底漆设计:对于在快速循环条件下有效扩增,我们建议在80bp和200bp之间的扩增子长度。与所有制造商主人混合了较短的扩增子长度,反应可以循环越快。放大长度不得超过400bp。引物应使用默认引物3设置(https://bioinfo.ut.ee/primer3/)的预测熔点约为60°C。对于Taqman®探针,选择接近5'底漆的探针,避免终末鸟苷残基。对于Taqman®探针,选择接近5'底漆的探针,避免终末鸟苷残基。
通过 DNA 修复调节和 pegRNA 工程改进基于核酸酶的引物编辑 Panagiotis Antoniou* 1 、Louis Dacquay* 1,2 、Niklas Selfjord 1 、Katja Madeyski-Bengtson 3 、Anna-Lena Loyd 3 、Euan Gordon 4 、George Thom 5 、Pei-Pei Hsieh 1 、Sandra Wimberger 1 、Saša Šviković 1 、Mike Firth 6 、Nina Akrap 1 、Marcello Maresca 1# 和 Martin Peterka 1# 1 基因组工程,Discovery Sciences,研发部,阿斯利康,瑞典哥德堡 2 Promega Corporation,美国威斯康星州麦迪逊 3 转化基因组学,Discovery Sciences,研发部,阿斯利康,瑞典哥德堡 4 发现生物学,Discovery Sciences,研发部,阿斯利康,瑞典哥德堡 5 英国剑桥阿斯利康公司发现科学研发部体内表达生物制剂 6 英国剑桥阿斯利康公司发现科学研发部数据科学与定量生物学 * 这些作者的贡献相同 # 通信地址:marcello.maresca@astrazeneca.com martin.peterka@astrazeneca.com
对于使用 CRISPR 技术的敲除富集实验,设计步骤中选择的 gRNA 和 Invitrogen™ TrueTag™ 供体引物将自动包含在内。该工具还将添加 TrueTag Knockout Enrichment Donor DNA Kit,其中包含所需的供体模板、PCR 试剂和清理试剂盒,以生成可用于转染的供体 DNA。还包括 Invitrogen™ TrueTag™ 验证引物,用于进行连接分析,以确保供体模板正确插入。
聚合酶链反应(PCR)是检测自然变异或实验引入研究和临床环境的变化以及一种广泛使用的基因分型方法的强大工具。单核苷酸多态性(SNP)检测在PCR中具有挑战性,因为变体和野生型等位基因仅通过一种核苷酸而异。传统的检测SNP的方法,包括Sanger测序和商业套件,通常很耗时。在这里,我们描述了一种简单的引物设计策略,该策略可以通过常规的一步PCR实现特定的变体检测。该策略使用与染色体单一不匹配的引物采用基因组PCR的差异效率,该引物与包含要检测到的SNP(通常是变体等位基因)的染色体,而与两个不匹配的染色体(通常为变体等位基因)(通常是相应的替代等位基因)(通常是野生类型等位基因)。迄今为止,我们已经成功地采用了这种方法来检测20多个SNP。该方法的简单性和鲁棒性允许快速应用到遗产突变以及新发现或生成的SNP中。
图1Hekexpress®细胞的基因型表征。(a)使用靶向T抗原编码序列的引物(集1)的引物,跨Hekexpress®基因组的TLA序列覆盖率。绘图表明质粒的积分位点位于3染色体等效物(CHR3)上。(b)使用针对T抗原编码序列(集1)或CHR3(集3和4)的引物(集3和4)的引物(集3和4)的引物,(b)在人类CHR3中整合基因座的TLA序列覆盖率。 集合1的覆盖范围表明,与人类HG38基因组相比,Hekexpress®基因组(绿色箭头)中的550 kb缺失。 集合3和4的覆盖范围确认了综合质量PRTAK的连接。 (c)PRTAK质粒图最初集成在Hekexpress®细胞系中。 大小的T抗原序列在橙色的基因中,在深紫色和grnas(grna_beginning和grna_end)中指示。 (d)Chr3等效(红色)的图与550 kb缺失以及包含T抗原序列的PRTAK质粒的整合。 由TLA证实的质粒 - 染色体连接均以蓝色指示。 Hek,人类胚胎肾; TLA,靶向基因座放大。(b)在人类CHR3中整合基因座的TLA序列覆盖率。集合1的覆盖范围表明,与人类HG38基因组相比,Hekexpress®基因组(绿色箭头)中的550 kb缺失。集合3和4的覆盖范围确认了综合质量PRTAK的连接。(c)PRTAK质粒图最初集成在Hekexpress®细胞系中。大小的T抗原序列在橙色的基因中,在深紫色和grnas(grna_beginning和grna_end)中指示。(d)Chr3等效(红色)的图与550 kb缺失以及包含T抗原序列的PRTAK质粒的整合。由TLA证实的质粒 - 染色体连接均以蓝色指示。Hek,人类胚胎肾; TLA,靶向基因座放大。
程序研究Bioteknologi,Fakultas Ilmu - Ilmu Kesehatan,ESA Unggul大学,JL。Arjuna Utara No.9,Jakarta *通讯作者:seprianto@esaunggul.ac.id抽象植物酸是一种抗营养物质,可以降低消化率,营养吸收和饲料利用率在牲畜中的效率。植物酶是一种能够将植酸水解为肌醇和磷酸的酶,因此它可以增加消化系统中养分的吸收。植物酶可以在微生物,例如霉菌,酵母和细菌中找到。杜鹃花粘膜菌是有可能产生植物酶酶的酵母之一。这项研究的目的是确定使用几对特定引物的杜鹃花粘膜粘膜胶质素Rg-PK20基因组检测植物酶基因的最佳退火温度。这项研究是通过在线网站https://www.ncbi.nlm.nih.gov设计的特定引物来启动的。使用星系(https://usegalaxy.org/)进行了比较序列分析。使用PCR方法优化了初级退火温度(TA)。在这项研究中设计了两对引物(FITAF/FITAR和FITASEF/FITASER),并在本研究中设计了两对引物(FITAF/FITAR和FITASER),而其他两对引物(PHY R/F和FI f/fi R)先前已进行了验证。Primers FITAF/FITAR和FITASEF/FITASER能够在所有测试温度(52、54、56、58和60°C)下检测杜鹃花粘膜粘膜粘膜RG-PK20上的植物基因,在指示的大小为±500 bp。但是,底漆FIF/FIR无法检测到特定的植酸酶靶基因。使用引物的检测Phyr/f显示出56、58和60°C的退火温度(TA)时的特异性大小为±1171 bp。关键词:植酸,植物酶基因,退火温度,底漆,R。Mucilaginosapk-S20抽象的饲料酸是一种抗生产物质,可以降低养分的吸收,养分的吸收和饲料利用率。fitase是一种能够将植酸酸水解为肌醇和磷酸的酶,从而增加消化系统中养分的吸收。fitase可以在微生物(例如霉菌,酵母和细菌)中找到。杜鹃花粘膜菌据报道是酵母菌的一种潜在产生含硫酸酶的酶。这项研究旨在确定几个特定主要对的最佳退火温度,以检测杜鹃花粘膜粘膜基因组基因组RG-PK20中的Fitasane Ellters。这项研究始于使用在线网站https://www.ncbi.nlm.nih.gov检测Fitase基因的特定主要设计。使用星系(https://usegalaxy.org/)进行了序列分析。主要退火(TA)温度优化是使用PCR方法进行的。使用的四对引物为Fitaf/Fitar,FititeF/Fititner,Phyr/F和Fif/fif。前两个主要对是这项研究的设计,最后两个引物是主要的,这已经从先前的研究结果中得到了验证。使用PHY R/F底漆检测也以FITAF/FITAR和FITITEF/FITITNER的主要对可以检测到杜鹃花粘蛋白糖Rg-PK20基因组上的植物基因,并在所有温度下具有最佳的放大(52、54、56、58和60°C),并由DNA带的形成DNA在<50000 bp上。