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艾瑞迪胺会使 DNA 扭曲吗？
摘要 我们报告了二氨基类固醇 irehdiamine A 与 DNA 复合物的平衡、松弛动力学和瞬态电二色性研究。结果与复合物在饱和状态下的 j# 扭结结构一致，每隔一个碱基对结合的类固醇会导致 DNA 结构扭结。支持这一假设的结果包括，当只有少量药物结合时，棒状细菌 DNA 分子的表观长度会减少，然后在饱和状态下表观长度会增加。极限二色性幅度意味着碱基相对于取向轴的倾斜度大幅增加；在饱和状态下，碱基 UV 跃迁矩与垂直于取向轴的平面倾斜约 310°。由于 260 纳米跃迁矩的偏振方向，结果表明碱基的倾斜度必须主要在碱基对的短轴而不是长轴上。复合物的显著增色与碱基堆积作用的丧失相一致，这是扭结结构所要求的。动力学结果暗示了一种双分子反应机理，其结合速率常数与温度有关，约为 108 M-' sec-1，解离速率常数约为 5 X 103 sec1I，几乎与温度无关。结合活化能和表观反应焓从 12 到 22 kcal mol-' 不等；正如碱基堆积作用丧失所预期的那样，复合物形成时会吸收热量。实验的一个异常结果是，两种真核 DNA 表现出更大的表观长度增加 (13%)，而三种原核 DNA 的长度增加仅为 6%。复合物的动力学性质也存在差异。
真实孤子的观测
孤子是局部非线性波，可以像粒子一样传播和相互作用。理论研究表明，水波、光纤中的光脉冲、超导设备中的磁通量子和生物分子的相干激发等现象都可以是孤子。计算机模拟表明，在存在摩擦损耗机制、外部驱动力和热涨落等现实特征的情况下，可以形成孤子。孤子在这些情况下将存在足够长的时间，以至于成为波激发时间演化的重要特征。但孤子动力学的实验演示仍然很少。因此，最值得注意的是，Fujimaki, Nakajima 和 Sawada 1 以及 Wu, Wheatley, Putterman 和 Rudnick 2 最近发表的两篇展示真实系统中孤子的论文。Fujimaki 等人的工作。处理电子约瑟夫森传输线 (JTL) 上的孤子碰撞，该传输线长 1.8 毫米，由一系列 31 个离散约瑟夫森结（交错的超导层和绝缘层）组成。在 JTL 的连续版本中，约瑟夫森效应（超导电子穿过绝缘层）是由超导薄膜对之间的弱耦合引起的。这种重叠几何形状由粒子物理学家最初开发的正弦-戈登方程非常精确地建模。1962 年，Perring 和 Skyrme 证明这个非线性偏微分方程具有他们称之为“扭结”和“反扭结”的解，之后
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确定方解石扭结点的完全稳定性
图2：用于通过炼金术方法在方解石（1 0 1 4）处的溶解（∆ g diss）计算碳酸盐扭结位点的标准自由能的热力学循环。可以通过忽略旋转自由能的校正（Δg腐烂）来将相同的循环用于钙。原子分别为钙，灰色和红色，分别用于钙，碳和氧气，而较低的露台原子为灰色。通过弹簧限制到其位置以创建谐波振荡器（HO）的原子是彩色的。在文本中可以找到热力学循环每个步骤的完整细节。
CRISPR/CAS9
CRISPR/CAS9作为可编程基因组编辑工具的广泛使用受到了脱靶DNA裂解的阻碍（Cong等，2013; Doudna，2020; Fu等，2013; Jinek et al。，2013）。虽然对此类脱离目标编辑事件的分析使CAS9变体的发展具有更大的歧视（Chen等，2017； Kleinstiver等，2016; Slaymaker等，2016），Cas9拒绝或接受Mismismatches的基本分子机制是贫穷的20; Slaymaker和Gaudelli，2021）。在这里，我们使用动力学分析来指导在不匹配监视的不同阶段的CAS9的低温EM结构测定。我们观察到在引导RNA（GRNA）和DNA靶链（TS）之间形成的双链体的独特，未描述的线性构象（TS），该（TS）发生在存在PAM-DISTAL不匹配的情况下，从而阻止Cas9激活。典型的扭结GRNA：TS双链体是CAS9激活的先决条件，充当结构支架，可促进Cas9构象型裂解所需的构象重排。我们观察到，高度耐受性的远端不匹配通过通过RUVC结构域中的柔性环稳定而稳定扭曲的双工构象来实现这种扭结的构象。我们的结果提供了对基本结构机制的分子见解，这些结构机制可能有助于通过CAS9进行离靶机制，并提供了一个分子蓝图，用于设计下一代高富达Cas9变体，可选择性地减少脱离目标DNA裂解，同时又有有效的触发型DNA，同时保留了有效的触发型DNA。
H&SM – 第 23 章：起重机和升降机
● 不得使用损坏或有缺陷的吊索 ● 不得用结、螺栓或其他临时装置缩短吊索 ● 吊索腿不得扭结 ● 吊索的负载不得超过其额定容量或工作负载 ● 篮式挂钩中使用的吊索应平衡负载以防止滑落 ● 吊索应牢固地固定在负载上 ● 吊索应加垫或保护以免被负载的锋利边缘划伤 ● 在吊索围绕负载收紧时，不得将手或手指放在吊索和负载之间 ● 当负载放在吊索上时，不得从负载下方拉动吊索 ● 吊索上不得没有正确固定和清晰的识别标记
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图2 B 1G和B 2G菌株下的磁连导率。（a）MC在210 K处，无外部施加应变（黑色开放三角形），在施加的B 1G应变下，用H // a（红色开放的三角形）和H // B（蓝色开放正方形）。（b）在带有H // [110]和H // [-110]的各种B 2G菌株下210K的MC。示意图。夸大失真是出于说明目的。（c）B 2G应变场相图基于MC结果，其中相位边界是从MC曲线中的扭结位置提取的。
通过 SSE 方法揭示时空分数 Fokas-Lenells 方程中的光孤子解和分岔分析
时空分数 Fokas-Lenells (STFFL) 方程是电信和传输技术中使用的基本数学模型，阐明了光纤中非线性脉冲传播的复杂动力学。本研究采用 STFFL 方程框架内的 Sardar 子方程 (SSE) 方法探索未知领域，发现大量光孤子解 (OSS) 并对其分叉进行彻底分析。发现的 OSS 涵盖多种类型，包括亮暗孤子、周期孤子、多个亮暗孤子和各种其他类型，形成迷人的光谱。这些解揭示了亮暗孤子之间的复杂相互作用、复杂的周期序列、有节奏的呼吸、多个亮暗孤子的共存，以及扭结、反扭结和暗钟形孤子等有趣现象。这项探索建立在细致的文献综述基础之上，揭示了 STFFL 方程动态框架内以前未被发现的波动模式，大大扩展了理论理解，为创新应用铺平了道路。利用 2D、轮廓和 3D 图，我们说明了分数和时间参数对这些解决方案的影响。此外，全面的 2D、3D、轮廓和分叉分析图仔细研究了 STFFL 方程固有的非线性效应。使用汉密尔顿函数 (HF) 可以进行详细的相平面动力学分析，并辅以使用 Python 和 MAPLE 软件进行的模拟。发现的 OSS 解决方案的实际意义扩展到现实世界的物理事件，强调了 SSE 方案在解决时空非线性分数微分方程 (TSNLFDE) 中的有效性和适用性。因此，必须承认 SSE 技术是一种直接、高效和可靠的数值工具，可在非线性比较中阐明精确的结果。
在独立聚合物膜的玻璃过渡中的桥梁假设上
抽象的带有高分子量的薄薄聚合物膜在玻璃转变温度下显示出异常降低，膜厚度。特别是在这样的材料中，测得的玻璃过渡温度以膜厚度的方式演变，其斜率弱取决于分子量。de gennes提出了一种滑动机制，作为这些系统中假设的主要放松过程，在这些系统中，压力扭结可以通过所谓的桥梁以类似仓库的方式传播，即从一个自由界面到另一个界面，沿聚合物大分子的骨干。在这里，通过考虑有限大小的随机步行的确切统计数据，我们将详细研究桥梁假设。我们表明，滑动机制无法重现实验中出现的基本特征，并且我们表现出了这一事实背后的基本原因。