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Consensify：一种从古基因组数据集生成伪单倍体基因组序列并降低错误率的方法
摘要：古基因组分析的标准做法是将映射的短读数据转换为伪单倍体序列，通常是从映射读堆栈中随机选择一个高质量的核苷酸。这可以控制由于差异测序覆盖率而导致的偏差，但不能控制差异率和测序错误类型，这些错误在从古代样本获得的数据集中通常很大且多变。这些错误可能会扭曲系统发育和种群聚类分析，并误导使用 D 统计量的混合测试。我们介绍了一种生成伪单倍体序列的方法 Consensify，它可以控制由差异测序覆盖率导致的偏差，同时大大降低错误率。错误校正直接来自数据本身，无需额外的基因组资源或简化假设（例如同时采样）。对于系统发育和种群聚类分析，我们发现与基于单读采样的方法相比，Consensify 受人工制品的影响较小。对于 D 统计量，Consensify 对假阳性的抵抗力更强，并且与其他常用方法相比，不同实验室协议导致的偏差似乎影响较小。尽管 Consensify 是针对古基因组数据开发的，但它适用于任何低到中等覆盖率的短读数据集。我们预测，Consensify 将成为未来古基因组研究的有用工具。
长期发展：利用长读长测序技术对牲畜进行群体规模结构变异研究的观点
© Crown 2023。开放存取 本文根据知识共享署名 4.0 国际许可证授权，允许以任何媒体或格式使用、共享、改编、分发和复制，只要您给予原作者和来源适当的信任，提供知识共享许可证的链接，并指明是否做了更改。 本文中的图片或其他第三方资料包含在文章的知识共享许可证中，除非在资料的信用额度中另有说明。 如果资料未包含在文章的知识共享许可证中，并且您的预期用途不被法定规定允许或超出了允许的用途，您将需要直接从版权所有者处获得许可。 要查看此许可证的副本，请访问 http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ 。知识共享公共领域贡献豁免（http://creativecommons.org/ publicdomain/zero/1.0/）适用于本文中提供的数据，除非数据来源处另有说明。
2024/2025 学年入读计算机工程 (CEG) 专业的理工学院新生可获得认证文凭及其课程豁免
• 航空航天技术 • 航空航天系统与管理 • 生物医学工程 • 企业 IT • 应用人工智能与分析/ 商业智能与分析 • 网络安全与数字取证 / 网络安全与取证 / 信息安全 • 电气工程与生态设计 • 电子与计算机工程 / 电子系统 / 电子、计算机与通信工程 / 电子、计算机与控制工程 • 金融信息学 • 游戏开发与技术 / 数字娱乐技术 • 信息通信与安全 / 信息通信与安全 / 工程信息学 • 信息技术 • 信息通信与媒体工程 / 多媒体与信息通信技术 • 多媒体系统工程 • 纳米技术与材料科学 • 机器人与机电一体化 / 机电一体化工程 • 远程信息处理与媒体技术 义安理工学院认可的文凭包括：
学生提高阅读理解能力的策略 - ...
1. 找你喜欢的书 有时候，阅读理解能力低下是因为学生对所读内容不感兴趣。事实上，73% 的学生表示，如果能找到自己喜欢的书，他们会读更多书。成为更好读者的秘诀是练习 — — 当你真正喜欢所读内容时，练习会容易得多。 2. 养成阅读习惯 每天阅读哪怕只有 15 分钟，也能帮助你提高阅读流利度和理解能力。选择一本你喜欢的书，安排一个固定的时间段 — — 例如晚饭后、睡觉前，然后阅读。顶级运动员和音乐家之所以如此优秀，是因为他们每天都在练习。 3. 大声朗读 大声朗读可以帮助许多学生比在脑海中阅读更好地理解他们所读的内容。如果您对书中的某个部分或某个单词感到困惑，请大声朗读。 4. 浏览文本标题 快速浏览书的标题可以让学生对所读内容有一个总体了解。在真正开始阅读之前，使用标题快速了解阅读内容和要点。 5. 重读令人困惑的部分 重新阅读令人困惑的部分（或者可能只是需要快速复习的部分）有助于更全面地了解所学内容。这也有助于确保您能理解文本中接下来的内容。 6. 用尺子或手指跟着读 如果您在阅读时难以保持阅读位置，可以使用尺子或手指让跟读更容易。这也可以帮助患有阅读障碍并在阅读时难以区分文本行和句子的学生。 7. 写下你不认识的单词 阅读文本时，写下不熟悉的单词。查询/查字典以了解这些单词的含义。然后，想办法在句子中使用它们。 8. 讨论刚刚读过的内容 阅读完毕后，谈谈刚刚读过的内容。你学到了什么/你的想法是什么？对于较长的阅读材料，如用于读书报告的小说，在每次阅读后提出讨论问题。 9. 回顾和总结要点 谈论材料时，回顾和总结要点。用自己的话解释学到的东西有助于确保你理解所读的内容。它还有助于将材料与你已经知道的内容联系起来。
AS 工程 ADVANCE 计划里程碑
ADVANCE 里程碑要求：所有 ADVANCE 学生必须遵守以下要求。对于里程碑 #1-#3，未能达到这些里程碑将导致学生无法入读梅森大学和/或被 ADVANCE 开除。对于里程碑 #4-#7，未能达到这些里程碑可能会延迟入读梅森大学。1. 学生必须在被 ADVANCE 录取后的 4 年内完成 NOVA 学位。我们强烈建议学生持续就读 NOVA/梅森大学，以支持学位完成的进程。2. 学生在 NOVA 的累积 GPA 必须至少达到 2.5，入读梅森大学时 GPA 必须至少达到 2.5。 3. 希望在秋季学期入读梅森的学生必须在 3 月 1 日前申请 NOVA 春季毕业或 6 月 1 日前申请夏季毕业。希望在春季学期入读梅森的学生必须在 10 月 1 日前申请 NOVA 秋季毕业。4. 学生必须在 NOVA 的第一学期之前提前开始发展课程。5. 学生必须在完成任何 MDE 或 EDE 课程（夏季除外）后立即修读第一门大学水平的 MTH 课程和 ENG 111。6. 在前 30 个学分中，学生必须以 C 或更高的成绩完成 ENG 111 和 ENG 112。7. 学生必须在 NOVA 毕业前一个学期之前以 C 或更高的成绩完成梅森核心定量推理课程。请参考您的途径以选择适当的 MTH 课程。
新的长读元基因组装方法增加了宿主和环境微生物组的高质量磁质量
1。冯等人。2022。高保真长读的元基因组组装，用hifiasm-meta读取。自然方法，19：671–674。2。Benoit等。2024。使用MetAMDBG的长期准确读取的高质量元基因组组件。 自然生物技术，https://doi.org/10.1038/s41587-023-01983-6 3。 Chklovski等。 2023。 checkm2：一种使用机器学习评估微生物基因组质量的快速，可扩展和准确的工具。 Biorxiv，https://doi.org/10.1101/2022.07.11.499243 4。 Kang等。 2019。 metabat 2：一种自适应分解算法，用于元基因组组件的稳健有效基因组重建。 peerj，7：e7359。 5。 Pan等。 2023。 semibin2：自我监督的对比学习可以为短而长阅读的测序提供更好的磁磁。 生物信息学，39：I21 – I29。 6。 Sieber等。 2018。 通过消除，聚合和评分策略从宏基因组中恢复基因组。 自然微生物学，3：836–843。 7。 Chaumeil等。 2019。 GTDB-TK：一种将基因组与基因组分类学数据库进行分类的工具包。 生物信息学，35：1925-1927。使用MetAMDBG的长期准确读取的高质量元基因组组件。自然生物技术，https://doi.org/10.1038/s41587-023-01983-6 3。Chklovski等。2023。checkm2：一种使用机器学习评估微生物基因组质量的快速，可扩展和准确的工具。Biorxiv，https://doi.org/10.1101/2022.07.11.499243 4。Kang等。 2019。 metabat 2：一种自适应分解算法，用于元基因组组件的稳健有效基因组重建。 peerj，7：e7359。 5。 Pan等。 2023。 semibin2：自我监督的对比学习可以为短而长阅读的测序提供更好的磁磁。 生物信息学，39：I21 – I29。 6。 Sieber等。 2018。 通过消除，聚合和评分策略从宏基因组中恢复基因组。 自然微生物学，3：836–843。 7。 Chaumeil等。 2019。 GTDB-TK：一种将基因组与基因组分类学数据库进行分类的工具包。 生物信息学，35：1925-1927。Kang等。2019。metabat 2：一种自适应分解算法，用于元基因组组件的稳健有效基因组重建。peerj，7：e7359。5。Pan等。2023。semibin2：自我监督的对比学习可以为短而长阅读的测序提供更好的磁磁。生物信息学，39：I21 – I29。6。Sieber等。 2018。 通过消除，聚合和评分策略从宏基因组中恢复基因组。 自然微生物学，3：836–843。 7。 Chaumeil等。 2019。 GTDB-TK：一种将基因组与基因组分类学数据库进行分类的工具包。 生物信息学，35：1925-1927。Sieber等。2018。通过消除，聚合和评分策略从宏基因组中恢复基因组。自然微生物学，3：836–843。7。Chaumeil等。 2019。 GTDB-TK：一种将基因组与基因组分类学数据库进行分类的工具包。 生物信息学，35：1925-1927。Chaumeil等。2019。GTDB-TK：一种将基因组与基因组分类学数据库进行分类的工具包。生物信息学，35：1925-1927。
PF3.1：儿童保育和早期教育公共支出
由于各国教育体系结构不同，尤其是小学入学年龄不同，早期儿童教育和保育支出的跨国比较变得复杂。为了更好地比较早期儿童教育和保育支持，需要根据各国义务小学入学年龄的差异对数据进行调整。例如，在一些（北欧）国家，儿童七岁入读小学，几乎所有儿童都在前一年接受过学前教育。为了改善比较效果，这些六岁儿童的支出被排除在外（使用基于接受学前教育服务的六岁儿童人数的估算值）。同样，对于儿童五岁入读学校的国家（如澳大利亚、新西兰和英国），需要通过添加与五岁入读小学儿童相对应的支出来调整学前支出数据。此外，值得注意的是，不同类型的早期儿童教育和保育支出的比较（即儿童保育与正规日托服务支出与学前教育服务支出的比较）也对支出的分类和分配很敏感，这些数据应谨慎使用。
靶向核糖体编辑在连接性大疱性表皮松解症中补充皮肤锚蛋白 LAMB3
严重交界性大疱性表皮松解症是一种罕见的遗传性产后致死性皮肤病，主要由 LAMB3 基因中的无义/过早终止密码子 (PTC) 序列变体引起。LAMB3 编码 LAMB3，即表皮 e 真皮皮肤锚定层粘连蛋白 332 的 b 亚基。PTC mRNA 的大多数翻译读段都会产生截短的、无功能的蛋白质，而内源性 PTC 读通机制会产生最低水平和不足的全长蛋白质。传统的翻译读通诱导药物会放大内源性 PTC 读通；然而，翻译读通诱导药物要么具有蛋白毒性，要么是非选择性的。核糖体编辑是一种更具选择性且毒性较小的策略。该技术确定了核糖体蛋白 L35/uL29（即 RpL35）和 RpL35 配体可再利用药物青蒿琥酯和阿扎那韦作为增加全长 LAMB3 产量的分子工具。为了评估活细胞中的配体活性，我们通过双荧光素酶报告基因检测监测了青蒿琥酯和阿扎那韦的治疗。青蒿琥酯治疗后全长 LAMB3 的产量水平增加高达 200%，阿扎那韦治疗后增加高达 150%，在降低药物剂量的情况下与 RpL35 配体联合治疗后增加高达 170%，而不相关的 PTC 报告基因无反应。RpL35 配体在选择性增加全长 LAMB3 方面的生物活性证明为补充严重交界性大疱性表皮松解症中的 LAMB3 的替代靶向治疗途径提供了基础。
AS 心理学 ADVANCE 计划里程碑
ADVANCE 里程碑要求：所有 ADVANCE 学生必须遵守以下要求。对于里程碑 #1-#3，未能达到这些里程碑将导致学生无法入读梅森大学和/或被 ADVANCE 开除。对于里程碑 #4-#7，未能达到这些里程碑可能会延迟入读梅森大学。1. 学生必须在被 ADVANCE 录取后的 4 年内完成 NOVA 学位。我们强烈建议学生持续就读 NOVA/梅森大学，以支持学位完成的进程。2. 学生在 NOVA 的累积 GPA 必须至少达到 2.5，入读梅森大学时 GPA 必须至少达到 2.5。 3. 希望在秋季学期入读梅森的学生必须在 3 月 1 日前申请 NOVA 春季毕业或 6 月 1 日前申请夏季毕业。希望在春季学期入读梅森的学生必须在 10 月 1 日前申请 NOVA 秋季毕业。4. 学生必须在 NOVA 的第一个学期之前提前开始发展课程。5. 学生必须在完成任何 MDE 或 EDE 课程（夏季除外）后立即修读第一门大学水平的 MTH 课程和 ENG 111。6. 在前 30 个学分中，学生必须以 C 或更高的成绩完成 ENG 111 和 ENG 112。7. 学生必须在 NOVA 毕业前一个学期之前以 C 或更高的成绩完成梅森核心定量推理课程。请参考您的途径以选择适当的 MTH 课程。