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CRISPR/CAS9介导的APOC3敲除稳定血浆脂质并抑制兔子的动脉粥样硬化
动脉粥样硬化发育[4]。apoC3是TG代谢的关键调节剂，是一种水溶性的低分子量脂蛋白，与HDL，VLDLS，CM和LDL一起存在于等离子体中[22]。研究表明，APOC3水平升高抑制了LPL和HL的活性，LPL和HL的活性延迟了甘油三酸酯 - 富含脂蛋白的脂蛋白清除率并增加了血浆中的水平，最终导致TG代谢受损[23]。尽管对APOC3的体内研究主要基于小鼠模型，但兔模型具有多种优势，例如更容易维持，主动脉的合适尺寸，高繁殖力和短期妊娠期[24]，以及类似的脂质代谢和心血管病理生理学，如人类[25]。例如，肝LDL受体通常在兔子中像人类一样不活跃，
靶向敲除真核翻译起始因子4E使冬大麦获得对丝状病毒的抗性
真核翻译起始因子 4E (EIF4E) 是许多植物物种中马铃薯病毒感染的已知易感因子。大麦黄花叶病毒病是由大麦黄花叶病毒 (BaYMV) 和大麦温和花叶病毒 (BaMMV) 引起的，可导致冬大麦产量损失高达 50%。秋季，幼小的大麦植株的根部被土传的根瘤寄生虫 Polymyxa graminis L. 感染，该寄生虫是病毒载体。病毒建立并系统性扩散到植物上部后，叶子上首先出现黄色花叶。在植物进一步发育的过程中，该病会导致叶子坏死，并且更易受霜冻伤害。由于 HvEIF4E 基因的 rym4 和 rym5 等位基因变体，超过三分之二的欧洲冬大麦品种对 BaYMV 和 BaMMV 具有抗性。然而，几种 BaYMV 和 BaMMV 菌株已经克服了 rym4 和 rym5 介导的抗性。因此，大麦育种需要新的抗性等位基因。因此，我们在 BaMMV/BaYMV 易感冬大麦品种“Igri”中通过 Cas9 内切酶对 EIF4E 基因进行了定向诱变。产生了小插入，导致翻译阅读框发生移位，从而导致 EIF4E 功能丧失。突变发生在原代突变体中已经处于纯合状态。它们的后代被证明总是纯合的并且完全抵抗 BaMMV 的机械接种。EIF4E 敲除植物表现出正常的生长习性并产生谷物，但产量受损。
文章 以 CRISPR/Cas9 为基础的靶向敲除水稻直系同源物 TILLER ANGLE CONTROL 1 (TAC1) 可诱导杨树直立叶片习性和枝条生长
摘要：金字塔形、直立或直立生长的植物形态的特点是枝条和叶子的分枝角度较窄。直立叶子和枝条习性的优势可能是光线更有效地穿透较低的冠层。已经报道了包括桃树在内的各种树种的金字塔基因型。旁系同源水稻直系同源物 TILLER ANGLE CONTROL 1 (TAC1) 被认为是负责直立生长的基因。然而，对于任何金字塔树种基因型，尚未真正证明 TAC1 基因的敲除突变会导致植物金字塔形生长。通过计算机分析，我们在 P. trichocarpa 基因组中发现了一个假定的水稻 TAC1 直系同源物（Potri.014G102600，“TAC-14”）及其旁系同源物（Potri.002G175300，“TAC-2”）。通过应用转基因 CRISPR/Cas9 方法成功敲除 P. × canescens 克隆 INRA 717-1B4 中的两个假定的 PcTAC1 直系同源物。在温室中对突变体进行了为期三年的分子分析和表型分析。我们的结果表明，“TAC-14”的纯合敲除足以诱导 P. × canescens 中的金字塔形植物生长。如果在短轮伐期林（SRC）上种植多达两倍的金字塔树种，那么可以提高木材产量，无需任何育种，只需增加默认田地面积上的树木数量即可。
RNA 引导的 AsCas12a 和 SpCas9 催化敲除...
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2021 年 11 月 23 日发布。；https://doi.org/10.1101/2021.11.15.468743 doi：bioRxiv preprint
通过 CRISPR-Cas9 敲除斯氏按蚊免疫基因 LRIM1 揭示了其在繁殖和媒介能力方面的意外作用
PfSPZ 疟疾疫苗由使用无菌饲养的按蚊制造的恶性疟原虫 (Pf) 子孢子 (SPZ) 组成。按蚊的免疫反应基因，例如富含亮氨酸的蛋白质 (LRIM1)，通过支持动合子的黑化和吞噬作用来抑制蚊子体内的疟原虫 SPZ 发育 (孢子生殖)。为了增加 PfSPZ 感染强度，我们通过使用 CRISPR-Cas9 进行胚胎基因组编辑，生成了 A . stephensi LRIM1 敲除系 Δ aslrim1 。Δ aslrim1 蚊子的中肠细菌负荷显著增加，微生物组组成发生改变，包括共生乙酸菌的消除。微生物组的改变导致蚊子死亡率增加，并且出乎意料地显著减少了孢子生殖。通过对蚊子进行抗生素治疗，Δ aslrim1 蚊子的存活率及其支持 PfSPZ 发育的能力得到部分恢复，而当 Δ aslrim1 蚊子在无菌条件下生产时，其存活率和支持 PfSPZ 发育的能力则完全恢复到基线。LRIM1 的缺失也会影响生殖能力：产卵、生育力和雄性生育力受到严重损害。生育力的减弱与改变的微生物组无关。这项研究表明，LRIM1 对微生物组的调控对 A . stephensi 的媒介能力和寿命有重大影响。此外，LRIM1 的缺失还发现了该基因在生育力和减少雄性精子转移方面的意外作用。
程序性敲除同种异体移植后，光滑双脐螺胚胎细胞系对曼氏血吸虫孢囊的粘附性降低
转染的 Bge 细胞以评估 Cas9 的表达（图 1b）。使用两对引物进行 PCR，以对照或 pCas-BgAIFx4 转染的 Bge 细胞的 cDNA 作为模板，一对引物针对 Cas9，另一对针对 BgActin，后者是 B. glabrata 的肌动蛋白基因，用作参考基因（图 1b、c）。转染后 24 小时检测到瞬时 pCas-BgAIFx4 转染的 Bge 细胞中编码 Cas9 的转录本，并在测定的 9 天内保持表达。在 pCas-BgAIFx4 转染的细胞中观察到 Cas9 mRNA（277 bp）的特异性扩增子，但在未转染的细胞中没有观察到（图 1c）。我们的研究结果支持了先前的研究结果，即揭示了 Bge 细胞中由荧光素酶驱动的 CMV 启动子 [60]。对照参考 BgActin 的表达在 214
RNA 引导的 AsCas12a 和 SpCas9 催化敲除...
寡核苷酸和基于序列的试剂 PCR 引物 本研究 从 IDT ssODN 合成 Ittiprasert 等人，2019 年和本研究 Ultramer DNA Oligos， 从 IDT 合成向导 RNA Ittiprasert 等人，2019 年和本研究 从 IDT 合成 化学品、酶和其他试剂 Alt-R® CRISPR-Sp HiFi Cas9 酶 V3 Integrated DNA Technologies 1081060 Alt-R® CRISPR-AsCas12a 酶 V3 Integrated DNA Technologies 1081068 DNAzol® ES 试剂 Molecular Research Center DN127 RNAzol® RT 试剂 Molecular Research Center RN190 Opti-MEM FisherScientific Gibco™ 31985062 DMEM FisherScientific 88364 胎牛血清 FisherScientific Gibco™ 26140079 100x 青霉素-链霉素-两性霉素 B FisherScientific SV30079.01 NucleoSpin® 凝胶和 PCR 纯化 Takara 740609
Mei Yen Man，Mohd Saberi Mohamad*，Yee Wen Choon和Mohd Arfian Ismail在Silico Gene敲除预测中，使用BAT算法和minimiz
摘要：微生物通常会生产许多高需求的工业产品，例如燃料，食品，维塔米和其他化学物质。微生物菌株是微生物的菌株，可以通过代谢工程进行优化以改善其技术特性。代谢工程是克服细胞调节以获得所需产品或生成宿主细胞通常不需要产生的新产品的过程。遗传操作（例如基因敲除）的预测是代谢工程的一部分。基因敲除可用于优化微生物菌株，例如最大化感兴趣的化学品的产量。代谢和基因工程对于培养感兴趣的化学物质很重要，因为没有它们，许多微生物的产物通常很低。结果，本文的目的是提出蝙蝠算法和代谢调节（BATMOMA）的最小化的组合，以预测哪些基因敲除，以提高埃斯切里希亚大肠杆菌（E. Coli）中的琥珀酸和乳酸产量。
缩回：优化SGRNA来改善CRISPR/CAS9敲除效率：特别关注人类和动物细胞
近年来，在各种情况下（医疗，工业等）中非侵入性脑界面（BCI）设备的扩展和应用的扩展为标志。这项技术允许代理“直接用思想行动”，绕过外围运动系统。有趣的是，值得注意的是，典型的非侵入性BCI范式与人类自愿行动的神经科学模型保持远距离。值得注意的是，在BCI实验中，动作和感知之间的双向联系不断忽略。在当前的观点文章中，我们提出了一种创新的BCI范式，该范式直接受到意识运动原则的启发，该原则假定自愿行动是由即将到来的感知效应的预期代表所驱动的。我们认为（1）适应BCI范式可以允许简单的动作效应结合和因此作用效应预测，并且（2）使用这些动作效应预测的神经基础作为AI方法中感兴趣的特征，可能导致更准确和自然主义的BCI BCI介导的动作。
CRISPR-CAS9介导的SAGD基因的敲除链球菌中链霉菌酶过表达的敲除
链球菌酶是一种酶，在某些心肌梗死（心脏病发作），肺栓塞和动脉血栓栓塞症的情况下，可以分解血凝块。由于各种心脏病的发病率增加，链霉菌酶的需求在全球范围内高。链球菌酶的主要来源是来自链球菌的各种菌株。链霉菌酶在天然菌株链球菌中的表达受到限制，这是由于SAGD抑制剂基因用于生产链霉菌酶，需要将其淘汰以增加表达。然而，FASX是A组中存在的一个小RNA（SRNA），它通过在SKA mRNA的5'端结合，负责链球菌酶（SKA）基因的转录后调节。s。episimilis是β-蛋白酶蛋白产生链球菌细菌（C组），其中含有FASX的直系同源物，并且本质地表达了临床上重要的溶栓链蛋糕激酶。是为了提高mRNA的稳定性并增加链霉菌酶的表达，而链霉菌酶抑制了SAGD。与野生型相比，我们使用CRISPR-CAS9成功地从SAGD基因中淘汰，并观察到突变株中链球菌表达的相对定量的13.58倍。我们还证明了使用CRISPR-CAS9在Equisimilis中的成功靶基因敲除，可以进一步用于过表达链霉菌酶用于治疗应用。