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World File Search System引物
补充表1。用于定量实时PCR的引物序列
havcr1（kim1）NM_001166632.1 ACA TAT CGT GGA ATC ACA ACG ACG AC AC AC AC ACT GCT CTT CTG CTG ATA GGT GAC A
人类引物在复制具有反向重复序列的 DNA 时需要复制蛋白 A
此预印本的版权所有者此版本于 2025 年 1 月 28 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.03.11.584335 doi：bioRxiv preprint
表Si。研究中使用的siRNA和定量PCR引物序列的列表。
摘要。链球菌thoraltensis（胸骨链球菌）是通常存在于四倍哺乳动物的肠道微生物组中的细菌。胸链菌对人类不被认为是致病性的。然而，在绒毛膜炎，产后肺炎和未知来源的发烧的情况下，几份报告将其确定为病因学剂。此外，在有或没有心脏瓣膜替代的心内膜炎患者的样品中已经分离出来。本研究描述了一名38岁健康的女性患者的病例，该患者经历了急性腹痛，并伴有排尿症，囊泡性心理和便秘。计算机断层扫描显示，由于肿瘤的脓肿，导致了恢复的尿囊肿肿块。手术引流后，微生物学培养物将胸链球链球链球菌视为病因。因此，患者接受了强力霉素和甲状腺脱甲酸唑啉的治疗，并对治疗表现出成功的反应。人类感染中胸链球菌的发生增加表明该细菌流行病学特征的潜在变化。人类活动可能直接或间接地对新病原体的出现做出贡献。
任意后缀序列特异性引物PCR用于可靠的基因组步行：将levilactobacillus brevis和大米的基因组步行作为例子
背景：基因组步行为与生活有关的科学相关地区做出了贡献。在此，我们详细介绍了一种新的基因组步行方法，被提名为任意后缀序列特异性引物PCR（ASP-PCR）。目标：本研究旨在构建一种有效的基于PCR的基因组步行方法。材料和方法：此方法的关键是在初级ASP-PCR中使用混合引物（HP）。该HP是通过将任意序列与最序列特异性引物的后缀构成的。初级ASP-PCR中的松弛周期有助于HP向基因组进行部分退火，从而产生许多单链DNA。在下一个严格的周期中，目标单链被指数放大，因为它也具有与HP的序列特异性部分互补的位点；由于缺乏这样的网站，因此无法进一步处理非目标。嵌套的二级/第三级ASP-PCR进一步选择性地富集了目标DNA。结果：通过获得与Oryza sativa hygromycin基因相邻的未知DNA和Brevis Brevis CD0817 L-谷氨酸脱羧酶基因相邻的未知DNA，可以证实ASP-PCR的实用性。结果表明，每个次级或第三级ASP-PCR表现出1 - 2个透明靶标扩增子，大小为1.5至3.5 kb，背景较弱。结论：ASP-PCR是一个有前途的基因组步行计划，可能在与生命有关的科学相关领域中有潜在的使用。
设计特定群体的引物
本文档介绍如何通过使用 DECIPHER 包中的 DesignPrimers 函数设计组特异性引物。作为案例研究，本教程重点关注链霉菌属不同物种的全测序基因组的内部转录间隔区 (ITS)。ITS 位于编码 16S 和 23S 核糖体 RNA 的基因之间的染色体上。本文档中的示例旨在从多种密切相关的链霉菌物种中寻找针对单一链霉菌物种的引物。但是，任何一组分成组的比对序列都可以使用类似的策略。例如，使用此程序设计的针对 16S 基因的属特异性引物可在 http://DECIPHER.codes 在线获取。分成组的比对 DNA 序列数据库用作该程序的输入。首先，使用 TileSeqs 函数将序列预处理为重叠的图块，这些图块将作为引物设计的模板 DNA。其次，DesignPrimers 函数确定满足某些设计约束的所有可能引物集，例如在特定实验条件下有效扩增目标组的能力。接下来，对完整的引物集进行评分，以确定其与属于
策划和验证普遍适用的引物，以有效地基于ITS2的DNA条形码
对植物物种的快速准确鉴定越来越多地寻求采用分子技术。ITS2区域在DNA条形码中高度评价，因为它的短长度和易于测序，使其成为物种识别的理想候选者。在这项研究中，通过对广泛植物分类群的底漆序列进行细致的分析和比较，我们策划了一系列具有证明普遍性的底漆，能够有效地扩大不同植物物种的ITS2区域。为了验证识别引物的普遍性，我们均采用了硅和体外方法。在计算机分析中涉及生物信息学工具，以评估公共数据库中可用的大量植物DNA序列的底漆结合位点。随后，使用从各种植物标本中提取的DNA样品进行了体外实验，以验证引物的扩增成功。通过这个全面的验证过程，我们确保了选定的引物用于DNA键编码目的的可靠性和适用性。我们发现的重要性在于使用ITS2区域建立了标准化的DNA栏编码方法，这有助于准确而有效的植物物种识别。通过为研究人员提供一组普遍适用的底漆，我们旨在简化底漆选择过程，从而减少实验设计所涉及的时间和精力。该标准化协议促进了DNA条形码研究中的一致性和可重复性，最终促进了我们对植物生物多样性的理解并有助于保护工作。
表1：用于COI和18S基因片段的DNA-Barcoding的引物。所有序列均以5'至3'方向给出。
ku905921 COI SERCI317-14 BOLD：ACO3861 Clymenella Torquata Gloucester县，美国弗吉尼亚州，美国KU906065 COI SERCI316-14 BOLD：ACO38611 Clymenella torquata粗体：ACO3861 Clymenella torquata Gloucester县，弗吉尼亚州，美国HQ024004 COI NBPOL064-08 BOLD：AAC7695 Clymenella Torquata St. Andrews St. Andrews，New Brunswick，New Brunswick，New Brunswick，加拿大加拿大HQ024009 COI NBPOL12121212121-NEACENELL：AAC769 aac76955 bold：AAC76995555加拿大不伦瑞克省HQ024010 COI NBPOL123-08 BOLD：AAC7695 Clymenella Torquata St. Andrews，New Brunswick，New Brunswick，加拿大HQ024006 COI NBPOL082-08 BOLD BOLD BOLD：AAC7695 NBPOL044-08 BOLD：AAC7695 Clymenella Torquata St. Andrews，新不伦瑞克省，加拿大加拿大HQ024008 COI NBPOL101-08 BOLD：AAC7695 Clymenella Torquata St. Andrews St. Andrews St. Torquata St. Andrews，加拿大新不伦瑞克省HQ024007 COI NBPOL088-08 BOLD：AAC7695 Clymenella Torquata St. Andrews St. Andrews，New Brunswick，加拿大Coi Invcl003-23 Bold：AAC7695
表Si。乳腺癌免疫疗法及其结果的完整临床研究清单。1个表Si。逆转录中使用的引物 - 3'）鼠标-GAPDH f1个表Si。逆转录中使用的引物 -3'）鼠标-GAPDH f
Mouse-GAPDH F: GGTTGTCTCCTGCGACTTCA R: TGGTCCAGGGTTTCTTACTCC Mouse-IL-6 F: AACCACGGCCTTCCCTACTT R: TCTGCAAGTGCATCATCGTTGT Mouse-CXCL2 F: ACTGAACAAAGGCAAGGCTAACT R: ACATAACAACATCTGGGCAATGG Mouse-HMOX1 F：ccagacaccgctcctccagt r：ccaggcaagattctcctctccttacag鼠标 - slc7a5 f：tggagtgtgtggcattggcattggcttc r：agagcaccgtcaccacagagaagagattnfaip3 Aggagccaggaagtaatcaagaa r：GCTAGAGATAGCAGGGCAGGT F，前向； R，反向。