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癌症拷贝数演化的零不可知模型
[4] Schwarz，Roland F.等。“截然异质性的系统发育定量”。PLOS计算生物学10.4（2014）：E1003535。[5] El-Kebir，Mohammed等。“复制数字进化问题的复杂性和算法。”分子生物学算法12（2017）：1-11。 [6] Zeira，Ron和Benjamin J. Raphael。 “拷贝数演化，癌症中的加权畸变。” 生物信息学36.Supplement_1（2020）：I344-I352。 [7] Shamir，Ron，Meirav Zehavi和Ron Zeira。 “用于复制号转换问题的线性时间算法。” 组合模式匹配的第27届年度研讨会（CPM 2016）。 Schloss Dagstuhl-Leibniz-Zentrum Fuer Informatik，2016年。 [8] Kaufmann，Tom L.等。 “ Medicc2：全基因组增加了癌症进化的副本系统发育。” 基因组生物学23.1（2022）：241。分子生物学算法12（2017）：1-11。[6] Zeira，Ron和Benjamin J. Raphael。“拷贝数演化，癌症中的加权畸变。”生物信息学36.Supplement_1（2020）：I344-I352。[7] Shamir，Ron，Meirav Zehavi和Ron Zeira。“用于复制号转换问题的线性时间算法。”组合模式匹配的第27届年度研讨会（CPM 2016）。Schloss Dagstuhl-Leibniz-Zentrum Fuer Informatik，2016年。[8] Kaufmann，Tom L.等。“ Medicc2：全基因组增加了癌症进化的副本系统发育。”基因组生物学23.1（2022）：241。
拷贝数畸变驱动激酶重新布线，导致癌症的遗传脆弱性
体细胞DNA拷贝数变化（CNV）在癌症中很普遍，并且可以驱动癌症进展，尽管在改变细胞信号状态下通常具有未表征的作用。在这里，我们整合了5,598个肿瘤样品的基因组和蛋白质组学数据，以鉴定导致异常信号转导的CNV。由此产生的关联概括了已知的激酶 - 基底关系，并进一步的网络分析优先考虑可能因果基因。在癌细胞系中复制了43％，包括在多种肿瘤类型中鉴定出的44种强大的基因磷材料。实验验证了几个预测的河马信号调节剂。使用RNAi，CRISPR和药物筛选数据，我们发现癌细胞系中激酶成瘾的证据，确定靶向激酶依赖性细胞系的抑制剂。我们建议基因的拷贝数状态，作为激酶抑制差异影响的有用预测指标，这是一种抗癌疗法的策略。
文章检测难以捉摸的DNA拷贝数变体...
拷贝数变体（CNV）在遗传性疾病和癌症的分子发病机理以及正常的人间变异中起着重要作用。但是，它们仍然很难在主流测序项目中识别，尤其是涉及外显子组测序，因为它们通常发生在非针对分析的DNA区域中。为了克服这个问题，我们开发了非高峰，这是一种用户友好的CNV检测工具，该工具以denoising方法为基础，并且使用“''target''DNA读取，通常通过测序管道来丢弃它。我们根据96种癌症的靶向测序以及来自三种不同人群的遗传性视网膜疾病的个体的130个个体进行了基准测试。对于两组数据，非高峰均表现出出色的性能（> 95％的灵敏度和> 80％的特定峰与实验验证），可在仅检测单独的硅数据中的CNV，这表明其对分子诊断和遗传研究的直接适用性。
单细胞拷贝数更改签名分析揭示了1
此预印本版的版权持有人于2025年3月4日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.03.02.641098 doi：Biorxiv Preprint
MYC驱动的线粒体DNA拷贝数的增加发生了早期，并且在整个前列腺癌进展中持续存在
胶质母细胞瘤（GBM）是最致命的脑癌，GBM干细胞（GSC）驱动治疗性耐药性和复发性。靶向GSC提供了预防肿瘤复发和改善预后的有希望的策略。我们识别SUV39H1，一种组蛋白-3，赖氨酸-9甲基转移酶，对于GSC维持和GBM进展至关重要。SUV39H1在GBM中被上调，单细胞RNA-Seq由于超增强剂介导的激活而在GSC中的表达主要显示。GSC中Suv39H1的敲低损害了它们的增殖和茎。 全细胞RNA-seq分析表明，SUV39H1调节G 2 /M细胞周期进展，干细胞维持和GSC中的细胞死亡途径。 通过将RNA-Seq数据与ATAC-SEQ数据集成在一起，我们进一步证明了SUV39H1的敲低改变了与这些途径相关的关键基因中的染色质可及性。 Chaetocin是SUV39H1抑制剂，模仿SUV39H1敲低的作用，将GSC的茎和敏化细胞降低到Temozolomide，这是标准GBM化学疗法。 在患者衍生的异种移植模型中，靶向SUV39H1抑制了GSC驱动的肿瘤生长。 在临床上，高SUV39H1表达与胶质瘤预后不良相关，支持其作为治疗靶点的相关性。 这项研究将SUV39H1确定为GSC维护的关键调节剂，并且是改善GBM治疗和患者结局的有前途的治疗靶标。GSC中Suv39H1的敲低损害了它们的增殖和茎。全细胞RNA-seq分析表明，SUV39H1调节G 2 /M细胞周期进展，干细胞维持和GSC中的细胞死亡途径。通过将RNA-Seq数据与ATAC-SEQ数据集成在一起，我们进一步证明了SUV39H1的敲低改变了与这些途径相关的关键基因中的染色质可及性。Chaetocin是SUV39H1抑制剂，模仿SUV39H1敲低的作用，将GSC的茎和敏化细胞降低到Temozolomide，这是标准GBM化学疗法。在患者衍生的异种移植模型中，靶向SUV39H1抑制了GSC驱动的肿瘤生长。在临床上，高SUV39H1表达与胶质瘤预后不良相关，支持其作为治疗靶点的相关性。这项研究将SUV39H1确定为GSC维护的关键调节剂，并且是改善GBM治疗和患者结局的有前途的治疗靶标。
使用唯一分子标识符从下一代测序中改进高分辨率拷贝数变化分析
摘要背景：最近，涉及致癌途径涉及的基因的拷贝数变化（CNV）引起了人们对管理疾病可疑性的越来越多的关注。CNV是肿瘤细胞基因组中最重要的体细胞像差之一。癌基因激活和肿瘤抑制基因失活通常归因于许多癌症类型和阶段的拷贝数增益/扩增或缺失。下一代测序方案的最新进展允许将唯一分子标识符（UMI）添加到每个读取中。每个靶向的DNA片段都用添加到测序引物中的独特随机核苷酸序列标记。umi通过使每个DNA分子在不同的读取群中使每个DNA分子与CNV检测特别有用。结果：在这里，我们提出了分子拷贝数改变（MCNA），这是一种新的甲基动态，允许使用UMI检测拷贝数变化。该算法由四个主要步骤组成：UMI计数矩阵的构建，使用控制样品构建伪参考，log-Ratios的计算，分割以及最后的统计推断异常分段断裂。我们证明了MCNA在患有弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的数据集上取得了成功，我们强调MCNA结果与比较基因组杂交具有很强的相关性。结论：我们提供了MCNA，这是一种新的CNV检测方法，可在https：// gitla b.com/pierr ejuli en.viail ly/mcNA/MCNA/MCNA/MCNA/MCNA/MCNA/MCNA/MCNA/MCNA许可下免费获得。MCNA可以通过使用UMI显着提高CNV变化的检测准确性。
北极植物物种显示叶绿体DNA拷贝数
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线粒体 DNA 拷贝数变异：关键因素......
摘要：胶质母细胞瘤 (GBM) 是一种源自中枢神经系统神经干细胞的高度侵袭性和致命性肿瘤，具有显著的组织病理学变异和基因组复杂性，这导致其快速进展和治疗耐药性。线粒体 DNA (mtDNA) 拷贝数 (CN) 的改变在 GBM 的发展和进展中起着至关重要的作用，影响肿瘤生物学的各个方面，包括能量产生、氧化应激调节和细胞适应性。mtDNA 水平的波动，无论是升高还是降低，都会损害线粒体功能，可能破坏氧化磷酸化并扩增活性氧的产生，从而促进肿瘤生长并影响治疗反应。了解 mtDNA-CN 变异的机制及其与肿瘤微环境中遗传和环境因素的相互作用，对于推进诊断和治疗策略至关重要。针对 mtDNA 改变可以增强治疗效果，减轻耐药性并最终改善这种侵袭性脑肿瘤患者的预后。本综述总结了现有的有关线粒体 DNA 变异的文献，特别强调了线粒体 DNA-CN 的变化及其与 GBM 的关联，通过调查 1996 年至 2024 年期间发表的文章，这些文章来自 Scopus、PubMed 和 Google Scholar 等数据库。此外，本综述还简要概述了线粒体基因组结构、有关线粒体 DNA 完整性和 CN 调节的知识，以及线粒体如何显著影响 GBM 肿瘤发生。本综述进一步介绍了恢复线粒体 DNA-CN 的治疗方法，这些方法有助于优化线粒体功能并改善健康结果。
参考材料8366 EGFR和MET基因拷贝数标准癌症测量值
目的：通过参考材料（RM）8366传递的值旨在将人类表皮生长因子基因（EGFR）和人类MET原始癌基因，受体酪氨酸激酶基因（MET）与未扩增的参考基因的比率进行协调。注意：有关可识别私人信息的“使用和隐私协议”，请参见第2页。eGFR基因扩增和相关的蛋白质表达增加并与许多人类恶性肿瘤的发病机理有关。在几种类型的癌症中，EGFR基因的扩增（增加）和蛋白质过表达被用作确定治疗治疗的生物标志物，并预测响应抗EGFR靶向治疗的临床结果[1]。MET基因扩增，导致蛋白质表达增加和MET受体的组成性激活。进行了各种临床试验，以评估癌症患者选择性MET抑制剂的安全性和功效。但是，对MET水平的准确评估仍然是一个挑战[2]。rm 8366由从六个人类癌细胞系中提取的基因组DNA组成，这些人类癌细胞系具有不同量的EGFR和MET基因。六个纯化的基因组DNA在缓冲液中，由10 mmol/L 2-Amino-2-（羟甲基）丙烷-1,3-二醇（TRIS）和0.1 mmol/L乙二胺二苯甲酸乙酸乙酸disodium disodium sal（EDTA）pH 8.0（TE -4）（TE -4）。描述：RM的一个单位由每个组件的一个小瓶组成，其中包含大约100μl的DNA溶液。六个成分是源自人类细胞系A-431，BT-20，C32，Daoy，HS 746T和SNU-5的基因组DNA材料，分别标记为A，B，C，C，D，E和F。在准备稀释液时，请考虑单个组件中的EGFR和MET放大的水平，以确保EGFR和MET拷贝数在您使用的测定的工作范围内。这些小瓶中的每一个都被标记，并用颜色编码的螺钉盖密封。未认证的值：未认证的值适合用于方法开发，方法协调和过程控制，但不为国际单位系统（SI）或其他高阶参考系统提供计量学可追溯性[3]。在表1和2中显示了95％可靠间隔和95％预测间隔的EGFR和MET副本比例的非认证值。附加信息：EGFR，MET和每个微层的基因副本的潜在兴趣值；附录A中提供了其他信息。有效期：未认证的值在指定的测量不确定性中有效，直到2027年12月31日。如果材料存储或使用不当，损坏，污染或其他修改，则值分配将无效。维护未认证的值：NIST将监视此材料的有效期结束。如果发生了实质性的技术变化，影响了此期间未认证的值，NIST将更新此参考材料信息表并通知注册用户。注册将有助于通知。RM用户可以从NIST SRM网站上可用的链接在线注册，也可以填写用RM提供的用户注册表格。在使用该材料交付的任何值之前，用户应验证其具有此文档的最新版本，可通过NIST SRM网站（https://www.nist.gov/srm）获得。