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World File Search System念珠菌
有针对性地去除巨噬细胞分泌的白介素-1受体拮抗剂可预防致命的白色念珠菌败血症
Hang Thi Thuy Gander-Bui, 1 , 2 Jo € elle Schl € afli, 1 Johanna Baumgartner, 1 , 2 Sabrina Walthert, 1 Vera Genitsch, 3 Geert van Geest, 4 Jose´ A. Galva´ n, 3 Carmen Cardozo, 3 Cristina Graham Martinez, 3 Mona Grans, 5 Sabine Muth, 5 Re´ my Bruggmann，4 Hans Christian Probst，5 Cem Gabay，6和Stefan Freigang 1，7， * 1， * 1伯恩伯恩伯恩伯恩大学组织医学与病理学研究所实验病理学，瑞士大学2研究生院2伯尔尼大学伯尔尼，伯尔尼，瑞士3012伯尔尼，3012瑞士4 Interfulty BioInformatics和瑞士生物信息学研究所，伯恩大学，3012，瑞士伯恩，瑞士5. 55131 MAINZ大学医学中心，德国55131 Mainz 6 6 6瑞士大学医院，瑞士大学医院，瑞士大学医院7号风湿病学司。 stefan.freigang@unibe.ch https://doi.org/10.1016/j.immuni.2023.06.023
白色念珠菌的克隆、纯化和特性
胸苷酸合酶 (TS) 已在多种生物体中得到鉴定，并且是癌症化疗中已证实的靶点 (25)。TS 应该是白色念珠菌（一种常见的真菌病原体）的良好化疗靶点，因为该酶的产物 dTMP 只能在酵母中从头合成；酵母缺乏胸苷激酶，并且胸腺嘧啶、胸苷和 dTMP 无法渗透 (6)。有效抑制酵母中的 TS 会导致死亡，因为这些生物体无法产生自己的 dTMP 或从环境中获取它。5-氟胞嘧啶可在体外和体内抑制白色念珠菌和几种其他真菌 (3)。此外，用 5-氟胞嘧啶 (9) 处理白色念珠菌会导致 5-氟-dUMP 积累并抑制 TS，因此表明该酶是真菌的化疗靶点。从体外靶酶表征中获得的信息有助于设计新的潜在化疗剂。大量纯酶的可用性促进了此类研究。由于白色念珠菌培养物中存在低水平的 TS，因此在大肠杆菌中克隆和过表达了白色念珠菌 TS。我们报告了通过功能补充缺乏 TS 的酿酒酵母菌株分离白色念珠菌 TS 基因。该基因的序列包括基因 5' 端约 400 个碱基对 (bp) 的 DNA 和一段较短的 3' 侧翼区，并使用 T7 表达载体在大肠杆菌中表达。制备了来自白色念珠菌和大肠杆菌的纯化酶，并检查了其特性，以确保在大肠杆菌中表达的克隆 TS 酶与白色念珠菌的天然 TS 酶相同。
朝着更有效的白色念珠菌BDF1的更有效的咪唑吡啶抑制剂：建模结构水在选择性配体结合
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Haven Brandon，G。Box，A。Hallsworth，El Smith，K。J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J.SCI。2015，40（8），468。 [18]圣卡里亚斯（St. Callias），Y. P. Chhen，Discov。 今天，2011年，16（17 - 18），831。 [19] St. J. Macanoin，V。Gosu，St. Hong，St. Choi，Arch。 parm。 res。 2015，38（9），1686。 M. I. Walton，P。D. Eve，A。Hayes，M。R. Valenti，A。K. Haven Brandon，G。Box，A。Hallsworth，El Smith，K。J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J.2015，40（8），468。[18]圣卡里亚斯（St. Callias），Y. P. Chhen，Discov。今天，2011年，16（17 - 18），831。[19] St. J. Macanoin，V。Gosu，St. Hong，St. Choi，Arch。parm。res。2015，38（9），1686。M. I. Walton，P。D. Eve，A。Hayes，M。R. Valenti，A。K. Haven Brandon，G。Box，A。Hallsworth，El Smith，K。J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J. J.
优化的机器学习模型，以准确检测念珠菌属。在革兰氏染色的显微镜图像中
摘要：图像解释对于临床微生物诊断至关重要。革兰氏阴性幻灯片的手动阅读是时间耗尽和复杂的。基于机器学习（ML）模型的人工视觉系统的使用可以加快感兴趣的微生物的检测，从而确保丢弃无关的图像，并考虑与诊断相关的图像。这种自动诊断过程大大减轻了微生物学家及其主观性的负担。可以通过鉴定酵母样细胞或指示念珠菌属的丝状结构来自动化晶体染色样品的形态学研究。已经实施了几种多类机器学习模型（XGBoost，人工神经网络和K-Nearest邻居），从图像中采取了相关的形态特征。使用目标函数对酵母和菌丝的特定检测，使用创新的元启发式算法优化了数据集维度。最佳优化模型的精度为0.821，精度宏为0.827，召回宏为0.790，F1宏的宏为0.806。
洞悉念珠菌的结构，功能和影响...
1 Ahvaz Jundishapur医学院医学院医学院，伊朗AHVAZ，伊朗2学生研究委员会，Ahvaz Jundishapur大学医学科学大学，伊朗AHVAZ，伊朗3号医学遗传学系，医学院，医学院医学院，医学院，医学院。科学，伊朗肖斯塔尔科学5传染病和热带医学研究中心，卫生研究所，巴布尔医学科学大学，伊朗巴布尔，伊朗，伊朗6侵入性疾病研究中心，萨里，马桑达兰兰州医学科学疾病研究所，萨里，萨里，伊朗萨里，伊朗7号医学部，医学部，医学院，医学院，艾伦，艾伦，艾伦，艾伦，艾伦，艾伦，马祖德，玛齐。德黑兰医学科学大学医学院，德黑兰，伊朗9号医学生物学研究中心，卫生技术研究所，科尔曼斯哈医学科学大学，伊朗科尔曼萨，伊朗10号，伊朗医学院，伊朗医学科学学院，伊朗医学科学学院Ahvaz Jundishapur医学院医学院医学院，伊朗AHVAZ，伊朗2学生研究委员会，Ahvaz Jundishapur大学医学科学大学，伊朗AHVAZ，伊朗3号医学遗传学系，医学院，医学院医学院，医学院，医学院。科学，伊朗肖斯塔尔科学5传染病和热带医学研究中心，卫生研究所，巴布尔医学科学大学，伊朗巴布尔，伊朗，伊朗6侵入性疾病研究中心，萨里，马桑达兰兰州医学科学疾病研究所，萨里，萨里，伊朗萨里，伊朗7号医学部，医学部，医学院，医学院，艾伦，艾伦，艾伦，艾伦，艾伦，艾伦，马祖德，玛齐。德黑兰医学科学大学医学院，德黑兰，伊朗9号医学生物学研究中心，卫生技术研究所，科尔曼斯哈医学科学大学，伊朗科尔曼萨，伊朗10号，伊朗医学院，伊朗医学科学学院，伊朗医学科学学院Ahvaz Jundishapur医学院医学院医学院，伊朗AHVAZ，伊朗2学生研究委员会，Ahvaz Jundishapur大学医学科学大学，伊朗AHVAZ，伊朗3号医学遗传学系，医学院，医学院医学院，医学院，医学院。科学，伊朗肖斯塔尔科学5传染病和热带医学研究中心，卫生研究所，巴布尔医学科学大学，伊朗巴布尔，伊朗，伊朗6侵入性疾病研究中心，萨里，马桑达兰兰州医学科学疾病研究所，萨里，萨里，伊朗萨里，伊朗7号医学部，医学部，医学院，医学院，艾伦，艾伦，艾伦，艾伦，艾伦，艾伦，马祖德，玛齐。德黑兰医学科学大学医学院，德黑兰，伊朗9号医学生物学研究中心，卫生技术研究所，科尔曼斯哈医学科学大学，伊朗科尔曼萨，伊朗10号，伊朗医学院，伊朗医学科学学院，伊朗医学科学学院Ahvaz Jundishapur医学院医学院医学院，伊朗AHVAZ，伊朗2学生研究委员会，Ahvaz Jundishapur大学医学科学大学，伊朗AHVAZ，伊朗3号医学遗传学系，医学院，医学院医学院，医学院，医学院。科学，伊朗肖斯塔尔科学5传染病和热带医学研究中心，卫生研究所，巴布尔医学科学大学，伊朗巴布尔，伊朗，伊朗6侵入性疾病研究中心，萨里，马桑达兰兰州医学科学疾病研究所，萨里，萨里，伊朗萨里，伊朗7号医学部，医学部，医学院，医学院，艾伦，艾伦，艾伦，艾伦，艾伦，艾伦，马祖德，玛齐。德黑兰医学科学大学医学院，德黑兰，伊朗9号医学生物学研究中心，卫生技术研究所，科尔曼斯哈医学科学大学，伊朗科尔曼萨，伊朗10号，伊朗医学院，伊朗医学科学学院，伊朗医学科学学院
白色念珠菌和克柔念珠菌的特异性检测...
一项多中心研究分析了侵袭性念珠菌病中的混合酵母菌感染组合，结果表明最常见的组合是白色念珠菌/光滑念珠菌、白色念珠菌/近平滑念珠菌、光滑念珠菌/热带念珠菌和白色念珠菌/克柔念珠菌 [9] 。临床上治疗混合酵母菌感染的挑战在于考虑每种酵母菌对抗真菌药物的敏感性。此外，如果没有检测到克柔念珠菌，治疗白色念珠菌/克柔念珠菌混合酵母菌感染比其他组合更困难，因为它对唑类和两性霉素 B 有很高的耐药性，而这两者都是一线治疗选择 [9,10] 。因此，成功治疗混合酵母的关键之一是准确识别念珠菌种类并选择正确的抗真菌药物。
RNA-Seq基因融合检测工具的荟萃分析 量表，新颖壁ches的高分辨率微生物分析 壳聚糖金纳米颗粒基于敏感的视觉检测组氨酸标记的重组蛋白 强化学习和工作记忆系统的双重过程障碍是生理焦虑中学习缺陷的基础 合成PPR蛋白的翻译激活阐明了拟南芥叶绿体中PSBA翻译的控制 在某些选定的白色念珠菌基因中对镜面重复序列的内部评估 生成人工智能执行基本的结构生物学建模 研究了模拟的两组分凝胶系统的组织再生 动物和机器人建模和模拟框架
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此版本的版权持有人于2025年2月2日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.09.09.03.556087 doi：Biorxiv Preprint
链球菌突变体调节细菌 - 真菌相互作用中白色念珠菌的泛素修饰
植物病毒对全球农业构成了重大威胁，并需要有效的工具才能及时检测。我们提出了AutoPvprimer，这是一种创新的管道，该管道整合人工智能（AI）和机器学习以加速植物病毒引物的发展。管道使用Biopython从NCBI数据库自动检索不同的基因组序列，以增加后续引物设计的鲁棒性。design_-primers_with_tuning模块使用随机森林分类器，可优化参数并为不同的实验条件提供灵活性。质量控制措施，包括评估Poly-X含量和熔化温度，提高了引物的可靠性。AUTOPVPRIMER独有的是Visualize_primer_dimer模块，它支持引物二聚体的可视化评估，这是其他工具中缺少的功能。引物特异性通过引物爆炸验证，这有助于管道的整体效率。AutoPvprimer已成功地应用于番茄镶嵌病毒，证明其适应性和效率。模块化设计允许用户自定义，并将适用性扩展到不同的植物病毒和实验场景。管道代表了引物设计的重大进展，并为研究人员提供了加速分子生物学实验的有效工具。未来的发展旨在扩展兼容性并纳入用户反馈，以巩固AutoPvprimer，作为对生物信息学工具箱的创新贡献，也是提高植物病毒学研究的有希望的资源。
关于白色念珠菌引起阴道和尿路的研究...
白色念珠菌中抽象的抗真菌抗性是最有害的微生物之一，可能导致阴道和尿路炎症。为了解决这个问题，我们测试了一些天然产品对抗白色念珠菌的作用。这项研究的重点是隔离，识别，研究念珠菌对某些天然产物的流行和敏感性。在特定培养基上分离后，我们对回收的念珠菌株进行了形态学和生化鉴定。然后，我们估计了分离株对抗真菌性物质的抗真菌耐药性，以及它们对苹果醋，大蒜，薰衣草，椰子和茶树油的敏感性。我们仅获得了五十个尿液样品和阴道拭子中的十二个念珠菌。生化鉴定表明所有分离株都是念珠菌属。最抗真菌的分离株具有估计其基因。之后，六个分离物对苹果醋，茶树油，椰子油，大蒜油和薰衣草油的敏感性揭示了念珠菌对测试产品的敏感性。最后，ITS2基因测序结果证实了白色念珠菌MS24和C的鉴定。白色唱片MS44。我们的研究得出的结论是，白色念珠菌被认为是阴道和尿路炎症的最常见原因之一。此外，天然产品，尤其是茶树油和苹果醋，分别对白色念珠菌MS24和MS44具有出色的抗真菌活性。
鉴定白色念珠菌中的活性 RNAi 通路
RNA 干扰 (RNAi) 是一种基本调控途径，具有广泛的功能，包括调节基因表达和维持基因组稳定性。尽管 RNAi 在真菌界广泛存在，但众所周知的物种，如模型酵母酿酒酵母，已经失去了 RNAi 途径。到目前为止，还没有证据表明白色念珠菌中存在完全功能的 RNAi 途径，白色念珠菌是一种被世界卫生组织认为至关重要的人类真菌病原体。在这里，我们证明了广泛使用的白色念珠菌参考菌株 (SC5314) 在编码中心 RNAi 成分 Argonaute 的基因中含有失活错义突变。相比之下，大多数其他白色念珠菌分离株含有典型的 Argonaute 蛋白，预计该蛋白具有功能性和 RNAi 活性。事实上，使用高通量小RNA和长RNA测序结合无缝CRISPR/Cas9基因编辑，我们证明了活性白色念珠菌RNAi机制抑制了亚端粒基因家族的表达。因此，白色念珠菌中存在完整且功能性的RNAi通路，这凸显了在研究这种危险病原体时使用多种参考菌株的重要性。