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LR-Ribo-STAMP：异构体翻译分析
图 1：长读 Ribo-STAMP 的实验和计算方法。（A）LR-Ribo-STAMP 实验系统概览。RPS2 与 APOBEC1 融合，以诱导核糖体-RNA 相互作用位点附近的胞嘧啶到尿嘧啶核苷酸编辑。编辑越多表示翻译越高，编辑越少表示翻译越低。（B）LR-Ribo-STAMP 计算流程概览。输入是未对齐的长读，经过对齐、读过滤、编辑检测、编辑过滤和编辑量化。编辑后的位点输出为 BED 文件。（C）编辑过滤。通过过滤常见位点和注释的 SNP，从长读 APOBEC1 专用（绿色）信号中概述编辑过滤和描绘 LR-Ribo-STAMP（金色），表示为编辑分数（编辑读/总读数）与编辑位点覆盖率之间的关系。灰色部分中的已编辑站点表示过滤掉的读取数少于 20 的站点。
光学研究所 - 研究生院 (SupOptique)
拥有理学学士或工学士学位的学生可以入读为期 3 年的全日制课程，获得享有盛誉的工程学硕士 (Diplôme d'Ingénieur)。拥有理学学士学位和物理学、光学和光子学背景的学生可以入读工程学硕士 (Diplôme d'Ingénieur) 课程的第二年，学习期为 2 年。如有协议，学生可以入读两年期 (L3 和 M1)，然后返回其所在大学完成学业（双学位计划）。学生也可以入读硕士课程。工程学硕士第二年和第三年的学生有资格同时攻读硕士学位。学年从九月初开始。仅限学分的学生
INSERT-seq 利用纳米孔测序实现基因组整合 DNA 的高分辨率映射
病毒载体、转座子、CRISPR/Cas 介导的 DNA 整合和其他 DNA 编辑器的基因组工程的全面表征对于其在人类基因治疗中的开发和安全使用仍然具有重要意义。目前，描述的用于测量编辑细胞中 DNA 整合的方法依赖于基于短读的技术。由于人类基因组的重复性，基于短读的方法可能会忽略重复区域中的插入事件。我们模拟了读长对解决插入位点的影响，这表明读长较短时插入位点检测率显著下降。基于此，我们开发了一种方法，该方法结合整合 DNA 的靶向扩增、基于 UMI 的 PCR 偏差校正和 Oxford Nanopore 长读测序，以对基因组中的 DNA 整合进行稳健分析。这种方法称为 INSERT-seq，能够检测发生频率高达 0.1% 的事件。INSERT-seq 可以独立于重复大小完整处理所有插入。实验流程将重复区域的可映射插入数量提高了 7.3%，并且对大于长读测序大小的重复进行计算处理，以在重复数据库中执行峰值调用。INSERT-seq 是一种简单、廉价且可靠的方法，可以定量表征各种体外和体内样本中的 DNA 整合。
通过长读长重新审视非模型物种的基因组，可以对其生物学和进化产生新的见解
使用长读数据获得的高质量基因组不仅可以更好地了解杂合性水平、重复内容以及与使用短读技术获得的基因组相比更准确的基因注释和预测，而且还可以帮助了解单倍型分化。近年来，长读测序技术的进步使得为非模式生物生成此类高质量组装成为可能。这使我们能够重新审视基因组，而使用前几代数据和组装软件将其组装到染色体规模上一直存在问题。线虫是后生动物中种类最多、种类最多的动物门之一，但对其研究仍然很少，许多以前组装的基因组都是碎片化的。使用 Nanopore R10.4.1 和 PacBio HiFi 获得的长读长，我们生成了 Mermithidae 科二倍体线虫的高度连续组装体，目前尚未获得该科的密切相关基因组，以及 Panagrolaimidae 科三倍体线虫的折叠组装体和分阶段组装体。这两个基因组之前都已分析过，但碎片组装体的支架大小与组装前的长读长长度相当。我们的新组装体说明了长读长技术如何更好地表示物种基因组。我们现在能够根据更完整的基因和转座因子预测进行更准确的下游分析。
合成的合成和验证处理 - ...
固态合成代表了溶液 - 相化学的替代方案，可以为通常无法通过常规方法提供的材料提供途径。但是，在高压条件下，多个竞争反应途径使化学均匀系统的靶向合成成为挑战。纳米读，通过压缩芳族碳氢化合物形成的一维钻石聚合物为以控制和可预测的方式进行高压反应提供了独特的机会。我们假设，通过仔细考虑分子堆叠和分子间力（例如，H键），可以形成化学均匀的纳米读物，以保留精确的化学功能。在此，我们通过顺序[4 + 2] Diels Alder Cycloadition反应报告了2,5-二甲基辅助酸的可扩展固态聚合。由此产生的纳米读产品装饰有高密度的吊坠基团，为后合成后处理和功能应用提供了新的机会。的过渡金属配位被证明了功能化的线程，代表了纳米读作为独立合成子的利用的概念证明，以及新颖的，扩展的扩展多维网络的可能性。虽然基于溶液的化学合成是可推广的，但由于诸如几何/空间约束和多个能量竞争的途径之类的局限性，固态的受控有机反应在固态中具有挑战性。11-16碳纳米读是一类新型的晶体，在高压下形成的一维SP 3碳纳米材料。1-9然而，具有与传统方法相当的固态中有机反应的一般合成控制将使一系列新的化学物种和合成子具有挑战性或无法获得基于溶液的化学作用。10高压合成代表了控制固态有机转化的一种新兴方法，该方法使新反应能够产生新的结构基序和新型的键合环境（例如，SP 3 3碳富含碳富含碳的结构）。由于通过缓慢的各向异性压缩苯的初始形成，因此已经开发了几种合成策略，以限制潜在反应途径的数量，并通过选择性环加成促进化学均匀产物的形成。18-24，由于纳米读的骨架仅在一个方向上延伸，因此这些超薄碳材料被预测可以将钻石的最高物理特性与传统聚合物的灵活性结合在一起。25-30可以通过仔细选择小分子前体（例如，苯，17,31吡啶，32吡啶嗪23）来精确控制纳米读的化学成分，从而使它们比可比的纳米材料（例如，纳米管）具有潜在的优势。因此，纳米读的可能应用是多种多样的，包括新颖的储能和先进的结构材料。26,33,34然而，含有均匀吊坠官能团的有序纳米读的形成仍然是一个重大挑战。在纳米读形成条件下，吊坠基团容易产生侧面反应，可以产生各种粘结基序。这种副反应会导致化学不均匀的材料形成，从而导致远距离顺序和精确的化学功能丧失。19,35一种可靠的合成纳米读的方法
报告：毕业生调查
目录 本科生样本................................................................................................................................................ 1 毕业生调查样本和实际毕业生............................................................................................................... 1 Q60. 在 NJIT 就读期间的入学情况................................................................................................................ 1 评估平均评分................................................................................................................................................ 2 本科毕业生：就业和研究生院......................................................................................................... 3 Q44. 您的工作与您的专业领域相关吗？............................................................................................. 3 Q45. 您目前的就业状况如何？............................................................................................................. 4 Q46. 这是一份新工作吗？............................................................................................................................. 4 Q53. 请估计您的年薪。............................................................................................................................. 5 Q55. 您打算读研究生吗？............................................................................................................. 5 Q56. 您今年会读研究生吗？.............................................................................................
物流、采购和供应链管理中心
高级物流与供应链管理理学硕士 我们的两年制兼读制课程专为经验丰富的物流、供应链、采购和业务经理而设计，他们希望提高技能、知识和信心，以承担更具挑战性的行政职位。它也适合有抱负的专业人士，他们渴望发展自己，并希望接受由积极参与业务的教师提供的真实世界教育。 这个兼读制课程符合修订后的 7 级高级领导学徒标准的要求。 符合条件的英国组织可以使用 14,000 英镑的学徒税来支付课程的教学内容（即 12 个模块）的学费。 雇主或雇员可以资助升读高级物流与供应链管理理学硕士。
细菌群落结构中的精细尺度一致性，来自iLlumina上的短读和纳米孔上的长阅读的海洋沉积物
在开发高通量测序仪后，环境原核生物群落通常是通过在16S域上用遗传标记来描述的。然而，由于底漆的选择和读取长度，简短读取测序遇到了系统发育覆盖率和分类分辨率的局限性。在这些关键点上，纳米孔测序（一种适用于长读的元编码的上升技术）被低估了，因为其每读的错误率相对较高。在这里，我们比较了模拟社区中的原核生物群落结构和两个对比的红树林遗址的52个沉积物样本，由16SV4-V5标记上的短读描述（Ca。0.4kpb）通过Illumina测序分析（Miseq，v3），由长读细菌对细菌的描述几乎完整16s（Ca。1.5 kpb）由牛津纳米孔（Minion，R9.2）分析。短读和长阅读从模拟中检索了所有细菌属，尽管两者都显示出与所期待的比例相似的偏差。从沉积物样品中，具有覆盖范围的读数稀有性，在单例过滤后，共同恩赐和Procrustean测试表明，从短读和长长读取的细菌社区结构显着相似，表明位点之间的相当对比度和站点内相干的海岸方向是可比的。在我们的数据集中，分别将84.7和98.8％的短阅读分别分别分配给了相同的物种和属，而不是长阅读所检测到的物种和属。长期16的底漆特异性使其能够检测到309个家庭中的92.2％，而在短16SV4-V5检测到的448属中，有87.7％。长阅读记录了973个未检测到的额外分类单元，其中91.7％被确定为该属等级，其中一些属于11个独家门，尽管仅占长期读数的0.2％。