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耐力运动员的半自动训练负荷确定
1个运动科学系，比利时鲁文鲁文库文； 2澳大利亚墨尔本贝克心脏和糖尿病研究所心脏病学系； 3剑桥贝克系统基因组学计划，澳大利亚墨尔本贝克心脏和糖尿病研究所； 4比利时鲁文卢文库文库文氏科学系4； 5比利时鲁汶大学医院心脏病学系； 6运动与营养研究计划，澳大利亚墨尔本ACU玛丽·麦基洛普健康研究所； 7 Hartcentrum心脏病学系，杰萨·齐肯胡斯（Jessa Ziekenhuis），哈塞尔特（Hasselt），比利时； 8比利时Diepenbeek Hasselt University的Reval/Biomed； 9比利时安特卫普大学的心血管科学系； 10比利时安特卫普大学医院安特卫普心脏病学系； 11比利时鲁汶鲁文库文康复科学系
补充材料
补充材料。材料与方法文库制备和 Miseq (Illumina®) 测序使用文库制备指南 (LPG) ( https://support.illumina.com/downloads/16s_metagenomic_sequencing_library_preparation.html ) 中报告的 Illumina 接头序列和引物悬垂部分（正向和反向）扩增 16S rRNA 基因的 460 bp V3-V4 高变区。使用以下 PCR 反应扩增每个 DNA 样本：2.5 µl 5 ng/ µl DNA、5 µl 引物正向悬垂部分、5 µl 引物反向悬垂部分、12.5 µl 2x KAPA HiFi HotStart ReadyMix (KAPA Biosystems)。使用 LPG 中报告的循环程序。 PCR 产物在 2% 琼脂糖凝胶（GellyPhor LE，Euroclone SPA，意大利米兰）上电泳分离，并用 GelRed™ 核酸凝胶染料（Biotium，美国加利福尼亚州海沃德）染色。通过紫外光透射仪观察预期长度的 PCR 产物的存在。然后，用 NucleoMag 试剂盒纯化 DNA 扩增子以清理和选择 NGS 文库制备反应的大小（Macherey-Nagel），并按照制造商的说明使用 Illumina® DNA/RNA UD Indexes Tagmentation 试剂盒对每个样本进行索引。在验证和定量之前，对文库进行进一步纯化。在 Agilent 4150 TapeStation D1000 ScreenTape 检测仪（安捷伦科技公司）上对文库进行验证，以验证大小，而定量则使用 Qubit 4 荧光计（赛默飞世尔科技，美国）。根据 DNA 扩增子的大小，应用 Illumina LPG 中报告的公式，以 nM 为单位计算最终的 DNA 浓度。最后，将每个文库中的 5 µl 稀释 DNA 等分试样混合，以合并具有唯一索引的文库。在 Miseq 加载之前，根据 Illumina LPG 说明对合并的文库进行变性和稀释。使用 MiSeq Reagent Micro Kit v2（500 个循环）加载合并的文库，运行包括 20% PhiX 作为内部对照。生物信息学分析测序数据包含在包含带有原始读取的 FASTQ 文件的文件夹中（R1 文件包含每个样本的正向读取，R2 文件包含每个样本的反向读取），使用 FastQC（英国剑桥 Babraham Institute）进行质量检查。然后，使用 DADA2 R 包（Callahan 等人，2016 年）处理 R1 和 R2 文件以生成扩增子序列变体 (ASV)（图 1）。最终生成了 ASV 表，总结了每个样本的不同 ASV 的数量。
组合 CRISPR 筛选的比较优化
组合 CRISPR 技术已成为一种变革性方法，可系统地探测冗余基因对的遗传相互作用和依赖性。然而，不同的功能基因组工具在多路复用 sgRNA 方面的表现差异很大。在这里，我们生成并基准测试了十个不同的组合 CRISPR 文库，这些文库以同源物对为目标，以优化双基因敲除筛选。评估了由双化脓性链球菌 Cas9 (spCas9)、正交 spCas9 和金黄色葡萄球菌 (saCas9) 以及 Acidaminococcus 的增强型 Cas12a 组成的文库。我们证明了来自 spCas9 的替代 tracrRNA 序列的组合始终表现出优越的效应大小和 sgRNA 之间的位置平衡，这是一种强大的组合方法来分析多个基因的遗传相互作用。
使用 RNP 在永生化细胞系中进行阵列式 CRISPR 多向导文库核转染
功能测定通常使用阵列式 CRISPR 筛选进行，以关联每种基因扰动对细胞功能、形态或生理学方面的影响。优化所选测定至关重要，以确保其能够可靠地识别感兴趣的表型。这可以使用测定特异性阳性和阴性对照来完成（参见第 5 页的建议对照表）。此外，优化 CRISPR 编辑和测定之间的时间也很重要，以确保可以测量清晰的表型信号。测定特异性阳性对照可用于此目的。
输入数据概述BUSCO UNI4000 -CDN
对于每个DiDail omni-c文库，将染色质与甲醛固定在原子核中，然后提取。用DNase I消化了固定的染色质，将染色质末端修复并连接到生物素化桥适配器，然后将含有末端的衔接子接近粘合。接近连接后，将交联后逆转并纯化了DNA。纯化的DNA以去除未结扎片段内部的生物素。使用NEBNEXT Ultra酶和Illumina兼容适配器生成测序文库。在每个文库富集之前，使用链霉亲和素珠分离含生物素的片段。库是在Illumina Hiseqx平台上测序的，以产生约30倍的序列覆盖率。然后Hirise使用MQ> 50读脚手架的读数（有关数字，请参见上面的“读取对”）。
PreSeq DNA QC 检测方案 - NET
Archer PreSeq DNA QC 检测利用定量 PCR (qPCR) 来识别质量足以使用 Archer VARIANT Plex 检测生成足够测序文库的 DNA 样本。Archer DNA QC 检测用于评估样本中可扩增 DNA 的数量与已知检测标准的关系。此 SYBR ® Green 检测在两个单独的反应中扩增样本和检测标准中的 100bp 基因组 DNA 序列。比较两个得到的定量循环 (Cq) 值可得出 ΔCq 或 DNA QC 分数。DNA QC 分数具有文库产量的预测值，可用于衡量成功制备 Archer VARIANT Plex 文库所需的输入材料量。
CRISPR 筛选可识别调控黑色素瘤细胞侵袭性的基因
恶性癌细胞会不受控制地增殖，并可能转移到远处器官。转移的一个关键步骤是癌细胞在扩散到远处器官之前侵入邻近组织的能力。因此，了解侵袭机制可能有助于发现新的可用药物靶点以防止转移。在本项目中，使用 CRISPR 敲除筛选体外研究了人类黑色素瘤细胞的侵袭性。为此，评估了三个汇集的 CRISPR 文库，然后选择其中一个进行筛选。在验证了所选表观遗传敲除文库的 gRNA 表示后，生成了一个慢病毒文库以转导 A375 黑色素瘤细胞。然后使用 Matrigel 侵袭室通过优化的侵袭试验检查突变黑色素瘤细胞的侵袭性。将转导的黑色素瘤细胞接种到上室中，并使其通过 Matrigel 迁移到具有更高化学引诱剂浓度的下室。随后分别收集上室和下室细胞，分离基因组DNA，通过PCR扩增制备测序文库，并用Illumina新一代测序技术进行测序。本报告不包含CRISPR筛选的测序数据。
莱茵衣藻 CLiP2 突变体集合通过高可信度破坏等位基因扩大基因组覆盖范围
作者：Alice Lunardon 1*、Weronika Patena 1*、Cole Pacini 1、Michelle Warren-Williams 1、Yuliya Zubak 1、Matthew Laudon 2、Carolyn Silflow 2、Paul Lefebvre 2、Martin Jonikas 1,3 1 普林斯顿大学，新泽西州，美国；2 明尼苏达大学，明尼苏达州，美国；3 霍华德休斯医学研究所 * 这些作者贡献相同。摘要。莱茵衣藻（以下简称衣藻）是研究光合作用、纤毛运动和其他细胞过程的有力模式生物 [1–4]。已映射的核随机插入突变体的 CLiP 文库 [5,6] 通过提供目标基因的突变体，加速了数百个实验室在这些领域的进展。然而，由于其对高置信度破坏等位基因的基因组覆盖率有限（46% 的核蛋白编码基因在外显子/内含子中具有 1+ 高置信度等位基因；12% 的基因在外显子/内含子中具有 3+ 等位基因），因此其价值受到限制。我们在此介绍 CLiP2（衣藻文库计划 2）文库，它大大扩展了可用的已映射高置信度插入突变体的数量。CLiP2 文库包含 71,700 个菌株，覆盖 79% 的核蛋白编码基因在外显子/内含子中具有 1+ 高置信度等位基因，以及 49% 的基因在外显子/内含子中具有 3+ 等位基因。社区可通过衣藻资源中心获取突变体。
为医生和患者开发个性化癌症测试
我们的工作可以分为两个主要领域：•我们的测试服务，该服务检测使用微阵列技术对化学疗法治疗敏感且具有抵抗力的肿瘤。这使用高吞吐量筛选提供一种自动化和快速的方法来处理血样和筛选不同类型的文库，包括组合化学，基因组学，蛋白质和肽文库。•我们的分析服务包括使用流式细胞仪检测，免疫表型和隔离循环肿瘤细胞。