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当 DNA 成为阻碍时
正文 图 1 至 2 正文 我们怀着极大的兴趣阅读了 Zhou 等人的论文 1，其中描述了一种能够从极低输入（SILVER-Seq）进行细胞外 RNA 测序的新方法。与我们之前的研究 2,3 相比，检测到的基因数量之多令我们感到好奇，并且注意到可重复性较低。我们假设这两个观察结果都可能源于 DNA 污染。因此，我们重新分析了 SILVER-Seq 数据以确定测序读数中的 DNA 信号程度（方法见 https://github.com/jasperverwilt/SILVER-Seq_comment）。首先，我们分析了映射到不同基因组区域的读数分数。我们注意到这些分数与基因组中观察到的分布非常相似（图 1A）。具体而言，不到 5% 的读数映射到外显子区域，而我们自己的细胞外 RNA 测序数据 3 显示外显子读数平均为 35%。其次，我们分析了与剪接序列对应的读取，因为它们在 RNA 中预计相对丰富。然而，我们发现与剪接序列对应的读取仅占总唯一映射读取的 0.22%，而在我们自己的 RNA 测序数据中，它们占 17.8%，高出 81 倍（图 1B）。第三，我们从数据中生成了一名乳腺癌女性患者（SRR9094442）和一名健康男性对照（SRR9094547）的拷贝数谱。癌症患者的谱图显示出明显的拷贝数变化模式（例如 5、11 和 20 号染色体），这是使用无细胞 DNA 数据时通常发现的结果（图 2A）。关于男性对照的拷贝数谱，它显示出几乎完全平坦的拷贝数谱，X 和 Y 染色体的拷贝数水平为常染色体的一半（图 2B），这再次符合正常对照的无细胞 DNA 的预期。最后，SILVER-Seq 读数的链状性评估无法明确确认数据来自 RNA（图 1C）。这可能意味着文库制备方法没有保留片段的链方向（本文未指定的特征），或者数据主要来自 DNA。我们的重新分析提供了令人信服的证据，支持大多数 SILVER-Seq 数据来自 DNA，而不是细胞外 RNA。尽管作者进行了旨在防止此问题的 DNase 处理，但没有进行质量控制来验证其有效性。我们假设无细胞 DNA 的数量太高，或者血清中存在的抑制剂阻碍了有效的酶去除 DNA。此外，作者没有进行任何数据分析，专门评估其测序数据中是否存在 DNA 信号，例如本文报道的那些。重要的是，我们想强调的是，我们的观察结果不会削弱 SILVER-Seq 的潜在效用。这封信的目的是提醒大家当前
针对患有严重丙酮酸激酶缺乏症的成人和儿科患者的基因治疗：RP-L301
•贫血的临床显着减少（HB↑）•12个月时的输血独立性•≥50％的输血需求（相关时）减少了≥50％的12个月•溶血的降低•外周血（PB）和骨髓（BM）遗传矫正，如载体拷贝数（VCN）
亚克隆体细胞拷贝数变异在复发性骨肉瘤中出现并占主导地位 Michael D. Kinnaman 1,2 , Simone Zaccaria 3,4 , Alvin Makohon-
摘要 ◥ 人们在骨肉瘤中进行了多项大规模基因组分析，以确定肿瘤发生、治疗反应和疾病复发的基因组驱动因素。肿瘤内空间和时间的异质性也可能在促进肿瘤生长和治疗耐药性方面发挥作用。我们对 8 名复发或难治性骨肉瘤患者的 37 个肿瘤样本进行了纵向全基因组测序。每位患者至少有一个来自原发部位和转移或复发部位的样本。除一名患者外，所有患者均发现了亚克隆拷贝数变异。在 5 名患者中，来自原发性肿瘤的亚克隆出现并在随后的复发中占主导地位。在 7 名具有多个克隆的患者中，6 名患者的治疗耐药性克隆中 MYC 增益/扩增富集。在耐药拷贝数克隆中还观察到了其他潜在驱动基因（如 CCNE1 、 RAD21 、 VEGFA 和 IGF1R ）的扩增。染色体重复时间分析显示，复杂的基因组重排通常发生在诊断之前，支持宏观进化的进化模型，其中大量基因组畸变在短时间内获得，然后进行克隆选择，而不是持续进化。复发性肿瘤的突变特征分析表明，同源修复缺陷 (HRD) 相关的 SBS3 在每个
使用有或没有双子病毒复制子的Cas9在大麦中靶向靶向
在过去几年中，在植物中使用基于RNA的CAS9基因组编辑的进展一直很快。基因组编辑的理想应用是基因靶向（GT），因为它允许广泛的精确修饰。但是，这仍然是不具备的，尤其是在关键农作物中。在这里，我们使用Planta策略描述了CAS9目标位置的成功，可遗传的基因靶向，但使用小麦矮人病毒复制品未能实现相同的方法，以增加维修模板的拷贝数。没有复制子，我们能够删除目标基因的150 bp的编码顺序，同时将框架内麦克利融合在一起。从14种原始转基因植物开始，两家植物似乎具有所需的基因靶向事件。从其中一种T0植物中，确定了三个独立的基因靶向事件，其中两个是可遗传的。当包括复制子时，产生了39种T0植物，并显示为修复模板的高拷贝数。然而，尽管与非修复策略相比，T1筛选的17条线没有引起显着或可遗传的基因靶向事件。调查表明，复制子方法创建的高拷贝数量的高拷贝数导致假阳性PCR结果，在序列水平上与GT研究广泛使用的连接PCR屏幕中的真实GT事件无法区分。在成功的非修复方法中，在T1中获得了可遗传基因靶向事件，随后，发现T-DNA与靶向基因座有关。因此，靶标和供体位点的物理接近可能是成功基因靶向的一个因素。
克隆载体
1. 质粒 质粒是自然产生的染色体外 DNA 片段，可以稳定地从一代传到另一代。质粒携带编码抗生素、某些毒素或重金属抗性的基因，或产生 DNA 限制和修饰酶的基因。质粒的拷贝数可以从 1-2 到多个拷贝 (10-200)/细胞不等。质粒用于克隆不超过 10 Kb 的小片段 DNA，该片段位于称为多接头的位点，多接头是一小段 DNA，其中包含许多限制位点，质粒可以用任何限制酶切割这些位点，然后将所需的 DNA 连接到该位点。 pBR322 质粒 pBR322 是 1977 年创建的第一个大肠杆菌中常用的载体。它是一个小质粒（4361 bp），每细胞含有 15-20 个拷贝数，pBR322 还含有复制起点，并带有对氨苄青霉素和四环素的两个抗生素抗性基因。该质粒具有超过 40 种限制性酶的独特限制位点。
客户/发送机构：LABCORP OF AMERICA CMBP 1912 ALEXANDER DR RTP, NC 27709 电话：(919)361-7700
arr(X,Y)x1,(1-22)x2 全基因组染色体 SNP 微阵列 (Reveal) 分析正常。根据下文所述的本报告标准，在 277 万个区域特异性 SNP 和结构靶标中未检测到显著的 DNA 拷贝数变化或拷贝中性区域。当发现新的临床重要基因时，可以根据要求重新检查档案记录。方法：使用 Cytoscan ® HD Accel 平台进行 SNP 微阵列分析，该平台使用 2,029,441 个非多态性拷贝数探针和 743,130 个 SNP 探针进行 LOH/AOH 分析和关系评估。该阵列的平均基因内间距为 0.818 kb，平均基因间距为 1.51 kb。从提供的样本类型中提取总基因组 DNA，用 Xce1 消化，然后连接到 Xce1 接头。纯化并定量 PCR 产物。将纯化的 DNA 破碎，用生物素标记，并与 Cytoscan ® HD Accel 基因芯片杂交。使用染色体分析套件分析数据。分析基于 GRCh37/hg19 组装。此测试由 LabCorp 开发并确定其性能特征。它尚未获得食品和药物管理局的批准或认可。阳性评价标准包括：* DNA 拷贝数损失 >200 kb 或在具有至少一个 OMIM 基因的已知临床重要区域之外增加 >500 kb。* DNA 拷贝数增加/损失在或包括已知 25 kb 或更大的临床重要基因内。* 如果患者结果显示单个染色体中存在 >20 Mb 间质或 >10 Mb 端粒的长连续纯合区域（印迹染色体分别为 15 和 8 Mb），则建议进行 UPD 测试。 * 如果一个区域的连续纯合性大于 8 Mb，但低于 UPD 报告标准，则报告为隐性疾病风险增加。 * 多条染色体内连续纯合性大于 8 Mb 表明存在共同祖先。这些区域具有潜在的隐性等位基因风险。 * 由于存在大量连续的短片段（与地理或社会有限的基因库相关），报告在第 99 个百分位处存在高水平的等位基因纯合性。 SNP 染色体微阵列无法检测： * 真正平衡的染色体变异 * 序列变异
Sensabac-DHC - 用于LCC地下水损害产品Sensabac-DHC的厌氧脱氯培养物是实验室富含的Microgan
sensabac-DHC - 厌氧脱氯培养物，用于LCC地下水损伤产品Sensabac-DHC的生物学培养物是实验室富集的微生物培养物，其中含有含有该物种的Dehalococcoides McCartyi，并具有高还原性的LCC降低潜力。实践经验表明，在自然条件下和生物刺激条件下，地下水中通常在地下水中积累了大量积累。生物提示可确保在厌氧条件下这些LCC成分也可以快速有效地处理。应用生物强调适用于在自然条件下无法检测到LCC降解的地点，或者尽管在地下水中有适当的环境条件和基板供应，但在自然条件下未检测到LCC降解。使用生物调节培养物是有效的，在它们已经有足够的环境和有利的辅助基板供应的情况下，地下水中的辅助基板供应有效。如果条件尚不适合生物提高，则通常可以通过添加适当的底物来提前调整这些条件。使用的脱氯培养物来自具有强烈的脱氯和降解相关酶TCEA，VCRA和BVCA的高基因拷贝数。一旦下达订单，准备了用于相应现场应用的尺寸的生物鼓声解决方案，并在实验室中孵育数周。培养物受环境条件和微生物生长反应的持续监测。通过QPCR分析进行质量控制，以评估TCEA，VCRA和BVCA的基因拷贝数，以确保生物学培养具有所需的降解潜力。一旦达到了相应的高基因拷贝数，就可以使用培养物，并在厌氧条件下渗入地下水中的地下水。
分子分析在肾上腺皮质癌中的作用
缩写：aACC，侵袭性 ACC；ACC，肾上腺皮质癌；ACT，肾上腺皮质肿瘤；CGH，比较基因组杂交；CIMP，CpG 岛甲基化表型；CN，拷贝数；CNA，拷贝数变异；DFS，无病生存率；DNA，脱氧核糖核酸；EFS，无事件生存率；ff，新鲜冷冻；FFPE，福尔马林固定和石蜡包埋；LOH，杂合性缺失；mACC，转移性肾上腺皮质癌；mRNA，信使 RNA；miRNA，微小 RNA；ms，甲基化敏感；MS-MLPA，甲基化敏感的多重连接依赖性探针扩增；naACC，非侵袭性 ACC；NGS，下一代测序；n-n，非幼稚；np，非原发性；OS，总生存率；p，原发性； PFS，无进展生存期；PCR，聚合酶链反应；q，定量；RT，实时；RFS，无复发生存期；RNA，核糖核酸；SNP，单核苷酸多态性；t.，训练；t-n，未经治疗；v.，验证；WES，全外显子组测序。
反复进化和选择形成了淀粉酶基因座的结构多样性
农业的采用引发了人类饮食向富含淀粉的快速转变 1 。淀粉酶基因有助于淀粉的消化，在一些高淀粉摄入量的现代人类群体中观察到了淀粉酶拷贝数的增加 2 ，尽管缺乏近期选择的证据 3,4 。在这里，使用来自大约 5,600 个当代和古代人类的 94 个长读单倍型解析组装和短读数据，我们解决了淀粉酶基因座结构变异的多样性和进化历史。我们发现淀粉酶基因在农业群体中的拷贝数高于渔猎和游牧群体。我们鉴定了 28 种不同的淀粉酶结构架构，并证明在整个人类近代历史中，几乎相同的结构在不同的单倍型背景下反复出现。 AMY1 和 AMY2A 基因均经历了多次重复/缺失事件，突变率高达单核苷酸多态性突变率的 10,000 倍以上，而 AMY2B 基因重复则具有单一起源。使用基于泛基因组的方法，我们推断了数千名人类的结构单倍型，并在现代农业人群中以更高的频率识别出大量重复的单倍型。利用 533 个古人类基因组，我们发现，在过去 12,000 年中，西欧亚大陆中含有重复的单倍型（基因拷贝数多于祖先单倍型）的频率迅速增加，这表明存在正向选择。总之，我们的研究强调了农业革命对人类基因组的潜在影响以及结构变异在人类适应中的重要性。
ARCUS 基因编辑消除 MELAS 相关 m。......
• 96% 的突变型 m.3243G 细胞以 10 倍稀释度转染了 mitoARCUS mRNA。转染后第 1 天和第 3 天从细胞中分离 gDNA，并分析异质体和 mtDNA 拷贝数（4A、4C），并使用海马细胞线粒体应激测试评估活细胞的呼吸变化（4B、4D）。 • 在第 1 天，观察到剂量依赖性 mtDNA 消耗，对于两个最高 mRNA 剂量而言更为显著。这种消耗与突变型 mtDNA 的选择性切割相对应。尽管 mtDNA 消耗，但呼吸不受影响（表 1）。 • 在第 3 天，mtDNA 拷贝数恢复到统计学上不显著的水平。用三种最高 mRNA 剂量处理的细胞表现出突变型 mtDNA 百分比显著下降和 WT mtDNA 百分比显著增加。异质体的剂量依赖性转变导致基础呼吸和最大呼吸同时改善（表 2）。值得注意的是，异质体的微小转变（66.5% 突变 ± 3.4%）带来的功能益处与完全转变相似。