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参考材料8366 EGFR和MET基因拷贝数标准癌症测量值
目的：通过参考材料（RM）8366传递的值旨在将人类表皮生长因子基因（EGFR）和人类MET原始癌基因，受体酪氨酸激酶基因（MET）与未扩增的参考基因的比率进行协调。注意：有关可识别私人信息的“使用和隐私协议”，请参见第2页。eGFR基因扩增和相关的蛋白质表达增加并与许多人类恶性肿瘤的发病机理有关。在几种类型的癌症中，EGFR基因的扩增（增加）和蛋白质过表达被用作确定治疗治疗的生物标志物，并预测响应抗EGFR靶向治疗的临床结果[1]。MET基因扩增，导致蛋白质表达增加和MET受体的组成性激活。进行了各种临床试验，以评估癌症患者选择性MET抑制剂的安全性和功效。但是，对MET水平的准确评估仍然是一个挑战[2]。rm 8366由从六个人类癌细胞系中提取的基因组DNA组成，这些人类癌细胞系具有不同量的EGFR和MET基因。六个纯化的基因组DNA在缓冲液中，由10 mmol/L 2-Amino-2-（羟甲基）丙烷-1,3-二醇（TRIS）和0.1 mmol/L乙二胺二苯甲酸乙酸乙酸disodium disodium sal（EDTA）pH 8.0（TE -4）（TE -4）。描述：RM的一个单位由每个组件的一个小瓶组成，其中包含大约100μl的DNA溶液。六个成分是源自人类细胞系A-431，BT-20，C32，Daoy，HS 746T和SNU-5的基因组DNA材料，分别标记为A，B，C，C，D，E和F。在准备稀释液时，请考虑单个组件中的EGFR和MET放大的水平，以确保EGFR和MET拷贝数在您使用的测定的工作范围内。这些小瓶中的每一个都被标记，并用颜色编码的螺钉盖密封。未认证的值：未认证的值适合用于方法开发，方法协调和过程控制，但不为国际单位系统（SI）或其他高阶参考系统提供计量学可追溯性[3]。在表1和2中显示了95％可靠间隔和95％预测间隔的EGFR和MET副本比例的非认证值。附加信息：EGFR，MET和每个微层的基因副本的潜在兴趣值；附录A中提供了其他信息。有效期：未认证的值在指定的测量不确定性中有效，直到2027年12月31日。如果材料存储或使用不当，损坏，污染或其他修改，则值分配将无效。维护未认证的值：NIST将监视此材料的有效期结束。如果发生了实质性的技术变化，影响了此期间未认证的值，NIST将更新此参考材料信息表并通知注册用户。注册将有助于通知。RM用户可以从NIST SRM网站上可用的链接在线注册，也可以填写用RM提供的用户注册表格。在使用该材料交付的任何值之前，用户应验证其具有此文档的最新版本，可通过NIST SRM网站（https://www.nist.gov/srm）获得。
项目8P基金会，新颖技术委员会神经发育拷贝编号变体
在2021年夏季，美国RING14和DUP15Q联盟的Project 8P和DUP15Q联盟主持了搬家山联合会议，这三个非营利组织首次合作反映了类似的临床表型和目标。CNV委员会汇集了科学家，积极地共同撰写了《美国人类遗传学，医生，患者及其家人杂志》上发表的路线图，以混合和混合，分享悲伤并收集数据库的数据。
嵌合性染色体变异/体细胞拷贝数变异：复杂疾病遗传关联研究的新前沿
全基因组关联研究已发现许多与复杂疾病相关的常见和罕见种系遗传变异，包括单核苷酸多态性 (SNP)、拷贝数变异 (CNV) 和其他组成结构变异。然而，很大一部分疾病易感性仍无法解释，通常称为缺失遗传性。一个越来越受关注的领域是受精后出现的遗传变异，称为嵌合体突变，发生在细胞分裂过程中。携带有害突变的细胞可能通过修复机制、细胞凋亡或免疫监视被消除，而其他细胞可以将其突变传递给子细胞。因此，在早期胚胎发育过程中，每次细胞分裂都会保留一个或多个合子后突变。随着发育的进展，这些突变不断积累，导致细胞间基因组景观多样化。因此，大多数细胞最终携带独特的基因组。虽然许多嵌合体突变可能是中性的，但某些突变可能是致病的。嵌合体可发生在体细胞和生殖细胞中，体细胞嵌合体最近因其在神经遗传疾病中的潜在作用而受到关注。合子后突变涵盖所有主要的突变类型，包括染色体非整倍体、大规模结构异常、CNV、小插入/缺失和单核苷酸变异。其中，嵌合性染色体改变，也称为体细胞CNV（sCNV），通常是由于胚胎发生过程中的染色体不稳定性造成的。这些突变主要发生在合子后或胚胎发育早期，偶尔由合子后对减数分裂错误的部分挽救而引起，导致细胞亚群携带这些突变。值得注意的是，sCNV 在人类神经元中大量存在（1）。大脑主要从外胚层发育而来，而血细胞起源于中胚层。细胞比例高的体细胞突变更有可能发生在发育早期。如果这些突变出现得足够早，例如在原肠胚形成期间或之前，它们可能同时存在于脑细胞和血细胞中。随着个体年龄的增长，克隆性造血会导致血细胞中积累大量高细胞分数体细胞突变，而这些突变可能不存在于其他组织中。因此，分析年轻个体血液的基因组数据可以识别与大脑共有的体细胞突变，为了解脑部疾病的遗传易感性提供有价值的见解（图 1）。目前至少有 8 个实验平台可用于检测 sCNV。表 1 比较了这些分子检测的分辨率、优点和缺点。其中，
DNAcopy：用于分析 DNA 拷贝数据的软件包
一个可能有趣但尚未提及的函数是 subset.CNA 。它允许通过染色体和样本对 CNA 对象进行子集设置，这样就不必对整个数据集进行分割。同样，subset.DNAcopy 允许对包含分割输出的 DNAcopy 对象进行子集设置。由于原始默认分割算法基于排列，因此需要 O(N2) 次计算，其中 N 是染色体上的标记数。新的默认算法要快得多。它包括一种混合方法，用于计算分割的 p 值，部分基于排列，部分基于高斯近似（在 1.2.0 之后的所有版本中可用），以及一条停止规则（在 1.5.0 之后的所有版本中可用），当有强有力的证据证明存在变化时宣布变化（Venkatraman 和 Olshen，2007）。我们不再建议对较大的数据集使用重叠窗口。仍然可以使用选项 p.method='perm' 运行完整的排列分析。如果新算法仍然太慢，可以使用参数 nperm（默认值为 10,000）减少混合方法中的排列数。但是，alpha（测试接受变化点的显著性水平）越低，所需的排列就越多。对于任何非默认值的 nperm 和 alpha 选择，都需要计算停止边界
STRAIGHT-IN Dual：一种将 DNA 有效载荷和基因回路以双重、单拷贝方式整合到人类诱导性多能干细胞中的平台
将 DNA 有效载荷靶向人类 (h)iPSC 涉及多个耗时、低效的步骤，每个构建体都必须重复这些步骤。在这里，我们介绍了 STRAIGHT-IN Dual，它能够在一周内以 100% 的效率同时、等位基因特异性、单拷贝整合两个 DNA 有效载荷。值得注意的是，STRAIGHT-IN Dual 利用 STRAIGHT-IN 平台实现几乎无疤痕的货物整合，促进组件回收以进行后续的细胞修饰。使用 STRAIGHT-IN Dual，我们研究了启动子选择和基因语法如何影响转基因沉默，并展示了这些设计特征对 hiPSC 向神经元正向编程的影响。此外，我们设计了一种格拉瑞韦诱导的 synZiFTR 系统来补充广泛使用的四环素诱导系统，提供转录因子和功能报告基因的独立、可调和时间控制的表达。 STRAIGHT-IN Dual 生成同质基因工程 hiPSC 群体的空前效率和速度代表了合成生物学在干细胞应用领域的重大进步，并为精准细胞工程开辟了机会。
男性摄入的白藜芦醇摄入量增加了源自老鼠的线粒体DNA拷贝数和端粒的长度
摘要。本研究检查了雄性白藜芦醇摄入是否影响了由年轻和老年男性小鼠父亲的胚泡中的线粒体DNA拷贝数（MT-CN）和端粒长度（TL）。C57BL/6N雄性小鼠在14-23和48-58周龄时使用含有0.1 mM白藜芦醇的水或水的水或水。从超卵形雌性小鼠的输卵管（8-15周大）的输卵管中收集两细胞阶段的胚胎，并培养3天直到胚泡阶段。 通过实时聚合酶链反应测量 MT-CN和TL水平。 白藜芦醇摄入量不会影响体重或消耗。 白藜芦醇摄入量增加了肝脏中SIRT1的表达水平，血清的抗氧化能力和心脏延伸的TL，而精子中心脏或TL中MT-CN没有显着差异。 老年小鼠的胚泡发育速率明显低于年轻小鼠，白藜芦醇摄入量增加了源自年轻和老年男性的胚泡总数。 白藜芦醇摄入量不会影响源自年轻小鼠的胚泡胚胎的囊泡体中的MT-CN或TL，但在源自老年父亲的胚泡的胚泡中，MT-CN和TL都显着增加了MT-CN和TL。 总而言之，白藜芦醇摄入量增加了源自老年雄性小鼠的胚泡中的MT-CN和TL水平。 关键词：胚胎，线粒体，父亲衰老，白藜芦醇，端粒两细胞阶段的胚胎，并培养3天直到胚泡阶段。MT-CN和TL水平。白藜芦醇摄入量不会影响体重或消耗。白藜芦醇摄入量增加了肝脏中SIRT1的表达水平，血清的抗氧化能力和心脏延伸的TL，而精子中心脏或TL中MT-CN没有显着差异。老年小鼠的胚泡发育速率明显低于年轻小鼠，白藜芦醇摄入量增加了源自年轻和老年男性的胚泡总数。白藜芦醇摄入量不会影响源自年轻小鼠的胚泡胚胎的囊泡体中的MT-CN或TL，但在源自老年父亲的胚泡的胚泡中，MT-CN和TL都显着增加了MT-CN和TL。总而言之，白藜芦醇摄入量增加了源自老年雄性小鼠的胚泡中的MT-CN和TL水平。关键词：胚胎，线粒体，父亲衰老，白藜芦醇，端粒
一个细胞竞争系统，具有一个基因表达的单拷贝基因中的一个基因
即使使用晚期质粒和病毒载体，在不同转染的细胞中获得多个基因的拷贝数也很具有挑战性。，我们使用转基因竞争系统，Kazusa cDNA克隆和我们的双重重组酶介导的盒式盒式交换系统的组合从一个细胞中的单拷贝基因中实现了一个基因表达。使用该系统在HEK293中同时在同一表达水平中同时表达了所有48个核受体，并比较了细胞增殖速率。在8周后用CMV-或EF1启动子驱动子驱动的表达转染的细胞之间观察到显着差异。EF1-NR1I2细胞系从2周到8周增长，比EF1-DSRED线高1.13倍。另一方面，EF1-NR4A1细胞系在8周时显示最大减少，比EF1-DSRED线低0.88倍。在我们的转基因竞争系统和长期增长实验中证实了结果。我们的转基因竞争系统提供了广泛，简单且准确的细胞竞争方法。
通过基因了解拷贝数变异：16p11.2 缺失和重复综合征的分子视角
神经发育障碍 (NDD) 包括广泛的病理状况，影响全球 4% 以上的儿童，具有共同的特征并呈现出多样化的遗传来源。它们包括临床定义的疾病，例如自闭症谱系障碍 (ASD)、注意力缺陷多动障碍 (ADHD)、运动障碍例如抽动症和图雷特综合症，但也包括更加异质性的疾病，例如智力障碍 (ID) 和癫痫。精神分裂症 (SCZ) 最近也被提出属于 NDD。NDD 的相对常见原因是拷贝数变异 (CNV)，其特征是染色体一部分的增加或丢失。在这篇综述中，我们重点关注 16p11.2 染色体区域的缺失和重复，这些缺失和重复与 NDD、ID、ASD 以及癫痫和 SCZ 有关。人类携带者呈现的一些核心表型可以在动物和细胞模型中重现，这也突出了 16p11.2 CNV 相关表型所依赖的显著神经生理和信号传导改变。在这篇综述中，我们还概述了 16p11.2 基因座内的基因，包括部分已知或未知功能的基因以及非编码 RNA。在调节与 16p11.2 缺失相关的一些病理表型方面，MVP 和 MAPK3 之间观察到了一种特别有趣的相互作用。阐明它们在细胞内信号传导中的作用及其功能联系将是设计 16p11.2 CNV 相关综合征新治疗策略的关键步骤。
DNA甲基化剖面的异质性和10782成人型胶质母细胞瘤的拷贝数变化，IDH-WildType
我们确定了10782个上传到网页www.moleculacularneuropathology.org的甲基化数据集，海德堡脑肿瘤分类器版本v12.8的校准得分≥0.9。这些甲基化类别的特征是诊断胶质母细胞瘤是根据WHO 2021定义在每个类中遇到的最常见的分类。此外，为这项研究选择的甲基化类别主要含有成年患者。无监督的聚类证实，根据WHO 2021年的定义，含有最有可能接受诊断胶质母细胞瘤的肿瘤的九种甲基化类别。拷贝数分析和对具有典型数值改变的基因的关注，揭示了九种甲基化类别之间的明显差异。尽管在过去十年中已经取得了巨大的诊断精度进展，但我们的数据清楚地表明，胶质母细胞瘤，IDH-WildType仍然是一个需要进一步分层的异质群体。
使用酶促转换的无细胞DNA（CFDNA）数据进行拷贝数变化连锁片段化分析允许早期结直肠癌检测
摘要：使用非侵入性液体活检的无细胞DNA（CFDNA）分析是一种新兴的癌症检测和干预方法。不同的分析方法用于研究CFDNA特征，从而产生了组合不同数据所需的昂贵且较长的分析过程。这项研究研究了在早期结直肠癌检测的背景下，使用CFDNA数据转换用于甲基化分析的CFDNA数据将CFDNA片段大小与拷贝数变化（CNV）相结合。具体而言，我们专注于比较酶和硫酸硫酸盐转换的数据，用于评估属于染色体18的CfDNA片段。染色体18染色体通常在结直肠癌中被删除。我们使用了18号染色体的短和中cfDNA片段的数量，并在一组2959个区域训练了线性模型（LDA），以预测独立的测试集中的早期（I-IIA）结直肠癌。总共获得了87.5％的灵敏度和92％的特异性，在酶转化的文库上获得了。重复亚硫酸盐转换数据上相同的工作流程，其敏感性为58.3％，从而得出较低的精度结果，这意味着酶转化可在整个基因组数据中保留比Bisulfite转化率更好的癌症片段化足迹。这些结果可以作为在同一数据集上使用碎片化和甲基化方法早期检测到结直肠癌的新途径。