品简介】 本产品是从高度耐热菌 Thermus aquaticus 中克隆其 DNA 聚合酶基因，原核表达后经柱层析纯化获得的超纯、高效、耐热 DNA 聚合 酶， SDS-PAGE 显示为一条 94kD 的蛋白条带。该酶除具有 5 ' -3 ' DNA 聚合活性外，还具有少量的 5 ' -3 ' DNA 外切活性，但不 具有 3 ' -5 ' DNA 外切活性（校读活性），适用于常规 PCR 扩增。 M5 HiPer plus Taq DNA Polymerase 扩增得到的 PCR 产物含有 3'-A 碱基，可直接用于 TA 克隆 ( 聚合美 TOPO-TA 克隆载体货号： MF019 或 MF020) 。
2025 本科招生-非联招-20240926
持有中专学历或部分完成副学位学历的申请人可申请入读学士学位课程一年级。根据课程的不同，学生可以在一年级直接入读主修课程，也可以入读未申报主修课程的学院/学校/部门（学习一年后进入主修课程）。
利用长读测序同时分析完整植物基因组中的染色质可及性和 DNA 甲基化
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证永久有效。它是在预印本（未经同行评审认证）下提供的，作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权持有者于 2023 年 11 月 21 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2023.11.15.567180 doi：bioRxiv 预印本
2025 本科招生-非联招-20240926
持有中专学历或部分完成副学位学历的申请人可申请入读学士学位课程一年级。根据课程的不同，学生可以在一年级直接入读主修课程，也可以入读未申报主修课程的学院/学校/部门（学习一年后进入主修课程）。