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基于扩增子的NGS针对细菌16S rRNA基因或真菌ITS1区域，传统上用于阴道微生物组分析。尽管此方法具有成本效益，但它不适合可靠地解决物种水平，实际上通常仅限于属水平分辨率。最近在NGS平台上的突破是长阅读技术的开发，例如牛津纳米孔技术提供的技术。尽管这些平台启用了全长16S rRNA基因扩增子测序，但已证明在物种水平上提供了更好的分辨率，而不是短阅读技术4，而长阅读平台往往每个基础准确性，较高的总成本和较低的吞吐量5,6。相反，shot弹枪宏基因组测序目标不仅是16S rRNA基因/真菌ITS1区域，而且是微生物组的集体基因组信息，该信息允许在该物种和应变水平3,7上进行分类识别。
rDNA研究指南第三节的摘要 机构研究核心设施 一般手术大弹
董事批准启动前III-A-1-A-A：如果这种收购可以损害使用药物来控制人类，兽医医学或农业的药物，则将耐药性性状的故意转移给微生物。III-B节：在开始之前需要NIH/OBA和机构生物安全委员会注册的实验III-B-1：克隆毒素分子的克隆，其体重<100ng/kg的LD 50。III-B-2：已批准（根据IIII-A-1-A节）为NIH指南第III-C节中的重大行动的实验：需要制度性生物安全委员会注册和机构审查委员会和机构审查委员会和RAC批准，然后研究参与者招募III-C-1：有意转移DNA或RNA的rna或RNA源自RNA的主题。第三节：使用风险第2组，风险组3，风险组4或限制性药物作为宿主矢量系统III-D-1-A-A：将rDNA引入风险2组2组2组2组的实验，需要机构生物安全委员会注册III-D-1启动III-D-1实验之前的实验； BSL-2/ABSL-2示例：使用腺病毒，腺病毒 - 卢西法酶或与腺相关的病毒转染细胞；通常涉及使用病原体或缺陷的病原体载体（有或没有辅助病毒），例如腺病毒，腺病毒，腺病毒，杆状病毒，疱疹病毒，疱疹病毒，慢病毒，逆转录病毒，乳发病毒，乳酸病毒和囊泡病毒病毒病毒病毒，shigella，shigella，shigella，shymonella和E. asterylytorta。III-D-1-B：将rDNA引入风险3组代理； BSL-3/ABSL-3（UTHSC上的不寻常）III-D-1-C：将rDNA引入风险4组代理； BSL-4/ABSL-4（不允许在UTHSC上允许）III-D-1-D：在BSL-4/ABSL-4处将RDNA引入受限制的代理中，除非在NIH/OBA审查后逐案，否则将RDNA引入bsl-4/absl-4，除非在uthsc允许的III-D-2实验中，否则在NIH/OBA审查和USDA许可证（不允许在UTHSC）中限制了风险组的DNA，或者限制了风险组4，或限制了风险组4，或限制了风险组4，或者限制了风险组4，或
雪微生物在雪融化后定居北极土壤
抽象的北极土壤经常受到空降，海洋或动物来源的微生物侵袭，这可能会影响当地的微生物群落和生态系统功能。然而，在冬季，北极土壤是从雪以外的外部来源分离出来的，这是微生物的唯一来源。通过雪微小的ISMS成功地殖民地殖民化，取决于入侵和居民社区的生存和竞争能力。使用浅shot弹枪元素测序和扩增子测序，本研究监测了整个雪融化的雪和土壤微生物群落，以研究北极土壤的定殖过程。由于观察到成功定殖的所有特征，因此可能发生微生物定植。源自雪的定植微生物已经适应了当地的环境条件，随后在北极土壤中经历了许多相似的条件。此外，与竞争相关的基因（例如运动和毒力）在雪样融化时在雪样中增加。总体而言，在土壤中发现了一百个潜在成功的殖民者，因此证明了熔融过程中土壤中雪微生物的沉积和生长。
高可溶性纤维通过...
背景和目的：饮食纤维主要由肠道菌群发酵，但它们在结直肠癌（CRC）中的作用在很大程度上不清楚。在这里，我们研究了小鼠中大肠肿瘤发生不同纤维的关联。方法：APC最小/Þ小鼠和C57BL/ 6小鼠，含有偶氮甲烷（AOM）注射作为CRC小鼠模型。小鼠以混合的高纤维饮食（20％的可溶性纤维和20％的不溶性纤维饮食），高含因饮食，高蛋白质胶饮食，高纤维素饮食或不同含量剂量的饮食喂食。菌种 - 无小鼠用于验证。粪便菌群和代谢产物分别由shot弹枪宏基因组测序和液相色谱法 - 质谱分别为主导。结果：混合的高纤维饮食促进了结直肠肿瘤的发生，并且在AOM处理和APC最小小鼠中肿瘤数量和肿瘤负荷增加。抗生素使用
在极端，与天文学相关的缺氧地点蓬勃发展的完整微生物群落的分类学和功能分析
方法：在MASE项目（太空探索的火星类似物）中，我们选择了代表性的缺氧类似环境（多年冻土，盐矿，酸性湖泊和河流，硫磺弹簧），以对其微生物群落进行全面分析。我们通过基于丙嗪的扩增子和shot弹枪元基因组测序评估了完整细胞的微生物组谱，并补充了广泛的培养工作。结果：从微生物组分析中对MASE部位蓬勃发展的完整微生物群落检索到的信息，加上31种模型微生物的分离以及15个高质量基因组的15种模型微生物的分离，使我们能够观察到原理途径，与中度环境相比，在MASE位点上阐明了特定的微生物功能。微生物的特征是令人印象深刻的机制来承受物理和化学压力。我们的所有分析级别揭示了微生物群落对复杂有机物的强烈和无所不在的依赖性。此外，我们确定了一个在所有地点蓬勃发展的34个多生物群的极端耐药性世界。
Morris Jason Pepper诉田纳西州
编号S9900118 Forest A. Durard，Jr。，法官号 M2023-00785-CCA-R3-PC请愿人莫里斯·杰森·佩珀（Morris Jason Pepper）在2000年被判一级预期谋杀案，并被判处无期徒刑。 在2022年，请愿人在律师的协助下提出了一项动议，要求重新开放他的定罪后救济请愿书，认为新的科学证据确立了他的实际纯真，提到了不一致的证词，托管链，托管链，以及对阿里比证人的存在。 他同时提出了请愿书，要求对谋杀案现场和他家的前院中发现的几个shot弹枪壳进行触摸DNA分析，以可能存在犬DNA或他的代码fend剂的DNA，并认为该分析与回答谁或可能接触过壳的问题有关。 关于请愿人重新开放和他的DNA请愿的动议举行了听证会，其定罪后法院单一命令拒绝了救济。 请愿人现在对这一决定提出上诉，他还要求通过普通错误的学说救济，这是因为可能存在警察采访的记录，并且由于证据的销毁。 审查后，我们确认了定罪后法院的判决。S9900118 Forest A. Durard，Jr。，法官号M2023-00785-CCA-R3-PC请愿人莫里斯·杰森·佩珀（Morris Jason Pepper）在2000年被判一级预期谋杀案，并被判处无期徒刑。在2022年，请愿人在律师的协助下提出了一项动议，要求重新开放他的定罪后救济请愿书，认为新的科学证据确立了他的实际纯真，提到了不一致的证词，托管链，托管链，以及对阿里比证人的存在。他同时提出了请愿书，要求对谋杀案现场和他家的前院中发现的几个shot弹枪壳进行触摸DNA分析，以可能存在犬DNA或他的代码fend剂的DNA，并认为该分析与回答谁或可能接触过壳的问题有关。关于请愿人重新开放和他的DNA请愿的动议举行了听证会，其定罪后法院单一命令拒绝了救济。请愿人现在对这一决定提出上诉，他还要求通过普通错误的学说救济，这是因为可能存在警察采访的记录，并且由于证据的销毁。审查后，我们确认了定罪后法院的判决。
水产养殖杂志，海洋生物学
抽象的广泛和不受控制的塑料使用导致水生环境中大量塑料废物的积累，这为环境污染增加了一个新的维度，因为合成塑料很难降解。由于其特殊的代谢能力，微生物物种降解塑料的降解已成为潜在的环保对策。在本研究中，我们采用了shot弹枪宏基因组测序，对印度布拉马普特拉河沉积物中鉴定出的塑料降解基因进行了全面分析。在收集的沉积物样品中观察到塑料降解基因的四十个独特元素。结果表明，存在与不同类型的塑料（例如聚对苯二甲酸酯（PET），聚乙烯（PE），聚乙烯基醇（PVA）和聚苯乙烯（PS）的生物降解相关的潜在基因。在微生物中，假单胞菌假单胞菌细菌在所有采样位点占主导地位。进一步的映射预测了塑料降解酶的富集，例如聚酯酶，酯酶，去聚合酶和脱氢酶。塑料退化
dennis是-Scher实验室
研究概要我们在细胞/分子/组织生物学以及软物质科学与工程的界面上做出了贡献。我们发现了基质弹性对干细胞分化的影响，还发现了核的机械传感。我们是合作的第一个实验室，以制作我们称为“聚合物体”的聚合物囊泡。我们的发现促进了许多实验室在健康，发展，疾病和材料主题中的持续进步。我们使用聚合物体的临床前动物研究激发了巨噬细胞如何区分“外来”与“自我”区分的发现，促使我们发现了“吞噬性突触”，并综合了新型的“自肽”激动剂和纳米颗粒，病毒和工程巨噬细胞的“自肽”激动剂和拮抗剂。我们的专利已由非PENN公司许可。方法的创新包括在活细胞和chreporters中展开的蛋白质质谱的“半胱氨酸shot弹枪”，以可观察单个细胞水平的可遗传染色体损失。在整个过程中，我们旨在建立物理化学特性的数学原理和分子基础，尤其是跨细胞生理学及现在的癌症基因组的力。
确定健康狗眼睛结膜中的微生物多样性，以完成DNA的完整测序
摘要：连接性在眼部健康和免疫中起着基本作用，并充当了微生物进入的障碍。结膜感染在狗中很常见，并且导致致病性微生物的侵袭和现有微生物的不受控制的生长。大多数现有数据来自基于传统文化方法的研究。这些报告表明革兰氏阳性细菌的占主导地位，主要是葡萄球菌属。本研究分析了由于DNA测序而导致的，没有眼科疾病的狗的眼睛结膜中存在的微生物群落。在彻底的眼科检查后，从30只狗的两只眼睛中收集了结膜。在处理和提取核酸后，样品池通过Illumine平台进行DNA shot弹枪进行分割，并使用子系统技术（MG-RET）服务器对元基因组快速注释进行了分析。在没有发现病毒的情况下，发现了蛋白质细菌和类型Ralstonia和Burkholderia的占主导地位。微生物DNA测序带来了有关该受试者的新数据，揭示了迄今为止作为眼微生物组一部分的非可培养生物的存在。
肺癌患者肠道中的念珠菌扩张与生态特征相关，该症状支持不良生物条件下的生长
人类肠道中的念珠菌物种过度生长被认为是侵入性念珠菌病的先决条件，但是我们对促进或限制这种过度生长的肠道细菌的理解仍然受到限制。通过从75名男性和女性癌症患者的粪便中整合横截面的真菌病和shot弹枪元基因组学数据，但没有全身性念珠菌病，高念珠菌样品中的细菌群落显示出比低念珠菌样本中的较高的代谢功能，但具有更高的贡献多样性。我们开发的机器学习模型仅使用细菌分类单元或功能相对丰度来预测外部验证队列中的念珠菌属和物种水平，而AUC为78.6 - 81.1％。我们提出了一种基于产生乳酸细菌的增加的肠道念珠菌过度生长的机制，该机制与调节短链脂肪酸和氧气水平的细菌的降低相吻合。在这些条件下，念珠菌将乳酸作为营养源的能力可能使念珠菌能够在肠道中占据其他真菌。