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精准肿瘤学的进展与挑战 - ijrpr
肿瘤学领域以识别和靶向生物标志物为基础。精准医疗的大部分内容是针对靶向治疗，如果没有生物标志物识别，靶向治疗是不可能的。用于预测检查点抑制剂反应性的众多生物标志物包括肿瘤突变负荷 (TMB)、错配修复基因缺陷、微卫星不稳定性 (MSI)、PBRM1 分子改变和 PD-L1 扩增等。除了错配修复基因缺陷和高微卫星不稳定性外，高 TMB（尤其是 ≥20 个突变/mb）在准确预测检查点抑制剂的益处方面显示出希望。当 TMB 水平升高时，接受免疫治疗的患者的总体生存率会提高。然而，一些研究对 TMB 作为生物标志物的精确度提出了质疑，因为 MSI-H 正在取代它。
胃食管腺癌的新兴靶标
分子分类，这表明GEA不再被视为一个实体，而应被视为具有多个亚组的异质疾病。在这些分类中，癌症基因组图集（TCGA）7和亚洲癌症研究小组（ACRG）8是最重要的。每个分类都以自己的特殊性和结果区分了四个不同的胃癌（GC）亚型。尤其是TCGA包括Epstein- Barr病毒阳性（EBV; 9％），微卫星不稳定性（MSI; 21％），基因组稳定（GS; 20％）和染色体不稳定性（CIN; 50％），7，而ACRG（23％），Microsatellite（23％），Microsatellite稳定，MICRABLE稳定，MICRATITES MICATS STITE STITE，MS/TP53（MS/TP53），; p53突变（MSS/ TP53 +; 26％）和微卫星稳定，具有上皮 - 间质转变（MSS/ EMT； 15％）。8
诊断Xanthomonads感染胡椒和番茄植物的特定遗传标记
摘要，我们通过使用整个基因组序列分析和细菌基因组中的重复区域来改进标记系统，以检查黄褐色质体物种的遗传多样性。具体而言，我们使用PCR扩增了微卫星区域，并用特定的酶消化所得的片段。这些碎片曲线用作分子标记。因此，通过将微卫星和RFLP方法组合以区分黄thomonads物种来开发细菌鉴定的更精确的标记。此外，我们分析了使用渐进式淡紫色比对在NCBI中可用的各种Xanthomonas物种的祖先顺序。数据揭示了Xanthomonas物种的独特共线区域。这些区域也与用作标记的切割基因组片段有关，从而使Xanthomonas物种感染了番茄和胡椒。我们建议这些发现有助于理解黄虫的遗传多样性和快速诊断。
潜在地使用“现成的” ...
在“现成”新抗原中共享的移码突变的潜在使用疫苗1,2，尼古拉斯·麦克格拉纳汉（Nicholas McGranahan）1,2，* 1癌症基因组进化研究小组，伦敦大学癌症研究所，保罗·奥戈尔曼（Paul O'Gorman），保罗·奥戈尔曼（Paul O'Gorman）伦敦亨特利街72号WC1E 6BT，英国 *信件：nicholas.mcgranahan.10@ucl.ac.uk（N。McGranahan）。摘要：与因错义突变引起的新抗原相比，癌症患者之间从微卫星不稳定的肿瘤中衍生出的新抗原是在癌症患者之间更常见的。Roudko等人最近的一项研究。评估共享的移状新抗原的免疫原性，这些新抗原有可能用于“现成”新抗原疫苗。主文本免疫检查点抑制剂（CPI）在一系列癌症类型中彻底改变了癌症治疗。通过靶向可防止免疫系统攻击癌细胞的抗体，这些疗法可以防止肿瘤免疫逃避，从而使T细胞能够识别出肿瘤细胞被激活并最终促进主动免疫反应[1]。新抗原是癌症突变，会引起免疫系统识别为异物的肽（图1）。但是，只有一部分患者受益于这些疗法，从而引起对“现成”癌症疫苗的新兴趣。与靶向疗法相反，该疗法的重点是特定可行的改变（例如Roudko等人的研究。egfr激活突变）[2]在许多患者的肿瘤中共享，免疫疗法的成功很大程度上归因于“私有”推定的肿瘤新抗原的数量[3]，这些肿瘤[3]主要特异性地特异性属于每个肿瘤。例如，对结直肠癌的错义突变的研究发现，所研究的每个肿瘤样本的特征都具有明显的突变特征，并且仅与其他肿瘤标本共享多达6个突变的癌症基因[4]。那么，在发展有针对性的新抗原疗法的主要挑战是缺乏共同的靶标。如果每个患者的新抗原曲目都是独一无二的，那么问题是“现成的”？Roudko及其同事[5]最近的一项研究探讨了由微卫星不稳定基因组区域引起的共同的新抗原，并评估了这些区域是否可以刺激免疫反应。微卫星不稳定性描述了重复的核苷酸序列，这些核苷酸序列由于复制误差而累积突变。由于不匹配修复功能的丧失，从微卫星不稳定性区域得出的移码突变可以保留在基因组中。专注于微卫星不稳定性高（MSI-H）胃，子宫内膜和结直肠癌，因为观察到的增加了
标题：遗传和基因组数据存档的最佳实践
图 1：估计开放存储库中未知数量的“缺失”数据集。美国和加拿大最近发布的两个哺乳动物、鸟类、爬行动物和两栖动物宏观遗传数据库中重叠数据集的空间分布 (a) 和比例 (b)：1) MACROPOPGEN 17，由从已发表文章中提取的地理参考微卫星得出的汇总统计数据组成；2) SDbG 18–20 由直接从开放存储库中提取的原始微卫星基因型数据集组成。经过交叉检查，只有 21.38% 的数据条目在两个数据库中都找到了（黑点），而 59.5% 的数据条目仅在 MACROPOPGEN 中找到（蓝点）。低重叠率表明 MACROPOPGEN 中包含的大部分遗传研究没有可查找的公开存档数据和/或足够的元数据，因此无法在 SDbG 中使用。
综述基于免疫检查点抑制剂的结肠直肠癌联合治疗：概述
摘要：结直肠癌（CRC）是全球最常见的疾病之一。肿瘤免疫治疗是一种创新的癌症治疗方法，通过激活人体的自身免疫系统发挥作用。免疫检查点阻断已被证明对DNA缺陷错配修复/微卫星不稳定性高的CRC有效。但对于熟练错配修复/微卫星稳定性患者的治疗效果仍需进一步研究和优化。目前，CRC的主要策略是联合其他治疗方法，如化疗、靶向治疗和放疗。本文，我们回顾了免疫检查点抑制剂在CRC治疗中的现状和最新进展。同时，我们考虑了将冷转热的治疗机会，以及未来可能的治疗方法的前景，这些治疗方法可能对耐药患者有很大的需求。关键词：免疫检查点抑制剂，结直肠癌，PD-1/PD-L1，联合治疗，DNA错配修复
8HW 分析评估 Opdivo® (nivolumab) 加...
百时美施贵宝公布 CheckMate -8HW 分析结果，评估 Opdivo ® (nivolumab) 联合 Yervoy ® (ipilimumab) 与 Opdivo 单药治疗对微卫星不稳定性高或错配修复缺陷型转移性结直肠癌患者的疗效
2020 年获奖者
系统性红斑狼疮 (SLE) 的发病率和死亡率是由严重的组织破坏性炎症反应引起的。巨噬细胞迁移抑制因子 (MIF) 是 SLE 疾病严重程度的上游细胞因子和遗传决定因素。具有高表达 MIF 等位基因的白种人和非裔美国人 SLE 患者的浆膜炎、肾炎和中枢神经系统疾病发病率显著增加。最近对 MIF 作用机制的一系列见解包括：1) 其在 NF- κ B 和炎症小体活化中的激活作用，2) 识别激活 MIF 变体启动子微卫星 (-794 MIF CATT5-8) 的独特转录因子 ICBP90，3) “人性化” MIF 小鼠的开发，以及 4) 发现阻断 ICBP90 与 CATT 微卫星相互作用的小分子抑制剂 (CMFT)，为开发 SLE 治疗的精准医疗方法创造了机会。我们将追求两个具体目标：
主题：分析人类DNA作为结直肠癌筛查技术
几种遗传改变与结直肠癌（CRC）有关。在拟议的癌变多步型模型中，肿瘤抑制基因p53和原始癌基因KRAS最常改变。的腺瘤性息肉病中的变体和表观遗传标记（例如，特定基因的高甲基化）。CRC还与Lynch综合征（以前称为遗传性非型CRC）和偶发性结肠癌患者亚组的lynch综合征患者（称为微卫星不稳定性）中的DNA复制误差（称为微卫星不稳定性）有关。在粪便标本中的去角质肠细胞中可以检测到与肿瘤相关的基因变异和表观遗传标记。由于癌细胞被脱落成粪便，因此已经开发了测试来检测从粪便样品中分离出的CRC细胞中DNA中的这些遗传改变。