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World File Search System文库
用于人类基因组的强大且多功能的阵列文库...
图 1. APPEAL 克隆。A、从载体 pYJA5 中去除氨苄青霉素抗性基因 (AmpR)。sgRNA1-4 和甲氧苄啶抗性基因 (TmpR) 与三个不同的 PCR 扩增子融合。所有元件均经过 Gibson 组装以形成 4sgRNA-pYJA5 质粒，并用甲氧苄啶筛选转化子。描绘了 4sgRNA-pYJA5 全质粒和 4sgRNA 盒的详细结构。LTR，长末端重复；Ψ，包装信号序列；PB，piggyBac 转座子元件；PuroR，嘌呤霉素抗性元件；hU6、mU6、hH1 和 h7SK 是普遍表达的 RNA 聚合酶 III 启动子；sg，sgRNA。 B、转化大肠杆菌并进行甲氧苄啶筛选后，代表性 pYJA5 限制性片段、3 片段 PCR 和 APPEAL 克隆产物的单菌落 PCR。Bbs I 消化 pYJA5 产生约 1 千碱基 (kb) 的 AmpR 元件条带和约 7.6 kb 的线性化载体条带（左）。使用相应的 sgRNA 引物进行 PCR 后，三个扩增子在琼脂糖凝胶上分别显示预期的 761、360 和 422 bp 大小（中）。使用转化细菌平板中 APPEAL 克隆产物 4sgRNA 盒两侧的引物进行单菌落 PCR 始终产生预期大小（2.2 kb，右）。 C ，8 个具有不同 4sgRNA 序列的独立 APPEAL 实验中正确、重组和突变 4sgRNA 质粒的百分比（每个实验测试 ≥22 个菌落）。D ，四个 APPEAL 实验中正确、重组和突变 4sgRNA 质粒的百分比。每个点代表一个由八个菌落组成的独立生物复制品（n=24；平均值 ± SEM）。E ，高通量格式的 APPEAL 克隆时间线（h：小时；d：天）。
使用 Covaris® 进行自动化 NGS 文库制备
为了证明此工作流程的效率和多功能性，使用 Covaris® LE220-plus 聚焦超声波发生器在 96 microTUBE™ AFA™ 纤维板中剪切 DNA 样本。然后从仪器中取出板并放置在 Sciclone G3 NGSx 工作站上可手动安装的板适配器下，如图 4 所示。使用 Revvity LabChip® GX Touch™ 核酸分析仪分析分子量
ExpressPlex™ 2.0 文库制备试剂盒 – 384 孔
正在申请专利的 ExpressPlex 2.0 文库制备试剂盒采用方便的 384 孔 PCR 板配置，可用于高通量多重文库制备。此升级版 ExpressPlex 使用 seqWell 的高性能 TnX ™ 转座酶，该转座酶专为 NGS 文库制备而设计。扩增子 (>350 bp) 和质粒 DNA 是适合该试剂盒的标准输入。附录 E 重点介绍了可以针对小型微生物全基因组测序进行的修改。ExpressPlex 文库与 Illumina MiSeq ™ 、NextSeq ™ 、iSeq ™ 和 NovaSeq ™ 测序平台兼容。每个 ExpressPlex 2.0 - 384 孔试剂盒都包含足够的试剂，可从 384 或 1,536 个单独的 DNA 样本制备与 Illumina 兼容的文库。每个库的标准制备量为 384 个样本，每个试剂盒最多 1,536 个样本。有四种不同的试剂盒可用于从 1,536 个样本中制备文库，在一次测序运行中可加载总共 6,144 种条形码组合。这种多重文库制备程序针对每 8 µl 反应 0.5 - 20 ng 质粒或扩增子 DNA 的输入进行了优化，通常可生成 400 – 1,200 bp 的文库片段长度。文库片段长度取决于 DNA 的质量和所用的磁珠清理率。使用 ExpressPlex 文库制备试剂盒的主要优势和好处是简化的一步式多重文库制备工作流程，可在 40 倍的 DNA 输入浓度范围内自动标准化每个样本的读取输出，同时最大限度地减少人工和耗材成本。使用 ExpressPlex 2.0 – 384 孔试剂盒，可在 120 分钟内制备 384 重文库以进行文库 QC 和测序，手动操作时间不到 30 分钟。
低输入 PCR 无 DNA-seq 文库制备和标准化。
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QIAGEN QIAseq FX DNA 文库试剂盒的自动化...
简介 文库制备是新一代测序 (NGS) 应用的关键要求，也是测序工作流程中最昂贵的部分之一。这不仅是一个耗时的步骤，而且还可能由于操作错误导致样本丢失或输出文库 DNA 质量下降。为了减少这些问题，简化的 QIAseq FX DNA 文库协议经过优化，可在酶促碎裂后直接进行接头连接，而无需中间清理步骤。此外，简单的协议（仅包含三个步骤）可确保在 Hamilton NGS STARlet 上顺利完成高优先级样本和低通量样本数量的文库制备自动化（图 1）。
QIAseq® xHYB 病毒和细菌文库试剂盒手册
套件内容................................................................................................................ 4
Invitrogen™ LentiArray™ 人类 CRISPR 文库，96 孔...
转导条件 • 您必须根据经验确定每种细胞系的转导条件和感染复数 (MOI)。如果需要共感染，我们建议对 Cas9 至 CRISPR 文库慢病毒颗粒使用 5–10 的 MOI 比率，以达到最佳基因敲除程度。 • 感染期间使用含较低水平 FBS（例如 3– 5% FBS）的培养基可能会增加某些细胞类型的转导效率。 • Polybrene™（六甲溴铵）可以将慢病毒转导到人细胞的效率提高 2–10 倍。您必须根据经验确定目标细胞的最佳 Polybrene™ 浓度（例如最大感染性，最小毒性）。我们建议使用浓度范围（2–8 µg/mL）对 Polybrene™ 耐受性进行初步测试。 • 如果您计划使用嘌呤霉素进行选择，则必须首先确定选择转导细胞所需的最佳嘌呤霉素浓度。抗生素批次、细胞类型、细胞生长动力学和细胞培养条件（包括细胞密度）会影响筛选所需的嘌呤霉素量。使用嘌呤霉素进行筛选通常需要 7-10 天。
随机饱和诱变生成高度多样化的定向进化文库
为了了解每种野生型氨基酸对不同侧链性质的可及性，我们将所有 20 种氨基酸分为 8 类：非极性（NP、M、I、L、V、A）、极性不带电（PU、S、T、Q、N）、带正电荷（PC、R、K、L）、带负电荷（NC、D、E）、芳香族（Ar、F、T、Y）和三个特殊基团 P、C、G，由于其性质不同，每个基团仅由一个氨基酸组成。通过易错 PCR，每种野生型氨基酸都有一些不可接近的性质类别，如图 4c 所示。此外，在
从碎片 DNA 中制备 Onso 文库以用于短...
对于每个样本，从步骤 4b.15 中取出 2 µL PCR 扩增文库进行定量分析：接下来必须按照“Onso TM 文库的 qPCR 定量分析”程序使用 Onso Library 定量试剂盒 (PacBio 102-431-800) 通过 qPCR 准确评估文库数量。这将确保在簇生成期间能够实现最佳簇密度。注意：步骤 4b.17 可以与步骤 4b.16 同时进行。
NEBNext UltraExpress DNA 文库制备试剂盒 E3325 手册
NEBNext UltraExpress DNA 文库制备试剂盒包含所需的酶和缓冲液，可将 10-200 ng DNA 快速转化为高质量文库，以便在 Illumina 平台上进行测序。快速、简单的工作流程减少了清理步骤，最大程度地缩短了手动操作时间，并允许在整个输入范围内使用单一接头稀释度和 PCR 循环条件。该方案还允许在单个试管中制备文库，从而最大限度地减少塑料耗材浪费。除了标准方案外，还包含一个附录，其中详细介绍了针对不同 DNA 输入量的定制接头和循环建议，如果需要进一步优化文库产量。