抽象背景炎症性肠病(IBD)的病因尚不清楚,但涉及遗传学和环境因素,包括肠道菌群。的确,胃肠道免疫系统向肠道微生物群的加剧激活发生在遗传易感的宿主中,并在环境的影响下发生。例如,大多数IBD易感性基因座都位于与免疫反应有关的基因中,例如caspase招募域成员9(Card9)。然而,在Card9缺乏症的背景下,基因型与微生物群对结肠炎的相对影响仍然未知。结果Card9基因直接有助于从硫酸葡萄糖钠(DSS)诱导的结肠炎中恢复,通过诱导细胞因子IL-22的结肠表达和抗菌肽REG3β和REG3γ和Reg3γ,独立于微生物群。另一方面,调节生产AHR配体的微生物群的能力是必需的,这导致结肠中产生IL-22,从而促进结肠炎后的恢复。此外,交叉促进实验表明,断奶后5周,断奶前从护理母亲传播的微生物群对幼犬的色氨酸代谢具有比幼犬自己的基因型更强烈的影响。结论这些结果表明,Card9及其效应IL-22在介导微生物群依赖性和微生物群依赖性的指导中介导DSS诱导的结肠炎的恢复中的作用。card9基因型可调节产生AHR配体的微生物群代谢能力,但是在断奶前植入WT或“健康”微生物群可以覆盖这种作用。它突出了免疫系统和微生物群之间发生断奶反应的重要性,对宿主代谢和免疫功能一生。更好地理解遗传学对微生物群代谢的影响是为患有复杂炎症性疾病的患者发展有效的治疗策略的关键。关键词肠道菌群,遗传学,代谢,card9,IL-22,TRP代谢,AHR配体,乳酸杆菌
通过表面钙化的paTern识别受体对病原体相关的分子模式(PAMP)的感知激活呼吸道爆发氧化酶同源性D(RBOHD),通过氯曲霉诱导的激酶1(BIK1)直接磷酸化激活呼吸爆发氧化酶同源性D(RBOHD),并诱导反应氧氧的产生(ROS)。rboHD活性必须严格控制以避免ROS的有害影响,但对RBOHD倾斜鲜明的效果知之甚少。要了解RBOHD的调节,我们使用了RBOHD的共免疫沉淀,并通过质谱分析和鉴定的吞噬氧化氧化酶/BEM1P(PB1)结构域的蛋白质(PB1CP)。pb1cp负调节RBOHD和对真菌病原体Colle-totrichum higginsianum的抵抗力。PB1CP与Bik1竞争,在体外与RBOHD结合。更重要的是,PAMP处理增强了PB1CP-RBOHD相互作用,从而导致磷酸化的Bik1与体内RBOHD的解离。pb1CP位于细胞外周的细胞和PAMP治疗中,诱导PB1CP和RBOHD重新定位到相同的小内膜室。此外,PB1CP在拟南芥中的过表达导致RBOHD蛋白的丰度降低,这表明PB1CP可能参与RBOHD内吞作用。我们发现了PB1CP是RBOHD的新型负调节剂,并揭示了其可能的调节机制,涉及从RBOHD中去除磷酸化的Bik1和RBOHD内吞作用的促进。
摘要目的:癌细胞系的大量药物基因组学数据的快速积累为药物敏感性预测(DSP)提供了前所未有的机会,这是促进精度肿瘤学的关键先决条件。最近,生成的大语言模型(LLM)表明了自然语言处理领域(NLP)领域的各种任务的性能和概括。然而,药物基因组学数据的结构化格式对DSP中LLM的实用性提出了挑战。因此,这项研究的目的是多重的:适应结构化药物基因组学数据的及时工程,以优化LLM的DSP性能,评估LLM在现实世界DSP方案中的概括,并比较LLM的DSP性能与目前的Science-Science Baselines。方法:我们系统地研究了生成性预训练的变压器(GPT)作为四个公开基准药物基因组学数据集的DSP模型,这些模型由五种癌症组织类型的细胞系和肿瘤学和非综合药物进行分层。本质上,通过四个学习范式评估了GPT的预测格局在DSP任务中的有效性:零射击学习,几乎没有学习,微调和聚类预处理的嵌入。通过实施三个及时的模板(即指令,指导,预定,披肩)并将与药剂基因组相关的特征集成到提示中,为了促进GPT无缝处理结构化的药物基因组学数据,采用了域特异性新颖的及时工程。与最先进的DSP基准相比,GPT主张了卓越的F1性能我们验证了GPT在不同的现实世界DSP方案中的表现:跨组织概括,盲试和药物校园关联的分析以及顶级灵敏/抗性细胞系。此外,我们对GPT进行了比较评估,该评估是针对多个基于变压器的预验证模型和现有的DSP基准的。结果:在五个组织组的药物基因组学数据集上进行的广泛实验表明,微调GPT会产生最佳的DSP性能(28%F1增加,P值= 0.0003),然后群集预处理的GPT嵌入了GPT嵌入(26%F1增加,P-value = 0.0005),很少有gpt(I.但是,在零射击设置中的GPT具有很大的F1间隙,导致表现最差。在迅速工程的范围内,通过直接指导GPT有关DSP任务并诉诸简洁上下文格式(即指令 - 预备)来实现性能提高,从而导致F1性能增长22%;同时,从基因组学和/或分子特征衍生出的药物细胞线及时及格环境将F1得分进一步提高了2%。
人类癌细胞系的药物敏感性预测模型构成了在临床前环境中识别潜在反应性因素的重要工具。整合从一系列异质数据中得出的信息至关重要,但仍然是不平凡的,因为数据结构的差异可能会阻碍拟合算法将足够的权重分配给不同的OMIC数据中包含的互补信息。为了抵消这种效果,该效果倾向于仅导致一种数据类型主导所谓的多摩斯模型,我们开发了一种新颖的工具,使用户能够在第一步中分别训练单摩尼斯模型,并在第二步中将它们集成到多摩s模型中。进行了广泛的消融研究,以促进对奇异数据类型及其组合的各自贡献的深入评估,从而有效地识别它们之间的冗余和相互依赖性。此外,单词模型的集成通过一系列不同的分类算法实现,从而可以进行性能比较。被发现与药物敏感性显着转移相关的分子事件和组织类型集可以返回,以促进对药物反应性潜在驱动因素的全面而直接的分析。我们的两步方法产生了一组实际的多媒体泛 - 批处理分类模型,这些模型对GDSC数据库中的大多数药物具有很高的预测。在具有特定作用模式的有针对性药物的背景下,其预测性能与将多词数据合并到简单的一步方法中的分类模型相比。此外,案例研究表明,它在正确识别已知的特定药物化合物的关键驱动因素以及为其他候选者提供其他药物敏感性因素方面取得了成功。
(未通过同行评审认证)是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2025年3月1日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.25.640019 doi:Biorxiv Preprint
内源性大麻素系统是一种关键的大脑信号通路,在包括阿尔茨海默氏病(AD)在内的各种脑部疾病中失调。大麻素靶向的疗法和成像方法已越来越兴趣。但是,内源性大麻素系统在疾病中的生物学影响需要进一步验证。我们旨在研究大麻素受体1(CB1)和单酰甘油脂肪酶(MAGL)的变化,在PET Imaging的AD小鼠模型中,内源性大麻素信号传导和降解的成分。方法:[18 f] fmpep- d 2和[18 f] magl-2102是在商业放射合成模块上产生的。PET-CT图像在3岁时,具有突变的人淀粉样蛋白前体蛋白(APP NL-G-F)的AD型小鼠模型中获取,并与野生型小鼠进行了比较。使用[18 f] fmpep- d 2和[18 f] magl-2102,免疫荧光和蛋白质印迹的[18 f] fmpep- d 2和[18 f] fmpep-d 2和[18 f] fmpep- d 2和[18 f] fmpep- d 2和蛋白质印迹。雄性野生型和5xFAD小鼠在结束治疗后两天用MAGL抑制剂JZL184长期治疗,并用[18 F] MAGL-2102成像。结果:PET成像显示CB1和MAGL可用性的性别,年龄和基因型依赖性变化。在4个月(早期β-淀粉样蛋白病理学)时,与野生型相比,男性应用NL-G-F的雌性APP NL-G-F小鼠的CB1可用性较低,而男性应用NL-G-F的MAGL可用性也有所增加。在8个月中,未观察到CB1的基因型差异,但在APP NL-G-F额叶皮质中降低了MAGL的可用性,而男性APP NL-G-F小鼠的MAGL比大脑范围更高的MAGL更高。App NL-G-F斑块分期通过硫诺夫蛋白S染色确认。与野生型相比,在12个月(晚期β-淀粉样病理学)中,在APP NL-G-F中观察到[18 F] FMPEP-D 2的吸收率明显降低,[18 F] MAGL-2102结合[18 F] MAGL-2102的结合没有变化。成像发现是通过自显影,免疫荧光和蛋白质印迹补充的。[18 F] MAGL-2102的可用性对MAGL抑制剂JZL184在野生型和5XFAD小鼠中的目标参与有反应。结论:本研究表明,早期β-淀粉样蛋白病理学的CB1和MAGL可用性的动态年龄,性别和病理相关的变化,表明内源性大麻素系统是诊断和治疗AD的有用靶标。最后,这些结果强调了内源性大麻素的性别差异应在诊断和药物开发中考虑。
由于全球糖尿病(DM)的患病率增加,DM与主要全球疾病(如结核病(TB))之间的相互作用具有很大的公共卫生意义,有证据表明DM的DM大约有三分之三的TB疾病风险。TB防御可能会受到糖尿病相关的对免疫,代谢和基因转录的影响。对DM和TB的流行病学方面的更新以及了解与TB易感性TB的免疫,代谢和遗传机制的最新趋势将在本综述中进行讨论。本评论突出了对可能与2型DM(T2DM)中结核病敏感性有关的机制的不完全理解的差距。了解T2DM患者TB易感性机制的这三个主要领域可以帮助我们制定实际的治疗计划,以减轻猖ramp的地区的疾病负担。
几项研究表明,通过抗氧化剂靶向氧化应激可能为减轻糖尿病患者的疼痛和改善神经功能提供新的途径,从而强调了作为综合糖尿病护理的一部分管理氧化损害的重要性(7)。临床前和临床研究越来越多地认识到维生素C和E作为抗氧化剂在管理糖尿病疼痛敏感性方面的抗氧化剂(8)。这些维生素在对抗氧化应激方面起着至关重要的作用,这是糖尿病神经病发展的关键。维生素C以清除活性氧(ROS)的能力而闻名,已证明可以通过减少氧化损伤和增强神经保护机制来减轻糖尿病模型中的神经过敏和促进神经再生(9,10)。同样,维生素E通过中和自由基和改善内皮功能来有助于细胞保护,这在糖尿病患者中经常受到损害(11)。一起,这些维生素不仅减轻氧化应激,而且还可能具有通过其镇痛特性增强疼痛调节的潜力。这项研究的目的是探索维生素C和E对Sterptozotocin诱导的糖尿病小鼠的疼痛敏感性和葡萄糖水平的综合作用,该区域在现有文献中受到了有限的关注。两种维生素在缓解氧化应激和改善神经功能方面都单独表现为抗氧化剂的有益作用,但它们的协同潜力仍未得到充实。这项研究的发现可能为利用维生素C和E的抗氧化特性的新型治疗策略铺平了道路,最终改善了患有与糖尿病相关疼痛的人的临床结果和生活质量。
图1:我们发现我们发现在重定向步行(RDW)期间发现与场景运动相关的生理信号的特性的可视化和生理信号的特性。(a)我们进行了心理物理实验,其中参与者完成了数百个试验的旋转任务,在旋转过程中,将不同量的额外场景运动注入虚拟环境中。参与者报告了他们是否认为额外的注射动作,我们计算了他们对这些动作的视觉敏感性。(b)我们的分析表明,随着注射动作的速度提高,参与者的凝视(左)和姿势(右)的稳定性下降。这些结果首次表明了重定向强度(注入视觉运动增长)和生理信号之间的直接相关性。
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