世界上许多最大的人口基因分型、携带者筛查和先发性药物基因组学研究计划都是在 Axiom 微阵列平台上建立的,这是有原因的。Axiom 微阵列非常适合对非常大的人口进行基因分型,因为它们可以扩展到任何规模的研究。每个样本可以对数十万种变异进行基因分型。从现有的全基因组阵列数据中进行推断可以提供数百万种额外的基因型。使用微阵列进行基因分型非常准确,即使对于调用低频或罕见变异也是如此。数据存储和计算需求很低,数据分析更直接。这些优势的结果是一种快速、可扩展、可定制且经济高效的解决方案,可从使用非常大的人口队列的研究中深入了解预测基因组学。
Mohamed Abdelkader Fawzy Abdelkader。从方程式到神经网络:物理信息神经网络(PINN)的应用到电化学传感器微阵列建模11:55
1分子生物技术中心,都灵大学,都灵大学的动机基因和活生物体的蛋白质通过与其他基因和蛋白质的一系列相互作用来部署其功能。这些关系可以或多或少是直接的,并且可以从不同类型的实验证据中推断出来。最明显的关系是直接的分子相互作用,可以通过生化方法和分子生物学技术(例如酵母两种杂种系统)显示出来。然而,在没有直接分子结合的情况下,甚至可能存在非常紧密的功能关系。考虑到相同功能涉及的基因倾向于显示非常相似的表达模式,并且鉴于大量基因表达数据存储库的可用性,共表达分析是探索基因之间功能关系复杂性的最强大工具之一。特别是,已经提出了对共表达的系统发育保护,作为识别基因之间功能相关的联系的非常强大的标准。我们先前已经描述了CLOE(Pellegrino等,MBC Bioinformatics 2004),这是一种基于此类荟萃分析的数据挖掘方法,使得可以对蛋白质功能和相互作用做出高度的置信度预测。作为逻辑演化,我们基于对cDNA微阵列数据库的分析,在全球尺度上应用了此方法,在这里,我们提出了人与小鼠之间保守的共表达关系的网络。方法DNA微阵列数据是从使用cDNA微阵列技术进行的已发表的研究获得的。 电子邮件:ugo.ala@unito.it方法DNA微阵列数据是从使用cDNA微阵列技术进行的已发表的研究获得的。电子邮件:ugo.ala@unito.it在工作中,我们从斯坦福微阵列数据库(http://smd.stanford.edu/cgi/cgi-bin/search/search/search/search/search/search/pl.pl)收集了人类和鼠标数据,这是微阵列实验的最相关存储库。通过Genebank ID鉴定了所有探针,我们将它们完全重新映射到了最重要的生物学数据库,尤其是Unigene,Entrez基因和Ensembl。在同源表的基础上分配了直系同源基因之间的关系。计算分析始于生成,对于数据集中的每个探针,所有其他数据集探针,由以Pearsons相关系数计算的共表达指数顺序排序。选择了每个列表的最高1%,我们崩溃了探针列表,称为同一基因(由Entrez基因ID确定)。我们引入了系统发育保护以比较直系同源基因的列表。我们使用元基因(元基因代表直系同源基因对)构建网络,为节点,一对一的系统发育保守的共表达链接作为边缘。我们进行了统计分析,以评估所有基因的基因本体论(GO)术语的富集,并为了探索人类表型的可能的预测价值,我们将注意力集中在Mimminer(http://wwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwww.cmbi.ruuuuu.ruu.ruu.ruu.ruu.ruu.ruu.ruu.ruu.nl/mmmmmmimmin/c,pla-cl ),最后,我们评估了该网络与文献和两个基于混合的人类相互作用的重叠。结果我们的初步结果表明,每个基因的第一个邻居构成的近30%的列表至少富集了一个GO术语,并且在相关疾病表型的两个基因之间的链接数量有七个时间丰富。这些结果强烈表明,人与小鼠之间的共表达关系与探索哺乳动物基因的功能和研究人遗传疾病非常相关。
博士学位:在我的博士学位期间,我有机会获得了高级显微镜的专业知识,包括激光捕获显微解剖(LCM),多极子共聚焦显微镜,活细胞成像和扫描电子显微镜(SEM)。除了我在基本微生物学和分子生物学技术方面的熟练程度外,我还获得了基因表达相关方法的实践知识。其中包括基因表达微阵列分析,miRNA微阵列分析,北印迹,电泳迁移率转移测定法(EMSA),原位杂交,定量逆转录聚合酶链反应(QRT-PCR),STEM-LOOP QRT QRT-PCR以及其数据的解释。此外,我在组织固定方面开发了专业知识,使用石蜡蜡和微落部分的加工来进行薄切片。
结构变化的精确识别对于准确的基因型 - 表型相关性很重要。分子细胞遗传学技术,例如荧光原位杂交(FISH)和微阵列CGH,已演变为识别此类基因组重排的强大诊断工具。
2024 年 8 月 17 日 — 印迹技术、基因和基因组编辑技术、。15. 55 5. 微阵列。V. 显微镜的原理、类型和应用。15. VI. 原理、类型...
摘要:由于记录技术的限制,神经接口通常只能同时关注运动神经元系统中的一两个位点,从而限制了该系统的观察和发现范围。在此,我们构建了一个具有各种电极的系统,能够记录来自自由运动动物的皮层、脊髓、周围神经和肌肉的大量电生理信号。该系统将可调节微阵列、浮动微阵列和微线集成到无线发射器上的商用连接器和袖口电极上。为了说明该系统的多功能性,我们研究了其在啮齿动物在系绳跑步机上行走、不受束缚的轮子跑步和野外探索过程中的行为表现。结果表明,该系统稳定且适用于多种行为条件,并且可以提供数据来支持以前无法获得的神经损伤、康复、脑启发计算和基础神经科学研究。
摘要:脂质筏是特定酶和受体所在的液体排序结构域。这些膜平台在各种信号通路中起着至关重要的作用。脂质环境中的改变,例如氧化应激引起的变化,可能会导致膜蛋白的重要功能破坏。细胞膜微阵列已成为研究脂质和膜蛋白在大尺度上的有力方法。基于该技术和液体订购子域的重要性,我们开发了一种新的印刷脂质筏技术,具有保存的天然蛋白质结构和脂质环境。为了验证这项技术并评估其对不同目标的潜力,开发了包含两种不同细胞类型(星形胶质细胞和神经元)的木筏膜微阵列(RMMA)和三种不同的条件(对照状况中的星形胶质细胞,代谢应激和氧化应激)。研究筏结构域之间脂质谱的差异,对RMMA进行了MALDI-MS测定。进行了印刷筏结构域中天然蛋白活性(酶活性和配体结合)的保存,进行NADH氧化还原酶的差异,GAPDH,胆碱酯酶活性以及Sigma-1和Sigma-1和Sigma-2结合测定。我们证明了适合膜亚域的这种新的微阵列技术的性能,可探索与神经病理相关的不同压力条件下脑细胞系的脂质组成和蛋白质活性的变化。■简介
摘要:胃癌是一种恶性肿瘤,目前有效的治疗药物有限。普达非洛在多种癌症中均表现出抗肿瘤作用;然而,它是否可能抑制胃癌生长仍是未知数。本研究的目的是研究普达非洛在胃癌中的作用。使用细胞计数试剂盒-8、菌落形成和细胞周期测定分别检测普达非洛对细胞增殖和细胞周期的作用。使用微阵列检测普达非洛在胃癌细胞中诱导的转录变化。本研究的结果表明普达非洛抑制胃癌细胞增殖和菌落形成。普达非洛在 AGS 和 HGC-27 细胞中的半数最大抑制浓度分别为 2.327 和 1.981 nM。此外,普达非洛治疗可诱导 G 0 /G 1 细胞周期停滞。基于微阵列数据的分子分析表明,podofilox 改变了参与细胞周期、c-Myc 和 p53 信号传导的基因的表达水平。微阵列分析和免疫印迹的结果显示,在 GC 组织中高度表达的自噬相关 10 (ATG10) 也被podofilox 下调。为了确定 ATG10 在 GC 中的作用,通过小干扰 RNA 敲低 GC 细胞中的 ATG10,与对照转染细胞相比,这抑制了 GC 细胞的增殖和集落形成。总之,本研究的结果表明,podofilox 可能抑制 GC 细胞增殖
哪些下游应用与DNA/RNA Defend™和InactivBlue®兼容?DNA和RNA储存在试剂中的DNA和RNA旨在用于基于核酸的应用,例如大量平行测序,qPCR,微阵列等。尚未验证其他应用,例如蛋白质组学和代谢组学。