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World File Search System抗原
多种抗原表位的计算预测
摘要。由于密码子字母的高变性，从密码子到氨基酸的映射是溢出的，这表明密码子空间可能具有更高的信息含量。嵌入密码子语言模型最近在各种下游任务中表现出成功。然而，磷酸化位点的预测模型，可以说是研究最多的翻译后修饰（PTM）和PTM位点，主要依赖于氨基酸级表示。这项工作引入了一种新的方法，通过通过近来开发的密码子语言模型的嵌入来预测磷酸化位点，该方法专门培训了蛋白质编码DNA序列。蛋白质序列首先精心映射到可靠的编码序列，并使用此编码器编码以生成密码子感知的嵌入。然后将这些嵌入与通过早期融合策略从蛋白质语言模型获得的氨基酸感知的嵌入整合。随后，从定义的窗框内的融合嵌入式形成了感兴趣的位点的窗口级表示。Convbigru网络提取物具有捕获窗口内近端残基之间的时空相关性，然后是基于高斯（Dog）小波范围函数的衍生物的Kolmogorov-Arnold网络（KAN），以产生该站点的预测推断。我们将整体模型配音为Calmphoskan。在独立测试中使用丝氨酸 - 硫代氨酸（合并）和酪氨酸测试集，Calmphoskan优于现有方法。此外，我们证明了该模型在预测蛋白质内在无序区域内的位点的有效性。总体而言，Calmphoskan成为蛋白质中一般磷酸材料的强大预测指标。Calmphoskan将很快公开发布。
检测流离失所的幽门螺杆菌抗原...
引言幽门螺杆菌是一种革兰氏阴性细菌，可定植人胃，并与许多胃肠道疾病有关（1）。这是全世界经常感染的；发达国家和发展中国家的一半以上人口都感染了这种微生物（2）。大多数人在童年时期都会收到幽门螺杆菌感染（3）。H.幽门螺杆菌感染会引起消化性溃疡病和胃癌，并影响世界几乎一半的人口（4，5）。许多不同的胃肠道疾病已归因于幽门螺杆菌的有毒菌株和宿主的基因组成。幽门螺杆菌的毒力基因编码对胃上皮造成伤害的蛋白质。幽门螺杆菌致病岛（PAI）最初称为细胞毒素相关基因（CAG），因为假定它与真空毒素（vaca）的表达有关。但是，之后是
theranostics前列腺特异性膜抗原靶向...
1。中国夏安克西XI'AN XIJING医院泌尿外科系。 2。 Xijing Innovation Research Institute，第四军科医科大学，Xi'an，Shaanxi，中国Xijing Innovation Research Institute，Xijing Innovation Research Institute，。 3。 新加坡新加坡国立大学的Yong Loo Lin医学院诊断放射学系，119074，新加坡。 4。 新加坡国立大学新加坡国立大学的Yong lin医学学院转化医学中心，新加坡117599，新加坡。 5。 纳米医学转化研究计划，新加坡新加坡国立大学Yong Loo Lin医学院，新加坡117597，新加坡。 6。 中国西北理工大学医学研究所，中国夏安西。 7。 分子与细胞生物学研究所，科学，技术和研究机构（A*Star），61 Biopolis Drive，Proteos，138673，新加坡，新加坡。 8。 Yong Loo Lin医学院的Excellenece Theranostics Center，新加坡国立大学，新加坡Helios 11 Biopolis Way，新加坡138667，新加坡。中国夏安克西XI'AN XIJING医院泌尿外科系。2。Xijing Innovation Research Institute，第四军科医科大学，Xi'an，Shaanxi，中国Xijing Innovation Research Institute，Xijing Innovation Research Institute，。 3。 新加坡新加坡国立大学的Yong Loo Lin医学院诊断放射学系，119074，新加坡。 4。 新加坡国立大学新加坡国立大学的Yong lin医学学院转化医学中心，新加坡117599，新加坡。 5。 纳米医学转化研究计划，新加坡新加坡国立大学Yong Loo Lin医学院，新加坡117597，新加坡。 6。 中国西北理工大学医学研究所，中国夏安西。 7。 分子与细胞生物学研究所，科学，技术和研究机构（A*Star），61 Biopolis Drive，Proteos，138673，新加坡，新加坡。 8。 Yong Loo Lin医学院的Excellenece Theranostics Center，新加坡国立大学，新加坡Helios 11 Biopolis Way，新加坡138667，新加坡。。3。新加坡新加坡国立大学的Yong Loo Lin医学院诊断放射学系，119074，新加坡。4。新加坡国立大学新加坡国立大学的Yong lin医学学院转化医学中心，新加坡117599，新加坡。5。纳米医学转化研究计划，新加坡新加坡国立大学Yong Loo Lin医学院，新加坡117597，新加坡。 6。 中国西北理工大学医学研究所，中国夏安西。 7。 分子与细胞生物学研究所，科学，技术和研究机构（A*Star），61 Biopolis Drive，Proteos，138673，新加坡，新加坡。 8。 Yong Loo Lin医学院的Excellenece Theranostics Center，新加坡国立大学，新加坡Helios 11 Biopolis Way，新加坡138667，新加坡。纳米医学转化研究计划，新加坡新加坡国立大学Yong Loo Lin医学院，新加坡117597，新加坡。6。中国西北理工大学医学研究所，中国夏安西。7。分子与细胞生物学研究所，科学，技术和研究机构（A*Star），61 Biopolis Drive，Proteos，138673，新加坡，新加坡。8。Yong Loo Lin医学院的Excellenece Theranostics Center，新加坡国立大学，新加坡Helios 11 Biopolis Way，新加坡138667，新加坡。Yong Loo Lin医学院的Excellenece Theranostics Center，新加坡国立大学，新加坡Helios 11 Biopolis Way，新加坡138667，新加坡。
肿瘤相关抗原 PRAME 表现出二元性...
b) 阐明肿瘤微环境 (TME) 细胞生态系统中的串扰。几项使用下一代测序的遗传景观研究已几乎完整地描述了转录定义的 DLBCL 亚型（如细胞源分类）背景下最常见的体细胞基因改变和结构基因组变化 (4–7)。然而，人们对 DLBCL 的免疫生物学知之甚少，这反映在对免疫系统压力的反应中特定体细胞基因突变的克隆选择和 TME 的特定组成。DLBCL 的 TME 主要由非恶性免疫细胞组成，例如 T 细胞、NK 细胞、巨噬细胞和基质细胞。最近的研究表明，TME 在肿瘤细胞维持、免疫逃逸和治疗失败中起关键作用 (8, 9)。鉴于激活免疫效应细胞对消除癌症的重要性，许多免疫疗法，如程序性细胞死亡 1 (PD-1) 阻断、嵌合抗原受体 (CAR) T 细胞和 T 细胞结合抗体，已在多种癌症（包括淋巴瘤）中得到评估并获得 FDA 批准 (10–13)。然而，对免疫生物学的深入了解可以导致开发更具特异性的治疗方法，并可以指导合理的
油包水乳剂中的抗原
15。Hilf，N.，Kuttruff-Coqui，S.，Frenzel，K.，Bukur，V.，Stevanović，S.，Gouttefangeas，J.，Platten，M.，Tabatabai，G. Ges，A.，Kreiter，S.，Von Deimling，A.，Skardelly，M.，Migliorini，D.，Kroep，J.R.，Idorn，M.，Rodon，J.，Piró，J.，Poulsen，H.S. Iesel，K.，Derhovanessian，E.，Rusch，E.，Bunse，L.，Song，J.，Heesch，S.，Wagner，J.，Kemmer-Brück，A. ，Maurer，D.，Weinschenk，T.，Reinhardt，J.，Huber，J.，Rammensee，H.-G.，Singh-Jasuja，H.，Sahin，U. ＆Wick，W.针对新诊断的胶质母细胞瘤进行积极个性化疫苗接种试验。自然565，240–245（2019年）。
前列腺特异性抗原筛查前列腺癌
Summary of Evidence For asymptomatic individuals who receive prostate cancer screening utilizing prostate serum prostate specific antigen (PSA), the evidence includes 3 very large RCTs, each with at least a decade of median follow-up: the US-based Prostate, Lung, Colorectal, and Ovarian (PLCO) Cancer Screening Trial, the European Randomized Study of Screening for Prostate Cancer (ERSPC), and the Cluster Randomized Trial PSA测试前列腺癌（CAP）。相关结果是总体生存，特定疾病的生存，临床管理决策变化以及测试准确性和有效性。RCT解决了PSA筛查对癌症检测阶段和疾病特异性生存率的影响，并评估了PSA测试的衍生物类型的相对敏感性和特异性。即使PSA测试被广泛使用，关于基于PSA的筛查是否降低了前列腺癌死亡率的问题仍然存在争议。此外，基于PSA的筛查与过度诊断和过度治疗的风险有关。和治疗并发症（尿失禁和勃起功能障碍）。确定该服务是否适合临床医生，应通过共同决策来考虑基于家族史，种族/民族和合并医疗状况的利益和危害的平衡。证据不足以确定技术可以改善净健康结果。However, even though there is paucity in the scientific evidence regarding prostate cancer screening utilizing PSA testing in preventing morbidity associated with advanced or metastatic prostate cancer this testing is widely considered to be in accordance to generally accepted standards of medical practice in the United States (see Practice Guidelines and Position Statements ), and in certain carefully-selected individuals PSA testing for prostate cancer screening will be considered medically necessary when the criteria below is遇见，请参阅政策。
基于广谱多抗原 mRNA/LNP 的泛...
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2024 年 2 月 15 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.02.14.580225 doi：bioRxiv 预印本
黑色素瘤和肺癌中的睾丸抗原表达
摘要癌症/睾丸抗原（CTA）在黑色素瘤和肺癌中广泛表达，成为这些恶性肿瘤中疫苗接种策略和基于T细胞的疗法的有希望的靶标。尽管认识到肿瘤内异质性对免疫疗法的临床反应的基本影响，但我们对CTA表达中肿瘤内异质性的理解仍然有限。我们采用单细胞mRNA测序来描述临床衍生的黑色素瘤和肺癌样品中癌细胞的CTA表达谱。我们的发现显示了CTA表达中高度的肿瘤内转录异质性。在黑色素瘤中，每个细胞都表达至少一个CTA。 但是，大多数单独的CTA，包括广泛使用的治疗靶标NY-ESO-1和MAGE，都局限于细胞的亚群，并在其表达中不协调，从而导致具有不同CTA谱的癌细胞的镶嵌物。 但是，观察到协调的表达主要在高度结构和进化相关的CTA基因中。 重要的是，在黑色素瘤中均匀地表达了CTA的较小子集，包括Prame和Gage和Mage-A家族的几个成员，强调了它们作为治疗靶标的潜力。 在肺癌中还观察到了CTA表达的广泛异质性。 然而，CTA阳性癌细胞的频率明显较低，并且仅在该癌症类型的五个肿瘤之一中鉴定出同质表达的CTA。在黑色素瘤中，每个细胞都表达至少一个CTA。但是，大多数单独的CTA，包括广泛使用的治疗靶标NY-ESO-1和MAGE，都局限于细胞的亚群，并在其表达中不协调，从而导致具有不同CTA谱的癌细胞的镶嵌物。协调的表达主要在高度结构和进化相关的CTA基因中。重要的是，在黑色素瘤中均匀地表达了CTA的较小子集，包括Prame和Gage和Mage-A家族的几个成员，强调了它们作为治疗靶标的潜力。在肺癌中还观察到了CTA表达的广泛异质性。然而，CTA阳性癌细胞的频率明显较低，并且仅在该癌症类型的五个肿瘤之一中鉴定出同质表达的CTA。我们的发现强调了在免疫疗法开发和临床测试中仔细选择CTA目标选择的必要性，并提供了一个合理的框架来识别最有希望的候选人。
自动抗原特异性CD4 + T细胞获得了疲惫的表型，并持续存在于人类抗原特异性自身免疫性疾病
促炎性自身抗原特异性CD4 + T助手（自动三）细胞是自身免疫性疾病（AIDS）的中央编排者。我们的目的是通过结合人类白细胞抗原（HLA） - 四聚体基于定义的自身抗原在人类辅助中表征这些细胞，基于基于激活的多维外体离体分析。在Aquaporin4-抗体阳性神经瘤谱谱障碍（AQP4-NMOSD）患者中，自动三细胞表达CD154，但增殖能力和促炎性细胞因子大大降低。相反，与耗尽相关的共抑制受体与Foxp3一起表达，即规范调节T细胞（Treg）转录因子。自动三细胞在体外对检查点抑制作用并提供有效的B细胞帮助。细胞。最初在癌症和慢性感染中描述了，我们的数据表明T细胞耗尽是对跨辅助类型的慢性（自我）刺激的常见机制，并将示例性的CD4 + T细胞与体液自身免疫反应联系起来，这对治疗靶向的意义。
使用 AI 系统设计针对癌症抗原的增强型 TCR
我们成功改造了 TCR，使其具有更好的抗原识别能力。增强的 TCR 值得进一步表征，以评估其治疗潜力。这种 AI 模型可能有助于提高未来 TCR-T 疗法的疗效。除此之外，我们的方法构成了一个管道，可能应用于需要替代 TCR 的其他目标。为了构建更有效、更强大的 TCR 工程 AI 模型，我们正在积极寻求更准确、更通用的相互作用分类器，以实现对稀有和新型抗原的优化，并寻求合作以在相关模型中验证工程 TCR。欲了解更多信息，请联系 Martin，邮箱地址为 renqiang@nec-labs.com