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定量的Gibberellin信号传导生物传感器揭示了Gibberellins在芽顶分生组织中的节间规范中的作用
芽顶分生组织（SAM）的生长对于射击建筑构造至关重要。植物激素吉布林蛋白（GA）在协调植物生长方面起着关键作用，但它们在SAM中的作用仍然是未知的。在这里，我们通过工程设计了一种DELLA蛋白来开发出比例的GA信号传导生物传感器，以抑制其在GA文字响应中的主要调节功能，同时在GA传感时保留其降解。我们证明了这种基于降解的生物传感器可以准确地报告GA水平和发育过程中感知的细胞变化。我们使用此生物传感器来绘制SAM中的GA信号传导活性。我们表明，高GA信号传导主要发现位于节间体的前体之间的细胞中。通过增益和功能丧失方法，我们进一步证明了气体调节细胞分裂平面的方向以建立节间的典型细胞组织，从而有助于SAM中的节节性规范。
CRISPR屏幕在IPSC衍生的神经元中揭示了tau proteostasis
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是制作
观赏植物的基因组序列digitalis purpurea揭示了花颜色和形态变化的分子基础
digitalis purpurea（foxglove）是一种广泛分布的装饰植物，也是生物医学复合地高辛的生产商。在这里，我们提出了一个长期读取测序的基于测序的基因组序列，该基因组序列和基因模型的相应预测。高组装连续性由4.3 Mbp的N50表示，并且发现约96％的完整BUSCO基因支持完整性。这种基因组资源为对D. purpurea的花色素沉着的深入研究铺平了道路。鉴定了花色苷生物合成的结构基因和相应的转录调节剂。 红色和白色开花植物的比较显示，白色开花植物中花青素合酶基因的插入很大，很可能使该基因具有非功能性，并且可以解释花青素色素沉着的丧失。 此外，花青素生物合成激活剂MYB5在白色开花植物中显示了18 bp的缺失，导致蛋白质中6种氨基酸损失。 此外，我们发现在DPTFL1/CEN基因中插入大量插入，负责大末端花的发展。鉴定了花色苷生物合成的结构基因和相应的转录调节剂。红色和白色开花植物的比较显示，白色开花植物中花青素合酶基因的插入很大，很可能使该基因具有非功能性，并且可以解释花青素色素沉着的丧失。此外，花青素生物合成激活剂MYB5在白色开花植物中显示了18 bp的缺失，导致蛋白质中6种氨基酸损失。此外，我们发现在DPTFL1/CEN基因中插入大量插入，负责大末端花的发展。
揭示了Plunderfish harpagifer spp之间的共晶发育信号。他们的肠道微生物组遍布南洋
抽象理解雕刻鱼类肠道微生物组的因素是挑战，尤其是在以高环境和宿主基因组复杂性为特征的自然种群中。然而，密切相关的宿主是通过突显的生物学和共晶发育模式来解解宿主进化史对微生物组组装的贡献的宝贵模型。在这里，我们提出，最近在南大洋的几种竖琴物种的多样化将允许检测宿主与其微生物组之间强大的系统发育一致性。我们表征了来自四个野外收集的harpagifer物种的77个个体的肠粘膜微生物组（Teleostei，notothenioidei），分布在南大洋的三个生物地理区域。我们发现海水物理化学特性，宿主系统发育和地理学共同解释了竖鼠肠粘膜中细菌群落组成的35％。harpagifer spp的核心微生物组。肠粘膜的特征是多样性低，主要由选择性过程驱动，并由超过80％的个体中检测到的单个Aliivi Brio操作分类单元（OTU）主导。在包括Aliivibrio在内的核心微生物组分类群的几乎一半（包括Aliivibrio）在微反应分辨率下具有宿主系统发育的共生信号，表明与Harpagifer具有亲密的共生关系和共同的进化历史。清晰的细胞传友和共晶发育信号强调了harpagifer模型在站立在塑造肠道微生物组组装中的作用下的harpagifer模型的相关性。我们提出，最近的竖琴数多样化可能导致了Aliivibrio的多样化，表现出反映宿主系统发育的模式。
弧菌降解的功能性基因组学通过弧菌降解的氧疗法揭示了对支持环境适应性的细微综合代谢贡献
弧菌物种是海洋原核生物，居住在多种生态壁ches，定居非生物和生物表面。这些细菌是全球碳循环中的重要参与者，吸收了数十亿吨的碳（和氮）代谢物。对包括几丁质酶，糖转运蛋白和修饰酶的过程的许多细菌蛋白进行了很好的研究。然而，在存在几丁质的存在下，遗传功能相互作用和主要驱动因素是主要的碳源。为了解决这个问题，我们进行了转座子测序（TN-Seq），以确定在几丁质上生长在几丁质上作为唯一碳源的颤动性溶血性突变体的遗传适应性。以及验证与几丁质代谢相关的已知颤音基因，我们的数据新确定了未分类的OPRD样进口壳质蛋白和HEXR家族转录调节剂的重要作用。此外，我们在功能上暗示了HEXR在调节副溶血性环境生存的多个生理过程中，包括碳同化和细胞生长，生物膜形成和细胞运动。在营养限制条件下，我们的数据揭示了对丝状细胞形态中HEXR的要求，这是副溶血性环境适应性的关键特征。因此，由HEXR介导的重要进口孔蛋白和基因组调节支持多个生理过程，以实现弧菌念珠菌的生长和环境适应性。
揭示了人类使用皮质摄影的事件相关电位的生理起源
图3。ERP分析及其结果的概述。 A. 在受试者S3中表现出由听觉刺激（红点）或按钮按（绿点）引起的诱发电势的位置。 B. 在听觉刺激（左）和位置A1和M1的纽扣刺激期间ECOG活动的时间课程及其跨审判平均值。 位置A1处的单次试验ECOG响应在刺激发作处进行相锁定，并表现出与跨审判平均值相同的N1，P1和P2分量。 相比之下，位置M1处的单次试验ECOG响应在运动开始时没有相锁，因此在所有试验中，平均没有诱发的电位。 相反，在所有试验中的平均水平造成了缓慢的皮质潜力。 C。位于A1-3和M1-2的平均AEP（左侧的红色痕迹）和MRP（右侧的绿色痕迹）及其在受试者S3中的平均值。 所有听觉位置均表现出清晰的N1，P1和P2组件，并且所有运动位置均具有突出的慢速皮质潜力。 D.来自受试者S3位置A1和M1的ERP的时间课程，在两个不同的频带（<3 Hz和3-40 Hz）中。 AEP的特征成分由3-40 Hz频段捕获。 相反，只有在<3 Hz频段中才能看到MRP中的缓慢负电位。 E.基线（-400至0 ms）和ERP（分别为0至400毫秒）周期（分别为顶部和底部）的<3 Hz和3–40 Hz频段（分别为top和底部）的3–40 Hz频段，在所有与任务相关的位置和所有受试者中都计算出来。 基线活性主要由3-40 Hz带功率组成（P <0.001，配对t检验）。ERP分析及其结果的概述。A.在受试者S3中表现出由听觉刺激（红点）或按钮按（绿点）引起的诱发电势的位置。B.在听觉刺激（左）和位置A1和M1的纽扣刺激期间ECOG活动的时间课程及其跨审判平均值。位置A1处的单次试验ECOG响应在刺激发作处进行相锁定，并表现出与跨审判平均值相同的N1，P1和P2分量。相比之下，位置M1处的单次试验ECOG响应在运动开始时没有相锁，因此在所有试验中，平均没有诱发的电位。相反，在所有试验中的平均水平造成了缓慢的皮质潜力。C。位于A1-3和M1-2的平均AEP（左侧的红色痕迹）和MRP（右侧的绿色痕迹）及其在受试者S3中的平均值。所有听觉位置均表现出清晰的N1，P1和P2组件，并且所有运动位置均具有突出的慢速皮质潜力。D.来自受试者S3位置A1和M1的ERP的时间课程，在两个不同的频带（<3 Hz和3-40 Hz）中。AEP的特征成分由3-40 Hz频段捕获。相反，只有在<3 Hz频段中才能看到MRP中的缓慢负电位。E.基线（-400至0 ms）和ERP（分别为0至400毫秒）周期（分别为顶部和底部）的<3 Hz和3–40 Hz频段（分别为top和底部）的3–40 Hz频段，在所有与任务相关的位置和所有受试者中都计算出来。基线活性主要由3-40 Hz带功率组成（P <0.001，配对t检验）。AEP的P1和N1组件由3-40 Hz带功率（P <0.001，配对t检验）组成，而MRP的主要由<3 Hz频带功率组成（P <0.001，配对t检验）。F.功率（顶部）和3-40 Hz频段中的AEP（底部）的形状，用于试验最高（实心）且最低（虚线）的第10个百分位数的固定力（计算每个任务相关位置，平均所有位置和受试者的平均）。较高的刺激性功率会导致AEP中较高的N1振幅（p <0.05，t检验，fdr校正了n = 22）。G.功率（顶部）和MRP的形状（底部）。前刺激功率不会显着影响MRP的形状（p <0.05，t检验，fdr校正了n = 15）。
在自主驾驶系统中揭示了安全弱点：深入的经验研究
上下文：自主驾驶系统（AD）的出现标志着朝着智能运输的重大转变，对公共安全和交通效率产生了影响。尽管这些系统集成了各种技术并提供了许多好处，但它们的安全至关重要，因为脆弱性可能会对安全和信任产生严重的后果。目的：本研究旨在使用静态代码分析工具CodeQL系统地研究突出的开源ADS项目代码库中的潜在安全弱点。目标是确定共同的漏洞，它们在版本上的分布和持久性，以增强广告的安全性。方法：我们根据其高github恒星计数和4级自动驾驶功能选择了三个代表性的开源广告项目，即Autoware，Airsim和Apollo。使用CodeQl，我们分析了这些项目的多个版本以识别漏洞，重点是CWE类别，例如CWE-190（Integer Overflow或Wraparound）和CWE-20（输入验证不正确）。我们还通过软件版本跟踪了这些漏洞的生命周期。这种方法使我们能够系统地分析项目中的漏洞，这在以前的广告研究中尚未进行广泛探讨。结果：我们的分析表明，在选定的ADS项目中，特定的CWE类别，尤其是CWE-190（59.6％）和CWE-20（16.1％）。这些漏洞通常持续六个月以上，涵盖了多个版本的迭代。结论：广告中的这些安全问题仍有待解决。经验评估显示了这些漏洞的严重性与它们对ADS性能的切实影响之间的直接联系。我们的发现突出了将静态代码分析集成到ADS开发中以检测和减轻共同漏洞的必要性。同时，主动保护策略（例如定期更新第三方库）对于提高ADS安全至关重要。和监管机构在促进静态代码分析工具和设定行业安全标准方面可以发挥关键作用。
在自主驾驶系统中揭示了安全弱点：深入的经验研究
上下文：自主驾驶系统（AD）的出现标志着朝着智能运输的重大转变，对公共安全和交通效率产生了影响。尽管这些系统集成了各种技术并提供了许多好处，但它们的安全至关重要，因为脆弱性可能会对安全和信任产生严重的后果。目的：本研究旨在使用静态代码分析工具CodeQL系统地研究突出的开源ADS项目代码库中的潜在安全弱点。目标是确定共同的漏洞，它们在版本上的分布和持久性，以增强广告的安全性。方法：我们根据其高github恒星计数和4级自动驾驶功能选择了三个代表性的开源广告项目，即Autoware，Airsim和Apollo。使用CodeQl，我们分析了这些项目的多个版本以识别漏洞，重点是CWE类别，例如CWE-190（Integer Overflow或Wraparound）和CWE-20（输入验证不正确）。我们还通过软件版本跟踪了这些漏洞的生命周期。这种方法使我们能够系统地分析项目中的漏洞，这在以前的广告研究中尚未进行广泛探讨。结果：我们的分析表明，在选定的ADS项目中，特定的CWE类别，尤其是CWE-190（59.6％）和CWE-20（16.1％）。这些漏洞通常持续六个月以上，涵盖了多个版本的迭代。结论：广告中的这些安全问题仍有待解决。经验评估显示了这些漏洞的严重性与它们对ADS性能的切实影响之间的直接联系。我们的发现突出了将静态代码分析集成到ADS开发中以检测和减轻共同漏洞的必要性。同时，主动保护策略（例如定期更新第三方库）对于提高ADS安全至关重要。和监管机构在促进静态代码分析工具和设定行业安全标准方面可以发挥关键作用。
患者IPSC中的基因组编辑纠正了最普遍的USH2A突变，并揭示了有趣的突变mRNA表达曲线
遗传性视网膜营养不良（IRD）的特征是进行性光感受器变性和视力丧失。Usher综合征（USH）是一种综合征IRD，其特征是色素性视网膜炎（RP）和听力损失。USH在临床和基因上是异质的，最普遍的病因基因是USH2A。USH2A突变还解释了大量孤立的常染色体隐性RP（ARRP）病例。这种高预期是由于两个经常性的USH2A突变引起的，C.2276G> T和C.2299delg。由于USH2A cDNA的大尺寸，基因增强疗法是无法访问的。但是，CRISPR/CAS9介导的基因组编辑是可行的替代方法。我们使用了增强的链球菌链球菌（ESPCAS9）的特异性CAS9来成功实现诱导多能干细胞（IPSC）患者的两个最普遍的USH2A突变的无缝校正。我们的结果强调了促进ESPCAS9的高目标效率和特种型的功能。一致地，我们没有在校正后的IPSC中识别出任何非靶诱变，这些诱变也保留了多能性和遗传稳定性。此外，对USH2A表达的分析出乎意料地识别了与C.2276G> T和C.229999delg突变相关的异常mRNA水平，这些突变在校正后恢复。综上所述，我们有效的CRISPR/CAS9介导的USH2A突变校正策略为USH和ARRP患者提供了潜在治疗的希望。