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NEBNext DNA 文库适配器（适用于 Ion Torrent (E6274) NZL）安全数据表
某些物质需要经过认证的处理人员。这包括需要管制物质许可证的物质、大多数爆炸物、脊椎动物毒剂和某些熏蒸剂。属于第 1 类或第 2 类的急性毒性物质（例如杀虫剂）也需要经过认证的处理人员。请参阅《2015 年工作健康与安全法》了解更多信息 某些高度危险物质需要跟踪。这些物质需要由经过适当培训的人员控制或适当保护。请参阅《2015 年工作健康与安全法》了解更多信息 持有某些爆炸物、脊椎动物毒剂和熏蒸剂需要管制物质许可证。有关更多信息，请参阅《2017 年工作健康与安全条例》第 7 部分
NEBNext DNA 文库适配器（适用于 Ion Torrent (E6274) NZL）安全数据表
某些物质需要经过认证的处理人员。这包括需要管制物质许可证的物质、大多数爆炸物、脊椎动物毒剂和某些熏蒸剂。属于第 1 类或第 2 类的急性毒性物质（例如杀虫剂）也需要经过认证的处理人员。请参阅《2015 年工作健康与安全法》了解更多信息 某些高度危险物质需要跟踪。这些物质需要由经过适当培训的人员控制或适当保护。请参阅《2015 年工作健康与安全法》了解更多信息 持有某些爆炸物、脊椎动物毒剂和熏蒸剂需要管制物质许可证。有关更多信息，请参阅《2017 年工作健康与安全条例》第 7 部分
嵌合末端标记（METa）组装技术高效构建功能性宏基因组文库
摘要 功能性宏基因组文库是一种物理细菌文库，可以高通量捕获和表达微生物组基因，在无需测序和不依赖培养的宏基因组探索中发挥了重要作用。然而，这些文库的制备往往受到其高 DNA 输入要求和低克隆效率的限制。在这里，我们描述了一种新方法，即镶嵌末端标记 (METa) 组装，用于高效的功能性宏基因组文库制备。我们将标记技术应用于来自土壤和肠道微生物组的宏基因组 DNA，以制备 DNA 插入物，从而高通量克隆到功能性宏基因组文库中。所得 DNA 片段中镶嵌末端序列的存在与基于同源性的组装克隆协同作用，使克隆效率与传统的基于平头克隆的协议相比提高了 300 倍。我们表明，与使用最新协议制备的已发表文库相比，METa 组装的效率平均高出约 20 到 200 倍，只需 200 ng 输入 DNA 即可制备千兆碱基大小的文库。我们首先通过使用标准 5 mg 质量的土壤宏基因组 DNA 制备出一个 700 Gb 的文库来展示 METa 组装的实用性，这使得我们发现了新的诺尔丝菌素抗性基因和一种潜在的新抗性模式；其次通过使用仅 300 ng 的鹅粪便宏基因组 DNA 制备出一个 27 Gb 的文库，该文库捕获了大量四环素和粘菌素抗性基因。METa 组装为制备功能性宏基因组文库提供了一种简化、灵活且有效的方法，为低生物量或稀缺微生物组的遗传和生化研究开辟了新途径。
组织和液体活检样本中的敏感变异分析
根据 Illumina 无细胞 DNA 富集制备用户指南中的详细说明，从碎片化的 FFPE DNA 或 cfDNA 制备 Illumina 无细胞 DNA 富集制备文库。对于 FFPE DNA，超声处理后，将 45 μl 碎片 DNA（~40 ng）转移到 96 孔 PCR 板中以进行最终修复反应。对于 ctDNA 样本，将 20 ng DNA 输入文库制备中。对“浓缩索引文库”步骤进行了更改，按质量而不是体积进行汇集，以适应在本研究期间测试的单个文库制备中的 1 重、4 重和 12 重文库汇集。使用 Qubit dsDNA BR 检测（Thermo Fisher Scientific，目录号 Q32853）对文库进行量化。为了适应更大的体积，每个文库汇集了 250 ng，并对协议进行了一些修改。富集是使用定制的 79 基因探针面板进行的，如 Illumina 无细胞 DNA 富集准备用户指南中所述。
Twist Bioscience 文库制备和靶标富集检测试剂盒是一款高度模块化的靶标富集下一代测序 (NGS) 试剂盒，具有
Twist Bioscience 文库制备和靶向富集检测是一种高度模块化的靶向富集下一代测序 (NGS) 试剂盒，具有从固定面板到全外显子组测序的各种应用。该试剂盒利用基因组 DNA (gDNA) 的片段化、连接和扩增来制备 NGS 文库，并利用基于珠子的杂交文库捕获来富集文库。Twist Bioscience 为用户提供了高度的灵活性，以满足实验室的需求，包括酶促或机械片段化、使用 Twist 全长组合双 (CD) 索引适配器或通用双索引 (UDI) 引物的两组不同的索引化学反应、单重或多重富集选项、用于文库富集的市售固定面板和定制面板选项，以及“标准”16 小时杂交选项或可运行 15 分钟至 4 小时的“快速”杂交选项。整个手动文库制备和靶向富集方案可以在最短一天或最多三天内完成。
通过转基因阵列在秀丽隐杆线虫中的高通量文库转基因导致综合序列多样性（TARDIS）
图5。TARDIS启动子库。a）概述两个分裂的着陆垫及其相关的启动子插入向量。正确整合后，选择性标记和荧光团表达都会恢复。b）从单个TARDIS阵列线的单个热轴（PX819）中回收了9个基因的转录记者。集成到单个McSarlet-I /Hygr着陆垫中。主图像显示了指定的报告基因的MSCARLET-I表达，而插图显示同一区域的极化图像。c）示例同时，从单个TARDIS阵列中的双重整合到带有害虫的双降落垫菌株中。ceh-10p :: mneongreen :: pest是假彩色绿色和ceh-40p :: mcarlet-i :: pest是假彩色的洋红色。所有比例尺均代表20µm
通过全激酶组 CRISPR-Cas9 文库系统筛选骨肉瘤的潜在治疗靶点
摘要 目的：骨肉瘤是最常见的原发性恶性骨肿瘤，但由于缺乏有效的治疗靶点，骨肉瘤患者的生存期在过去 30 年中一直保持不变。方法：构建了包含 507 个激酶和 100 个非靶向对照的激酶组靶向 CRISPR-Cas9 文库，并筛选了骨肉瘤中潜在的激酶靶点。使用基于模型的全基因组 CRISPR/Cas9 敲除分析 (MAGeCK) Python 包分析 CRISPR 筛选测序数据。通过 lenti-CRISPR 介导的基因敲除将功能数据应用于 143B 细胞系。在 R2：基因组学分析和可视化平台中分析激酶在骨肉瘤患者生存中的临床意义。结果：我们确定了骨肉瘤中的 53 个潜在激酶靶点。在这些靶标中，我们分析了 3 种激酶，TRRAP、PKMYT1 和 TP53RK，以验证它们在骨肉瘤中的致癌功能。PKMYT1 和 TP53RK 在骨肉瘤中的表达高于正常骨组织，而 TRRAP 无明显差异。所有 3 种激酶的高表达与骨肉瘤患者的预后相对较差有关。结论：我们的研究结果不仅提供了骨肉瘤中潜在的治疗激酶靶标，而且还为使用 CRISPR-Cas9 文库进行功能性遗传筛选提供了范例，包括靶标设计、文库构建、筛选工作流程、数据分析和功能验证。该方法还可能有助于加速其他类型癌症的药物发现。关键词骨肉瘤；激酶；CRISPR-Cas9 文库；TRRAP；PKMYT1；TP53RK
酵母模块化克隆工具包的扩展，用于基于 CRISPR 的应用、基因组整合和组合文库
摘要：在过去的几十年中，遗传部件的标准化已成为一个越来越受关注的话题。为了简化分子克隆程序，同时使其更可预测和可重复，人们设计了几种生物标准，其中之一就是模块化克隆 (MoClo)。酵母 MoClo 工具包提供了一个大型特征化遗传部件库，并结合了全面而灵活的组装策略。在这里，我们的目标是 (1) 通过提供一个简单的设计工具将新部件纳入 MoClo 库来简化标准的采用；(2) 通过展示启动子部件中的 BglII 位点对蛋白质表达的影响来进一步表征工具包；(3) 扩展工具包，以便高效构建 gRNA 阵列、无标记整合盒和组合库。这些新增功能使工具包更适用于常见的工程任务，并将进一步促进其在酵母生物工程界的采用。关键词：酿酒酵母，工具包，模块化克隆，gRNA 阵列，基因组整合，文库构建■ 简介
有机阳离子转运蛋白抑制剂的处方药文库的高吞吐量筛选3，1CT3
摘要简介有机阳离子转运蛋白3（OCT3，SLC22A3）无处不在表达，并与包括内源分子，环境毒素和处方药在内的多种化合物相互作用。OCT3被研究为药代动力学和药效学的决定因素，有可能成为药物吸收和处置的主要决定因素，并成为药物 - 药物相互作用（DDIS）的靶标。目的是当前研究的目的是确定OCT3的药物抑制剂。我们使用高吞吐量测定在HEK-293细胞中稳定表达OCT3的HEK-293细胞中筛选了一个由2556种处方药，生物活性分子和天然产物组成的化合物文库。结果，我们确定了210种化合物，这些化合物在20μm时抑制了50％或更多的OCT3介导的4-DI-1-ASP摄取（2μm）。中，预计有9个会抑制在临床上相关的非结合血浆浓度下的运输。包括结构活性关系（SAR）模型
专业基因组学实验室规章制度...
定性和定量核酸数据或命令专业基因组学实验室进行此类分析。不符合所选测序文库制备方案中指定的质量标准的样本仅在获得书面同意的情况下进行处理，其中用户同意其不会收到任何成功建库的保证，并且将承担与获得成功建库的尝试（包括不成功的尝试）相关的全部费用。 2. 提交现成DNA库的用户需遵循样本分析部门负责人批准的样本制备方案。他们还应提供所提供文库的质量数据（使用 Agilent Bioanalyzer 或类似设备获得的结果）或订购专业基因组学实验室对文库质量进行分析。在提交文库进行测序之前，应该报告任何修改（例如由于人为错误）。对于用户提供的文库，基因组学专家实验室对所获得的测序结果的质量不承担任何责任。 3. 提交测序结果进行分析的用户应