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World File Search System敲除
基因敲除技术在细菌耐药性研究中的应用进展
其缺陷主要有：（1）对DNA片段浓度要求较高，尤其对于一些细胞膜致密的菌株，由于摄取效率低，进入细胞的DNA量往往达不到同源重组的最低标准，导致基因敲除失败。而且电转化会造成大量细胞死亡，而剩余的细胞达不到所需浓度，导致敲除失败。（2）Red系统需要从菌体中消除重组酶表达载体，以便后续引入另一个表达FLP重组酶的载体，该载体需要再次消除，最终产生无标记突变体。总之，这种基于λ-Red重组的方法
具有基因组编辑的长非编码RNA的功能敲除
为研究长非编码RNA（LNCRNA）的生物学功能是必要的有效的功能丧失研究。有各种方法可用，包括RNA沉默，反义寡素和基于CRISPR的基因组编辑。基于CRISPR的基因组编辑是在基因组水平上灭活LNCRNA功能的最广泛使用的。可以通过删除启动子和第一个外显子（PE1）来实现LNCRNA函数，引入前末端poly（a）信号，或删除整个位点，这与Messenger RNA（mRNA）使用的框架策略不同。然而，lncRNA和邻居基因之间的复杂基因组相互作用使得准确解释lncRNA功能具有挑战性。本文讨论了每种LNCRNA敲除方法的优点和缺点，并设想了促进LNCRNA功能研究的潜在未来方向。
利用 CRISPR–Cas9 对玉米进行单基因和多基因敲除
玉米具有双重作用，既是主要作物品种，又是遗传学中的模式物种。经过基因组编辑的糯玉米的特点是改性淀粉完全由支链淀粉组成，这是首批使用 CRISPR-Cas9 技术编辑的作物之一，获得了美国农业部批准种植和销售而无需进行转基因监督 (Waltz 2016)。这个例子说明了人们对 CRISPR-Cas9 技术在应用和基础研究中的潜力有着浓厚的兴趣。几十年来，淀粉行业一直很欣赏糯玉米，因为没有直链淀粉可以使淀粉更易于加工。虽然糯性状并不新颖，但 CRISPR-Cas9 技术可以在一到两代内直接在优良品系中产生糯性缺失，从而避免了传统基因渗入过程中耗时的回交和遗传拖累 (Cigan 等人 2017)。
基于共感染和 CRISPR/Cas9 的昆虫细胞诱导敲除系统的评估
由于产品滴度相对较高且生产成本较低，杆状病毒/昆虫细胞表达系统被认为是生物制药行业的多功能生产平台。它在生产复杂的多聚蛋白质组装体（包括病毒样颗粒 (VLP)）方面表现出色，而病毒样颗粒 (VLP) 被认为是对抗新出现病毒威胁的有希望的疫苗候选物，这使得该系统更具吸引力。然而，在 VLP 生产过程中芽生杆状病毒的共同形成对下游加工构成了严峻挑战。为了减少表达上清液中芽生杆状病毒的数量，我们开发了一种基于 CRISPR/Cas9 的可诱导敲除系统，并与两个杆状病毒载体共感染：一个携带 Cas9 核酸酶，另一个整合了 sgRNA 表达序列。使用我们的设置可以单独生成高滴度病毒，因为只有当两种病毒同时感染细胞时才会发生敲除。当芽生必需基因 gp64 和 vp80 被敲除时，我们测量到杆状病毒滴度降低了 90% 以上。然而，结果，我们还测定了较低的整体 eYFP 荧光强度，表明重组蛋白产量减少，这表明需要进一步改进工程和纯化，以最终最大限度地降低利用杆状病毒/昆虫细胞表达系统生产疫苗的成本和时间。
通过基础编辑循环外显子的后剪接位点敲除circrnas
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未获得同行评审证书）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本于2021年8月6日发布。 https://doi.org/10.1101/2021.08.05.455347 doi：biorxiv Preprint
CLDN1 敲除角质形成细胞作为研究多种皮肤病的模型
图 2 CLDN1 敲除会降低 N/TERT-2G 单层细胞和器官型细胞浸没培养物中的屏障完整性。浸没单层细胞培养物在高 Ca 2 + 培养基中分化。通过 (A) 分化后 5 天内每天的跨上皮电阻 (TEER) 或 (B) 分化后 1、2 和 3 天的通透性测定来量化屏障功能。WT、pCLDN1 KO 和 A8 克隆细胞用于开发器官型培养物，并且 (C) 在提升到气液界面 10 天后测量电阻抗。-gRNA、pCLDN1 KO n = 4 个实验（A、B）。B6、A8、H1 克隆 n = 3 个实验和 D5 克隆 n = 1 个实验（A、B）。n = 3-9 个来自三个实验的总构建体，不同的符号代表各个实验（C）。通过配对 t 检验 (A、B) 或 ANOVA (A、B、C) 评估与相关 WT 对照的统计差异。数据以平均值 ± SEM 表示。 * p < 0.05，** p < 0.01。
一种高效敲除肺炎克雷伯菌毒力质粒基因的方法
Chang 等，2012；Fazili 等，2016；Rossi 等，2018）。研究表明，赋予 hvKp 高毒力表型的最典型的毒力因子由位于毒力质粒上的基因编码，其中包括 iuc/iro（铁载体 aerobactin/salmochelin 的生物合成基因）、rmpA/rmpA2（增加荚膜产量的调节剂）和 peg-344（功能未知的代谢转运蛋白）（Russo and Marr，2019）。因此，大型毒力质粒上毒力基因的丢失将显著降低 hvKp 的毒力。尽管对hvKp毒力机制的研究已经取得了很大进展，但仍有许多问题尚未揭示：例如，毒力基因之间如何相互作用，它们如何调控hvKp的高毒力表型，以及毒力因子如何与宿主免疫系统相互作用。针对hvKp毒力质粒的有效基因编辑方法对于理解这些未知机制至关重要。目前，对hvKp毒力质粒进行基因敲除的报道很少，主要依赖于随机转座子插入和自杀质粒介导的同源重组（Cheng等，2010；
CRISPR/CAS9对NOX4敲除对MCF-7，HCA-7和UM-RC-6癌细胞的影响
微生物免疫反应，但在癌症中看到它们过多的表达（9）。NOX4是一种生成的NOX同工型，对于H 2 O 2产生至关重要，属于NOX类（10）；最近的研究报告说，NOX4参与了许多癌症（12、13）。尽管没有阐明NOX4调节癌细胞增殖，迁移和存活的机制，但一些研究表明，NOX 4通过细胞周期调节和凋亡抑制导致细胞增殖（14，15）。随着分子生物学的进步，基因组编辑技术可以改变基因组并观察到遗传调节引起的功能变化。多种方法已用于治疗影响身体正常细胞的恶性肿瘤。然而，需要进一步尝试使用分子生物学发展癌症和肿瘤治疗方法（16）。最近，与定期间隔的聚类相关的CAS 9蛋白质系统使用了短暂的alindromic重复序列（CRISPR）来减少由癌症作为一种新型治疗和强大技术引起的死亡，具有高精度和效率的治疗癌症（17）。
可扩展的单细胞合并CRISPR屏幕，带有常规敲除矢量库
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CRISPR/Cas9 介导的 HuTu-80 和 HEK 293T 细胞系中的 LRP10 敲除
在患有家族性帕金森病 (PD)、帕金森病性痴呆 (PDD) 和路易体痴呆 (DLB) 的患者中，已发现低密度脂蛋白相关蛋白 10 基因 (LRP10) 中罕见的致病变异 (Quadri et al., 2018)。此外，对携带不同 LRP10 变异的患者的尸检分析显示，脑干、边缘和皮质区域中存在严重的 α-突触核蛋白相关病理负担，表现为路易体 (LB) 和路易体神经突 (LN) (Quadri et al., 2018)。重要的是，功能研究表明，最初发现的 LRP10 致病变异影响 LRP10 转录本表达和稳定性、蛋白质稳定性或蛋白质定位，表明功能丧失 (LoF) 是一种共同的致病机制 (Quadri et al., 2018)。此外，早期使用 LRP10 过表达模型的研究报告称 LRP10 参与细胞内运输途径 (Boucher et al., 2008; Brodeur et al., 2009, 2012; Doray et al., 2008). 尽管有这些数据，但对于内源性 LRP10 在健康和疾病中的功能知之甚少，部分原因是缺乏体外 LRP10 敲除 (KO) 模型。